臺北高等行政法院判決
高等行政訴訟庭第四庭
112年度訴字第1250號
114年5月8日辯論終結
原 告 遠通電收股份有限公司
代 表 人 徐旭東（董事長）
訴訟代理人 余景仁 會計師
梅芳琪 律師
陳毓芬 律師
複 代理 人 柯宗佑 律師
被 告 財政部
代 表 人 莊翠雲（部長）
訴訟代理人 劉旭峯
林于斐
吳靜惠
上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服行政院中華民國11
2年8月31日院臺訴字第1125010286號訴願決定，提起行政訴訟，
本院判決如下：
主 文
訴願決定、原處分均撤銷。被告應依本院法律見解，另為適法之處分。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
壹、事實概要：
原告於民國（下同）111年7月14日具函，以其於96年8月22 日與交通部臺灣區國道高速公路局（107年2月12日改制為交 通部高速公路局，下稱高公局）依促進民間參與公共建設法 （下稱促參法）簽訂高速公路電子收費系統建置及營運契約 （下稱系爭營運契約），受高公局委託辦理高速公路電子收 費營運系統（下稱ETC系統）之建置及營運案（下稱系爭投 資計畫案），經交通部以111年4月25日交路（一）字第0000 000000號函（下稱111年4月25日函）認定系爭投資計畫案符 合重大公共建設之交通建設及範圍，及核定原告自96年8月2
2日開始營運，且於110年度首度產生課稅所得，依104年12 月30日修正施行之促參法第36條及99年9月23日修正施行之 民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅辦法（ 下稱免稅辦法）第5條規定，向被告申請自110年度起5年內 免納營利事業所得稅（下稱營所稅），經被告以111年8月29 日台財稅字第00000000000號函（下稱原處分）否准。原告 不服，提起訴願，業經行政院112年8月31日院臺訴字第0000 000000號訴願決定（下稱訴願決定）駁回，原告仍不服，遂 提起本件行政訴訟。
貳、本件原告主張：
一、本件為申請許可案件，應適用原告於111年7月14日提出本件 申請時之最新法令即109年5月18日修正之免稅辦法第2條規 定及財政部107年2月26日台財稅字第00000000000號令（下 稱財政部107年令）：
（一）原告於111年7月14日提出本件申請（參原證1），依中央 法規標準法第18條「從新從優原則」、稅捐稽徵法第1條 之1第1項、本院112年度訴字第200號判決及最高行政法院 109年度判字第261號判決意旨，被告即應依申請時之最新 法令（包含解釋函令）作成處分，即循當時最新（109年5 月18日修正）之免稅辦法第2條及財政部107年令之意旨， 以促參法第36條第1項及免稅辦法第2條所定之課稅所得定 義，將前10年內各期虧損扣除，以計算及認定原告究竟係 在何一年度「首次出現」正數之課稅所得，而非以其所稱 之「舊法」（即99年9月23日修正施行之免稅辦法），或 稱課稅事實完結，逕予否定最新免稅辦法第2條規定及財 政部107年令於本件申請案之適用。
（二）況財政部107年令僅係在闡明促參法第36條第1項及免稅辦 法第2條有關「課稅所得」之原意，依司法院釋字287號解 釋及法務部101年8月29日法律字第00000000000號函釋、 本院93年度訴字第3805號判決意旨，以及納稅者權利保護 法（下稱納保法）第3條第3項規定，應自相關法規生效之 日即有適用，非可視為事後變更實體法規，而認僅得向後 適用。於解釋本件所適用之促參法第36條第1項及免稅辦 法第2條規定之「課稅所得」，即須參照財政部107年令， 扣除前10年內各期虧損。
二、促參法第36條第1項規定之「課稅所得」，不論循體系解釋 、歷史解釋、目的解釋等法律解釋方法，本應循營所稅體系 下對於「課稅所得」之定義及計算公式，而應扣除前10年內 各期虧損：
（一）本於體系解釋原則，就「促參法第36條第1項規定之課稅
所得」之解釋，應與「營所稅體系下之課稅所得」之概念 相同，自須減除前10年內各期虧損：
１、於我國營所稅體系，「全年所得（純益額）」（營所稅結 算申報書第53欄）及「課稅所得」（營利事業所得稅結算 申報書第59欄），均有其固有之定義及計算方式，亦即： 課稅所得＝全年所得（純益額）－前10年內各期虧損－其他 依法得減除項目；全年所得（純益額）＝本年度收入總額－ 各項成本費用、損失及稅捐本於體系解釋原則，於解釋促 參法第36條第1項規定之課稅所得，自應減除前10年內各 期虧損，方符合營所稅體系之一貫性。
２、我國營所稅結算申報書之格式，業已明白表達「全年所得 （純益額）」減除「前10年內各期虧損」以及其他依法得 減除項目後之餘額，為「課稅所得」，茲以原告110年度 營所稅結算申報書（參原證9）為例說明如下： （1）第6欄（營業毛利）＝第04欄（營業收入淨額）－第05 欄（營業成本）。
（2）第33欄（營業淨利）＝第06欄（營業毛利）－第08欄（ 營業費用及損失）。
（3）第53欄（全年所得額）（純益額）＝第33欄（營業淨 利）＋第34欄（非營業收入總額）－第45欄（非營業損 失及費用總額）。
（4）損益及課稅所得」大項下之第59欄（課稅所得額）＝ 第53欄（全年所得額/純益額）－第93欄－第99欄－第10 1欄－第57欄－第132欄－第58欄－第55欄（前十年虧損） －第125欄－第133欄－第134欄＋第126欄。 （5）由上可知，「全年所得額（純益額）」與「課稅所得 」為完全不同之概念，各有其計算公式。前10年虧損 為計算課稅所得之減除項目之一。
３、上述「全年所得（純益額）」、「前10年內各期虧損」與 「課稅所得」間之關係，亦可由所得稅法第64條第1項規 定予以驗證：「……清算所得－依法准予扣除之以往年度核 定虧損額－各項依法免計入所得之收益－各項依法免稅之所 得＝清算課稅所得」。
４、據上，我國營利事業所得稅體系對於「課稅所得」已有固 有、嚴格之定義及計算公式，依體系解釋原則，解釋促參 法第36條第1項規定之課稅所得，自應遵循營利事業所得 稅體系對於課稅所得向來固有之解釋。然被告就促參法第 36條第1項規定之「課稅所得」解釋為「純益額」，未將 「前10年內各期虧損」予以減除，明顯有所混淆，不符體 系解釋原則，自無可採。
（二）就歷史解釋原則而言，促參法第36條第1項規定之立法理 由已明白指出該條所定「有課稅所得之年度」是指「開始 課稅之年度」。針對尚未扣除前10年虧損之純益額，政府 無從「開始課稅」，僅於課稅所得為正數始得開始課稅。 從而，促參法第36條第1項規定之「有課稅所得之年度」 ，自係指「純益額扣除前10年虧損之餘額為正數之年度」 。
１、查89年修正施行之促參法第36條第1項規定之立法理由：「 三、重大公共建設多為民間極待興建且為配合國家經濟建 設之項目，又其施工期間多較長，營運初期營收可能難以 支應成本支出，需賴往後年度之盈餘以彌補初期之虧損， 爰於第一項規定得自開始課稅之年度起，至多以五年為限 ，免給營利事業所得稅。」。可知，促參法第36條第1項 規定之「有課稅所得之年度」，參照立法理由係指「開始 課稅之年度」。
２、而按，所得稅法第39條規定：「以往年度營業之虧損，不 得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿 據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色 申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管 稽徵機關核定之前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除 後，再行核課。」準此，凡符合會計帳冊簿據完備、經會 計師查核簽證之公司（如原告），政府係就「年度純益額 扣除前10年內各期虧損後之餘額後，始行課徵所得稅。另 觀營利事業所得稅結算申報書之格式即此概念之體現：第 60欄（本年度應納稅額）＝第59欄（課稅所得）X營所稅稅 率（20%）。換言之，以原告110年度營所稅申報書為例（ 參原證9），僅第59欄之課稅所得（153,575,237元）為營 所稅課徵標的，而第53欄之全年所得/純益額（418,332,1 24元）則非營所稅之課徵標的。
３、據上，自促參法第36條第1項規定之立法理由可知，該條所 定「有課稅所得之年度」係指「開始課稅之年度」。而依 所得稅法第39條規定以及量能課稅原則之要求，於公司帳 冊完備且經會計師查核簽證之情形，政府對於「尚未扣除 前10年虧損之純益額」不得開始課稅。從而，依歷史解釋 原則及體系解釋原則，解釋促參法第36條第1項規定之「 課稅所得」，自應以「扣除前10年內各期虧損後」仍有正 所得者始屬之。依「原證6-1」之原告重大公共建設課稅 所得計算表，本案重大公共建設於100年度之課稅所得為 「0」，並非國家得以開始課稅之年度，自不應認以100年 度為有課稅所得之年度。
（三）從目的解釋原則而言，促參法第36條第1項規定之立法理 由已明示該條之立法目的之一在於「使投資之民間機構實 際獲得免稅之優惠」。被告於尚未有課稅所得（無須繳納 營利事業所得稅）之年度即起算免稅之租稅優惠期間，被 告如此解釋將使原欲給予免稅之租稅優惠目的不達，明顯 矛盾，而無可採。
１、查促參法第36條第1項規定有其所欲達成之特定政策目的， 於立法理由即明揭其立法目的在於「使投資之民間機構實 際獲得免稅之優惠」。一般而言，參與重大公共建設之民 間機構（如台灣高鐵及原告等），因施工期較長且需投入 鉅額之興建成本，於前幾年度純益額為鉅額負數之情形， 實屬常見。即令於某年度開始有正數之純益額，該年度及 往後數年度之純益額於扣除前10年虧損後，課稅所得及應 納稅額均為0或負數，依法本即毋須繳納任何營利事業所 得稅（此亦可參促參法第36條第1項規定立法理由第三點 之說明）。以原告為例，原告於96年至104年度，除100年 度有些微之正數8,616,540元之純益額外，其餘年度均為 鉅額之負數純益額，原告固於100年度有正數之純益額， 然原告於100年至104年之課稅所得（營所稅核定通知第59 欄）均為0或負數（請參原證8-1），本即毋須繳納任何營 利事業所得稅（該等年度營利事業所得稅核定通知第60欄 （核定應納稅額）均為0）。
２、倘依被告所述於純益額為正數即啟動免稅獎勵，無待扣除 虧損，無須考慮該年度是否有課稅所得或應納稅額，如此 解釋勢將使立法目的落空，完全架空促參法第36條第1項 規定之適用，從事重大公共建設業者根本無從享有該免稅 優惠，顯不符原欲追求「使投資之民間機構實際獲得免稅 之優惠」之立法目的，益徵被告主張之謬誤。
（四）綜上，不論循體系解釋、歷史解釋、目的解釋等法律解釋 方法，促參法第36條第1項規定之課稅所得，解釋上均須 扣除前10年內各期虧損，至99年免稅辦法第2條規定是否 為完整表述，並不影響其仍須按促參法所定之基本定義予 以解釋及適用。如此，則本案有課稅所得之年度應為「11 0年」，原告並未逾申請免稅之期限。此無論由重大公共 建設專屬之角度觀之（參「原證6-1」之各年度「重大公 共建設（僅含委辦服務費）課稅所得」計算表），亦或由 民間機構整體之角度觀之（參「原證8-1」之各年度「民 間機構整體課稅所得」計算表），本案有課稅所得之年度 為110年。
三、被告將重大公共建設部門之「課稅所得計算公式」以「純益
額計算公式」取代，嚴重違背會計學基本原理：（一）原告於111年間提出之各年度分拆報表（下稱「舊版分拆 報表，乙證8），其中「高速公路電子收費系統業務（下 或稱「A部門」）」之收入除委辦服務費收入外，當時尚 包含其他類型之收入。為配合被告對於本案重大公共建設 部門之定義（亦即，被告主張本案免稅範圍僅限於委辦服 務費），原告現於訴訟階段另提出「新版分拆報表」（即 原證19），僅委辦服務費收入（以及可合理歸屬於該收入 之成本費用）劃歸「重大公共建設部門」（下或稱「A部 門」），其他類型之收入（及其餘之成本費用）則均劃歸 「非重大公共建設部門」（下或稱B部門）。惟無論是舊 版或新版分拆報表，重大公共建設部分均係自110年度首 次有正數之課稅所得，合先敘明。
（二）被告係依舊版分拆報表（乙證8）之100年度所得分拆表「 高速公路電子收費系統業務」此項目之第53欄「全年所得 額（純益額）」新臺幣（下同）18,158,187元，認定本件 重大公共建設部分於100年有正數（即18,158,187元）之 「課稅所得」（為便鈞院檢閱，謹將100年度所得分拆表 另檢附於原證15），被告顯將分拆報表中重大公共建設部 門之純益額扭曲為課稅所得，並再稱原告之重大公共建設 部門於100年度即有正數之課稅所得。然而，被告將重大 公共建設部門之純益額強稱為課稅所得，嚴重違反基本會 計學原理。
（三）分拆報表之編製原則如下：
１、各年度分拆報表（或稱拆分損益表）係仿照營所稅申報書 「損益及稅額計算表」之格式，將原告公司整體拆分成「 重大公共建設部門」（A部門）以及「非重大公共建設部 門」（B部門）。分拆報表中A部門（倒數第2欄）、B部門 （倒數第1欄）、原告整體（倒數第3欄）於各科目（如營 業收入總額、營業成本及營業費用等）之定義及計算公式 ，均與營所稅申報書一致。
２、分拆報表各科目皆遵循「A部門數額+B部門數額＝原告整體 」之定理。「原告整體」各科目數額（即分拆報表倒數第 3欄）均可與各年度營所稅核定通知之對應科目數額相互 勾稽。以103年度為例，103年度分拆報表「原告整體」第 59欄課稅所得之數額為負的316,390,721元（參原證19之 頁8），此與原告103年度營所稅核定通知（參原證21）第 59欄課稅所得額所示之數額相同。又分拆報表第59欄，「 重大公共建設（A部門）金額：負的261,057,395」與「非 重大公共建設（B部門）金額：負的55,333,326」之總和
，即為原告整體之金額（負的316,390,721）。（四）由上可知，分拆報表之整體邏輯係將公司整體損益表上之 各科目均拆分為A、B兩個部門，因此，若對於某特定科目 （如第53欄純益額或第59欄課稅所得），「A部門之公式 」竟與「B部門或公司整體之公式」不一致，將會造成A部 門與B部門之總和不等於公司整體，而無法與營所稅核定 通知相互勾稽。例如，被告將舊版100年度分拆報表第53 欄重大公共建設（A部門）之純益額（18,158,187）強稱 為課稅所得，則A部門是否仍有純益額，公司整體之純益 額是否仍為A、B之總和，是否仍得與原告100年度營所稅 核定通知之數額相勾稽？更加證明，被告將促參法第36條 第1項所定之課稅所得曲解為營所稅體系之純益額，不僅 有悖於各種法律解釋原則，更嚴重違反會計學基本原理， 實有明顯計算錯誤之違法。
四、99年免稅辦法第2條第1款規定課稅所得係指「依所得稅法規 定應被課徵營所稅之數額/標的」，即於營所稅申報書「第5 9欄之課稅所得」，計算上應扣除前10年虧損，以符量能課 稅原則之要求：
（一）按99年免稅辦法第2條第1款規定：「本辦法用詞，定義如 下：一、課稅所得：指民間機構參與各重大公共建設之營 業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建 設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失 後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅 之所得。」準此，99年免稅辦法第2條第1款有關「課稅所 得」之定義為「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之 所得」，即指「依所得稅法規定應被課徵營利事業所得稅 之數額/標的」。
（二）次按，財政部107年令所明揭：「二、民間機構依前開辦 法規定計算『依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所 得』，應以其所參與重大公共建設之當年度所得額，減除 所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年 內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度。減除 時，應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。」 。其已闡明了免稅辦法第2條第1款所定「依所得稅法規定 應課徵營所稅之所得」之意涵，該課稅所得應解釋為應扣 除前10年各期虧損。而於我國營所稅之體系，即指營所稅 申報書「第59欄之課稅所得」（而非營所稅申報書「第53 欄之尚未扣除前10年內各期虧損純益額」）。（三）此外，縱法條以「依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅 之所得」之概括簡明文字表彰第59欄課稅所得之概念，於
解釋適用免稅辦法第2條規定時，仍不應率以免稅辦法第2 條文字未明確提及所得稅法第39條（跨年度盈虧互抵）規 定即認「依所得稅法規定應課徵營所稅之所得」有刻意排 除所得稅法第39條規定適用之意思。
（四）另外，由憲法法庭111年度憲判字第5號判決可知，所得稅 法第39條跨年度盈虧互抵規定係「量能課稅原則」之體現 ，解釋上自必須扣除前年度各期虧損，始得確切表彰納稅 義務人經濟上給付稅捐能力，是就課稅所得之解釋上不論 係何法規，均應容許扣除前年度各期虧損，以呈現客觀淨 額所得作為被課徵營所稅之標的，財政部107年解釋令即 做此闡明。
（五）反而，被告對其所主張，於促參法第36條第1項規定之「 課稅所得」須改以「純益額」來認定，此一差別待遇之正 當理由究竟為何，被告並未提出任何法律基礎，僅一味表 示應排除所得稅法第39條規定之適用云云，並無可採。即 便被告稱促參法第36條第1項規定係「稅捐優惠」，未必 適用所得稅法第39條規定云云，亦有論理謬誤，亦即，即 便係「稅捐優惠」之情形，為何就此條文之「課稅所得」 須為他解，而無須與所得稅法體系為相同解釋？用意何在 ？被告仍應提出正當理由，然其始終未說明採取不同處理 之理由何在，其主張仍屬無據。
五、免稅辦法第2條第1款後段規定「依所得稅法規定應課徵營利 事業所得稅之所得」，不僅為99年所新增之法律明文，更為 財政部107年令明確闡釋其涵義，自不容被告於解釋及適用 時得任意忽略或無視，否則即屬違背法令：
（一）被告以免稅辦法第2條第1款規定於99年9月23日之修正理 由所載「參照所得稅法施行細則第三十一條規定，修正第 一款課稅所得定義」等語，主張免稅辦法第2條第1款所定 課稅所得之計算即「純益額」，無庸扣除前10年各期虧損 云云。惟查，被告所提修正理由實仍不足以說明免稅辦法 第2條第1款為法律所明文（新增）之「後段規定」（即「 依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得」之文字） 其涵義究竟為何。
（二）就此一漏未說明修正理由之部分，其乃透過財政部107年 令提供明確答案，清楚闡釋：「一、促進民間參與公共建 設法第36條規定，民間機構得自所參與重大公共建設開始 營運後有課稅所得之年度起，最長以5年為限，免納營利 事業所得稅。所稱課稅所得，依民間機構參與重大公共建 設適用免納營利事業所得稅辦法第2條第1款規定，指民間 機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業
費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬 該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅 法規定應課徵營利事業所得稅之所得。二、民間機構依前 開辦法規定計算『依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅 之所得』，應以其所參與重大公共建設之當年度所得額， 減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前1 0年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度。 減除時，應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限 。」即已清楚闡明課稅所得之計算仍應扣除前10年虧損。 觀諸文字內涵，此明顯係透過函釋針對法規所為修正理由 之補正說明，明確闡釋法規文義，並非變更法規，遑論其 根本無權透過函釋創設或變更法規，是被告此部分主張並 不可採。
（三）據上，免稅辦法第2條第1款後段規定「依所得稅法規定應 課徵營利事業所得稅之所得」，不僅為99年修訂時之法律 明文，更為財政部107年令明確闡釋其涵義，自不容被告 於解釋及適用時得任意忽略或無視。再者，回歸母法規定 ，促參法第36條第1項規定之立法理由已明示該條之立法 目的在於「使投資之民間機構實際獲得免稅之優惠」。倘 採被告對免稅辦法第2條第1款所定「課稅所得」之解釋（ 即指純益額，不允許扣除前10年虧損），則於納稅人仍處 於初期虧損、本無課稅所得，而無須繳納營利事業所得稅 之年度，僅因「純益額」為正數即應起算促參法第36條第 1項規定之5年免稅租稅優惠期間，將使立法者原欲給予納 稅人免稅之租稅優惠目的完全不達，此更加凸顯免稅辦法 第2條第1款後段規定不容任意忽略或無視，否則有礙立法 目的之實現，反而對母法造成不必要、且未經授權之限制 ，凌駕於母法之上，自不可採。
六、本案免稅範圍除委辦服務費外，尚應包含「遠通電收參與交 通公共運輸電子票證多卡互通業務延伸事業」（下稱ETC延 伸事業）：
（一）ETC延伸事業本質上應屬本重大公共建設之一環： １、原告係與主辦機關於96年8月22日簽定系爭營運契約。於99 年，鑑於國內交通電子票證有悠遊卡、臺智卡、高捷卡及 原告所發行之e通卡等，造成民眾搭乘不同交通工具需準 備多種不同卡片，故交通部推動「公路公共運輸多卡通電 子票證整合計畫」（參原證12）。於此背景下，原告於10 0年4月15日依主辦機關高公局核准（參原證13）辦理ETC 延伸事業，其事業內容主要為原告與交通公共運輸業者（ 如台鐵、公車業者、客運業者、台北捷運公司等）合作佈
建可讀取原告所發行之ETC卡的新式讀卡機，使ETC客戶於 搭乘公共運輸系統時，得使用ETC卡進行扣款付費，此由 原告經高公局所核准之ETC延伸事業計畫書（參原證14） 第2章「營運範圍」所述「待驗證完成後，本公司將分別 與公共運輸業者洽談商業條款與營運範圍，營運範圍預計 包括於公共運輸佈建之新式多卡通讀卡機使用高速公路電 子票證扣款交易等作業事宜，及因經營多卡互通業務的相 關應用、通路推廣與行銷推廣等活動。」之內容可證。 ２、再者，原告之所以辦理此ETC延伸事業，完全係配合交通部 之重大交通政策，且目的係為藉此增加用路人使用ETC之 意願，進而提升高速公路ETC利用率，此由原告於經高公 局所核准之ETC延伸事業計畫書（參原證14）前言所述「 本公司為配合交通部電子票證多卡互通之政策，增進高速 公路電子收費卡之多用途支付功能，大幅增加用路人便利 性，進而提昇用路人使用ETC之意願並提高ETC利用率，將 參與臺鐵局電子票證多卡互通業務」之內容可見一斑。因 此，原告所辦理之ETC延伸事業不僅具有強烈之政策性與 公益性目的，更與重大公共建設之推動（提升ETC利用率 ）息息相關，從而ETC延伸事業實屬本重大公共建設案之 一環。
（二）被告誤解系爭免稅範圍證明書之內容，不當限縮免稅範圍 ：
１、查，系爭交通部核發之免稅範圍證明書（參原證7）之最後 一欄重大公共建設免稅獎勵範圍載明：「一、高公局依高 速公路電子收費系統建置及營運契約第7.4條電子收費委 辦服務費結算及撥付原則規範，支付遠通公司委辦服務費 。遠通則自行負責籌措因履行本契約所發生之規劃、設計 、建置、更新、增置、汰換、營運及行銷推廣等成本費用 。」及「二、上述遠通電收參與ETC系統之建置與營運， 符合民間機構參與重大公共建設免納營利事業所得稅之範 圍，民間機構參與重大公共建設適用免稅之所得範圍，交 通建設類第十一項『智慧型運輸系統，免稅所得項目第十 一項智慧型運輸系統：系統營運所得』」。
２、依前揭免稅證明書所載，首段僅係重申本BOT案之本質由原 告投資新建及營運，主辦機關高公局於契約期間僅須依據 雙方約定之結算及撥付原則給付委辦服務費，不再支付其 他費用。原告則自負因履行契約所發生之成本及費用。第 二段隨即表明適用免稅之所得範圍為「（十一）智慧型運 輸系統：系統營運所得」。由此可見被告及訴願決定稱免 稅範圍僅限於契約第7.4條規定高公局支付予原告之委辦
服務費云云（參原證3頁22-23），不僅係出於對免稅範圍 證明書內容之錯誤解讀，其將免稅範圍由「系統營運所得 」變更為「ETC本業委辦服務所得」，更係不當限縮本案 之免稅獎勵範圍，實不足採。
３、其次，系爭營運契約第1.2.13條（參原證4）已明定，延伸 事業係指原告「利用本計畫案所設置之電子收費系統或其 相關設備，辦理電子收費以外之加值服務事業」。延伸事 業既係使用電子收費系統，則由此所獲得之收入，自屬於 前揭免稅範圍證明書所載之「系統營運所得」。故原告經 營ETC本業及ETC延伸事業之系統營運所得均屬免稅所得之 範疇。
七、綜上所陳，本件原處分及訴願決定，顯有違法情事，被告以 原處分駁回原告之申請實違法、無據，損害原告權益至鉅， 訴願決定遞予維持，亦有違誤，原處分及訴願決定均應予撤 銷，並准許原告之本件申請等語。
八、並聲明：
（一）訴願決定、原處分均撤銷。
（二）被告應依原告111年7月14日之申請，作成核定原告自110 年起5年內免納營利事業所得稅之處分。
（三）訴訟費用由被告負擔。
參、被告則以：
一、原處分查明過程：
（一）依交通部核發之免稅獎勵範圍證明書，本案重大公共建設 於96年8月22日已同時符合「實質投資達重大公共建設門 檻」並「開始營運」，且原告參與本案得適用之免稅獎勵 範圍，係以高公局依系爭營運契約第7.4條規定支付原告 之委辦服務費為限。原告參與本案重大公共建設期間，應 依上開行為時免稅辦法規定自開始營運之日起，逐年拆分 計算其辦理重大公共建設、附屬事業及非屬重大公共建設 業務之個別課稅所得，據以判斷重大公共建設有課稅所得 之起始年度，並於重大公共建設有課稅所得之年度營所稅 結算申報日之次日起6個月內，檢具重大公共建設之課稅 所得計算表等應檢送文件向被告申請適用租稅優惠。原告 於111年7月14日向被告申請自110年度起適用促參法第36 條規定免納營所稅優惠時，未檢附自96年度起之各年度重 大公共建設課稅所得計算表，經被告通知始於111年7月29 日提供96年度至110年度重大公共建設及非重大公共建設 之課稅所得拆分報表（詳乙證8）。
（二）被告依原告提供之上開各年度重大公共建設課稅所得拆分 報表、96年度至109年度營所稅結算申報核定通知書（乙
證1）、系爭營運契約及原告提供之主辦機關高公局核備 公文（乙證2）等資料，按行為時免稅辦法第2條第1款規 定，審認原告100年度屬重大公共建設部分課稅所得額為1 8,158,187元（非屬重大公共建設部分為虧損9,341,647元 ，當年度營所稅申報全年所得額8,816,540元），應自100 年度即啟動5年免納營所稅之租稅優惠。又依原告提供之 上開歷年課稅所得拆分報表，審視其歷年拆分重大公共建 設及非重大公共建設之所得情形尚屬一致，應屬合理且足 資認定其正確性。
二、本案無財政部107年令之適用：
（一）依行為時免稅辦法第2條第1款規定課稅所得之定義，指民 間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營 業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸 屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得 稅法規定應課徵營所稅之所得。前開規定係參照所得稅法 施行細則第31條有關營利事業所得之計算規定，闡明適用 免稅辦法之重大公共建設「課稅所得」計算方式及其專屬 性，俾使民間機構更易理解及正確適用。
（二）被告依上開規定審認原告111年7月29日提供之拆分報表， 查其重大公共建設部分自100年度起有課稅所得額，並於 同年構成免稅優惠啟動3要件，應自100年度所得稅結算申 報日之次日起6個月內提出申請（101年6月1日至同年11月 30日），惟原告遲至111年7月14日始向被告提出免稅申請 ，已逾免稅辦法第5條第1項規定之申請期限，顯未盡協力 及注意義務。另查原告100年度營所稅結算申報案列報全 年所得額為8,816,540元，未於當年度租稅減免明細表第8 頁（乙證3）或會計師查核簽證報告書揭露適用促參法第3 6條優惠之課稅所得及拆分資料，稅捐稽徵機關爰按其申 報數核定所得額，依稅稽法第34條第3項規定，原告既未 依法提起行政救濟，其100年度營所稅申報案件所得額組 成科目（含重大公共建設課稅所得）即均告確定。（三）按稅稽法第1條之1第1項規定，財政部依本法或稅法所發 布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於 納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。查107 年令係放寬民間機構參與重大公共建設所得額之計算，以 減除所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前1 0年內各期虧損後之餘額為正數，為有課稅所得之年度， 且減除時仍應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為 限。該令係變更行為時之免稅辦法第2條第1款課稅所得之 實體規定，非闡明該款規定，並於109年5月18日修正免稅
辦法時，將財政部107年令納入同辦法第2條第1款規定課 稅所得定義，以資明確。系爭投資計畫案經被告審認原告 自100年度起有課稅所得，其免納營所稅之獎勵期間至104 年12月31日止，斯時尚無財政部107年令，自無從適用。（四）綜上，財政部107年令發布時，原告100年度營所稅申報案 業經核課確定在案，且未依行為時免稅辦法之申請程序提 出促參法第36條免稅之申請，依稅稽法第1條之1第1項但 書規定，本案無財政部107年令之適用。
三、99年9月23日修正免稅辦法第2條第1款係定明民間機構應依 所得稅法拆分計算重大公共建設之所得，尚無納入同法第39 條第1項但書前10年虧損扣抵規定：
（一）依據90年6月28日訂定發布免稅辦法第2條「課稅所得」之 定義，係參照類同租稅優惠之獎勵民間參與交通建設條例 第28條子法規「民間機構參與交通建設免納營利事業所得 稅辦法」第2條規範（乙證1），定明「課稅所得」指自全 年所得額中減除依法可享受減稅或免稅之所得額後之應課 稅所得額。為期明確，並使民間機構更易理解重大公共建 設課稅所得計算方式，99年9月23日修正免稅辦法第2條之 「課稅所得」定義（乙證2），民間機構參與各重大公共 建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重
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