產業創新條例
臺北高等行政法院(行政),訴字,106年度,1208號
TPBA,106,訴,1208,20180704,1

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臺北高等行政法院判決
106年度訴字第1208號
107年6月20日辯論終結
原 告 日月光半導體製造股份有限公司


代 表 人 張虔生(董事長)
訴訟代理人 李念祖 律師
 劉昌坪 律師
被 告 經濟部工業局

代 表 人 呂正華(局長)
訴訟代理人 盧碧黛
 劉穎俊
 吳強生
上列當事人間產業創新條例事件,原告不服經濟部中華民國106
年7月7日經訴字第10606306340號訴願決定,提起行政訴訟,本
院判決如下:
 主 文
訴願決定及原處分均撤銷。
被告應依本判決之法律見解另為適法之處分。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔。
  事實及理由
一、事實概要:
原告於民國105年5月30日,向被告申請認定其104年從事研
究發展活動,符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法(下
稱研發投抵辦法,107年4月23日更名為「公司或有限合夥事
業研究發展支出適用投資抵減辦法」)所定投資抵減資格(
下稱系爭申請案)。經被告審認原告於102年因違反環境保
護相關法律且情節重大,不符合104年12月11日修正發布之
研發投抵辦法(下稱104年研發投抵辦法)第2條之1第2款所
定申請資格條件,以105年12月29日工電字第10501140691號
函(下稱原處分)復原告無法受理系爭申請案。原告不服,
提起訴願復經決定駁回,遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張:
(一)原處分及訴願決定將原告102年10月1日發生之K7廠事件(
下稱原告K7廠事件)納入104年研發投抵辦法第2條之1第2
款「違反環境保護相關法律且情節重大」之消極資格要件
範圍內,違反法律禁止溯及既往原則、絕對法律保留原則
、信賴保護原則、行政自我拘束原則、禁反言原則、誠信
原則及比例原則:
⒈被告據以認定原告符合104年研發投抵辦法第2條之1第2款
之消極資格,乃是原告K7廠事件;然104年研發投抵辦法
第2條之1第2款之消極資格,係延續自103年12月19日修正
發布之研發投抵辦法(下稱103年研發投抵辦法)第2條之
1第2款規定,而該款當時係因應103年6月18日修正之產業
創新條例(下稱產創條例)第10條規定,始一併修正,並
回溯自103年產創條例第10條之修正生效日103年6月20日
生效〔註:產創條例第10條嗣於104年12月30日復修正(
下稱104年產創條例),惟其「最近3年內無違反環境保護
、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事」之要件
仍與103年產創條例第10條第1項相同,並未變更;原告雖
援引103年產創條例,惟原告於105年5月30日提出申請,
   自應適用104年產創條例〕。從時序上而言,102年發生之
   原告K7廠事件顯然早於103年產創條例及103年研發投抵辦
法之修正日,是原告K7廠事件自應是「已發生事件」,依
法律不溯及既往原則之意旨,自不應納入此件發生於新法
規發生效力前之「已發生事件」。況且,法律例外溯及適
   用於「已終結之事實」,係屬絕對法律保留事項;而103
   年產創條例第10條第1項之規定僅規範申請投資抵減稅額
   之消極資格,該法並未明文規定103年產創條例第10條第1
   項所定之資格條件得溯及適用於該項規定生效前已終結之
   事實,而原處分適用之104年研發投抵辦法第2條之1第2款
   ,其文字規範既係延續配合103年產創條例第10條第1項修
   正而一併修正之103年研發投抵辦法第2條之1第2款而來,
   自亦不得逸脫母法解釋上之拘束而不得溯及既往。原告K7
   廠事件之客觀違規事實,與官方裁罰均係發生於法規修正
   之前,顯然係「已終結之事實」,倘將該已終結之事件納
   入修正後104年研發投抵辦法第2條之1第2款構成要件範圍
   內,該修正後之規定勢必將回溯性地評價此等已終結之事
   實,不但使原告須承擔無法預見之法律效果與責任,其亦
   無從就其行為做出任何防免或修正,被告罔顧絕對法律保
   留之分際,恣意決定溯及既往適用104年研發投抵辦法第2
   條之1第2款之後果,違反法律禁止溯及既往原則與絕對法
   律保留原則。
⒉103年6月18日公布修正103年產創條例第10條第1項後,工
商時報隨即於隔日報導:「財政部表示基於法律不溯及既
往原則,違章行為發生日在今年6月20日以後者,才須適
用新法。」該篇報導亦經被告智慧電子產業辦公室直接全
文引用,並刊登於其官方網站。又被告曾接受資誠會計師
事務所詢問時表示:「101或102年發生重大違章者,仍可
『申請』研發投抵(不追溯),103年6月20日(含)以後
發生重大違章者,須3年後才可以『申請』研發投抵」等
語,資誠會計師事務所隨後於103年6月出版之「臺灣租稅
及投資法令要聞」中,發布上開訊息予各方週知。是以上
開行政機關對法令修正之說明,已構成人民對於新修正法
規之信賴基礎。原告基於上開解釋意旨,著手於104年度
間展開進行研發活動之投資,並預定於次年受理申請之期
間,就原告104年度公司研發活動向被告提出認定之申請
,均是基於前述信賴基礎所為之具體表現行為。原告基於
上述信賴基礎而計畫、展開104年度研發活動,其全年度
研發計畫支出總金額達新台幣(下同)1,307,701,375元
,依照研發投抵辦法第9條之規定,其累計得抵減之金額
最高可達新台幣196,155,206元(1,307,701,375×15% =
196,155,206),可知原告基於前述信賴基礎而從事研發
活動,期待其自身營利事業所得稅可能得以獲得抵減之信
賴利益,應享有信賴保護原則之保障。被告於受理原告之
申請案後,違背先前對外公開表示之解釋,將原告發生在
103年6月20日前之違規情事納入修正後產創條例或研發投
抵辦法之適用範圍,顯將招致造成人民信賴舊法所生之信
賴利益遭受侵害之違法結果。
  ⒊法務部103年10月14日法律字第10303511820號函釋(下稱
103年10月14日函釋)認為,修正後之產創條例第10條第1
項之構成要件,於申請人提出申請之後才完全實現所有構
成要件事實,將「提出申請」亦列為構成要件。惟不論是
修正前或修正後之產創條例第10條第1項,其文字規範結
構均不包括申請人「提出申請」之行為。而原處分適用之
104年研發投抵辦法第2條之1亦無將「提出申請」列為申
請研究發展投資抵減之資格條件。蓋「提出申請」之行為
乃係一「行使行為」,不應被解讀為「構成要件」,法務
部上開函釋論理顯有違誤。
⒋又財政部及被告上開對法令之公開解釋後,直至原告本件
申請案前,均未曾對外公開變更上開見解,故原處分採取
相反之見解,已悖於行政自我拘束原則、行政程序法第8
條之誠信原則及禁反言原則。被告上開回溯評價已完全終
   結事實之手段,本質上實係透過拒絕給予租稅減免措施,
   針對性地、道德批判式地懲罰特定企業,完全悖離103年
產創條例第10條第1項之修法目的,亦無助於103年產創條
例第10條第1項及104年研發投抵辦法第2條之1「鼓勵臺灣
企業踐行企業社會責任」目的之達成,手段顯非適當,有
違比例原則。
(二)被告依研發投抵辦法認定原告因違反環境法令事由而不符
合申請資格,其行政行為與立法目的欠缺實質關聯,違反
不當聯結禁止原則:
按產創條例及研發投抵辦法立法目的均在鼓勵公司投入研
究發展,以達到產業創新之目的,有其獨立之立法目的,
實無再以環境保護、勞工及食品安全衛生等相關法規負面
表列排除適用,以達成產創條例立法目的之必要,故103
年及104年研發投抵辦法第2條之1第2款規定之申請資格限
制,顯無助於達成產創條例之立法目的。蓋違反環境保護
、勞工、食品安全衛生等相關法令係刑事法或行政法上義
務之違反,屬是否以刑事罰或行政秩序罰予以懲處之問題
,實與公司研究發展之能力無涉。換言之,公司之產業是
否創新、技術是否具有競爭力,與公司之營運有無違規情
事係為二事,此兩者間顯然欠缺合理關聯。蓋原告是否符
合申請資格,應從其研發能力與投資行為是否具有產業創
新的特性為斷,而非考慮原告營運行為有無違反環境法令
等與行政目的不相干之因素。原處分認定原告因違反環境
法令事由而不符合投資抵減申請資格,其行政行為與立法
目的之間欠缺實質關聯,違反不當聯結禁止原則。
(三)課予義務訴訟之事實及法律之判斷基準時點,應以言詞辯
論終結時之事實及法律狀態為準,而在本案言詞辯論終結
前,原告K7廠事件之罰鍰處分業已經最高行政法院判決於
106年6月8日撤銷確定在案。故退步言之,縱使原告K7廠
事件應納入104年投抵辦法第2條之1之適用範圍內,依被
告所訂定之「研發投資抵減及補助案件申請公司或企業之
資格有違法且情節重大認定要點」(下稱情節重大認定要
點)第3點之規定,原告並無「最近3年內違反環境保護相
關法律且情節重大」之情事,應符合研發投抵辦法之申請
資格,被告遲未依原處分說明3及認定要點第6點之規定,
重新認定原告符合104年度投資抵減之申請資格,違反行
政自我拘束原則、誠信原則及禁反言原則,有原告103年
度投資抵減之他案即本院105年度訴字第1845號判決可參
。此外,原處分之說明3並未限縮高雄市政府環境保護局
(下稱高雄市環保局)之處分須全部均被撤銷,而事實上
被告為說明3之記載時,也知悉原告對K7廠事件僅是就「
罰鍰處分」進行行政救濟,故說明3所指之行政救濟顯不
包括「停工處分」部分。
(四)縱將原告K7廠事件納入104年研發投抵辦法第2條之1第2款
「最近3年內違反環境保護相關法律之事件」之消極要件
範圍內,原告K7廠事件亦非「違反環境保護相關法律且情
節重大」之情事:
⒈就高雄市環保局以「底泥重金屬銅、鎳含量超標」為由,
認定原告K7廠事件有水污染防治法第73條第6款所定之「
大量排放污染物,經主管機關認定嚴重影響附近水體品質
」之情節重大情事乙節:原告K7廠位於楠梓加工出口區內
,若欲論斷原告K7廠事件是否有「嚴重影響附近水體品質
」,自應以加工出口區附近水體之品質判斷。對此,有臺
   灣高等法院高雄分院103年度矚上訴字第3號刑事判決(下
稱高院刑事判決)認定原告K7廠事件並不存有「嚴重影響
水體品質」之情形。又高雄市環保局係以後勁溪德民橋下
「底泥」之檢測結果有重金屬銅、鎳含量皆超標為由,認
定原告符合此款所述。就此高雄高等行政法院103年度訴
字第355號行政判決(下稱高雄高等行政法院判決)已認
無從推論底泥超標係肇因於原告K7廠所致,而高院刑事判
決亦採相同結論。原告員工雖因原告K7廠事件遭臺灣高雄
地方法院檢察署(107年5月25日更名為臺灣高雄地方檢察
署)檢察官以違反刑法第190條之1之流放毒物罪為由起訴
,然經臺灣高雄地方法院及臺灣高等法院高雄分院調查後
,均判認其等被訴流放毒物罪部分無罪,理由即在於「無
法證明當日事件在客觀上已有發生具體公共危險之事實存
在」。由上說明可知,原告K7廠事件確無「大量排放污染
物,嚴重影響附近水體品質」而構成水污染防治法第73條
第6款之情事。
  ⒉就高雄市環保局以「引水灌溉之蔬菜經檢驗後發現含有重
金屬鎳此項有害健康物質」為由,認定原告K7廠有水污染
防治法第73條第7款所謂之「排放之廢(污)水中含有有
害健康物質,經主管機關認定有危害公眾健康之虞」之情
節重大情事乙節:高雄高等行政法院判決明確表示法令並
非完全禁止放流水中含有鎳等重金屬,復據高院刑事判決
可知後勁溪僅供農業灌溉使用,且無證據可資證明原告K7
   廠事件已達到危害環境生態之程度。而行政院農業委員會
   (下稱農委會)農糧署對於食用作物亦有重金屬含量之容
   許量限制,其於原告K7廠事件發生後,亦曾就後勁溪灌溉
   區之食用作物進行重金屬檢驗,檢測結果皆顯示合格而無
   安全疑慮。
⒊就高雄市環保局以「有廢水未經處理,藉由稀釋廢水方式
排放之情形存在」為由,認定原告K7廠事件有水污染防治
法第73條第8款所謂之「其他經主管機關認定嚴重影響附
近地區水體品質之行為」之情節重大情事乙節:高雄高等
行政法院判決已認定原告並無加水稀釋排放之違規行為,
高院刑事判決亦已查明原告K7廠事件為人員應變不及所導
致之意外事件,並非故意不為處理而惡意排放之違規事件
,況且檢測結果亦顯示後勁溪水質正常。是以,原告K7廠
事件為應變不及所導致之偶發意外事件,於原告人員緊急
搶救後已獲得改善與控制,絕非係原告將未經處理廢水惡
意排放之違規行為,且客觀上原告K7廠事件並未造成環境
重大之影響,而有危害公眾健康或嚴重影響附近水體品質
之情事,並無水污染防治法第73條第6、7、8款「情節重
大」之情形。
⒋原告K7廠事件遭裁處1億200萬餘元之高額罰鍰,係因高雄
市環保局納入與原告K7廠事件無關,且不存在之事實作為
裁罰基礎所致,而此罰鍰處分業經最高行政法院判決撤銷
確定在案。被告以原告K7廠事件受有高額罰鍰為由,認屬
「違反環境保護相關法律且情節重大」之情事,自非有理
。又按「違章行為」與「情節重大之違章行為」本非相同
,應予區分,並非所有「違章事件」皆可遽認屬「情節重
大之違章行為」,此由水污染防治法第73條、廢棄物清理
法第60條或其他環保法規如空氣污染防制法第82條等,均
設有該個別法規關於認定「情節重大之違章行為」之標準
即可得知,是以,水污染防治法第7條第1項固規範事業排
放污水於地面水體者,應符合放流水標準,惟事業違反放
流水標準之排放行為是否屬水污染防治法之「情節重大之
違章行為」,仍應視該行為是否符合該法第73條各款規定
而定,並非所有違反放流水標準之違章事件皆屬情節重大
。否則事業一有「違規行為」即被認屬「情節重大之違規
行為」而不具投資抵減之申請資格,顯違立法之原意。準
此,原告K7廠事件並無構成水污染防治法第73條第6、7、
8款「情節重大」之情形,已如前述,自非水污染防治法
之「情節重大之違章行為」,殊屬無疑。其次,訴願決定
另以原告員工被訴違反廢棄物清理法為由,謂原告K7廠事
件屬違反環境保護相關法律且情節重大之違章行為,卻未
說明其認定是違反何環境保護法規(廢棄物清理法或水污
染防治法),更未舉證說明原告K7廠事件為何屬該特定環
境保護法規之「情節重大之違章行為」,僅泛指K7廠事件
是「違反環境保護相關法律且情節重大之違章行為」,顯
然訴願決定所持理由亦欠明確,是本件訴願決定所論,洵
屬無據,殊無可採。
(五)被告作成原處分此項不利原告之決定前,並未依照正當法
律程序原則及行政程序法第102條規定給予原告任何陳述
意見之機會,致使原告於未被給予充分通知,且在未賦予
受影響之人民被聽取意見機會的情形下,即遭剝奪法律上
之權利。是原處分之作成,顯已違反行政程序法第102條
正當法律程序之明文規定,應予撤銷。又參酌103年產創
條例第10條之修法歷程,該條規定顯然係針對原告特定案
件所為之個案立法,違反個案立法禁止原則,104年研發
投抵辦法第2條之1條規定自亦因母法違反個案性立法禁止
原則而構成無效之行政命令等語。並聲明:⒈訴願決定及
原處分均撤銷。⒉被告對於原告105年5月30日申請之104
年度公司研究發展活動認定案,應作成原告符合104年12
月11日修正之研發投抵辦法第2條之1之申請資格條件之處
分。
三、被告則以:
(一)原告依104年研發投抵辦法第12條,申請認定原告104年度
研發活動符合第2條、第2條之1及第3條規定,並於105年5
月30日檢送申請書及相關資料辦理。被告依研發投抵辦法
第2條之1規定,於105年7月13日函請行政院環境保護署(
下稱環保署)等中央主管機關調查原告最近3年是否有違
反相關法令且裁定為情節重大之情事,經環保署於105年8
月10日函檢送「最近3年違反環境保護、勞工或食品安全
衛生相關案件且情節重大說明表」,於該表中所列原告之
違章事實說明:「高雄市政府環保局派員於102年10月1日
巡查後勁溪流域時發現,於德民橋下方排水道正排放異常
水質之廢水,經檢測PH值為3.02,隨即追查廢水來源確定
為該公司K7廠所排放,於該廠放流槽採樣,經檢測結果PH
值2.63、懸浮固體(SS)96mg/L、化學需氧量(COD)135mg/L
、及鎳4.38mg/L,不符放流水標準6~9、30mg/L、100mg/
L及1.0mg/L之規定。」違反法條為:「水污染防治法第7
條第1項」,即已認定原告最近3年有違反環境保護相關案
件且情節重大。又原告上開102年10月1日違規案件,業經
高雄市環保局於102年12月20日以其違反水污染防治法第7
條第1項,並符合同法第73條第6款、第7款、第8款規定,
而依同法第40條規定裁處罰鍰並命其停工,亦已認定其有
違反環境保護相關案件,並符合水污染防治法第73條第6
款、第7款、第8款規定所列之「情節重大」情形,亦經最
高行政法院106年度判字第289號判決肯認。而高雄市環保
局於加重裁處罰鍰部分雖遭高雄高等行政法院判決撤銷,
然該判決略以:「……本件原告違反水污染防制法第7條
第1項規定之違章行為明確,被告得依同法第40條規定予
以裁罰,足認被告之裁罰權存在,僅因不法利得之計算基
礎有誤,且有裁量不足之瑕疵,應由被告重為罰鍰額度之
裁量決定……」是該罰鍰處分經撤銷後,並不代表原告未
受罰鍰處分,而係高雄市環保局尚未依判決重為裁罰,且
該判決並未撤銷原處分對原告K7廠晶圓製造程序製程停工
部分,故原告於本案仍屬違反行為時水污染防治法規定情
節重大無誤。準此,被告認定原告不符合研發投抵辦法第
2條之1第2款申請資格條件,並無違誤。
(二)被告審查本件申請案,適用104年研發投抵辦法並無違反
不溯及既往原則及信賴保護原則:按法務部103年10月14
函之見解,被告依研發投抵辦法第2條之1第2款規定,審
查原告105年5月30日之申請案,並無牴觸不溯及既往原則
。又信賴保護原則之適用需有信賴基礎、信賴表現及值得
保護的信賴利益,而原告投資從事研究發展活動係基於本
身業務上之需求,其所為之投資活動自非當然已取得政府
將給予抵減之法律地位,且信賴表現應為原告從事之投資
活動未違反相關法律規定,始足當之,亦即任何人均不可
能存有信賴政府將無條件的對其投資行為給予補助之信賴
基礎。本件原告最近3年內有違反國內環境保護相關法律
且情節重大之行為,若仍給予投資抵減稅額之優惠,顯與
獎勵投資或租稅公平等政策目的或公共利益相違,難謂其
有值得保護的信賴利益。因此,本件亦無信賴保護原則之
適用。
(三)被告認定原告因違反環境法令事由而不符合投資抵減申請
資格,並無違反不當聯結禁止原則:按產創條例第1條揭
示其立法目的係「為促進產業創新,改善產業環境,提升
產業競爭力」,同條例第7章並有營造產業永續發展環境
及促進企業善盡社會責任等相關規定,而產創條例第10條
研發投資抵減規定係屬租稅獎勵措施,性質上為授予利益
,該條規範申請公司資格為「最近3年內未違反環境保護
等相關法律且情節重大」,符合產創條例兼顧促進產業創
新及企業善盡社會責任等之立法目的,並無違反不當聯結
禁止原則,103年研發投抵辦法第2條之1作配合之修正規
定,亦無不合。
(四)本件為人民申請案件,無行政程序法第102條規定之適用
:按行政程序法第102條之適用係以行政機關作成「限制
或剝奪人民自由或權利」之行政處分為其前提要件;而本
件係原告申請認定其103年研發活動符合投資抵減資格,
性質係屬請求行政機關作成授益行政處分,被告以其不符
規定所為「無法受理」之處分,並非限制或剝奪其既有之
權利,自無行政程序法第102條規定之適用。又被告訂定
之認定要點,性質應屬行政程序法第159條第2項第2款之
裁量性行政規則,惟該認定要點無辦理下達並發布之,似
無符合同法第161條之規定,是否具實質之自我拘束之效
力,仍須由法院認定等語置辯。並聲明:駁回原告之訴。
四、本件如事實概要欄所載之事實,有原告105年5月30日申請書
(見原處分卷第1、2頁)、原處分(見本院卷第43、44頁)
、訴願決定(見同上第45~56頁)影本附卷可稽,洵堪認定
。是本件爭點在於:被告以原告於102年因違反環境保護相
關法律且情節重大,不符合104年研發投抵辦法第2條之1第2
款之申請資格條件,作成無法受理之處分,是否合法?
五、本院之判斷:
(一)被告對系爭申請案,適用原告提出申請時業已施行之104
年產創條例第10條及104年研發投抵辦法第2條之1,作為
審查依據,並無不合:
⒈按「(第1項)為促進產業創新,最近3年內無違反環境保
   護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司
   投資於研究發展之支出,得選擇以下列方式之一抵減應納
   營利事業所得稅額,一經擇定不得變更,並以不超過該公
   司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限:一、於支
   出金額百分之15限度內,抵減當年度應納營利事業所得稅
   額。二、於支出金額百分之10限度內,自當年度起3年內
   抵減各年度應納營利事業所得稅額。(第2項)前項投資
   抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行
   期限、抵減率及其他相關事項之辦法,由中央主管機關會
   同財政部定之。」104年產創條例第10條定有明文。經濟
   部會同財政部依產創條例第10條第2項規定訂定之研發投
   抵辦法(現更名為公司或有限合夥事業研究發展支出適用
   投資抵減辦法),於104年12月11日修正發布之第2條之1
   規定:「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司
   ,應符合下列資格條件:一、依公司法設立之公司。二、
   最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法
   律且情節重大。」第17條第2項規定:「本辦法修正條文
   ,……104年12月11日修正之條文,自104年1月1日施行…
   …。」原告係於105年5月30日,向被告提出系爭申請案,
   斯時104年產創條例第10條及104年修正研發投抵辦法第2
   條之1均已公布施行,被告依據該等法令規定,審查系爭
   申請案,自無不合。
 ⒉原告雖主張:104年研發投抵辦法第2條之1第2款係延續10
3年研發投抵辦法同款規定,而該款規定修正前,研發投
抵辦法對於公司之研發活動,並無任何負面表列之申請資
格限制,所定投資抵減之相關要件,其依104年修正前研
發投抵辦法規定,著手於104年度進行研發活動之投資,
並於次年向被告提出認定符合抵減資格之申請,而有基於
信賴基礎之具體表現,被告竟適用104年產創條例第10條
第1項及104年研發投抵辦法第2條之1規定,以原告K7廠於
102年違反水污染防治法第7條第1項規定,違反環境保護
相關法令情節重大為由,對系爭申請案不予受理,由於原
告K7廠事件係「已發生件」,自違背法律禁止溯及既往原
則、信賴保護原則云云。惟查:
  (1)按法律不溯及既往原則,乃基於法安定性及信賴保護原
    則所生,用以拘束法律適用及立法行為之法治國家基本
    原則,其意義乃指新訂生效之法規,對於法規生效前已
    發生事件,原則上不得適用。所謂事件,係指符合特定
    法規構成要件之全部法律事實;所謂發生,係指該全部
  法律事實在現實生活中完全具體實現而言。又新法規範
  之法律關係如跨越新、舊法施行時期,當特定法條之所
  有構成要件事實於新法生效施行後始完全實現時,則無
  待法律另為明文規定,本即應適用法條構成要件與生活
  事實合致時有效之新法,根據新法定其法律效果。是除
  非立法者另設法律有溯及適用之特別規定,使新法自公
  布生效日起向公布生效前擴張其效力,或設限制新法於
  生效後適用範圍之特別規定,使新法自公布生效日起向
  公布生效後限制其效力,否則適用法律之司法機關,有
  遵守立法者所定法律之時間效力範圍之義務,尚不得逕
  行將法律溯及適用或以分段適用或自訂過渡條款等方式
  ,限制現行有效法律之適用範圍(司法院釋字第577號
  及釋字第620號解釋理由書參照)。
(2)次按產創條例第10條第1項原規定:「為促進產業創新
    ,公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內,
    抵減當年度應納營利事業所得稅額,並以不超過該公司
    當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。」嗣於10
3年6月18日修正為:「為促進產業創新,最近3年內未
違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重
大之公司得在投資於研究發展支出金額百分之15限度內
,抵減當年度應納營利事業所得稅額,並以不超過該公
司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。」(見
本院卷第58頁);依據其修正之立法理由:「一、原條
文並未對申請投資抵減稅額之公司設限,致使少數多次
違反法律規定之不肖公司,仍得申請投資抵減稅額,實
有改正之必要。二、為提高企業社會責任之意識,針對
最近3年內違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法
律且情節重大之公司,將不得申請適用研究發展投資抵
減。爰修正原條文第一項。」足見此次修法係因部分企
業未善盡社會責任,為其一己私利,破壞地方環境、損
害勞工權益或危及人體健康,如仍使其得申請投資抵減
稅額,形同政府變相鼓勵不肖業者,故為維護環境清潔
、勞工權益、食品安全衛生之重大公益目的,明定最近
3年內違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且
情節重大之公司,不得以研究發展投資申請抵減稅額。
該條嗣於104年12月30日復修正:「為促進產業創新,
最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關
法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業投資於研究
發展之支出,得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業
所得稅額,一經擇定不得變更,並以不超過其當年度應
納營利事業所得稅額百分之30為限:一、於支出金額百
分之15限度內,抵減當年度應納營利事業所得稅額。二
、於支出金額百分之10限度內,自當年度起3年內抵減
各年度應納營利事業所得稅額。」其有關「最近3年內
無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節
重大情事」之要件仍與103年產創條例第10條第1項相同
,並未變更。另研發投抵辦法係於103年5月6日修正時
增訂第2條之1,其中第2款原規定:「依本辦法規定申
請適用研究發展投資抵減之公司,應符合下列資格條件
:……二、當年度無就同一事由連續違反環境保護、勞
工、食品安全衛生等相關法令,且經主管機關裁定情節
重大之情事。」嗣因配合103年產創條例第10條第1項修
正,於103年12月19日修正為:「二、最近3年內未違反
環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。
」並定自103年6月20日施行(見本院卷第70至73頁)。
上開條文復於104年12月11日修正,惟係刪除第3款規定
,前述第2款規定並未變更,並定自104年1月1日施行(
見本院卷第74至77頁)。是以,104年產創條例第10條
第1項規定,係於修訂後自105年1月1日起施行,104年
修正之研發投抵辦法第2條之1第2款則自104年1月1日起
施行,於原告105年5月30日提出系爭申請案時,均為有
效施行之法令,揆諸前揭大法官解釋意旨,被告審查原
告於104年間因投資研究發展活動所為支出,是否符合
投資抵減資格時,本應適用法條構成要件與生活事實合
致時有效之該等新法規定,直接依據新法定其法律效果
。且由上述產創條例修法意旨可知,立法者係就企業違
反環境保護、勞工及食品衛生安全對人民生命、身體、
健康等公益之損害,及未給予租稅優惠對企業財產權之
影響,兩相權衡比較後,認為前者公共利益之維護,應
優先於後者企業權利之保障,故未另行訂定過渡條款或
限制新法於生效後適用範圍之特別規定,此屬立法自由
形成空間,並無法律漏洞可言。至於在104年產創條例
第10條第1項及104年研發投抵辦法第2條之1第2款生效
後,申請投資抵減之公司,如於申請前3年內有違反環
境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之事
實,因而不符申請資格條件,係屬法律事實之回溯連結
,並非因新法規範效力之回溯適用,而改變其原有之法
律效果,故未牴觸法律不溯既往原則,是原告主張:被
告適用104年產創條例第10條第1項及104年研發投抵辦
法第2條之1第2款規定,否准系爭申請案,違反法律不
溯及既往原則云云,並非可採。
(3)又按法治國為憲法基本原則之一,法治國原則首重人民
權利之維護、法秩序之安定及誠實信用原則之遵守。人
民對公權力行使結果所生之合理信賴,法律自應予以適
當保障,此乃信賴保護之法理基礎;行政法規(包括法
   規命令、解釋性或裁量性行政規則)之廢止或變更,於
   人民權利之影響,並不亞於行政程序法所規範行政處分
   之撤銷或廢止,故行政法規除預先定有施行期間或經有
   權機關認定係因情事變遷而停止適用,不生信賴保護問
   題外,制定或發布法規之機關固得依法定程序予以修改
   或廢止,惟應兼顧規範對象值得保護之信賴利益,而給
   予適當保障,方符憲法保障人民權利之意旨(司法院釋
  字第525號解釋理由意旨參照)。主張信賴保護原則之
成立,須符合以下要件:⑴信賴基礎,即必須有一表示
    國家意思之行政行為存在,以為信賴之基礎;⑵信賴表
    現,即當事人確因信賴意思表示的效力而展開具體信賴
    行為,包括運用財產及其他處理行為;⑶值得保護的正
    當合法信賴,即當事人之信賴必須無行政程序法第119
    條所列各款信賴不值得保護之情形,始有信賴保護原則
    之適用。查原告於104年間為研究發展活動所進行之投
    資,係為其本身業務之需求,因而支出之金額,並未因
103、104年修正前研發投抵辦法,而當然取得給予抵減
租稅之法律地位,故103、104年修正前研發投抵辦法自
無從構成原告信賴之基礎,其自行依103、104年修正前
研發投抵辦法,計算該年度全年研發計畫支出總金額,
累計得以抵減之最高金額,乃其願望或期待,非屬因信
賴103、104年修正前研發投抵辦法而可獲得之利益。又
原告向被告提出系爭申請案,僅係請求被告審查其是否
符合由政府對其投資行為予以補助之資格,亦不得謂係
因信賴103、104年修正前研發投抵辦法,而為表現信賴
之具體行為。另原告提出被告所屬智慧電子產業推動辦
公室網頁刊載之工商時報內容(見本院卷第137頁),
所載乃「財政部」表示之意見;又提出資誠會計師事務
所自行製作之「臺灣租稅及投資法令要聞」(見本院卷
第138頁),所載係傳聞內容,均不足為原告本件申請
之信賴基礎,則原告主張其已有信賴基礎及信賴表現,
被告未適用103、104年修正前投抵辦法審查系爭申請案
,違反信賴保護原則云云,亦無足取。
(二)再按憲法增修條文第10條第2項規定:「經濟及科學技術
發展,應與環境及生態保護兼籌並顧。」係課國家以維護
   生活環境及自然生態之義務,不得因發展經濟及科學技術
   而偏廢失衡。另按產創條例第1條規定:「(第1項)為促
   進產業創新,改善產業環境,提升產業競爭力,特制定本
   條例。(第2項)本條例所稱產業,指農業、工業及服務
   業等各行業。」第7章「產業永續發展環境」第26條第1項

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參考資料
日月光半導體製造股份有限公司 , 台灣公司情報網