營利事業所得稅
高雄高等行政法院(行政),訴字,104年度,79號
KSBA,104,訴,79,20160309,1

高雄高等行政法院判決
104年度訴字第79號
民國105年2月17日辯論終結
原 告 住華科技股份有限公司
代　表　人　石橋和久
訴訟代理人　張芷　會計師
被 告　財政部南區國稅局
代　表　人　洪吉山
訴訟代理人　林秀月
　　　　　　翁玉環
　　　　　　張美蘭
上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國10
3年12月30日台財訴字第10313968930號訴願決定，提起行政訴訟
，本院判決如下︰
　　主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：
原告代表人於起訴時為出口敏久，訴訟繫屬中變更為石橋和 久，並具狀向本院聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。二、事實概要：
緣原告100年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規 定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣(下同)560,999,731 元，經被告初查依其申報資料，調整機器設備技術比，核定 免稅所得為273,717,450元。嗣原告申請更正投資計畫之產 品收入比，經被告重新核定免稅所得為287,252,114元。原 告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，亦遭駁回，遂提 起本件行政訴訟。
三、原告主張：
（一）經查原告係分別依據行為時之（一）「製造業及其相關技 術服務業新增投資五年免徵營利事業所得稅獎勵辦法」增 資擴展生產「其他電子零組件（偏光片）」之投資計畫， 經南部科學工業園區管理局以民國94年5月23日南商字第 09400 11060號函核發完成證明暨併案選定自96年1月1日 起連續5年免徵營利事業所得稅（下稱第2次增資計畫）、 （二）「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部 分獎勵辦法」增資擴展生產「平面顯示裝置用偏光膜」之 投資計畫，經南部科學工業園區管理局以95年5月26日南 商字第0950011956號函核發完成證明，且經財政部以95年



10月4日台財稅字第09500487340號函核准自97年1月1日起 連續5年免徵營利事業所得稅（下稱第3次增資計畫）及（ 三）增資擴展生產「平面顯示裝置用彩色濾光膜」之投資 計畫，經新竹科學工業園區管理局以95年2月7日園商字第 0950003140號函核發完成證明，經財政部以95年10月4日 台財稅字第09500478180號函核准自97年1月1日起連續5年 免徵營利事業所得稅（下稱第4次增資計畫）等3件投資計 畫所申請適用之免稅獎勵，謹將各次增資擴展投資計畫彙 總列示如下表：
┌───┬─────┬───────┬───────┬───┐
│增資擴│投資計畫生│完成證明所載機│延遲免稅適用期│生產廠│
│展計畫│產之產品 │器設備金額 │間 │別 │
├───┼─────┼───────┼───────┼───┤
│第2次 │偏光膜 │ 650,627,340 │96年1月1日至 │臺南廠│
│ │ │ │100年12月31日 │ │
├───┼─────┼───────┼───────┼───┤
│第3次 │偏光膜 │ 978,626,106 │97年1月1日至 │臺南廠│
│ │ │ │101年12月31日 │ │
├───┼─────┼───────┼───────┼───┤
│第4次 │彩色濾光膜│1,302,964,498 │97年1月1日至 │新竹廠│
│ │ │ │101年12月31日 │ │
└───┴─────┴───────┴───────┴───┘
（二）本件不同投資計畫之偏光膜產品及彩色濾光膜產品，分別 為原告臺南廠及新竹廠各自獨立生產，且原告對二項不同 免稅產品之銷貨收入、銷貨成本、製造費用及出貨等，皆 分開設置帳載紀錄，並獨立區分及計算以計算其損益，係 符合財政部93年9月3日台財稅字第09300376290號函釋（ 下稱財政部93年函釋）規定之意旨，自應將二項免稅產品 分開計算其應有之免稅設備比及委外加工比，方能正確計 算應有之免稅所得：
⒈本件原告免稅產品確係分屬南部科學工業園區與新竹科學 工業園區二個不同主管機關監管之廠房各自獨立生產，且 其生產免稅產品之機器設備確為各產品所專用，更無互相 流用之情，與財政部93年函釋所述公司於免稅期間增購設 備生產新增免稅產品，如應依據新興重要策略性產業免徵 營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱新興重要策略性 產業免稅所得計算要點）第7點採用公式比計算機器設備 比之特別規定適用情形有合，自應准予分開計算，惟被告 未查前揭函釋適用之意旨，誤認為須自始即須採用獨立計 算為前提而與本件有不同適用之情，逕為否准適用，難謂



適法。按「公司增資擴展製造使用之液晶（產品）如何計 算免稅所得釋疑︰二、公司增資擴展製造液晶顯示器使用 之液晶（LC），於適用5年免徵營利事業所得稅時，是否 得獨立計算免稅所得，或於採『全部機器設備比』或『增 加銷貨量方式』計算免稅所得時，如何適用計算公式等相 關疑義，茲說明如下：……（二）公司本次增資所生產之 液晶（LC）產品，相關生產設備係安置於新廠房，有獨立 之機房、實驗室、R&D辦公室、品管生產部辦公室、管理 部辦公室、生產及品管區、生產區及保稅倉庫等，而銷貨 成本中之製造費用亦與之前投資生產之導電玻璃ITO及即 將生產之彩色濾光膜等製造費用完全區分，原則上可適用 免稅所得計算要點第4點、第5點規定，獨立計算液晶（LC ）產品之免稅所得。（三）惟公司如將可個別外售之產品 ，如：ITO、LC等產品，有組成另一產品（如：LCD）進行 銷售之情形，因投資計畫產品及非屬該次投資計畫之產品 已不能明確區分，亦即銷貨收入部分已不能正確獨立計算 ，依據免稅所得計算要點第5點規定，即不得獨立計算免 稅所得：又公司如將可個別外售之產品銷售予同一買受人 ，且屬免稅比例低或應稅產品之售價顯較僅對外單獨銷售 之價格低者，因免稅產品之銷貨收入已不符合正確獨立計 算之要件，亦非屬可獨立計算免稅所得。（四）此外，公 司如於第二次增資擴充時，已增列生產液晶（LC）設備以 生產該產品者，應視不同廠房所生產之液晶產品，其銷貨 收入、銷貨成本及毛利是否得正確獨立計算，以決定貴公 司本次增資擴展部分，是否得採用獨立計算方式計算免稅 所得。（五）公司投資生產液晶（LC），如於免稅期間內 因故增購設備或汰舊換新，因已不符合免稅所得計算要點 第5點有關整廠之機器設備均屬免稅設備之要件，應不得 獨立計算免稅所得，而應依該要點第7點規定，以『全部 機器設備比』或『增加銷貨量方式』計算免稅所得。公司 如於免稅期間僅單純增購設備生產液晶，且新增設備置放 於LC新建廠房，且ITO導電玻璃、彩色濾光膜與液晶（LC ）係由不同廠房生產，亦無說明二（三）所述情形者，則 以『全部機器設備比』計算液晶（LC）之設備比時，分母 部分可免將非屬生產液晶之機器及設備納入『完成証明所 載全新機器、設備、新建主體建築（物）總金額以外之機 器及設備、主體建築（物）』內；如以『增加銷貨量方式 』計算，則計算機器設備比時亦可不納入非屬生產液晶之 機器設備，並可免就增資前後同類產品規格顯著不同之個 別產品銷售量，進行換算。」為財政部93年函釋所明定，



準此，公司如於免稅期間增購設備生產新增免稅產品，而 新增設備置放於新建廠房，且與其他種類免稅產品係由不 同廠房生產，亦無將不同種類免稅產品組成另一產品出售 之情形者，則以「全部機器設備比」計算新增免稅產品之 設備比時，分母部分可免將非屬生產新增免稅產品之機器 及設備納入「完成証明所載全新機器、設備、新建主體建 築（物）總金額以外之機器及設備」內。且該函釋所列案 例經查原投資生產ITO導電玻璃及彩色濾光膜之投資計畫 ，並無適用獨立計算免稅所得之情，足證前開財政部93年 函釋有關「（五）公司投資生產液晶（LC），如於免稅期 間內因故增購設備或汰舊換新，因已不符合免稅所得計算 要點第5點有關整廠之機器設備均屬免稅設備之要件，應 不得獨立計算免稅所得，而應依該要點第7點規定，以『 全部機器設備比』或『增加銷貨量方式』計算免稅所得。 」之內容，並無以適用獨立計算為前提，甚為明灼。 ⒉次查前開財政部93年函釋原投資計畫所包含之ITO導電玻 璃及彩色濾光膜產品與免稅期間單純增購設備生產液晶之 不同投資計畫產品，依據行為時行政院主計處所公布之「 中華民國行業標準分類」皆相同歸屬為27：電子零組件製 造業之中類項目（詳90年1月第7次修訂版本節錄）；又行 政院主計處於95年援循往例以聯合國國際行業標準分類之 架構修訂時，亦將其同樣歸屬在C大類製造業項下之同中 類項目26：電子零組件製造業產品之範疇（詳95年5月第7 次與第8次修訂對照表），足證前開財政部93年函釋所適 用之產品ITO導電玻璃、彩色濾光膜產品及液晶（LC）等 免稅產品皆為相同中類之產品，係原免稅所得計算要點以 外，就免稅期間如有增資生產相同中類投資計畫產品，因 屬單純增購設備或汰舊換新，且能明確與其他投資計畫產 品獨立生產者，機器設備分母得不合併納入「完成証明所 載以外機器設備」之特別規定，故本件不同投資計畫之偏 光膜及彩色濾光膜產品，雖同歸屬「中華民國行業標準分 類」中類26：電子零組件製造業之項目，惟非不得按不同 免稅產品分開計算其機器設備比，於法有合。
⒊又查原告創立初期僅從事STN液晶用偏光膜之加工作業， 為因應大型TFT面板用偏光膜之需求，爰於現址投資建立 以產製及銷售TFT液晶用偏光膜產品為主之工廠（下稱臺 南廠）；嗣後，原告因洞察TFT-LCD產業之發展趨勢，為 擴展高機能彩色濾光膜產品，以因應TFT產業新應用之需 求，另在新竹科學工業園區成立「新竹分公司」，增資設 立以專門生產製造TFT-LCD關鍵零組件之彩色濾光膜工廠



（下稱新竹廠），是以，本件原告係就原生產偏光膜產品 之臺南廠，另於新竹科學工業園區建置新廠房以供生產彩 色濾光膜產品，且再分別就臺南廠及新竹廠所各自生產之 偏光膜產品及彩色濾光膜產品，分別取得經南部科學工業 園區管理局及新竹科學工業園區管理局核發之投資計畫完 成證明。
⒋據上，原告二項不同投資計畫之偏光膜及彩色濾光膜產品 ，不僅係向南部科學工業園區與新竹科學工業園區二個不 同主管機關所分別申請核准，且亦分屬南部科學工業園區 與新竹科學工業園區二個不同主管機關監管之廠房各自獨 立生產，其機器設備可明確區別各產品所專用，更無互相 流用之情，又原告新竹分公司僅限經營生產彩色濾光膜產 品，此觀經濟部登記所營事業資料：「二、彩色濾光片（ 限新竹科學工業園區經營）」（彩色濾光片同彩色濾光膜 ）益證，是與前開財政部93年函釋所述：「（二）公司本 次增資所生產之液晶（LC）產品，相關生產設備係安置於 新廠房，有獨立之機房、實驗室、R&D辦公室、品管生產 部辦公室、管理部辦公室、生產及品管區、生產區及保稅 倉庫等」之新增投資計畫生產設備及生產之免稅產品，係 可與其他各次增資計畫予以區分適用之情形有合。則原告 申報本件偏光膜及彩色濾光膜產品之免稅所得計算，確實 符合前開函釋是為獨立生產之事實，自得依據該函釋規定 ：「（五）……公司如於免稅期間僅單純增購設備生產液 晶，且新增設備置放於LC新建廠房，且ITO導電玻璃、彩 色濾光膜與液晶（LC）係由不同廠房生產，亦無說明二（ 三）所述情形者，則以『全部機器設備比』計算液晶（LC ）之設備比時，分母部分可免將非屬生產液晶之機器及設 備納入『完成証明所載全新機器、設備、新建主體建築（ 物）總金額以外之機器及設備、主體建築（物）』內」之 意旨分開計算偏光膜及彩色濾光膜產品各自應有之機器設 備比例，難謂無據。
⒌有關前揭財政部93年函釋規定，經查係納入95年版「促進 產業升級條例賦稅法令彙編」，故依稅捐稽徵法第1條之1 第1項；「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於 據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於 尚未核課確定之案件適用之。」之規定，本件應可援引適 用，允先陳明。又前開財政部93年函釋係依據財政部稅務 預先核釋作業要點所申請，而該預先核釋案件係以：「（ 1）採用整廠獨立計算免稅所得者，於免稅所得期間內如 因事實需要進行設備增或汰舊換新，是否仍可適用獨立計



算免稅所得之規定，以符合獎勵設備更新達成產業升級之 政策意旨。（2）如前項（１）不可再適用獨立計算免稅 所得時：（Ａ）其改以機器設備比例公式計算免稅所得， 是否不應包括現有非生產液晶產品而不可流用之設備在內 ，以免不當稀釋免稅效果。（Ｂ）如改以增加銷貨量方式 計算免稅所得時，液晶產品與ITO導電玻璃產品是否應認 屬『不同類產品』，抑或屬『同類產品規格顯然不同』， 將影響本案免稅所得之實質適用效果。」之適用疑義所為 之申請案件。況依前開財政部93年函釋主旨：「二、公司 增資擴展製造液晶顯示器使用之液晶（LC），於適用5年 免徵營利事業所得稅時，是否得獨立計算免稅所得，或於 採『全部機器設備比』或『增加銷貨量方式』計算免稅所 得時，如何適用計算公式等相關疑義」觀之，主係就公司 免稅期間如有增設設備擴展生產不同種類免稅產品，必須 採用「機器設備比」或「增加銷量比」計算時，應如何適 用之規範說明，至於是否僅針對一開始免稅所得計算就須 以獨立計算為前提，就釋示內容全盤觀之，並未有所提及 ，惟被告雖以「財政部93年函釋說明（五）規定，於計算 投資計畫產品之機器設備比時，分母部分可免將非屬生產 液晶之機器及設備納入，係針對投資計畫產品原適用獨立 計算免稅所得額，如於免稅期間僅因增購設備，致不符合 獨立計算有關整廠之機器設備均屬免稅設備之要件，而須 採全部機器設備比計算免稅所得額時，特別規定。」等語 執稱前開財政部93年函釋係為原適用獨立計算免稅所得之 特別規定，卻未能提出實證以證其說，進而再以「本件系 爭免稅產品，自免稅期間開始，並非採用獨立計算免稅所 得額，而採全部機器設備比計算免稅所得額，自無該函釋 之適用。」否准適用，顯創設法律所無之規定，違反租稅 法律主義，難謂合法，應予撤銷。
⒍至訴願機關未予指摘被告之違誤，訴願決定再以「（一） 本件訴願人系爭增資計畫申請之免稅產品為偏光膜（片） 及彩色濾光膜，依中華民國行業標準分類同屬中類產品； 另各次增資擴展計畫，申請合於獎勵規定之免稅所得自始 非採用獨立計算免稅所得額，而係選用全部機器設備比計 算免稅所得，依新興重要策略性產業免稅所得計算要點規 定，選擇採全部機器設備比方式計算免稅所得額，其分母 之計算除『完成證明所載機器設備』外，尚包括『完成證 明所載以外之機器設備』，又依新興重要策略性產業免稅 所得計算要點第13點第6款第4目暨製造業及其相關技術服 務業免稅所得計算要點第10點第5款第4目規定，公司之機



器設備所生產之產品，與符合投資計畫產品分屬中華民國 行業標準分類有中類以上之不同者，始得免予納入『完成 證明所載以外之機器設備』內，此因公司生產分屬中華民 國行業標準分類有中類以上之不同之產品者，因其所使用 之機器設備明顯不同，故例外規定該生產非屬投資計畫產 品之機器設備金額，得免予納入全部機器設備比計算免稅 所得額，換言之，僅限於產品（勞務）係分屬中類以上（ 含中類）之不同者，該非生產（提供）符合投資計畫產品 （勞務）之機器設備金額始不納入分母計算，同屬中類產 品者，其『完成證明所載以外之機器設備』仍應納入分母 計算。本件偏光膜及彩色濾光膜為同屬中類產品，並無中 類以上之不同產品，是臺南廠及新竹廠之機器設備自應計 入機器設備比之分母，與二廠機器設備有無流用無涉。」 （詳訴願決定書第9頁第14行以後至第10頁第9行）等語遞 予維持，其事實認定顯有錯誤，要不足採。
（三）本件偏光膜產品及彩色濾光膜產品既分屬原告臺南及新竹 二個不同的廠房各自獨立生產，相關生產機器設備及原物 料亦分由不同主管機關所監管，顯無發生原物料及生產過 程互相流用之可能情事，倘如被告按機器設備合併計算之 方式核定，會造成不同廠別隨時可互為使用設備狀態，此 顯與現況及實情有悖；且原告對不同廠房之免稅產品收入 及相關成本已單獨分開設置帳載紀錄以計算其損益，採直 接分開銷售方式，被告確未予究明，致本件核定有違實質 課稅原則。
⒈查本件偏光膜與彩色濾光膜產品，係分別於原告之臺南及 新竹保稅廠房所生產，有關生產所使用之機器設備及原物 料亦分別存放及生產於各自獨立之機房、品管區、生產區 及保稅倉庫，分由不同主管機關所監管，經生產完成後， 即各按偏光膜及彩色濾光膜不同種類產品分別直接進行銷 售予客戶，未有任何組合出售或併裝出售之情形。又查原 告為正確掌握各項產品之損益以達成本控制之目的，其ER P系統資料庫之建立，係就臺南總公司、新竹分公司及高 雄分公司採取各廠獨立運作之模式，茲有原告各廠獨立運 作之ERP系統畫面足證，且生產過程中投入所需之各項直 接材料、直接人工及製造費用等，皆可明確歸屬各該產品 ，從而，原告透過各廠獨立ERP系統及其帳載紀錄所產生 之帳務報表，包括資產負債表及損益表，完全得以明確區 分歸屬臺南廠所生產偏光膜產品及新竹廠所生產彩色濾光 膜產品之生產成本與費用及其免稅產品收入，況系爭二種 免稅產品於生產過程中所使用之生產設備及委外加工程度



不同，自無不同產品有共同使用機器設備之情，且原告對 不同免稅產品之收入及相關成本已單獨分開設置帳載紀錄 以計算其損益，採直接分開銷售方式，又如被告按機器設 備合併計算之方式核定，會造成不同廠別隨時可互為使用 設備狀態，此顯與現況及實情有悖。原告自應將偏光膜產 品及彩色濾光膜產品，予以分開計算其應有之免稅設備比 、委外加工比及免稅所得，方符實質課稅原則。 ⒉惟訴願決定機關未審究被告應予究明原告新竹分公司之工 廠係僅能生產彩色濾光膜產品，與偏光膜產品無涉，再者 ，原告既對二項不同免稅產品之銷貨收入、銷貨成本及毛 利均可獨立計算，且係分別向被告及財政部北區國稅局申 報各期營業稅銷售與稅額之事實，自應分開計算機器設備 比及委外加工比暨免稅所得，否則反而扭曲各免稅產品本 應歸屬之免稅所得；又被告既對原告二項不同種類免稅產 品核認可分開計算其各自應有之免稅所得收入比及委外加 工比，卻又將臺南廠及新竹廠之機器設備合併計入機器設 備比之分母，亦有違前開財政部93年函釋之規定，再以訴 願理由：「（二）按『公司增資擴展製造液晶顯示器使用 之液晶（LC），於適用5年免徵營利事業所得稅時，是否 得獨立計算免稅所得，或於採『全部機器設備比』或『增 加銷貨量方式』計算免稅所得時，如何適用計算公式等相 關疑義，茲說明如下：......依該函意旨，於計算投資計 畫產品之機器設備比時，分母部分可免將非屬生產液晶之 機器及設備納入，係針對投資計畫產品原適用獨立計算免 稅所得額，如於免稅期間僅因增購設備，致不符合獨立計 算有關整廠之機器設備均屬免稅設備之要件，而須採全部 機器設備比計算免稅所得額時，特別規定，如符合一定要 件，分母可免將非屬生產新增免稅產品之機器設備納入『 完成證明所載以外之機器設備』。本件訴願人自免稅期間 開始，擇定採全部機器設備比公式計算免稅所得，自無該 函之適用。」（詳訴願決定書第10頁第10行以後至第11頁 第8行）等語認本件係不符獨立計算前題而無適用之情， 顯有違反實質課稅之精神，亦與行政程序法第9條規定︰ 「行政機關就該管行政程序，應於當事人有利及不利之情 形，一律注意」之情形，難謂有合，應予撤銷。 ⒊按原告創立初期僅從事STN液晶用偏光膜之加工作業，為 因應大型TFT面板用偏光膜之需求，爰於臺南投資建立以 產製及銷售TFT液晶用偏光膜產品為主之工廠（即臺南廠 ）；嗣後，原告因洞察TFT-LCD產業之發展趨勢，為擴展 高機能彩色濾光膜產品，以因應TFT產業新應用之需求，



另在新竹科學工業園區成立「新竹分公司」，增資設立以 專門生產製造TFT-LCD關鍵零組件之彩色濾光膜工廠（即 新竹廠），此參本件原告依行為時獎勵辦法所申請之「平 面顯示裝置用彩色濾光膜」投資計畫內容：「一、投資計 畫目的：……本公司在新竹科學園區內的營運目標在於保 證、並提供可使用之彩色濾光片予蓬勃發展中的元太科技 ，也因此在品質面、供給面上須迅速且充分。為確立此品 質體制、供給體制，本公司不單僅針對彩色濾光片之製造 加工，並以百分之百就近提供高機能彩色濾光片之一貫生 產線為努力之目標。另外、本公司亦考量到可由製造彩色 濾光片開始，整備合作客戶的需求商品的開發環境。六、 機器設備預定安裝地點：機器設備安裝於租用元太科技新 竹科學園區之廠房內，地址為新竹市○○○區○○○路○ 號。」即明原告新竹分公司僅限經營生產彩色濾光膜產品 ，且可與其他各次增資計畫予以區分，甚為灼然。 ⒋被告所稱：「又因應稅務核課案件之大量性行政性質，核 課案件乃產生稽徵便利性（或實用性）原則與租稅簡化之 要求，某種程度即在犧牲個案中量能課稅之正義（具體案 件之妥當性），裨適時課稅具有實際上之可行性。」等語 部分，經參臺北高等行政法院95年度訴更一字第1491號判 決理由：「四、（八）末查，原告雖無法提出系爭設備實 際開始作業之日期，惟參酌本院95年度訴字第1490號案件 （原告85年度營利事業所得稅爭訟案件，案情除年度與本 件有異外，其餘大致與本件雷同），函請國立台灣大學嚴 慶齡工業發展基金會合設工業研究中心就SMT生產線相關 問題所提出之鑑定報告書4.所載……，是證原告主張需最 後一台機器設備購入後兩週才能完成系爭設備之安裝及可 以使用等情，符合經驗法則，堪以採信。故系爭設備雖欠 缺實際作業生產日期之證明，但仍得依業界之經驗事實探 知其『合理之投入生產日』時間，而鑑定人既認同原告所 主張之『合理投入生產日』，即最後一台機器設備購人後 兩週，自可由藉此推算系爭設備合理投入生產之日期。五 、綜上，本件原告86年度2增計算免徵營利事業稅所得適 用之免稅設備比，其分母所涉及之3增設備金額應自何時 起算，依行為時促產條例第8條之1第2項第2款規定法理， 應係『自新增設備開始作業日』起計算。原處分核計系爭 設備之免徵營利事業稅所得適用設備比時，係採用其『進 口日期』資為分母之設備金額之起算時點，未查明渠等設 備開始作業之日期，自有違行為時促產條例第8條之1第2 項第2款規定之法理，其因而核算之課稅金額自有違誤，



訴願決定未予糾正，仍予維持，亦有未合，應予撤銷訴願 決定及原處分（復查決定）關於原告爭執起算日期所影響 之免稅金額部分，由原處分機關重為適法之處分，以昭折 服。」及臺北高等行政法院98年度訴更一字第145號判決 理由：「六、（八）復按『行政行為應受法律及一般法律 原則之拘束』行政程序法第4條定有明文。而比例原則為 行政機關作成行政處分時須遵守之一般法律原則。……。 被告未就此考量原告就乙案設備投入之免稅產品增加銷貨 量既僅1個月之時間，卻仍以85年之整年度之推估新增銷 貨量減去其上一年度之銷貨量，而以一整個年度之新增銷 貨量予以計算，自屬不合理，被告僵硬刻板適用上揭公式 予以計算甲案新增免稅產品銷貨量，即屬違反核實課稅原 則及比例原則。而原告主張之計算方式，亦有上揭不合理 之處，難認可採，已如上述，則原告系爭有關甲案之新增 免稅所得銷貨量，究應如何計算，影響該免稅所得之認定 ，自應由被告再依相關資料研判後，重新查核認定之。又 如重新查核後，對於如何計算，仍不能確定者，為有效達 成行政目的，並解決爭執，亦非不得依行政程序法第136 條之規定，與當事人和解，締結行政契約，以代替行政處 分，自不得因無法明確認定事實，即令納稅義務人承擔全 部不利益。」之意旨，稽徵機關應基於實質課稅原則，於 核認課稅事實時，自應就有利及不利於納稅義務人之事實 一律注意，不得僅採不利事實而捨有利事實於不顧，致妨 害法的安定性或造成課稅權的濫用。從而，本件系爭二種 免稅產品係採不同製程，也無不同產品有共同機器設備互 相流用之情，自應將偏光膜產品及彩色濾光膜產品，予以 分開計算其應有之免稅設備比、委外加工比及免稅所得， 方符實質課稅原則。惟被告卻逕就原告臺南廠及新竹廠各 自獨立生產不同免稅產品之機器設備，全部合併計入機器 設備比之分母，而免稅收入比和委外加工比，卻又按偏光 膜產品及彩色濾光膜不同產品別予以區分之，顯然昧於本 件系爭投資計畫之內容及事實，難謂有合。至被告所援引 最高行政法院98年度判字第248號及99年度判字第1140號 判決，經查該等案情之原告於系爭年度僅有單一投資計畫 適用免稅獎勵，顯與本件系爭年度有不同投資計畫之情形 不同，自無從直接參採。
（四）又被告核認本件相同中類免稅產品應合併計算免稅所得， 則有關投資計畫產品收入比及機器設備比例亦應一致採合 併計算之方式，方符新興重要策略性產業免稅所得計算要 點第7點之規定，惟被告竟採機器設備比合併而免稅收入



比分開計算混合方式為之，實已造成原告本件應受免稅獎 勵優惠之損害，應予撤銷。
⒈按「公司適用免徵營利事業所得稅之範圍，以投資計畫完 成證明所載生產之產品或提供之勞務為限。」且「免稅收 入比」之公式，係指「投資計畫之產品收入淨額」佔「全 部產品收入淨額」之比率，則「投資計畫之產品收入淨額 」，應以主管機關核發之完成證明所載投資計畫生產之產 品或提供之勞務為限，因此，若公司同時有受獎勵之不同 免稅產品（如產品A及產品B）及非受獎勵之免稅產品（如 產品C），則計算「免稅收入比」時，關於分子之「投資 計畫之產品（勞務）收入淨額」應係以經核准並完成投資 計畫機器設備所生產之免稅產品合計數計算之，即（免稅 產品A+免稅產品B）；至分母應為全部產品之收入淨額（ 免稅產品A+免稅產品B+非免稅產品C），方符合新興重要 策略性產業免稅所得計算要點之規定。又按「XX股份有限 公司85年度所生產之符合獎勵投資計畫之免稅產品，如確 因不同投資計畫生產類似產品，各廠產品免稅比例不同， 且產製過程產品有內部轉撥之情形，為正確計算該公司之 免稅所得及應納稅額，可將該公司四個工廠視為同一個廠 ，以全部機器設備比之計算方式計算免稅所得」為財政部 91年3月26日台財稅第0910451622號函所明釋。 ⒉次按新興重要策略性產業免稅所得計算要點採全部機器設 備比公式計算機器設備比例時，有關分母採「完成證明所 載機器設備」+「完成證明所載以外之機器設備」認定， 其用意係為區分「符合投資計畫之產品收入淨額」中，係 由經核准並完成投資計畫全新設備清單總金額所產生之新 增符合投資計畫之產品銷貨收入淨額，據以計算收入比， 故鑒於不同中類產品之機器設備倘混同計算，反而扭曲正 確計算免稅所得，茲於新興重要策略性產業免稅所得計算 要點第13點（機器設備比率計算）第6款第4目：「公司之 機器、設備所生產之產品，與符合投資計畫產品分屬中華 民國行業標準分類有中類以上之不同者，得免予納入『完 成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）總金額 以外之機器及設備、主體建築（物）』內。」特予規定， 據上，倘本件被告既將原告系爭年度不同廠所生產之二種 不同種類免稅產品機器設備分母予以合併計算，則「免稅 收入比」分子自應合併計算，即「免稅收入比」＝「（偏 光膜產品收入淨額＋彩色濾光膜產品收入淨額）∕（偏光 膜產品收入淨額＋彩色濾光膜產品收入淨額＋其他非免稅 產品收入淨額）」，方符一致性原則。惟被告雖將本件免



稅所計算依新興重要策略性產業免稅所得計算要點有關「 機器設備比」之規定，將臺南廠及新竹廠之機器設備合併 納入機器設備比之分母予以計算機器設備比率，惟有關免 稅收入比例（投資計畫之產品收入淨額/全部產品收入淨 額）之分子（即「投資計畫之產品收入淨額」），卻未一 致將臺南廠及新竹廠之不同增資計畫產品收入予以合併計 算，顯己虛減本件免稅所得且有計算方式不一致之情。 ⒊再查「公司以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建 築（物）方式適用新興重要策略性產業者，就下列公式擇 一計算免稅所得，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期 間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本 額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用 新興重要策略性產業或本條例第9條之2獎勵者，各次以資 本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適 用新興重要策略性產業或本條例第9條之2之投資計畫，其 免稅所得計算方式，均須一致。」固為新興重要策略性產 業免稅所得計算要點第7點所規定，惟觀前揭規定之內容 ，主係規範投資計畫產品核准免稅期間內或核准免稅期間 內其他適用相同要件之投資計畫免稅所得計算公式，一經 選擇就（1）按全部機器設備比公式或（2）按增加銷貨量 公式擇一採用，則該免稅期間內所採用之計算公式均須一 致，不得變更，是因上述二種計算方式之適用要件不同， 為避免投資計畫產品在核准免稅期間有前後年度計算方式 不同，或不同投資計畫相同產品在免稅期間內因混用不同 計算方式，造成免稅所得計算過於繁雜，以茲簡化。惟訴 願決定理由卻謂「依促進產業升級條例第9條及9條之2規 定，係就投資計畫所新增之所得，免徵營利事業所得稅， 另依新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點規定： 『……核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置 全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要 策略性產業者……，其免稅所得額計算方式，均須一致。 ……』是計算各次新增之所得時，應分次計算各次增資擴 展投資計畫之產品收入比之分子，以免重複計算免稅所得 。」（詳訴願決定書第11頁第12行以後至第22行）等語遞 予維持，顯有違誤，應予撤銷。
⒋被告雖認本件免稅所計算需依新興重要策略性產業免稅所 得計算要點有關「機器設備比」之規定，應將臺南廠及新 竹廠之機器設備合併納入機器設備比之分母予以計算機器 設備比率，惟有關免稅收入比例（投資計畫之產品收入淨 額/全部產品收入淨額）之分子（即「投資計畫之產品收



入淨額」），卻未一致將臺南廠及新竹廠之不同增資計畫 產品收入予以合併計算之違誤，經參原告所提供財政部中 區國稅局100年4月11日中區國稅法字第1000020199號復查 決定書之復查決定理由：「貳、合於獎勵規定之免稅所得 （以下簡稱免稅所得）之二、……申請人主張其所提其93 年度投資計畫產品收入種類分別有：1.導電玻璃基板加工 收入、2.導電玻璃基板銷貨收入及3.微薄玻璃基板銷貨收 入，而就其生產製造流程觀之，其微薄玻璃基板廠（生產 微薄玻璃基板）及成膜廠係各有獨立廠房且製造流程可明 確區分，此經本局於查核申請人91及92年度營利事業所得 稅結算申報案件時，有實際派員勘查確認成膜廠與微薄玻 璃基板廠之生產設備並不流用。而93年度開始適用免稅獎 勵之微薄玻璃基板，該投資計畫產品之製造過程如未有使 用成膜廠之機器設備，則目前原核定於計算微薄玻璃基板 之免稅所得時，卻將成膜廠機器設備，納入其機器設備比 例之分母，等於認定其生產設備流用，又其主張應依財政 部91年3月26日台財稅第0910451622號函釋規定計算免稅 所得云云。三、本件系爭免稅所得部分，經查其原申報全 年所得額4,093,241,397元，業經本局核定為6,622,116, 003元，另查其成膜廠及微薄玻璃基板廠之產品免稅比例