最 高 行 政 法 院 判 決
104年度判字第767號
上 訴 人 臺中市政府地方稅務局
代 表 人 吳蓮英
訴訟代理人 辜凱莉
陳淑容
許欣婷
被 上訴 人 朱拱南
朱太山
共 同
訴訟代理人 何志揚 律師
上列當事人間土地增值稅事件，上訴人對於中華民國103年9月17
日臺中高等行政法院103年度訴更一字第4號判決，提起上訴，本
院判決如下：
主 文
上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、緣被上訴人所共有坐落改制前臺中縣大里市○○○段75-4、 75-33、75-35、75-52、75-53地號5筆土地（下稱系爭土地 ）於民國95年6月8日因買賣移轉第三人，被上訴人於95年3 月3日向改制前上訴人所屬大屯分處申報移轉系爭土地予蘇 瑞來等6人，並申請依農業發展條例第37條第1項及同條例施 行細則第14條之1規定不課徵土地增值稅。改制前上訴人所 屬大屯分處以，雖被上訴人出具改制前臺中縣大里市公所（ 下稱大里市公所）核發之農業用地作農業使用證明書，且檢 附該所核發之土地使用分區證明書，然該土地使用分區證明 書上並無記載內政部94年6月30日台內營字第0940084214號 函規定之有關字樣，且系爭5筆土地於變更編定為「住宅區 」前，原為「未設定區」，非屬土地稅法施行細則第57條規 定之農業用地範圍，認與農業發展條例施行細則第14條之1 規定及內政部94年6月30日台內營字第0940084214號函釋規 定不符，乃按一般稅率課徵土地增值稅。被上訴人不服，提 起行政訴訟，經原審法院以96年度訴字第48號判決撤銷原處 分及訴願決定，上訴人提起上訴，經本院以98年度判字第67 7號判決駁回。嗣大里市公所於98年8月13日以里市建字第09 80021167號函撤銷原核發被上訴人朱拱南之農業用地作農業 使用證明書，幾經訴願撤銷，臺中市大里區公所（99年12月 25日改制，下稱大里區公所）於100年4月28日以里區農建字 第1000010174號函維持撤銷原核發農業用地作農業使用證明
書之處分。被上訴人朱拱南不服，提起訴願，經臺中市政府 以100年10月18日府授法訴字第1000202952號決定駁回訴願 。被上訴人朱拱南再不服，提起行政訴訟，經原審法院以10 1年10月4日100年度訴字第380號判決駁回其訴（當時未確定 ）。其間上訴人則以100年12月30日中市稅法字第100230385 31號、100年12月30日中市稅法字第10023038841號重核作成 駁回被上訴人申請不課徵土地增值稅之復查決定（維持原處 分），被上訴人不服分別提起訴願，經臺中市政府分別以10 1年3月14日府授法訴字第1010041365號（駁回被上訴人朱拱 南之訴願）、101年3月14日府授法訴字第1010041195號（駁 回被上訴人朱太山之訴願）訴願決定駁回，被上訴人分別對 之不服，共同提起本件訴訟，經原審法院以101年度訴字第 141號判決駁回，被上訴人不服，提起上訴，經本院102年度 判字第828號判決（下稱更審前本院判決）廢棄，發回原審 法院更為審理，經原審法院判決撤銷訴願決定及上訴人100 年12月30日中市稅法字第10023038531號重核復查決定、100 年12月30日中市稅法字第10023038841號重核復查決定，上 訴人不服，提起上訴。
二、被上訴人起訴主張：㈠系爭土地固經大里市公所90年間編定 為公共設施完竣區，然自被上訴人等取得系爭土地至96年6 月3日土地移轉登記前均供農業使用，並非公共設施完竣區 ，業經大里市公所至現場勘查後，以94年12月27日里市建字 第0940036650號、95年2月27日里市建字第0950000082號函 核發農業用地作農業使用證明書，並經原審法院以96年度訴 字第48號判決認定屬農業使用而免徵土地增值稅在案。然大 里公所未斟酌法令規定及被上訴人對前已受合法核發農業使 用證明之信賴保護，撤銷確定之行政處分，顯屬違法。既然 系爭土地均符合農業發展條例施行細則第14條之1規定屬於 農業用地，因此原處分（即改制前上訴人所屬大屯分處所為 對被上訴人各課徵新臺幣10,585,076元之土地增值稅行政處 分）、重核復查決定與訴願決定顯然適用法律錯誤有重大瑕 疵。㈡依改制前臺中市政府96年7月17日以府都計字第09601 53748號函、改制前臺中縣政府以80年8月24日80府工都字第 163038號函、94年11月16日以府建城字第0940306154號函意 旨，足證系爭土地應屬改制前臺中縣政府之土地管制範圍， 屬非都市土地，而非改制前臺中市政府都市計畫範圍內之土 地。又依改制前大里地政事務95年4月4日里地字第09500039 51號函、大里市公所於95年5月2日以里市工字第0950012279 號函意旨，亦可證系爭土地縱使於72年8月3日修正農業發展 條例第27條生效後，曾經劃為非都市計畫土地，於80年9月1
日大里都市計畫第2次通盤檢討案公告實施方劃為都市計畫 內土地，亦符合財政部96年3月5日台財稅字第09604706530 號函釋所載於72年8月3日之後，曾變更回復為農業用地再變 更為非農業用地之情形，因此大里區公所核發農業用地作農 業使用證明書並無違誤。㈢系爭土地依土地登記總簿記載， 於35年6月29日之土地標示部、67年3月27日之土地所有權狀 上登載之地目均為「田」，根據92年10月15日平均地權條例 施行細則修正前第34條第2項第1款規定，系爭土地確實於35 年6月29日至67年3月27日斯時即為農業用地供作農業使用無 誤。又上情與行政院農業委員會（下稱農委會）99年4月13 日農企字第0990123064號函相符，系爭土地於45年劃定為住 宅區前確實為「田」地目，而屬依當時土地法規定之直接供 生產用之農地。另參照農委會100年8月19日農企字第100015 2104號函、100年8月2日農企字第1000147022號函意旨，系 爭土地於45年11月1日變更前並無編定用地別，而其地目別 為田，依當時之法令應屬農業用地，自有農業發展條例第38 條之1有關農業用地經依法律變更為非農業用地規定之適用 。再者，系爭土地係已發布細部計畫地區，而尚未公告實施 市地重劃，被上訴人復未有依變更後之計畫用途申請建築使 用，則系爭土地自符合農業發展條例第38條之1第2項規定， 自得申請不課徵土地增值稅等語，求為判決撤銷訴願決定及 原處分〔即上訴人100年12月30日中市稅法字第10023038531 號重核復查決定(朱太山)、100年12月30日中市稅法字第100 23038841號重核復查決定(朱拱南)〕。三、上訴人則以：㈠系爭土地於變更編定為「住宅區」前，原為 「未設定區」，非屬農業用地範圍，原經上訴人按一般用地 稅率課徵土地增值稅，固經原審法院96年度訴字第48號判決 撤銷並命另為適法處分，而大里區公所針對系爭土地所核發 之農地農用證明書，既經該所認有錯誤撤銷，即無土地稅法 第39條之2第1項(農業發展條例第37條第1項)不課徵土地增 值稅之適用。況依本院100年度判字第1118號判決意旨，系 爭土地移轉，其原取得農地農用證明書既因錯誤被撤銷，該 撤銷處分未經撤銷前，上訴人自應倚為課徵土地增值稅。又 參照內政部100年8月30日內授營都字第1000807595號函釋， 系爭土地於45年11月1日至80年9月1日期間應均屬臺中市都 市計畫之「住宅區」，是在未經通盤檢討剔除前，上訴人自 始即不應予以核發農地作農業使用證明書，否則即屬違反農 業發展條例施行細則第14條之1規定。㈡根據農業發展條例 第3條第10款、第37條第1項(同土地稅法第39條之2第1項)、 99年12月8日增訂之第38條之1第1項、第2項、行為時土地稅
法施行細則第58條及農業發展條例施行細則第14條之1等規 定，及財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號函意旨 ，系爭土地於45年11月1日至80年9月1日期間經編定為臺中 市都市計畫住宅區土地，期間內未有變更都市計畫事宜，是 於72年8月3日時已非屬農業發展條例第3條第10款(土地稅法 第10條)所定之農業用地。惟更審前本院判決所持見解係認 為系爭土地若可認定45年11月1日以前曾為農地，即屬99年 12月8日增訂農業發展條例第38條之1規定所放寬准予不課徵 土地增值稅之範圍。卻與與本案情形幾乎相同之另案102年 度判字第595號判決（肯認是類案件應以72年8月3日當時仍 為農業用地為是否有不課徵適用之判斷基準）之見解南轅北 轍，詎為迥異。㈢系爭土地於95年3月3日申報移轉時，農業 發展條例第38條之1尚未公布制定，依照法律不溯及既往原 則、實體從舊程序從新原則，應適用修正前即行為時之法令 規定，自難援用於99年12月10日始生效之農業發展條例第38 條之1規定，賦予「得申請不課徵土地增值稅」之優惠等語 ，資為抗辯，求為判決駁回被上訴人在原審之訴。四、原審以：依土地稅法第39條之2第1項、農業發展條例第37條 第1項、第38條之1第1項規定、行政院83年11月28日台財字 第44533號函意旨，農業用地經依法律變更為非農業用地， 如都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施 市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建 築使用，取得農業用地作農業使用證明書者，得適用農業發 展條例第37條第1項、第38條第1項或第2項規定，不課徵土 地增值稅。被上訴人等向上訴人所屬大屯分處申請免徵土地 增值稅時，系爭土地係大里市辦理「變更大里都市計畫（第 2次通盤檢討）案」時由「未設定區」變更為「道路、河川 區、住宅區、公兒用地」等，於80年8月24日發布實施，其 都市計畫之附帶條件應以市地重劃方式開發，且旱溪河川用 地變更部分，等旱溪整治計畫完成後始可實施，目前尚未依 都市計畫附帶條件規定辦理等情，有改制前臺中縣政府95年 5月23日府建城字第0950129912號函可稽，足證系爭土地符 合農業發展條例第38條之1第1項第2款規定，農業用地經依 法律變更為非農業用地，經該都市計畫主管機關認定符合已 發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段 徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後 之計畫用途申請建築使用者之情形，上訴人對此亦不爭執。 又就大里市公所核發給被上訴人朱拱南94年12月27日里市建 字第0940036650號（系爭涼傘樹段75-4、75-33地號土地部 分）、95年2月27日里市建字第0950000082號（涼傘樹段75
-35、75-52、75-53地號土地部分）之農業用地作農業使用 證明書為大里區公所撤銷部分，既已因原審法院103年度訴 更一字第3號判決將之撤銷確定而回復，依本院100年度判字 第1118號判決意旨之說明，被上訴人已符合農業發展條例第 38條之1第1項規定「取得農業用地作農業使用證明書」之要 件，而有土地稅法第39條之2第1項不課徵土地增值稅之適用 。是被上訴人向上訴人申報移轉系爭土地，並申請免徵土地 增值稅，符合首開法律規定及行政院解釋之意旨，上訴人重 核復查決定否准其申請，於法不合等語，因將訴願決定及重 核復查決定均予撤銷。
五、上訴意旨略以：㈠農業發展條例直至72年8月1日修正時，於 第27條始針對農業用地之移轉訂有免徵或不課徵土地增值稅 之規定，是土地必須維持農業用地之編定至72年8月1日以後 ，始有後續享有移轉免徵土地增值稅之期待利益。順時推展 ，時至94年6月10日再事放寬將農業用地經依法律變更為非 農業用地，已發布細部計畫，但因市○○○○區段徵收計畫 未公告實施，未依變更後之計畫用途申請建築使用者，亦納 入移轉得申請不課徵土地增值稅之範圍。惟所欲保障者，仍 係迄農業發展條例72年8月3日修正施行時，仍為農業用地之 當事人權益。至於72年8月3日以前，即已非屬農業用地者， 原無免稅利益可被剝奪，自毋庸再予保障。系爭土地於45年 11月1日至80年9月1日期間經編定為臺中市都市計畫住宅區 土地，期間內未有變更都市計畫事宜，是於72年8月3日時已 非屬農業發展條例第3條第10款(土地稅法第10條)所定之農 業用地。其於95年3月3日移轉，自應以行為時有效之農業發 展條例施行細則第14條之1規定，為審認是否符合不課徵土 地增值稅要件之準據。原判決未考量系爭土地既為72年8月3 日以前即已變更為非農業用地者，申請不課徵土地增值稅尚 須獲得直轄市政府同意始得准許，割裂法律適用，自有判決 不適用法規不當之違法。㈡農業發展條例第38條之1規定於9 9年12月生效後，針對與本案背景相類似之其他案件，本院 其他判決均持肯認於72年8月3日以前已變更為非農業用地者 即無不課徵土地增值稅適用之見解，更審前本院判決未說明 何以採不同見解之理由。又依土地稅法施行細則第58條規定 ，申請不課徵土地增值稅固應提出農業用地作農業使用證明 文件，惟其僅為申請不課徵土地增值稅所應提出證明文件之 一種，至是否合於申請，仍屬稽徵機關應依職權予以審查之 事項。原判決單以大里區公所原撤銷核發農業用地作農業使 用證明書之處分經撤銷確定，為本課稅處分無得維持之主要 論據，難謂無行政訴訟法第243條第2項所定判決不備理由之
違誤等語。
六、本院查：
（一）按司法院釋字第217號解釋：「憲法第19條規定人民有依 法律納稅之義務，係指人民僅依法律所定之納稅主體、稅 目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅之義務。至 於課稅原因事實之有無及有關證據之證明力如何，乃屬事 實認定問題，不屬於租稅法律主義之範圍。財政部中華民 國72年2月24日(72)台財稅字第31229號函示所屬財稅機關 ，對於設定抵押權為擔保之債權，並載明約定利息者，得 依地政機關抵押權設定及塗銷登記資料，核計債權人之利 息所得，課徵所得稅，當事人如主張其未收取利息者，應 就其事實負舉證責任等語，係對於稽徵機關本身就課稅原 因事實之認定方法所為之指示，既非不許當事人提出反證 ，法院於審判案件時，仍應斟酌全辯論意旨及調查證據之 結果，判斷事實之真偽，並不受其拘束。尚難謂已侵害人 民權利，自不牴觸憲法第15條、第19條之規定。」第385 號、第496號解釋：「憲法第19條規定人民有依法律納稅 之義務，固係指人民有依據法律所定之納稅主體、稅目、 稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅義務之意，然課 人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所定之事項若 權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之 平衡，當不得任意割裂適用。」「憲法第19條規定『人民 有依法律納稅之義務』，係指人民有依法律所定要件負繳 納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。稅法之解釋，應 本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌 經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」又「關於人 民自由權利之事項，除以法律規定外，法律亦得以具體明 確之規定授權主管機關以命令為必要之規範。命令是否符 合法律授權之意旨，則不應拘泥於法條所用之文字，而應 以法律本身之立法目的及其整體規定之關聯意義為綜合判 斷。又有關稅法之規定，主管機關得本於租稅法律主義之 精神，依各該法律之立法目的，衡酌租稅經濟上之功能及 實現課稅之公平原則，為必要之釋示．．．。」「憲法第 19條規定，人民有依法律納稅之義務。故任何稅捐之課徵 ，均應有法律之依據。惟法律之規定不能鉅細靡遺，有關 課稅之技術性及細節性事項，於符合法律意旨之限度內， 尚非不得以行政命令為必要之釋示。」分經司法院釋字第 506號、第519號解釋理由書第1段闡釋甚明。（二）次按：
１、農業發展條例第2條規定：「本條例所稱主管機關：在中
央為行政院農業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（ 市）為縣（市）政府。」第3條規定：「本條例用辭定義 如下：農業：指利用自然資源、農用資材及科技，從事 農作、森林、水產、畜牧等產製銷及休閒之事業。．． ．農業用地：指非都市土地或都市土地農業區、保護區 範圍內，依法供下列使用之土地：㈠供農作、森林、養殖 、畜牧及保育使用者。㈡供與農業經營不可分離之農舍、 畜禽舍、倉儲設備、曬場、集貨場、農路、灌溉、排水及 其他農用之土地。㈢農民團體與合作農場所有直接供農業 使用之倉庫、冷凍（藏）庫、農機中心、蠶種製造（繁殖 ）場、集貨場、檢驗場等用地。耕地：指依區域計畫法 劃定為特定農業區、一般農業區、山坡地保育區及森林區 之農牧用地。農業使用：指農業用地依法實際供農作、 森林、養殖、畜牧、保育及設置相關之農業設施或農舍等 使用者。但依規定辦理休耕、休養、停養或有不可抗力等 事由，而未實際供農作、森林、養殖、畜牧等使用者，視 為作農業使用。．．．。」第37條第1項（土地稅法第 39條之2第1項）、第38條之1（99年12月8日增訂公布施行 ）規定：「作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申 請不課徵土地增值稅。」「（第1項）農業用地經依法律 變更為非農業用地，不論其為何時變更，經都市計畫主管 機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業主管機關核 發該土地作農業使用證明書者，得分別檢具由都市計畫及 農業主管機關所出具文件，向主管稽徵機關申請適用第三 十七條第一項、第三十八條第一項或第二項規定，不課徵 土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦：依法應完成 之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者 。已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○ ○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前， 未依變更後之計畫用途申請建築使用者。（第2項）本條 例中華民國七十二年八月三日修正生效前已變更為非農業 用地，經直轄市、縣（市）政府視都市計畫實施進度及地 區發展趨勢等情況同意者，得依前項規定申請不課徵土地 增值稅。」前開第38條之1立法理由載明：「歷年來財 政部函釋（台財稅字第850153795、861922200、09104582 77、0930477517號）均以民國72年8月3日後變更為非農用 土地方行適用，針對民國72年8月3日前即變更為非農用土 地之所有人顯具不公，故此，明訂『不論其何時變更』， 此乃財政部建議文字。為明確規範都市計畫變更為非農 業區土地，於細部計畫尚未完成前，因無法依變更後之計
畫用途使用，於移轉之際亦得適用免徵土地增值稅、遺產 稅等相關規定，爰將施行細則第14條之1條文移作本條， 以達到法規體系一致性，免其產生不公之象，亦維持法律 穩定性與實現公平正義。」第39條規定：「（第1項）依 前二條規定申請不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅 、田賦者，應檢具農業用地作農業使用證明書，向該管稅 捐稽徵機關辦理。（第2項）農業用地作農業使用之認定 標準，前項之農業用地作農業使用證明書之申請、核發程 序及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關會商有關機 關定之。」
２、農業發展條例施行細則第14條之1（94年6月10日修正增訂 -土地稅法施行細則第57條之1）規定：「農業用地經依法 律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各 款情形之一，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適 用本條例第三十七條第一項、第三十八條第一項或第二項 規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦： 依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計 畫用途使用者。已發布細部計畫地區，都市計畫書規定 應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段 徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。」 ３、農業用地作農業使用認定及核發證明辦法（102年7月23日 修正發布前條文）設有如下相關規定。第1條：「本辦法 依農業發展條例第三十九條第二項規定訂定之。」第2條 （土地稅法施行細則第57條）：「本辦法所稱農業用地之 範圍如下：本條例第三條第十一款所稱之耕地。依區 域計畫法劃定為各種使用分區內所編定之林業用地、養殖 用地、水利用地、生態保護用地、國土保安用地及供農路 使用之土地，或上開分區內暫未依法編定用地別之土地。 依區域計畫法劃定為特定農業區、一般農業區、山坡地 保育區、森林區以外之分區內所編定之農牧用地。依都 市計畫法劃定為農業區、保護區內之土地。依國家公園 法劃定為國家公園區內按各分區別及使用性質，經國家公 園管理處會同有關機關認定合於前三款規定之土地。」第 3條：「有下列各款情形之一者，得申請核發農業用地作 農業使用證明書：．．．依本條例第三十七條第一項． ．．規定申請農業用地移轉不課徵土地增值稅。」第5條 ：「農業用地有下列情形，且無第六條及第七條所定情形 者，認定為作農業使用：農業用地實際作農作、森林、 養殖、畜牧、保育使用者；其依規定辦理休耕、休養、停 養或有不可抗力等事由而未使用者，亦得認定為作農業使
用。農業用地上施設有農業設施，並檢附下列各款文件 之一：㈠容許使用同意書及建築執照。但依法免申請建築 執照者，免附建築執照。㈡農業設施得為從來使用之證明 文件。農業用地上興建有農舍，並檢附農舍之建築執照 。」第6條、第7條：「農業設施或農舍有下列各款情形之 一者，不得認定為作農業使用：．．．。」「農業用地有 下列各款情形之一者，不得認定為作農業使用：．．．。 」第8條：「農業用地部分面積有下列情形之一，且不影 響供農業使用者，得認定為作農業使用：於土地使用編 定前已存在有墳墓，經檢具證明文件者。農業用地存在 之土地公廟、有應公廟等，其面積在十平方公尺以下者。 於土地使用編定前，政府興建軍事碉堡、輸電鐵塔及自 來水蓄水池等設施者。」第9條：「（第1項）依本辦法申 請核發農業用地作農業使用證明書時，應填具申請書並檢 具下列文件資料，向直轄市或縣（市）政府申請：．．． 。（第2項）前項農業用地如屬都市土地者，應另檢附都 市計畫土地使用分區證明。（第3項）第一項農業用地如 位於國家公園範圍內，應另檢附國家公園管理處出具符合 第二條第五款規定之證明文件。」第10條、第11條：「直 轄市或縣（市）政府為辦理農業用地作農業使用之認定及 證明書核發作業，得組成審查小組，其成員由農業、地政 、建設（工務）、環保等單位派員組成之。其業務分工如 下：農業單位：業務聯繫與執行及現場是否作農業用途 之認定工作。地政單位：非都市土地使用分區、用地編 訂類別及土地登記文件謄本之審查及協助第十一條第二項 之認定工作。都市計畫單位或國家公園單位：是否符合 都市土地分區使用管制規定或國家公園土地分區使用管制 規定之認定工作。建設（工務）單位：農舍、建物是否 為合法使用之認定。環保單位：農業用地是否遭受污染 不適作農業使用之認定。」「（第1項）直轄市或縣（市 ）政府受理申請案件後，應實地會勘，並就會勘結果填具 會勘紀錄表。（第2項）直轄市或縣（市）政府辦理前項 會勘時，應通知申請人到場指界及說明，如界址無法確定 ，應告知申請人向地政機關申請鑑界。（第3項）申請人 非土地所有權人時，應通知土地所有權人到場。」第12條 、第15條、第16條：「申請案件經審查符合本條例第三條 第十二款及本辦法第五條或第八條規定者，受理機關應核 發農業用地作農業使用證明書。」「農業用地作農業使用 證明書之有效期限為六個月。」「直轄市或縣（市）政府 為辦理本辦法規定事項，得將權限之一部分委任或委辦所
轄鄉（鎮、市、區）公所辦理，並依法公告。其作業方式 由直轄市或縣（市）政府定之。」
（三）再按：
１、土地稅法第39條之2第1項（農業發展條例第37條第1項） 規定：「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申 請不課徵土地增值稅。」
２、土地稅法施行細則第57條、第57條之1規定：「本法第三 十九條之二第一項所定農業用地，其法律依據及範圍如下 ：（按條文內容同上農業用地作農業使用認定及核發證明 辦法規定）。」「農業用地經依法律變更為非農業用地， 經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農 業用地作農業使用證明書者，得適用本法第三十九條之二 第一項規定，不課徵土地增值稅：（按條文內容同上農業 發展條例施行細則第14條之1規定）。」第58條規定：「 （第1項）依本法第三十九條之二第一項申請不課徵土地 增值稅者，應依下列規定檢附證明文件，送主管稽徵機關 辦理：第五十七條之土地，應檢附直轄市、縣（市）農 業主管機關核發之農業用地作農業使用證明文件。前條 之土地，應檢附各該法律主管機關核發認定符合前條各款 規定之土地使用分區證明書，及直轄市、縣（市）農業主 管機關核發之作農業使用證明文件。（第2項）直轄市、 縣（市）農業主管機關辦理前項各款所定作農業使用證明 文件之核發事項，得委任或委辦區、鄉（鎮、市、區）公 所辦理。」
３、內政部94年6月30日台內營字第0940084214號函釋：「有 關符合農業發展條例施行細則第2條第2項（按內容為：「 前項農業用地經依法律變更編定為非農業用地，在依法應 完成之細部計畫尚未完成，無法依變更後之用地使用，經 上開法律主管機關認定仍應依原來農業用地使用分區別或 用地別管制使用者，得適用本條例第三十七條第一項．． ．規定，不課徵土地增值稅．．．」）土地申請作農業使 用證明，都市計畫主管機關應如何出具土地使用分區證明 文件乙案，前經本部以90年9月7日台90內營字第908535號 函釋在案（諒達）。惟上開細則第2條第2項業經行政院農 業委員會於94年6月10日修正發布，並調整條次為第14條 之1，規定農業用地經依法律變更為非農業用地後，除上 開細則第2條第2項原已規定有關依法應完成之細部計畫尚 未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者，得享有稅捐 優惠外，並將其屬已發布細部計畫地區，都市計畫書規定 應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段
徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者，一 併納入稅捐優惠範圍。為利執行，都市計畫主管機關依上 開細則第14條之1出具土地使用分區證明文件時，仍宜延 續既有操作機制，由都市計畫主管機關會同建築管理機關 認定該土地符合上開細則第14條之1第1款或第2款規定後 ，於其土地使用分區證明書內予以註明：『依法應完成之 細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用』或 『已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○ ○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未 依變更後之計畫用途申請建築使用』，以資明確。本部 90年9月7日台90內營字第9085315號函釋，自即日起停止 適用。」
（四）復按：
１、稅捐稽徵法第1條之1第1項規定：「財政部依本法或稅法 所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有 利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」 ２、財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號函釋：「說 明：農業發展條例施行細則第14條之1，所稱農業用地 之認定，就土地增值稅不課徵規定之適用而言，應係指72 年8月3日修正農業發展條例第27條生效後，符合同條例施 行細則規定範疇之農業用地而言。故有關農業主管機關依 上開細則規定審核發給農業用地作農業使用證明書時，如 係據以申請不課徵土地增值稅用，應以72年8月3日時仍為 農業用地，嗣後變更為非農業用地，或於72年8月3日之後 ，曾變更回復為農業用地再變更為非農業用地之情形，始 予以核發農業用地作農業使用證明書，再持憑向稅捐稽徵 機關申請不課徵土地增值稅，以符規定，避免產生徵納雙 方之爭議。上開意見惠請轉知各地方政府農業主管機關配 合辦理。」本函釋嗣於財政部稅制委員會101年12月編印 「土地稅法令彙編」時，以「99年增訂農業發展條例第38 條之1第2項已另有規定，本函已不合時宜」為由，予以免 列。
（五）綜合上開農業發展條例（下稱本條例）、土地稅法等相關 法令規定，及司法院解釋與本條例第38條之1增訂立法意 旨整體觀察，可知：
１、憲法第19條規定「人民有依法律納稅之義務」，係指人民 有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠 而言。惟有關租稅事項，法律亦得以具體明確之規定，授 權主管機關以命令為必要之規範；主管機關基於法定職權 ，為執行有關稅法之規定，也得本於租稅法律主義之精神
，依各該法律之立法目的，衡酌租稅經濟上之功能及實現 課稅之公平原則，就有關課稅之技術性及細節性事項為必 要之釋示。申言之，適用課人民以繳納租稅之法律時，該 法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整 體性及權利義務之平衡，當不能任意割裂適用；法院審查 主管機關基於法律授權或法定職權發布之命令是否符合租 稅法律規範之意旨時，亦不應拘泥於法條所用之文字，而 應以法律本身之立法目的及其整體規定之關連意義，並衡 酌租稅經濟上之功能及實現課稅之公平原則為綜合判斷。 至於課稅原因事實之有無及有關證據之證明力如何，乃屬 事實認定問題，不屬於租稅法律主義之範圍，法院於審判 案件時，對於個別事件課稅原因事實之有無，仍應斟酌全 辯論意旨及調查證據之結果，判斷事實之真偽。 ２、本條例89年1月26日修正公布施行時，於第37條第1項規定 「作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵 土地增值稅」；土地稅法第39條之2第1項亦於同日配合修 正公布施行。而本條例施行細則並依據本條例第76條之授 權，於同年6月7日修正發布第2條第2項規定「前項農業用 地經依法律變更編定為非農業用地，在依法應完成之細部 計畫尚未完成，無法依變更後之用地使用，經上開法律主 管機關認定仍應依原來農業用地使用分區別或用地別管制 使用者，得適用本條例第37條第1項．．．規定，不課徵 土地增值稅．．．」；土地稅法施行細則第57條第2項亦 於89年9月20日配合為相同之規定。嗣於94年6月10日修正 發布本條例施行細則，除將上開原第2條第2項調整增訂條 次為第14條之1，規定農業用地經依法律變更為非農業用 地後，上開原細則第2條第2項已規定有關「依法應完成之 細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者」 ，得享有不課徵土地增值稅之稅捐優惠外，並將其屬「已 發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區 段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變 更後之計畫用途申請建築使用者」，一併納入不課徵土地 增值稅的稅捐優惠範圍；土地稅法施行細則旋於94年12月 16日配合增訂發布第57條之1而為相同內容之規定。準此 可知，前開修正前本條例施行細則第2條第2項（土地稅法 施行細則第57條第2項）及修正增訂後本條例施行細則第 14條之1（土地稅法施行細則第57條之1），並未限制僅於 72年8月3日後變更為非農用之土地始有該不課徵土地增值 稅之適用。惟財政部自85年迄93年間相關函釋，均以「72 年8月3日『後』」變更為非農用土地方行適用，對於「72
年8月3日『前』」即變更為非農用土地之所有人顯具不公 ；為明確規範都市計畫變更為非農業區土地，在細部計畫 尚未完成前，因無法依變更後之計畫用途使用，於移轉之 際亦得適用免徵土地增值稅（及遺產稅）等相關規定，乃 將上列本條例施行細則第14條之1條文，於99年12月8日修 正增訂移作本條例第38條之1，以達到法規體系一致性， 免其產生不公之象暨維持法律穩定性與實現公平正義；並 明訂「不論其何時變更」（財政部建議之文字），均有適 用。是綜合前揭本條例、土地稅法「作農業使用之農業用 地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅」之立法目 的及其相關施行細則整體規定之關連意義，並衡酌租稅經 濟上之功能、法規體系之一致性及課稅的公平原則，上開 94年6月10日修正增訂發布本條例施行細則第14條之1、94 年12月16日修正增訂發布土地稅法施行細則第57條之1規 定，亦應與99年12月8日增訂公布本條例第38條之1規定作 相同之解釋-即「農業用地經依法律變更為非農業用地， 『不論其為何時變更』」，如符合該條第1款、第2款規定 情形之一者，均得適用本條例第37條第1項（土地稅法第 39條之2第1項）規定，不課徵土地增值稅，倘屬72年8月 3日本條例修正生效前已變更為非農業用地，並有本條例