臺北高等行政法院判決
101年度訴更二字第33號
101年7月31日辯論終結
原 告 華儲股份有限公司
代 表 人 謝世謙（董事長）
訴訟代理人 袁金蘭 會計師
訴訟代理人 林瑞彬 律師
複代理人 張憲瑋 律師
被 告 財政部臺灣省北區國稅局
代 表 人 李慶華（局長）住同上
訴訟代理人 陳奕璋
邱玉琴
上列當事人間所得稅法事件，原告不服財政部中華民國97年2 月
22日臺財訴字第09600453100 號訴願決定（案號：第09603151號
），提起行政訴訟，前經本院以97年12月18日97年度訴字第955
號判決駁回其訴，原告提起上訴，經最高行政法院98年10月22日
98年度判字第1265號判決廢棄發回本院更為審理；本院以98年12
月31日98年度訴更一字第147 號判決撤銷原處分及訴願決定，被
告不服，提起上訴，復經最高行政法院101 年1 月12日101 年度
判字第14號判決廢棄本院更審判決，發回本院審理，本院更為判
決如下：
主 文
原告之訴駁回。
第一審及發回前上訴審訴訟費用均由原告負擔。 事實及理由
一、程序事項：
本件原告與被告之代表人於起訴時分別為劉乃珩與吳自心， 訴訟繫屬中各變更為謝世謙、李慶華，均已具狀承受訴訟， 核無不合，依法應予准許，合先敘明。
二、事實概要：
㈠原告民國89年度期末即91年度期初股東可扣抵稅額帳戶餘額 為新臺幣（下同）86,837元；原告於90年3 月5 日召開股東 會決議分配89年度未分配盈餘497,500,000 元，並於同日召 開董事會決議分配基準日為90年3 月26日，當時股東可扣抵 比率應為0.01％（股東可扣抵稅額帳戶餘額86,837元÷可供 分配盈餘846,070,697 元），該次盈餘分配之正確可扣抵稅 額應為49,750元（該次盈餘分配金額497,500,000 ×股東可 扣抵比率0.01％）；惟因原告89年度符合獎勵規定之免稅所 得994,230,318 元尚未經核定，原告遂依據結算申報自行繳 納稅額248,460,743 元，先於90年3 月30日自行繳納220,00
0,000 元，再於90年5 月31日繳納28,460,743元；原告90年 4 月27日實際分配盈餘時，誤將在90年3 月30日分配基準日 之後，自行繳納之89年度營利事業所得稅220,000,000 元計 入該次分配之股東可扣抵稅額，致該次股東可扣抵稅額超額 分配129,350,000 元（計算式：可扣抵稅額86,837元＋220, 000,000 元＝220,086,837 元；可供分配盈餘846,070,697 元；稅額扣抵比率＝可扣抵稅額220,086,837 元÷可供分配 盈餘846,070,697 元＝26.01 ％；本次分配可扣抵稅額＝本 次分配盈餘497,500,000 元×26.01 ％＝129,399,750 元； 本次股東可扣抵稅額超額分配數＝本次實際分配數129,399, 750 －本次應分配數49,750元＝129,350,000 元）。 ㈡嗣財政部以90年12月4 日臺財稅字第0900457611號函核准原 告自89年起連續5 年度免徵營利事業所得稅，原告於90年12 月4 日收受該核准免稅函後，旋即於91年1 月31日向被告申 請更正89年度營利事業所得稅併退還已繳納之稅額248,460, 743 元，被告於91年12月16日核定退還原告89年度營利事業 所得稅235,215,368 元。
㈢因原告超額分配股東可扣抵稅額，經被告函請說明，原告遂 於94年7 月申請更正列報91年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘 額為170,879,561 元，期末餘額為負195,955,304 元；被告 乃依原告90年度經核定之期末餘額170,879,561 元，核定原 告91年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額170,879,561 元，減 除原告申請更正之89年度營利事業所得稅結算申報經調查核 定減少稅額235,215,368 元、原告91年度分配股利總額或盈 餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512 元、依公司法或其他 法令規定91年度提列之法定盈餘公積所含之已納營利事業所 得稅額13,665,837元，以及91年度依公司章程規定分派董監 事職工之紅利所含之已納營利事業所得稅額2,459,851 元， 重行核定原告91年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額為負183, 741,007 元。
㈣被告審認原告91年度期末股東可扣抵稅額帳戶餘額為負183, 741,007 元，形同原告未實際繳納該稅額，卻將該稅額分配 予股東，使股東得據以申報扣抵應納稅額或申請退還稅額， 遂對原告發單補徵應納稅額183,741,007 元。原告不服，申 請復查，經決定維持原查，提起訴願復經駁回，原告遂提起 行政訴訟。先經本院97年度訴字第955 號判決（下稱本院原 審判決）駁回原告之訴，次經最高行政法院以98年度判字第 1265號判決（下稱最高行政法院第一次廢棄判決）廢棄本院 原審判決，發回本院更為審理，再經本院以98年度訴更一字 第147 號判決（下稱本院更審判決）撤銷發單補徵處分及訴
願決定，被告不服，提起上訴，復經最高行政法院101 年度 判字第14號判決（下稱最高行政法院第二次廢棄判決）廢棄 本院更審判決，發回本院重為審理。
三、原告起訴略以：
㈠原告於90年4 月27日分配股利並帶出股東可扣抵稅額時，以 及在同年5 月31日辦理89年度營利事業所得稅申報時，不具 有適用免稅所得之資格，故當時原告實不可能知悉日後此等 已納稅款有可能變成免稅性質，而有再予退稅之可能，是以 ，被告所稱之超額分配實不可歸責於原告，原告絕非明知可 獲退稅而仍強予分配，被告認定原告超額分配股東可扣抵稅 額，顯屬誤認事實。
㈡最高行政法院第二次廢棄判決認定本院更審判決未依職權調 查被告退稅處分是否合法，而得適用財政部89年7 月1 日臺 財稅字第890454396 號函釋，已嫌違誤乙節，應屬有誤： ⒈本院更審判決已審認退稅處分之合法性，最高行政法院第 二次廢棄判決所指違法處分2 年之撤銷期限乙節，並不可 能影響本院更審判決之心證及結果，不應以此無關之事由 廢棄本院更審判決：
⑴上開財政部89年函釋已明言所得稅法第100 條之1 第1 項規定僅限於稽徵機關依同法第100 條第3 項規定退還 經復查、訴願決定或行政訴訟之應退還稅款始有適用， 且承認因退稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額出現負數之 情形。
⑵原告於90年12月4 日獲財政部准許自89年起連續5 年免 徵營利事業所得稅，至91年12月31日止，原告帳列股東 可扣抵稅額帳戶呈現負數係因原告取得5 年免稅之核准 函後，於91年初申請退還已繳納之89年度稅款，於91年 底經核准退還235,215,368 元，並非稽徵機關依所得稅 法第100 條第3 項規定經復查、訴願或行政訴訟後應退 還稅款之情形。
⑶本件並不可歸責於徵納雙方，被告依據所得稅法第100 條之1 及第66條之1 ，對原告發單補徵應納稅額183,74 1,007 元即屬違誤。
⑷被告主張所為退稅並未依所得稅法第100 條之1 第1 項 規定，保留超過退稅當時原告股東可扣抵稅額帳戶餘額 數之稅額，致原告股東可扣抵稅額期末帳戶為負183,74 1,007元，而發單補徵同額所得稅，核有違誤。 ⒉是以，本院更審判決對於原退稅處分是否合法、是否適用 財政部89年函釋，均已作出明確宣示，絕非未依職權調查 審認退稅處分是否合法，最高行政法院第二次廢棄判決對
本院更審判決內容並未正確認知，即逕將本院更審判決廢 棄，實屬誤解。再者，本院更審判決雖未對退稅處分是否 逾2 年撤銷權除斥期間加以審酌，惟是否即可謂本院更審 判決有未查明事項之違法，尚有可議，蓋若該事項查明與 否並不影響判決結果，自無須逐一審酌。
⒊詳言之，無論退稅處分是否合法、其撤銷有無逾期，均非 本件爭執要點。本件爭點在於補稅處分是否合法，故無論 本院更審判決調查審認原退稅處分是否合法之結果如何， 仍須面對「股東可扣抵稅額帳戶為負數是否應補稅」之爭 點，故原退稅處分合法與否之審斷結果並不會影響全案判 決結果，本院更審判決遂未予審酌；然依行政訴訟法第25 5 第項2 條規定「原判決依其理由雖屬不當，而依其他理 由認為正當者，應以上訴為無理由。」是以，本件被告實 無任何補稅依據，且財政部89年函釋既已明示本件退稅並 不受所得稅法第110 條之1 限制，如已分配股利而帶出稅 款，則股東可扣抵稅額帳戶將出現負數，自不容最高行政 法院第二次廢棄判決以上開理由將本院更審判決廢棄。 ⒋本件被告如係撤銷違法處分，即應准許原告得依據所得稅 法第100 條之1 規定取得留抵後再返還溢退稅款： ⑴被告從未自認疏失致為退稅處分，故該補稅處分顯非屬 原退稅方式或金額之調整，而非屬行政程序法第117 條 規定撤銷部分違法處分之情形。惟本院更審前之判決未 察，憑依據被告臨訟答辯之詞，為為判決之依據，最高 行政法院第二次廢棄判決亦然。
⑵本件被告於補稅處分僅指稱由國家補貼營利事業之不公 情事等理由，未敘明符合行政程序法第97條規定之事由 ，亦未援引同第117 條規定據以撤銷部分退稅處分，故 本件補稅處分非屬原退稅處分之部分撤銷。
⑶最高行政法院第二次廢棄判決指示應就「被告於何時知 悉有撤銷原因、是否已逾2 年除斥期間」另為調查，惟 被告如認為原全額退稅處分並無違法，自無最高行政法 院判決所稱追繳違法退稅之情事；如被告亦認為原全額 退稅處分違法，當初僅應就原告股東可扣抵稅額帳戶餘 額之範圍內加以退稅，則形同自承本件應可類推適用所 得稅法第100 條之1 第1 項前段規定，同意將原告之補 繳稅額留抵未來應納之營利事業所得稅，而非割裂適用 ，僅適用該項前段，而忽略後段，否則，即認為退稅處 分不應使股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，同時又使 未足額退稅之差額部分亦無從留抵未來稅額，造成租稅 負擔之扭曲與不公，顯有違該規定意旨。是若本件為被
告對違法退稅處分為部分撤銷，即應將本件法律效果回 復原狀，亦即要求原告補繳稅款之同時，亦應同意原告 取得留抵稅額，而非僅命原告返還溢退稅款。
⑷退言之，如認本件有行政程序法第117 條規定之適用， 被告亦違反同法第121 條規定，未於知悉原告91年底股 東可扣抵稅額帳戶餘額出現負數後2 年內行使撤銷權： ①稅捐稽徵法第21條已有核課期間規定，故我國法律對 稅務案件之處理時限已有寬待，而稅捐稽徵法第1 條 亦明定：稅捐之稽徵，依本法之規定；本法未規定者 ，依其他有關法律之規定。故在稅捐稽徵法未有類似 行政程序法第117 條及第121 條之違法處分撤銷須於 2 年除斥期間完成之規定下，於特別法未有規定時， 自應適用普通法之行政程序法規定，此已由最高行政 法院判決理由指明上開規定於本案有其適用，被告不 得再以稅務案件之特性為由，排除適用行政程序法之 規定。
②倘違法原因發生後，對於處分相對人是否具有撤銷之 情形，基於社會通念及經驗法則，行政機關如略加調 查而不難得知該撤銷原因應已發生而存在時，即得作 為除斥期間之起算點；且撤銷違法行政處分之除斥期 間起算點，應採取送達主義，以接獲有撤銷原因之事 實時點為準，而不以其實際知悉之時點為準，否則， 人民除因資訊不對稱而必有舉證困難之問題外，亦將 導致行政機關消極不作為，而致行政處分長期處於不 確定之狀態，此絕非規定除斥期間之立法目的，此參 照最高行政法院100 年度判字第162 號、99年度判字 第1104號及96年度判字第1578號判決意旨可明。 ③原告於91年12月16日收到被告之退稅款235,215,368 元時，已先於91年5 月31日向被告申報90年度股東可 扣抵稅額帳戶之期末餘額為144,776,967 元，依所得 稅法第66條之2 規定，此90年度期末餘額等於91年度 股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額，因此，當被告於91 年9 月23日（此為89年度營利事業所得稅結算申報核 定通知書之核定日期）核定退稅235,215,368 元時， 被告即已明確知道該退稅款會導致原告91年度股東可 扣抵稅額帳戶產生負數餘額。故被告知悉此一負數餘 額之事實為91年9 月23日，距離被告於95年6 月1 日 補徵183,741,007 元稅款之時點已逾3 年多，依行政 程序法第121 條之年限規定，被告顯已逾2 年除斥期 間，自不得違法撤銷前揭退稅處分，是以本件補稅處
分自非合法。
④退步言之，縱謂被告於91年9 月23日之時點未能知悉 原告之股東可扣抵稅額將產生負數餘額之事實，但依 據民法第95條第1 項規定，以及最高法院58年度臺上 字第715 號、54年度臺上字第952 號裁判意旨，意思 表示以通知到達相對人時發生效力，所謂達到係指相 對人居於可以了解之地位，即屬已足。故原告於92年 5 月31日將營利事業所得稅申報書送達於被告時，即 已向被告揭露原告91年底股東可扣抵稅額帳戶餘額為 負數之事實，原告以書面所為之非對話意思表示已因 送達而生效，不因被告審核速度是否過慢而有所改變 。原告既已於92年5 月30日申報91年營利事業所得稅 及股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表並明示期末股 東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之事實，被告實無從佯 稱不知；此一時點即92年5 月30日距被告95年6 月1 日作成補徵183,741,007 元稅款之處分已逾3 年，依 行政程序法第121 條之年限規定，亦已逾2 年除斥期 間，而無從再為追補稅款。
⑤原告於92年5 月申報91年股東可扣抵稅額帳戶時，既 已誠實呈現期末餘額為負數之事實，被告所稱其係信 賴原告申請更正，故決定全額核退89年度營利事業所 得稅云云，實與其撤銷權已罹於時效之認定無關，原 告並無任何信賴不值得保護之情事。被告未依職權調 查核定，已違背稅捐稽徵法第30條規定在先，復誤解 信賴保護原則，自不足採。況被告實際上仍有進行查 核，故最後核定退稅金額與原告申請金額亦不相同， 可證被告所述並非真實。
⑥被告就非屬行政救濟而退稅之案件，如認仍應適用所 得稅法第100 條之1 第1 項之規定，須於股東可扣抵 稅額帳戶餘額內退還，即應於每次核定退稅前詳加調 查其營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額之多寡，以確 認是否會因為過度退稅而產生股東可扣抵稅額帳戶負 數餘額，惟因其未調查而於91年度全額退稅，導致原 告股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，而當原告於92 年5 月實際申報負數餘額之91年度股東可扣抵稅額帳 戶時，被告卻視而不見，可見被告過往從未認為非屬 行政救濟退稅情況應以股東可扣抵稅額帳戶餘額為限 ；且被告亦認為本件應有89年函釋之適用，嗣又改變 見解，恰屬違背信賴保護原則之舉。
⑦被告亦稱原告因未於申請更正退稅時預減股東可扣抵
稅額帳戶餘額，故有信賴不值得保護之情事云云，然 於申請更正退稅之時點即減除股東可扣抵稅額帳戶餘 額本非財政部所認同之法令解釋方式，已如前述，而 所謂值得保護之信賴，須是「正當」的信賴。原告並 未有行政程序法第119 條所定信賴不值得保護之情事 ，蓋原告於申報91年度股東可扣抵稅額帳戶時已詳實 記載股東可扣抵稅額帳戶並申報呈現其負數餘額之事 實，並已於獲得5 年免稅核准而申請更正89年營利事 業所得稅退稅時，在更正申請書第2 頁下方表明「擬 申請之『更正後應收退稅款』248,547,580 元，係依 據附隨之89年函釋辦理」，故原告已主動提及財政部 89年函供被告參酌，希望被告依該函釋審酌「原查核 定較原申報減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第 100 條第3 項規定之適用（如已分配帶出稅款，則股 東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數）」；原告已告知 退稅申請案將有股東可扣抵稅額帳戶餘額產生負數之 情形，亦已明文告知被告本件不適用「應就退稅款時 營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還」之規定， 應就核定退稅款全數退還，而被告亦於審酌該函釋內 容對原告之適用性後，同意依此方式核准退稅235,21 5,368 元，不予考慮當時股東可扣抵稅額帳戶餘額將 導致負數餘額，故89年度營利事業所得稅退稅申請事 件，係因適用財政部89年函釋而產生，實屬一致，被 告竟主張其與財政部89年函釋之適用係屬二事云云， 被告為達補稅目的，前後認定相互矛盾，審查標準不 一，實不應採信。
⑧依常理推論，只要被告具備正確核定稅捐之基本態度 而盡一般注意義務，自會於91年12月16日核准本件部 分退稅前，對此負數餘額情形予以審酌，然而被告將 原告已明確告知之事項視為未告知，並改口稱原告未 隨同營利事業所得稅退稅申請書一併申請更正股東可 扣抵稅額帳戶變動表，因此必須承擔遭補稅之結果， 刻意忽略原告已揭露之重要股東可扣抵稅額資訊，再 草率強稱原告未揭露任何資訊，誤導本件事實，實不 足採。
⑨依被告於91年12月16日就原告更正申請件案件，作成 核退稅款235,215,368 元之行政處分形式觀之，即認 同原告關於應適用財政部89年函釋之主張；若被告不 承認當時有此意思表示，自應舉證加以反駁，而非出 爾反爾的強稱原告未告知正確訊息，方使其核定錯誤
；被告既已依原告提供之前述資料，就應退稅款是否 應於股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還加以審酌，且審 酌後仍決定退還全數稅款，致使原告股東可扣抵稅額 帳戶成為負數，即不應卸責妄稱原告「有提供不正確 資料或不完全陳述，致行政機關依該資料或陳述而作 成行政處分之信賴不值得保護情形」。不論被告是否 已善盡職責地衡酌財政部89年函釋對原告之適用性， 原告已善盡納稅義務人誠實申報義務，提供正確資料 與完全陳述，同時依法於接獲被告製發之退稅核定通 知書日，將核退稅款自股東可扣抵稅額帳戶減除，而 被告直到更審階段，方改稱原告有未充分揭露之不誠 實情事，明顯以不正確之陳述欲使得法院誤信而為對 其有利之判決，原告實無所謂信賴不值得保護之情形 。
㈢有關最高行政法院第二次廢棄判決認定稽徵機關如有違法退 稅，即應本諸職權予以追繳，將退稅處分為全部或一部撤銷 ，並準用民法不當得利之規定請求返還等語，說明如下： ⒈最高行政法院第一次廢棄判決已經認定退稅處分之作成不 可歸責於徵納雙方，且可以適用財政部89年函釋，並無適 用所得稅法第100 條之1 第3 項規定之餘地，除有牴觸其 他法律之情節外，尚難指摘退稅處分違法；最高行政法院 第二次廢棄判決亦未明確指稱徵納雙方何者有違法之問題 ，而留待本院審酌，故本件徵納雙方既無違法亦不可歸責 ，本件退稅處分即屬合法且可適用財政部89年函釋，因退 稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之情形亦屬當然， 並無可議之處，自無適用所得稅法第100 條之1 第1 項規 定之餘地。
⒉所得稅法第100 條之1 第1 項之規定，僅依同法第100 第 3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款 有其適用，並未規定一般營利事業所得稅結算申報案件經 稅捐機關核定退稅時亦有適用。就此當然之法律解釋，財 政部亦已公布89年函釋，明訂所得稅法第100 條之1 第1 項所指應就退稅時營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退 還之規定，僅限於稽徵機關依同法第100 條第3 項規定退 還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用。 至於稽徵機關原查或更正後核定較原申報或原核定減少稅 額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之「行政救濟」之適用 ，故對於「非行政救濟」案件之退稅，的確可退還較當時 股東可扣抵稅額帳上餘額更多之稅款，致使其成為負數餘 額，並非應予補稅之異常情事，故被告實無權違反財政部
公布之89年函釋，而另為相異解釋。
⒊原告係因5 年免稅核准函未及由相關主管機關於免稅適用 年度辦理所得稅申報前核發，故於嗣後取得5 年免稅核准 函後，始提出更正申請退還溢繳之稅款，並經被告核定後 退還，該應退稅款性質上本屬原查核定較原申報減少稅額 應辦理之退稅款，絕非屬行政救濟產生之應退稅款，殆無 疑義，被告亦未能否認。然被告仍錯誤援引所得稅法第10 0 條之1 第1 項，忽略明文之規定，僅依據該條項立法意 旨，在未有法令依據之情形下，核定原告應補繳股東可扣 抵稅額帳戶負數餘額，顯然違反前揭財政部89年函釋及所 得稅法第100 條之1 第1 項規定，其違法至灼。 ⒋依司法院釋字第287 號解釋意旨，被告認為前揭財政部89 年函釋已遭財政部以90年11月30日臺財稅字第0900457339 號令（下稱財政部90年令釋）規定「未編入90年版所得稅 法令彙編者自民國91年1 月1 日起非經重行核定不再援引 適用」，故前揭財政部89年函釋既未經收錄於90年版所得 稅法令彙編中，自未能於本件90年度案件中加以適用云云 ，此等論證顯有錯誤：
⑴依司法院釋字第287 號解釋意旨，前揭財政部89年函釋 除確有違法之情形外，不應受之後其他解釋之影響；是 以，既然財政部90年令釋、90年版所得稅法令彙編，及 其他可查得之所有稅務法令、或財政部頒定之後續解釋 函令中，皆未說明前揭財政部89年函釋有何違法情形， 且前揭財政部89年函釋之內容，確實與所得稅法第100 條之1 等規定並無不合，被告亦未能指稱前揭財政部89 年函釋有何違法之處，故於本件之適用效力自不應受財 政部90年令釋或其他之後函釋之影響。
⑵一般情形下，財政部稅制委員會所制定之法令彙編中， 其曾經例示過之免列理由繁多，諸如：對法令之當然解 釋、個案核示、或因已列入法規、或因已不適用等原因 ，亦即，如一函釋之免列理由為「當然解釋」、「個案 核示」或「已納入法規」等，將因其並非顯有解釋法律 錯誤或不當方予免列，該函釋之規定及其意旨仍應得用 以做為所得稅法應如何正確適用及解釋之參考。是以， 被告如未證明前揭財政部89年函釋之免列理由係由於其 確有違法，即不應逕予否定該函釋於本件之參考價值。 財政部既曾經針對所得稅法第100 之1 第1 項應如何正 確解釋而研擬前揭財政部89年函釋，並將其公告周知， 該89年函釋雖未編入90年版之所得稅法令彙編中，然就 前揭法律本文以及解釋函令之文義觀之，所得稅法第
100 條之1 本來即是稽徵機關依同法第100 條第3 項「 經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者…… 」之規定退還營利事業所得稅款時，方有其適用，故前 揭財政部89年函釋重申此項當然之法律解釋後，僅再以 反面舉例之方式，說明「原查（或更正後）核定較原申 報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款」非屬同法第 100 條第3 項之情形，不能適用同法第100 條之1 之規 定，此函釋之說明並未能使納稅義務人更了解所得稅法 第100 條之1 之本意，是以，財政部89年函釋之內容本 為「對所得稅法第100 條之1 之當然解釋」，是以未被 收錄至所得稅法令彙編之理由應僅係為避免無謂之重複 ，並非其解釋內容有違背法令、牴觸母法、錯誤解釋、 文字誤植等基本錯誤；是以，被告僅以此函釋未再持續 被收錄至法令彙編中，即謂其全無參考價值，絕非正確 。本件即為所得稅法第100 條之1 第1 項應如何正確適 用之法律爭議；原告退稅情況並非該條文所明定之情況 ，被告是否得主張類推適用該條文本即存有爭議；而該 財政部89年函釋既為解釋所得稅法第100 條之1 第1 項 之函釋，且係經稅務主管機關仔細研擬、審議與公告施 行，自應有其效力及稅法上論理之正確性；且解釋函令 既係解釋法律，除非經特別明訂生效日，否則應追溯至 法規頒訂日起生效，前揭財政部89年函釋及其所闡述之 內容未經明文廢止適用、未經稅務機關表明其免列理由 、亦未被其他後續新函釋、法令或司法院解釋廢棄，更 與現行稅務法令間無相違或矛盾之處，自無於本件中否 准適用或參考之理。
⑶最高行政法院第二次廢棄判決指出，財政部89年函釋適 用時，仍應以該稽徵機關所為之退稅處分合法為前提。 倘稽徵機關核定納稅義務人結算申報而有違法退稅情事 ，自應本諸職權予以追繳，亦即依職權將該退稅處分為 全部或一部之撤銷，並準用民法關於不當得利之規定， 請求返還，以符租稅法律主義及租稅之公平云云。然該 判決並未指明何謂違法退稅情事、如有違法又是違背何 項稅務法令；如其所稱之違法，係指違背所得稅法第10 0 條之1 之立法意旨，認為應超越法律文義範圍，將「 以股東可扣抵稅額帳戶當時餘額內退還」之規定擴大適 用至非行政救濟案件，則亦屬違法；蓋稅務機關與納稅 義務人所遵循者，必為經立法者通過之立法明文，而非 立法意旨，況立法意旨並非財政部加以公告周知之事項 ，不能期待納稅義務人會忽視稅法明文規定而遵循立法
意旨，且一旦納稅義務人有違背稅務法令明文時，亦不 得以其係遵循立法意旨而為抗辯；故如立法意旨與稅法 明文之內容相違時，則屬於立法技術不佳之問題，惟在 修法前仍應遵循稅法明文，是以被告主張其係依據所得 稅法第100 條之1 之「立法意旨」進行補稅，即代表其 補稅處分並非依據任何明文法律，已與租稅法律主義有 違，違法情形自不待言。然而，最高行政法院第二次廢 棄判決對於被告未引用法律，僅依據立法意旨即為補稅 之脫法情事不置一詞，卻另在不告知任何被告退稅處分 所涉違章之條文下，質疑被告退稅處分之合法性，更錯 誤認為本院原審判決未依職權調查原退稅處分是否合法 即率爾撤銷補稅處分，顯有重大爭議云云，最高行政法 院第二次廢棄判決實有違誤。
⑷在稅法適用上，除法律有特別規定外，基於法律不溯及 既往原則，原則上應可採取「實體從舊，程序從新原則 」（前行政法院56年判字第81號、56年判第24號判例參 照）。亦即，除非基於特定重大公益要求，否則，有關 租稅權利義務本體的發生及其內容如何，均應適用行為 時或事實發生時所施行法律的規定。原告於90年12月4 日取得被告核發之5 年免稅函，產生退稅請求權；原告 於91年1 月31日向被告更正89年度營利事業所得稅申報 ，並申請退稅，而於91年12月16日實際獲得被告核退89 年度營利事業所得稅，是以，關於原告得請求退還稅款 之範圍屬於實體事項，應依據90年度當時法令決之。而 前揭財政部89年函釋係自91年1 月1 日起始不再援用， 故該函釋於本件應仍得適用，並無疑義。
㈣關於最高行政法院第二次廢棄判決認定「辦理營利事業所得 稅結算申報後，該結算申報書內載事項應予更正，其股東可 扣抵稅額帳戶變動明細資料亦應一併主動、據實更正，申報 查核」部分，說明如下：
⒈原告於91年1 月31日向被告更正申請89年度營利事業所得 稅應退稅額時，即已主動檢具前揭財政部89年函釋，故被 告於核定退還89年度營利事業所得稅以前，應即已知悉並 考量前揭財政部89年函釋，並就應退稅款是否應於股東可 扣抵稅額帳戶餘額內退還加以審酌；被告既然於審酌後仍 決定將應退稅款全數退還，致使原告股東可扣抵稅額帳戶 成為負數，自難謂不知悉退稅處分是否違法，不得於事後 撤銷。最高行政法院第二次廢棄判決雖謂原告應於更正營 利事業所得稅時，一併據實更正股東可扣抵稅額帳戶餘額 ，惟原告並未違背此義務，蓋原告已將「全數核退稅款將
致使股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額」之情形告知被告 ，並希望被告依法正確審酌股東可扣抵稅額帳戶餘額，故 原告顯已主動據實告知所有相關資訊予被告，並依所得稅 法第66條之3 及之4 之規定記載股東可扣抵稅額帳戶，僅 係未依據被告之錯誤見解，於申請退稅日即先行調減股東 可扣抵稅額帳戶，此外並無其他違背法令情事，亦無其他 可歸責之處。被告於審酌後，仍決定將原告89年度應退稅 款全數退還，致使原告91年之股東可扣抵稅額帳戶餘額成 為負數，即可知被告作成退稅處分時，係認同本件應適用 前揭財政部89年函釋，自不得於事後變更主張為不適用該 函釋；是以，本件作成89年度退稅處分時，雙方對財政部 89年函釋之適用並無爭議，於本件行政訴訟程序中亦無須 對此再加以爭執；最高行政法院第二次廢棄判決謂本院前 更審判決對被告退稅處分是否可適用前揭財政部89年函釋 乙事未予審認云云，自無理由。
⒉退步言之，即便原告於91年1 月31日申請退還89年度營利 事業所得稅時，自行將申請退稅金額自股東可扣抵稅額帳 戶中減除，亦無法避免股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額 之結果，最高行政法院第二次廢棄判決以此質疑原告股東 可扣抵稅額帳戶記載之正確性，實與本件「合法產生股東 可扣抵稅額帳戶負數餘額後，應如何依法處理」之爭點無 涉：
⑴依據原告91年度股東可扣抵稅額帳戶餘額變動明細申報 表，91年1 月1 日之帳載期初餘額僅144,776,976 元， 當年度並無其他計入項目，故即便於原告91年1 月31日 即先行減除申請退稅之248,547,580 元（日後實際獲得 退稅金額為235,215,368 元），當時仍會產生負數之股 東可扣抵稅額帳戶餘額，故本件爭議無從由此解決，仍 須審酌者，為股東可扣抵稅額帳戶負數餘額是否應補稅 ，而非持續追究原告對於股東可扣抵稅額帳戶負數餘額 之產生有無責任。
⑵以常理推論可知，依據被告之主張無法避免股東可扣抵 稅額帳戶產生負數餘額，以簡例觀之，若某公司帳上股 東可扣抵稅額帳戶餘額分配後僅有100 元，經計算後申 請退稅90元，而依據被告之主張自行將此90元先於申報 時自股東可扣抵稅額帳戶減除，則該帳戶餘額剩下10元 ，然若經稅務機關核定確認該公司計算錯誤，應退稅額 應高達120 元，此時若原告股東可扣抵稅額帳戶減除此 30元之應退稅額差額，則股東可扣抵稅額帳戶將產生負 值20元；是以，只要在已納稅款有申請退稅之可能下，
應退稅額就有可能大於當時之股東可扣抵稅額帳戶餘額 ，此時，稅務機關若認定股東可扣抵稅額帳戶不應有負 數餘額，即應於退稅前詳盡調查，以類推適用所得稅法 第100 條之1 第1 項所定之方式，在股東可扣抵稅額帳 戶餘額內退還稅款，並將餘額以發給留抵證明之方式處 理；否則即應接受股東可扣抵稅額帳戶係可能產生負數 餘額之事實，在其不可歸責於徵納雙方下而不應對納稅 義務人加以補稅。
⑶被告已先行合法退稅，導致原告之股東可扣抵稅額帳戶 產生負數餘額，斷無再就該負數餘額加以補徵稅款之理 ，如此先退還再補徵之方式，將使原本政府獎勵營利事 業之退稅處分完全失去意義，而徒然增加徵納雙方之作 業成本，被告此等主張顯不符合事理之常。
⒊按「議題14：賦稅署說明：營利事業於申報年度營利事業 所得稅並自行繳納後，該自繳稅款已依所得稅法第66條之 3 規定計入當年度股東可扣抵稅額帳戶，嗣後如有提出更 正申報致減少應納稅額者，原則上應依據所得稅法第66條 之4 規定，俟稽徵機關調查核定確定減少稅額者，始將該 減少之稅額於核定通知書送達日，自其股東可扣抵稅額帳 戶中減除。」為財政部賦稅署98年8 月20日臺稅一發字第
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