臺北高等行政法院判決
101年度訴字第498號
101年7月17日辯論終結
原 告 威凱科技股份有限公司
代 表 人 吳金鈴（董事長）
訴訟代理人 卓隆燁 會計師
複 代理人 張芷 會計師
被 告 財政部臺灣省北區國稅局
代 表 人 李慶華（局長）
訴訟代理人 林幸枝 （兼送達代收人）
上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國10
1 年2 月2 日台財訴字第10000391290 號（案號：第10002033號
）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
壹、事實概要：
原告民國96年度營利事業所得稅結算申報，原列報前5 年核 定虧損本年度扣除額（下稱虧損扣除額）新臺幣（下同）56 ,949,021 元 、課稅所得額虧損27,289,767元及已扣抵國外 所得稅額之基本稅額與一般所得稅額之差額（下稱基本稅額 與一般所得稅額之差額）0 元，經被告分別核定29,659,254 元、0 元及2,728,976 元，補徵稅額2,695,496 元，並按所 漏稅額處1 倍罰鍰2,728,976 元。原告不服，申請復查，未 獲變更，提起訴願，遭經駁回，遂向本院提起本件行政訴訟 。
貳、本件原告主張：
一、本稅即前5年虧損扣除額、課稅所得額暨基本所得額部分：（一）按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之 精神：依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質 課稅之公平原則為之。」司法院釋字第420 號解釋在案。 租稅法所重視者，應為足以表徵納稅能力之經濟事實，而 非僅依其外觀之法律行為，故在解釋適用稅法時，所應根 據者為經濟事實，始符實質課稅及公平課稅之原則，亦為 最高行政法院92年度判字第1112號判決所明揭。為避免納 稅義務人質疑稅捐稽徵機關執行實質課稅原則，造成徵納 雙方之爭議，98年5 月13日增訂稅捐稽徵法第12條之1 明 定實質課稅原則：「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於 租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟
上之意義及實質課稅之公平原則為之。稅捐稽徵機關認定 課徵租稅之構成要件事實時，應以實質經濟事實關係及其 所生實質經濟利益之歸屬與享有為依據。」，實質課稅原 則對納稅義務人及稽徵機關，無論有利或不利均應一體適 用（最高行政法院94年度判字第702 號判決參照）。準此 ，課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，應以其實質上經 濟事實關係及所產生之實質經濟利益之實質課稅為準，無 論對納稅義務人有利或不利均應一體適用，而非以形式外 觀有利稽徵機關為準據，否則有違前開司法院釋字第420 號解釋之意旨。
（二）行為時所得稅法第39條規定：「以往年度營業之虧損，不 得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿 據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報 書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵 機關核定之前5 年內各期虧損，自本年純益額中扣除後， 再行核課。」，明揭當公司有營業虧損之情形時，得自後 5 年之純益額中扣除，其虧損得以扣抵之立法目的，揆諸 所得稅法第39條立法意旨：「以往年度虧損原則上不得列 入本年度計算，但以年度為期限，計算營利事業之所得， 常使變動性大之所得，負荷過重」78年12月30日第39條修 正理由：「為提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，爰 參照其他國家之制度並參酌稅捐核課期間及憑證保存年限 之規定，將但書規定得扣除之「前3 年」虧損放寬為「前 5 年」虧損。再參酌98年01月21日第39條修正理由：「一 、為提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，並考量企業 永續經營及課稅能力的正確衡量，參照其他國家做法，將 第1 項規定得扣除『前5 年』虧損，放寬為『前10年』虧 損。」，可知以往年度虧損扣除立法意旨在弭補現行稅負 稽徵以年度結算計課稅所失衡平缺失，例外明文「前10年 」營業虧損扣除當年度所得額計算課稅所得，期以正確衡 量納稅義務人的納稅能力，為維護租稅公平促進稅制公平 合理補正措施法條屬租稅制度一環與租稅優惠或減輕納稅 義務人之稅負無涉。
（三）復「最低稅負制是責成因適用租稅減免規定而繳納較低稅 負或免稅的企業或高所得個人，負擔基本的稅款，適用對 象以在現行稅制下過度適用特定租稅減免優惠，且所得超 過一定標準之個人或企業為限。因此，最低稅負只是要求 適用租稅獎勵之企業或個人，減少其適用租稅獎勵之幅度 ，及至少盡其基本的租稅義務，是屬於彌補現制不足以達 租稅公平之措施，並非加稅。」為財政部所得基本稅額條
例疑義第95題解答。換言之，所得基本稅額之增訂係為補 充所得稅制之不足，使適用租稅減免規定而繳納較低之稅 負或甚至不用繳稅的公司或高所得個人，都須繳納最基本 稅額，以維護租稅公平，亦非為減輕納稅義務人之稅負。 所以，所得基本稅額條例公布施行後，有關營利事業當年 度產生之所得，其營利事業所得稅之計算及繳納，除依原 有所得稅法規定計算營利事業所得稅外，另應依所得基本 稅額條例計算基本所得額及基本稅額，比較兩者稅額之差 額，以決定當年度之最終應納稅額（財政部訴願決定贊同 此見解）。因此，營利事業所得基本稅額與一般所得稅額 同屬營利事業所得稅制，同為所得稅法第39條以往年度營 業虧損規定適用範疇，所得基本稅額條例施行細則第5 條 第2 項規定「營利事業計算前項（第1 項：本條例第7 條 營利事業之基本所得額）課稅所得額時，除屬依所得稅法 及國際金融業務條例規定停徵、免徵或免納營利事業所得 稅之所得額，應先行減除外，其屬依其他法律規定免徵或 免納營利事業所得稅之所得額及所得稅法第39條規定之以 往年度營業虧損之減除順序及金額，由營利事業於申報時 自行擇定之。」，足資參證。
（四）惟財政部訴願決定理由稱：「又所得稅法第39條規定盈虧 互抵之立法目的，係為減輕納稅義務人之稅負」，明顯誤 解對所得稅法第39條係為了達到衡平稅制公平合理，正確 衡量納稅義務人的納稅能力之意旨。所得稅法第39條之立 法意旨並不是為了減輕納稅義務人之稅負，其具以論斷僅 能與應稅所得互抵盈虧，而是衡平計算納稅義務人實際之 整體稅負承擔能力，訴願決定理由認事用法顯屬違誤，應 予以撤銷。依憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務 ，係指國家課人民以繳納稅捐之義務或給予人民減免稅捐 之優惠時，應就租稅主體、租稅客體、稅基、稅率等租稅 構成要件，以法律或法律明確授權之命令定之；如以法律 授權主管機關發布命令為補充規定時，其授權應符合具體 明確之原則；若僅屬執行法律之細節性、技術性次要事項 ，始得由主管機關發布命令為必要之規範，迭經司法院釋 字第443 號、第620 號、第622 號、第640 號解釋在案。 但財政部解釋函令如欠缺法律之依據，縱於實務上施行已 久，或有助於增加國家財政收入、減少稽徵成本，甚或有 防杜租稅規避之效果，惟涉及租稅客體之範圍，並非稽徵 機關執行所得稅法之技術性或細節性事項，顯已逾越所得 稅法之規定，增加納稅義務人法律所無之租稅義務，與憲 法第19條規定之意旨不符，應自失其效力，司法院釋字第
650 號解釋參照。
（五）適用所得基本稅額條例第7 條營利事業之基本所得額計算 ，依據同條例施行細則第5 條第2 項明定營利事業申報所 得基本稅額計算表之計算（本條例第7 條營利事業之基本 所得額）課稅所得額係指所得稅法第24條或第41條規定計 算之所得額，減除停徵、免徵或免納營利事業所得稅之所 得額，及所得稅法第39條規定以往年度營業虧損後之金額 ，且以往年度營業虧損之減除順序及金額，由營利事業於 申報時自行擇定之。旨在重申基本稅額所得稅本質，避免 稽徵機關誤為課稅所得僅限於一般稅額計算，概以課稅所 得不能小於0 元（即課稅所得額為負數值者逕以0 元取代 ），而疏忽基本所得額適用因而明文教示規定：減除所得 稅法第39條規定以往年度營業虧損後之金額，且減除順序 及金額，由營利事業於申報時自行擇定之。
（六）觀諸該條項及細則條文內容，並無所得額不得小於0 元或 不准為負值限制，且營利事業所得基本稅額與一般所得稅 額同屬營利事業所得稅制，同為所得稅法第39條以往年度 營業虧損規定適用範疇，另按行政程序法第4 條規定：「 行政行為應受法律及一般法律原則之拘束。」依被告提供 經財政部核定之營利事業所得基本稅額申報表及營利事業 所得稅結算申報書暨其核定通知書格式內容，營利事業所 得基本稅額申報表方面，關於（02）證券及期貨交易所得 、（03）合於獎勵規定之各項免稅所得、（04）國際金融 業務分行免稅所得、（09）基本稅額及（15）【基本稅額 與一般所得稅額之差額（10）－可扣抵之國外所得稅額（ 11）】皆有該欄＜0 者，以0 計之附註；而營利事業所得 稅結算申報書暨其核定通知書格式方面，關於損益科目之 「損益及課稅所得」59：課稅所得額，並列示明定計算式 課稅所得額（000000000000 000000000），即：59 課稅所得額= 53（全年所得額）－93（國際金融業務分行 免稅所得）－99（停徵之證券、期貨交易所得）－101 （ 免徵所得稅之出售土地增益）－57（合於獎勵規定之免稅 所得）－58－55（前五年核定虧損本年度扣除額）之餘額 ，該欄既為單純計算式結果，其計算結果並無如上述營利 事業所得基本稅額申報表中，第（02）、（04）、（09） 及（15）欄暨營利事業所得稅結算申報書中，第69欄合計 應補（退）稅額（117+67+68）， （當116=0 則65=117） 一樣，加以限制不得為負值。證諸被告核定原告系爭前94 、95年度及系爭後98年度核定通知書，核定59：課稅所得 額均為負值，故營利事業所得稅申報書之59：課稅所得額
依附註計算式所計算後結果並無不得為0 或負數之限制， 至為灼明。
（七）惟財政部訴願決定理由卻稱：「然查所得基本稅額條例施 行細則第5 條係對「一般課稅所得額」之說明，該一般課 稅所得額僅為「基本所得額」之計算基礎，最低只能為零 元；」增加增加納稅義務人法律所無之租稅義務，顯違行 政程序法第4 條，並與憲法第19條規定之意旨不符，訴願 決定顯違租稅法定主義，依照司法院釋字第650 號解釋自 應失其效力，應予撤銷。另從法律適用位階而言，施行細 則乃附屬補充本法規定。關於最低稅負計徵係依據所得基 本稅額條例為準據法，所得基本稅額條例施行細則為所得 基本稅額條例輔助法，即最低稅負計徵輔助法規，與一般 所得稅稽徵依據所得稅法為準據法，所得稅法施行細則為 輔助法有間。「營利事業之基本所得額，為依所得稅法規 定計算之課稅所得額，加計下列各款所得額後之合計數： 」及「本條例第7 條第1 項所稱依所得稅法規定計算之課 稅所得額，指依所得稅法第24條或第41條規定計算之所得 額，減除依所得稅法及其他法律規定停徵、免徵或免納營 利事業所得稅之所得額及所得稅法第39條規定以往年度營 業虧損後之金額。營利事業計算前項課稅所得額時，除屬 依所得稅法及國際金融業務條例規定停徵、免徵或免納營 利事業所得稅之所得額，應先行減除外，其屬依其他法律 規定免徵或免納營利事業所得稅之所得額及所得稅法第39 條規定之以往年度營業虧損之減除順序及金額，由營利事 業於申報時自行擇定之。」既分別為所得基本稅額條例第 7 條及該條例細則第5 條明文規定，自為營利事業所得稅 申報基本稅額計算「基本所得額」時，得據以選擇是否減 除行為時所得稅法第39條規定之前5 年虧損之減除順序及 金額。
（八）是以，營利事業申報一般所得稅額，係依所得稅法規定計 算課稅所得額計徵，而申報所得基本稅額則應依所得基本 稅額條例第7 條及同條例施行細則第5 條規定計算課稅所 得額，准予減除所得稅法第39條規定以往年度營業虧損後 之金額，且以往年度營業虧損之減除順序及金額，由營利 事業於申報時自行擇定之。惟財政部訴願決定理由稱：「 又同條例施行細則第5 條第2 項則係規定營利事業計算『 依所得稅法規定計算課稅所得額時』……並非規定營利事 業在依該條例計算『基本所得額』時，得選擇是否減除行 為時所得稅法第39條規定之前5 年虧損」，訴願決定將所 得基本稅額條例施行細則第5 條針對條例第7 條計算基準
之課稅所得規範，誤植為所得稅法一般稅額計算規定，顯 有錯誤，委不足採，應予撤銷。
（九）復依財政部所得基本稅額條例疑義第95題解答申稱，基本 稅額最低稅負只是要求適用租稅獎勵之企業或個人，減少 其適用租稅獎勵之幅度，及至少盡其基本的租稅義務，是 屬於彌補現制不足以達租稅公平之措施，並非加稅。而所 得稅法第39條以往年度營業虧損規定適用範疇，應以應稅 、免稅所得一併考量，衡平計算納稅義務人實際之整體稅 負承擔能力，非租稅獎勵，因此適用所得稅法第39條以往 年度營業虧損規定，既係衡平計算納稅義務人實際之整體 稅負承擔能力，應無所謂造成年度所得稅中『高收入但免 稅』之國民，仍可不必繳稅，違反了另行制定所得基本稅 額條例之目的情事邏輯，惟財政部訴願決定理由稱：「蓋 基本所得額所應計入之停徵之證券、期貨交易所得，於所 得稅法中均屬免稅收入，不會計算在『一般課稅所得額』 內，其與所得稅法所規定之過去5 年之虧損（屬課稅所得 之減項），性質上不能互相扣減，故於計算當年度基本所 得額時，為其基礎之當年度一般課稅所得額最低只能是零 元，否則無異以所得稅法之『課稅所得之減項』，去扣抵 所得稅法之『免稅所得』（而此免稅所得在所得基本稅額 條例中相當金額以上是應稅的），而侵蝕了應稅之基本所 得額，其結果將使所得稅中『高收入但免稅』之國民，仍 可不必繳稅，即違反了另行制定所得基本稅額條例之目的 」。從所得稅法第39條立法及修正理由，為提高企業競爭 能力及促進稅制公平合理，並考量企業永續經營及課稅能 力的正確衡量意旨，既要衡量營利事業實質納稅負擔能力 ，且基本稅額條例既將免稅所得納入計徵所得稅範疇，訴 願決定卻認定免稅收入與所得稅法規定過去5 年之虧損， 性質上不能互相抵減，明顯限縮所得稅法第39條之適用範 圍，徒增法律所無之限制及納稅義務人之租稅負擔，有違 行政程序法第4 條依法行政原則。從而財政部訴願決定理 由所稱：「易言之，依所得稅法計算之課稅所得額，「應 先減除」依所得稅法規定停徵營利事業所得稅之所得額， 並未給予納稅義務人選擇權利；嗣納稅義務人亦僅得就減 除證券交易所得後之所得限額內，自行擇定減除依『其他 法律』（例如產業升級條例）規定之免稅所得……及虧損 扣除額之順序及金額（以剩餘應稅所得為限）。」之論述 法理自非適法，應予撤銷。另，財政部訴願決定理由所援 引之本院99年度訴字第1955號判決以及最高行政法院100 年度判字第764 號係為個案判決，並非判例，對於本案不
生拘束，併為敘明。
（十）退步言之，所得稅基本稅額條例之意旨已揭明是屬於彌補 限制不足以達租稅公平之措施，並非加稅。因此，納稅義 務人未適用租稅優惠規定之所得稅額即為全年所得額應納 稅額，即租稅優惠之所得額均為實施最低稅負制之應課徵 納稅客體，故其一般所得稅額加計基本稅額合計總應納稅 額，應該等於或小於未適用租稅優惠規定計算之合計總應 納稅額，至為顯明。原告系爭96年度營利事業所得稅結算 ，申報全年所得額58,949,021元、停徵之證券交易所得29 ,289,767 元 ，帳上有前5 年核定虧損金額473,341,730 元，其中91年度核定虧損數69,824,869元，詳如申報書第 18頁揭示。若未適用租稅優惠，本年度全年所得額58,949 ,021元減除前5 年虧損扣除額為69,824,869元，課稅所得 額負10,875,848元，一般所得稅額0 元，基本所得額負10 ,875,848元，基本稅額0 元。一般稅額加計基本稅額之合 計總應納稅額為0 元，惟本案訴願決定雖認屬課稅所得額 為0 元，計算一般所得稅額為0 元，但卻據以計算基本所 得額為29,289,767元，基本稅額為2,728,976 元，合計總 應納稅額為2,728,976 元，大於未適用租稅優惠規定計算 之合計總應納稅額，顯然增加納稅義務人稅負之加稅處分 ，違反所得基本稅額條例僅彌補現行租稅免稅制度下免稅 所得加計基本稅負而非加稅之立法精神，應予廢棄。二、罰鍰部分
（一）原告系爭96年度營利事業所得稅結算，申報全年所得額58 ,949,021 元 、停徵之證券交易所得29,289,767元，帳上 有前五年核定虧損金額473,341,730 元，業於結算申報時 揭露申報書，允先陳明。
（二）據上，原告申報系爭年度課稅所得係依所得稅法第39條規 定，並參照歷年來核定通知書核定計算內容及揭示之結果 記載情形，按所得基本稅額條例施行細則第5 條規定，自 行擇定前5 年核定機關核定營利事業所得虧損之有利年度 減除順序及金額，計算申報前5 年虧損扣除額56,949,021 元、課稅所得額負27,289,767元（全年所得額58,949,021 元 －停徵之證券交易所得29,289,767元－前5 年核定虧 損扣除額56,949,021元），並據以計算列報基本所得額2, 000,000 元及基本稅額0 元，於法有據，原告均已於系爭 年度營利事業所得稅簽證會計師出具之查核報告書中充分 揭露相關數據資料，原告既無短漏結算申報之全年營業收 入、非營業收入、停徵之證券交易所得及全年所得額，為 核定機關所不爭。因此，原告據以按照結算申報書59：課
稅所得額明定計算式（=00 0000000000 000000000 ）之計算結果列報課稅所得額負27,289,767元，並無違誤 及刻意或故意隱匿，短計或漏報所得額之違章情事。（三）行政罰法第7 條明定：「違反行政法上義務之行為非出於 故意過失者，不予處罰。」，另揆諸司法院80年3 月8 日 釋字第275 號解釋：「人民違反法律義務而受行政罰之行 為，法律無特別規定時，雖不以出於故意為必要，仍須以 過失為其責任條件」，基於「有責任始有處罰」之原則， 對於違反行政法上義務之處罰，應以行為人主觀上有可非 難性及可歸責性為前提，如行為人主觀上並非出於故意或 過失情形，應無可非難性及可歸責性，甚為灼明。（四）「按漏稅違章之處罰是以納稅義務人違反誠實義務為前提 ，而在自動報繳之稅制下，有關納稅義務人是否違反誠實 義務，則是視其在報繳之時點『有無充份揭露』取得所得 一事，若其揭露其事，只是因為在該稅捐客體之法律屬性 有爭議（例如自認該所得為免稅所得），而未予繳納所對 應之稅款，即難以漏稅行為視之。」為漏稅違章之處罰認 定原則，最高行政法院98年度判字第1468號判決及98年度 判字443 號判決可稽。
（五）復依最高行政法院101 年2 月10日101 年度判字第116 號 判決理由指稱：「行政罰上違章行為之判定，可以借用刑 事法上犯罪事實之判斷體系，依序以『構成要件該當』、 『行政客觀違法』與『行為人主觀有責』來架構。…簡言 之，如果一個行為與違章規範之構成要件不該當，或形式 上該當違章規範構成要件，但客觀上不具違法性，即無庸 再判斷主觀歸責要件之有無。從以上之法理言之，只要再 審被告之申報行為沒有違反客觀存在之誠實義務，即與違 章規範之構成要件不該當，自無在討論其主觀上有無故意 或過失之歸責事由存在。2.而稅捐法上誠實義務之具體內 容，立法者固然有形成空間，但若立法者沒有明確之規範 ，則誠實義務之內容就應僅限制在『客觀事實之揭露』， 而不及於『對客觀事實之稅捐法定性』。事實上對所得稅 報繳過程中納稅義務人應盡之誠實義務內容，稅捐主管機 關始終未預為立法通案規範，豈能在發生個案爭議時，再 任意課予人民『為法律定性』之作為義務。因此…誠實作 為義務就僅限於揭露『有爭議、但其依其所信、不應列入 課稅所得』……，剩下之法律爭議及定性分析過程，實不 在客觀誠實義務之揭露範圍內。」
（六）前揭判決理由所稱「構成要件該當」，指行為人之客觀行 為情狀與主觀心態，與某一個處罰條文規定之構成要件完
全符合。如與構成要件不完全符合，則稅務違章不成立。 構成要件該當後，則應判斷行為是否有違法性。違法性， 係指行為具有法律所不容許之性質。雖行為與處罰條文規 定之構成要件完全符合，但如為法律所容許，自不能認為 係稅務違章行為，故構成要件該當行為，若不具有違法性 ，稅務違章仍不成立。又具有違法性之構成要件該當行為 ，尚須進一步判斷行為人是否具有責性。有責性，係指能 將違法行為之責任歸由行為人負責之意。對自己行為不能 負責之人，雖其行為違法，違法行為之責任仍不宜歸由行 為人負責，故行為人如不具有責性，稅務違章仍不成立。 亦即，該當構成要件之行為具違法性及有責性，始成立稅 務違章。
（七）原告於有關所得基本稅額條例7 條及該條例施行細則第5 條所定課稅所得額計算之法律見解，與被告不同，但於列 報擇定虧損扣抵額，既無虛列，並有被告核定數為本，且 課稅所得額計算結果負值列報亦有被告94、95核定通知書 參照，難謂故意、過失構成短漏報所得額及稅額之違章行 為，惟訴願決定謂：「訴願人明知其96年度申報之全年所 得額58,949,021元，已包含免徵營利事業所得稅之證券交 易所得29,289,767元，然委由專業簽證會計師辦理當年度 營利事業所得稅結算申報卻仍列報當年度虧損扣除額56,9 49,021元、課稅所得額虧損27,289,767元及基本稅額與一 般所得稅額之差額0 元，致溢列96年度虧損扣除額27,289 ,767元【56,949,021元- （全年所得額58,949,021元- 免 徵營利事業所得稅之證券交易所得29,289,767元）】，虛 增課稅所得額虧損27,289,767元，漏報基本稅額與一般所 得稅額之差額2,728,976 元，洵難謂有悉盡履行結算申報 之注意義務，審其違章情節，縱非故意，意有應注意並無 不能注意避免漏報之情事，容難冀免其過失之責，尚無以 揭露或法律屬性見解之差異為由，希冀免罰」。認事用法 顯違最高行政法院101 年度判字第116 號判決所揭，誠實 義務之內容就應僅限制在「客觀事實之揭露」，而不及於 「對客觀事實之稅捐法定性」，法律爭議及定性分析過程 ，實不在客觀誠實義務之揭露範圍內，應予撤銷。（八）營利事業所得基本稅額與一般所得稅額同屬營利事業所得 稅制，同為所得稅法第39條以往年度營業虧損規定適用範 疇，前已論述，參照財政部56年12月5 日台財稅發第1333 9 號函令釋：「營利事業所得稅結算申報書，對於稽徵機 關審定其漏開發票營業額，雖未於銷貨金額欄內計列，但 既已另於原申報書自行調整欄內，將上項稽徵機關審定漏
開發票營業額註明，已無匿報情事，應免依匿報所得處罰 。」又財政部92年5 月6 日台財稅第920453012 號函令： 「營利事業領取政府發給之拆遷補償費，未依財政部84年 8 月16日台財稅第841641639 號函規定申報課稅，其已於 營利事業所得稅結算申報書帳載結算金額欄內註明揭露上 述所得者，可免依所得稅法第110 條規定處罰。」，即揭 露原則之適用，並非以營利事業所得稅為限，尚應適用基 本稅額。最高行政法院98年度第1468號判決理由：「以揭 露原則之適用，目前尚限縮在營利事業所得稅申報之範圍 內，並未擴及個人綜合所得稅之申報，本件並無適用為由 ，因而遽為駁回上訴人對罰鍰部分之訴，即非無再事推究 研酌之餘地」，判決見解足資參證。
（九）準上判決，財政部訴願決定理由所稱：「至最高行政法院 98年度判字第443 號、第1468號判決…判決個案，均為綜 合所得稅事件，且查尚無比附援引適用之餘地」等語。但 本件系爭稅目所得稅及基本稅額均屬營利事業所得稅負， 且觀諸最高行政法院98年度判字第443 號、第1468號判決 理由援引之依據函令為財政部56年12月5 日臺財稅發第12 339 號函及92年5 月6 日臺財稅第920453012 號函之系爭 稅目皆為營利事業所得稅，本件援引判決及系爭稅目亦為 營利事業所得稅，更足以適用，訴願決定未審究判決內容 ，逕自誤指判決個案均為綜合所得稅事件尚無比附援引適 用之餘地，認事用法顯違最高行政法院98年度判字第443 號、第1468號判決意旨，應予撤銷。
三、綜上論陳，所得基本稅額條例之立法意旨，僅係為使適用租 稅優惠規定之營利事業，減少原本享受租稅優惠之效果。基 於實質課稅原則體察營利事業實際經營狀況與整體納稅負擔 能力，落實租稅公平（而非加稅）之所得稅法第39條及所得 基本稅額條例良善立法意旨，被告對於所得稅法第39條虧損 扣除額，限制僅於計算一般課稅所得額時，得自行擇定減除 順序及金額之認定，顯有誤解，適用法規顯有違誤，違反所 得基本稅額條例施行細則第5 條第2 項規定，亦違反行政程 序法第4 條依法行政原則，於法未合，應予撤銷；惟訴願決 定對於被告之違誤處分，卻未加以指摘，認事用法亦有違誤 等情。並聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分（含復查決定 ）。
參、被告則以：
一、虧損扣除額、課稅所得額及基本稅額與一般所得稅額之差額（一）按所得基本稅額條例公布施行後，有關營利事業當年度產 生之所得，其營利事業所得稅之計算及繳納，除依原有所
得稅法（及相關）規定計算營利事業所得稅外（即該條例 第6 條所稱一般所得稅額），另應依所得基本稅額條例計 算基本所得額及基本稅額（參見該條例第8 條），比較兩 者稅額之差額，以決定當年度之最終應納稅額。又所謂「 一般所得稅額」，乃係依據所得稅法相關規定計算「一般 課稅所得額」而來；至「基本稅額」，固以原所得稅法規 定計算之課稅所得額為基礎，然其最終仍係依據所得基本 稅額條例第7 條之規定，加計各項停徵、免徵、免納所得 額後之合計數以得出「基本所得額」，二者自屬不同。（二）本件原告96年度營利事業所得稅結算申報，原列報全年所 得額58,949,021元、證券交易所得29,289,767元、虧損扣 除額56,949,021元、課稅所得額虧損27,289,767元及基本 稅額與一般所得稅額差額0 元。經查本件核定之全年所得 額58,949,021元，包含免徵營利事業所得稅之證券交易所 得29,289,767元，其餘所得29,659,254元始屬應稅範圍； 又所得稅法第39條規定盈虧互抵之立法目的，係為減輕納 稅義務人之稅負，此經被告復查決定書論述綦詳，是以證 券交易所得既屬停徵所得稅之所得，自無影響盈虧互抵之 適用，從而原查依首揭規定將全年所得額58,949,021元先 行減除停徵營利事業所得稅之證券交易所得29,289,767元 ，並就應負擔稅負之所得29,659,254元部分，核定虧損扣 除額29,659,254元及課稅所得額0 元，核無不合。（三）所得基本稅額條例第7 條第1 項明定「營利事業之『基本 所得額』為『依所得稅法規定計算之課稅所得額』，加計 依所得稅法第4 條之1 （證券交易所得）停止課徵所得稅 之所得額」；其（該條例第7 條第1 項）所稱「依所得稅 法規定計算之課稅所得額」，依同條例施行細則第5 條第 1 項規定，係指依所得稅法第24條或第41條規定計算之所 得額，減除依所得稅法及其他法律規定停徵、免徵或免納 營利事業所得稅之所得額及「所得稅法第39條規定以往年 度營業虧損」後之金額。又同條例施行細則第5 條第2 項 則係規定營利事業計算「依所得稅法規定計算課稅所得額 時」，如屬「依所得稅法及國際金融業務條例規定停徵、 免徵或免納營利事業所得稅之所得額」，應先行減除；倘 屬依其他法律規定免徵或免納營利事業所得稅之所得額及 「所得稅法第39條規定之以往年度營業虧損之『減除順序 』及『金額』」，則由營利事業於申報時自行擇定之；並 非規定營利事業在依該條例計算「基本所得額」時，得選 擇是否減除行為時所得稅法第39條規定之前5 年虧損（最 高行政法院100 年度判字第764 號判決可資參照）。易言
之，依所得稅法計算之課稅所得額，「應先行減除」依所 得稅法規定停徵營利事業所得稅之所得額，並未給予納稅 義務人選擇之權利；嗣納稅義務人亦僅得就減除證券交易 所得後之所得限額內，自行擇定減除依「其他法律」（例 如促進產業升級條例）規定之免稅所得（依各類獎勵免稅 所得計算公式，均先行將「停徵所得稅之所得額」自全年 所得額項下減除後，再依免稅收入比率或委外加工比率、 機器設備比率等相關計算公式核算該免稅所得額）及虧損 扣除額之順序及金額（以剩餘應稅所得為限）。是以本件 原查將全年所得額58,949,021元先行減除依所得稅法第4 條之1 規定停徵營利事業所得稅之證券交易所得29,289,7 67元，再依原告擇定之減除順序以虧損扣除額沖抵應稅所 得29,659,254元為零，核算課稅所得額0 元，加計證券交 易所得29,289,767元及減除免稅額2,000,000 元，核定基 本稅額與一般所得稅額差額2,728,976 元，並無違誤，所 訴營業虧損之減除順序及金額由營利事業申報時自行擇定 及若自願放棄減除證券交易所得，則全年所得額全數得以 以往年度營業虧損扣除乙節，委無憑採。
（四）依所得稅法第39條立法意旨可知，其立法目的主要係為減 輕納稅義務人之稅負，然證券交易所得已停徵所得稅，本 部分所得額已無稅負可言，自應於全年所得額項下減除， 尚不得以虧損扣除額扣除全年所得額中屬停徵所得稅之證 券交易所得部分之所得額。又證券交易所得為法律明文規 定應停徵所得稅之所得額，且應先行自全年所得額中減除 ，並無由營利事業於申報時自行擇定減除順序之法定權利 。
二、罰鍰
（一）原告96年度漏報基本所得額29,289,797元，致漏報基本稅 額與一般所得稅額之差額2,728,976 元，被告按所漏稅額 處1 倍罰鍰2,728,976 元。原告主張有關所得基本稅額條 例第7條 及同法施行細則第5 條規定之見解縱與被告不同 ，惟其已於本年度營利事業所得稅簽證會計師出具之查核 報告書中充分揭露相關數據資料，且其依被告新竹市分局 核定之虧損扣除額擇定本年度虧損之減除金額，並無虛列 之情事，難謂構成短漏報所得額及稅額之違章行為云云， 惟有關營利事業所得稅案件短漏報所得揭露免罰之適用範 圍，僅以法令未有明文規定致徵納雙方見解歧異為限，本 件適用之法令已明文規定如前述，原告之簽證會計師具有 專業職能，卻恣意解釋前揭相關法令規定，並溢列96年度 虧損扣除額致課稅所得額虧損，造成漏報基本所得額29,2
89,797元及基本稅額與一般所得稅額之差額2,728,976 元 之結果，其顯有故意情事，又其縱非出於故意，但按其情 節應注意並能注意，而不注意，亦難謂無過失，原處罰鍰 2,728,976 元並無違誤，遂予維持。
（二）財政部56年12月5 日台財稅發第13339 號及92年5 月6日 台財稅字第920453012 號函解釋，主要係為釋明營業收入 及其他收入之揭露問題，與本件虧損扣除額所指殊有不同 ；至最高行政法院98年度判字第443 號、第1468 號 判決 及100 年度判字第1139號判決、本院99年度更一字第1 號 判決個案，均為綜合所得稅事件，且查該兩案係屬課稅事 實之認定歧異，尚無比附援引適用之餘地。
（三）原告仍執前詞提起行政訴訟，惟本部分法令依據及事實認 定業據被告復查決定及財政部訴願決定纂明甚詳已如前述 ，其各節主張委無足採。從而本部分原處分並無違誤等語 ，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
肆、兩造不爭之事實及兩造爭點：
如事實概要欄所述之事實，業據提出96年度營利事業所得稅 結算申報書、核定通知書附原處分卷為證，其形式真正為兩 造所不爭執，堪信為真，兩造之爭點厥為：
甲、本稅部分：
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