臺北高等行政法院判決
100年度訴字第1520號
101年1月10日辯論終結
原 告 萬海航運股份有限公司
代 表 人 陳柏廷（董事長）
訴訟代理人 卓隆燁 會計師
被 告 財政部臺北市國稅局
代 表 人 陳金鑑（局長）住同上
訴訟代理人 吳定陽
上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國10
0 年7 月8 日台財訴字第10000017930 號（案號：第09903187號
）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
壹、事實概要：
原告民國94年度營利事業所得稅結算申報，列報依境外所得 來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵之稅額（下稱境外所得 可扣抵稅額）新臺幣（下同）206,201,246 元，被告原依申 報數核定，嗣重行核定為174,156,282 元，併同其餘調整， 應補稅額24,033,723元。原告不服，申請復查，未獲變更， 提起訴願，遭經駁回，遂向本院提起本件行政訴訟。貳、本件原告主張：
一、稅捐稽徵法第34條第3 項規定：「第1 項所稱確定，係指左 列各種情形：一、經稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人 未依法申請復查者。二、經復查決定，納稅義務人未依法提 起訴願者。三、經訴願決定，納稅義務人未依法提起再訴願 者。四、經再訴願決定，納稅義務人未依法提起行政訴訟者 。五、經行政訴訟判決者。」，稅捐核定之「確定」，端視 經稽徵機關核定處分後，被處分納稅義務人有無對被核定處 分不服，而提起行政救濟之作為而定。經稅捐稽徵機關核定 之案件，納稅義務人經法定期間未依法申請復查者，核定處 分即告確定。
二、原告94年度營利事業所得稅結算申報，系爭繳納越南稅款32 ,044,964元，全數合計列報「境外所得可扣抵稅額」206,20 1,246 元，被告於97年3 月21日調查該年度結算申報，業依 原告申報數同額認列核定「境外所得可扣抵稅額」206,201, 246 元，未提起復查，依稅捐稽徵法第34條第2 項第1 款規 定，業已確定。惟被告99年4 月22日更正核定，對前次核定
不爭已告確定之同一相同事物項目，卻又另予核定調減，更 正核定境外所得可扣抵稅額174,156,282 元，補徵稅額24,0 33,723元，顯有違背稅捐稽徵法第34條第2 項規定，應予撤 銷。
三、按稅捐稽徵法第21條稅捐之核課期間規定立法意旨，主要在 為避免人民與政府之間發生不必要誤會或爭端暨為促使稅捐 機關從速課徵，提高行政效率，明文訂定稽徵機關作核定處 分之作為期限，與同法第34條第3 項關於稽徵機關核定處分 確定規定，規範納稅義務人於稽徵機關核定處分後，經法定 期間未申請復查或行政爭訟作為，其查定處分即告確定。稅 捐之核課期間與稅捐核定處分確定兩者規範對象及目的，截 然不同。
四、又證諸改制前行政法院89年度判字第699 號判決揭櫫：「納 稅義務人依所得稅法規定辦理結算申報而經該管稅捐稽徵機 關調查核定之案件，如經法定期間而納稅義務人未申請復查 或行政爭訟，其查定處分即告確定。嗣稽徵機關如發見原處 分確有錯誤短徵情事，為維持課稅公平原則，並基於公益上 之理由，雖非不可自行變更原確定之查定處分，而補徵其應 徵稅額（本院58年判字第31號判例參照），然此之所謂發見 確有錯誤短徵，應係指原處分確定後發見新事實或新課稅資 料，足資證明原處分確有錯誤短徵情形者而言。如其課稅事 實資料未變，僅因嗣後法律見解有異，致課稅之標準有異時 ，按諸中央法規標準法第18條從新從優原則之法理，即不得 就業經查定確定之案件，憑藉新見解重為較原處分不利於當 事人之查定處分。」準上，如課稅事實資料未變，僅因嗣後 法律見解有異，即不得就業經查定確定之案件，憑藉新見解 重為較原處分不利於當事人之查定處分，否則即違反不利益 變更禁止原則要無足採。本件被告於97年3 月21日核定，課 稅事實資料未變，依前行政法院89年度判字第699 號判決， 不得為不利原告之查定處分，系爭被告因法律見解變更，核 定剔除已核定確定之可扣抵稅額，顯違反不利益變更禁止原 則。相關核定程序圖例如原告附圖（本院卷p.12）。惟財政 部訴願決定書理由四、（一）誤引財政部74年12月4 日台財 稅第25805 號函釋，係針對稽徵機關核課期間內，另發現應 徵之稅捐，適用稅捐稽徵法第21條核定補徵其應繳之稅額認 定作業標準，為專屬稅捐稽徵法第21條適用補充解釋。但本 件系爭爭點在於稅捐稽徵法第34條經稽徵機關核定確定案件 ，關於不利益變更禁止原則適用，應專屬稅捐稽徵法第34條 適用爭議，非適用稅捐稽徵法第21條爭議。且原告援引改制 前行政法院89年度判字第699 號判決揭櫫，所謂發見確有錯
誤短徵，應係指原處分確定後發見新事實或新課稅資料。如 其課稅事實資料未變，僅因嗣後法律見解有異，致課稅之標 準有異時，按諸中央法規標準法第18條從新從優原則之法理 ，即不得就業經查定確定之案件，憑藉新見解重為較原處分 不利於當事人之查定處分。兩者適用法條和對象均不一致， 財政部訴願決定顯將稅捐核定處分確定誤解為稅捐之核課期 間，更違背改制前行政法院89年度判字第699 號判決所稱之 違反不利益變更禁止原則，適用法令，顯有違誤，應予撤銷 。
五、基於國際運輸事業其從事國際運輸業務，跨越國際領域經營 特殊性，各國對國際運輸營利事業所得稅計算均有特別規範 。甚至，國際間租稅互惠協定亦然，均有獨立章節或法條規 範。又因為各國對國際運輸營利事業所得稅負之稅目名稱不 一，財政部64年7 月9 日台財稅第34937 號函釋（下稱財政 部64年函釋）：「我國國際航運事業在東南亞地區營運所繳 納之運費稅，仍應按往例以營業費用認定；惟如納稅單位認 為該項運費稅係屬所得稅，可請其提供該國之有關資料，以 憑核辦。」該函釋重點在如納稅單位認為該項運費稅係屬所 得稅，經查屬實者，仍准扣抵。歷年來財政部稅制委員會審 定所得稅法令彙編時，對該函釋均加諸函釋旨摘：「航運業 在東南亞地區繳納之運費稅如為所得稅得取證扣抵」足資參 證。
六、財政部83年間調查之濱海國家或地區對我國國際運輸海運業 者課、免徵營業稅或類似稅捐，於83年2 月15日台財稅第83 1583037 號函釋（下稱財政部83年函釋）將調查結果函知稽 徵機關及業者適用，又所調查之運費稅，明文指出係按運費 收入課徵之所得稅（該函第一類），合先敘明。該函釋將調 查結果分為四類如原告附表。（本院卷p.14）而本件系爭國 越南，依該函調查結果歸屬第二類對外國船舶（含我國船舶 ）僅課所得稅或類似稅捐（如Income Tax；Freight Tax ； Profits Tax ；Company Tax ；Corporation Tax 等），未 再課營業稅或類似稅捐之國家或地區：阿爾及利亞、……、 越南、葉門。亦即，依財政部83年函釋，經財政部調查系爭 越南Freight Tax 運費稅，即為所得稅；且越南對外國船舶 （含我國船舶）僅課所得稅，未再課營業稅或類似稅捐，至 為灼明。
七、原告越南分支機構系爭年度向越南繳納系爭運費稅（Freigh t Tax）款32,044,964 元，依財政部83年函釋為所得稅之稅 捐。且越南對我國船舶僅課該所得稅，未再課營業稅或類似 稅捐。故本件被告更正核定「境外所得可扣抵稅額」調整之
法令依據及理由稱：「2.次查越南繳納之稅款32,044,964元 係運輸稅，非屬所得稅性質不得扣抵，惟准以認列為營業費 用。」，及其復查決定認定事實，顯與財政部83年間調查之 濱海國家或地區對我國國際運輸海運業者課、免徵營業稅或 類似稅捐之調查結果不符，認定稅捐性質歸屬不同，認事用 法，顯有違誤，財政部訴願委員會未加指摘，遞予維持，應 予撤銷。
八、依據財政部98年11月30日台財稅字第0980480080號令明定： 「一、本部及各權責機關在98年9 月15日以前發布之所得稅 釋示函令，凡未編入98年版『所得稅法令彙編』者，自99年 1 月1 日起，非經本部重行核定，一律不在援引適用。」， 經查前開財政部64年號函釋，經財政部98年重新審定編入98 年版所得稅法令彙編第7 頁第4 則，故仍得援引適用之有效 函令；另依據財政部97年11月18日台財稅字第09704555680 號令明定：「一、本部及各權責機關在97 年9月30日以前發 布之營業稅、證券交易稅、期貨交易稅釋示函令，凡未編入 97年版『營業稅證券交易稅期貨交易稅法令彙編』者，自98 年1 月1 日起，非經本部重行核定，一律不在援引適用。」 ，經查前開財政部83年函釋編入97年版營業稅證券交易稅期 貨交易稅法令彙編第105-106 頁第12則，故仍得援引適用之 有效函令，足證上開財政部函釋均屬有效之解釋函令，均有 拘束稽徵機關行政處分及納稅義務人適用。為財政部訴願決 定理由四、（三）指稱：「另本部83年2 月15日台財稅第83 1583037 號函說明二，雖指明越難對外國船舶（含我國船舶 ）僅課所得稅或類似稅捐（如Income Tax；FreightTax；Pr ofits Tax ；Company Tax ；Corpor ation Tax等），為該 函發布時點遠較越南財政部1999年公告發布時點為早，尚難 逕依該函認定訴願人繳納之運費稅即全額等同所得稅性質」 ，但實質上我國財政部稅制委員會92年及96年間分別召集財 政部賦稅署及各地區國稅局代表共同審定將財政部83年函釋 編入93年版營業稅證券交易稅期貨交易稅法令彙編第102-10 3 頁第12則及97年版營業稅證券交易稅期貨交易稅法令彙編 第105-106 頁第12則。實質上，該函令審定確認均較越南財 政部1999年公告發布時點為晚，依訴願決定論述理由，越南 運費稅更應該適用財政部83年函釋認屬所得稅稅捐，故訴願 決定顯有適用法律邏輯違誤，應予撤銷。
九、稅賦稽徵為國家主權表徵，賦稅認定解釋權亦為國家治權表 現，我國稅賦計徵當以我國稅法規定及財政部函釋為依歸， 他國稅務機關見解僅供參考，絕非為我國稅負核定準據。另 ，從租稅法理而言，縱有不同稅目名稱，只要依附合併於特
定租稅客體依合併稅率（3%），對同一納稅主體計徵稅負， 亦以該被依隨之稅目為唯一歸屬稅目，當無再割裂適用區分 兩種以上不同稅目分類歸屬，而謂計徵稅率（3%）中，部分 稅率（1%）為所得稅性質，部分稅率（2%）非所得稅目性質 。參照我國74年11月修正營業稅法，將營業發票部分之印花 稅及部分有關外銷退稅、工業生產原料之貨物稅予以併入後 ，在稅目性質歸屬一概統一歸屬營業稅稅目，而不是部分營 業稅、部分印花稅及部分貨物稅。系爭越南Freight Tax 運 費稅定性，依財政部83年函釋，經其調查越南Freight Tax 運費稅，係按運費收入課徵之所得稅，以營利事業為納稅主 體，並以運費收入為租稅客體計算課徵之Freight Tax 運費 稅營利事業所得稅，故正式函文明定全部認定歸屬營利事業 所得稅稅目。惟訴願決定書四、（三）卻依越南稅務總局95 年6 月22日函有關台越租稅協定第8 條海空運輸規定解釋之 中議文，認定1999年公告規定越南之運費稅係以運輸總費用 之3%計算，其中直接稅為該3%中之1%，故僅該1%直接稅適用 台越租稅協定。依前開解釋，該2%稅額非屬所得性質，尚不 得依我國所得稅法第3 條第2 項規定列報境外所得可扣抵稅 額。訴願決定顯違一般租稅法理，更與財政部83年函認定相 違背，應予撤銷。
十、所得稅法第3 條第2 項明定，營利事業之中華民國境外所得 ，已依所得來源國稅法規定繳納所得稅，得自結算申報應納 稅額中扣抵。其立法意旨，在避免重複課徵所得稅。跨國經 濟活動事物，各國對所得稅稽徵主權，難免衝突，為解決國 際間重複課稅問題，國際間乃有簽訂租稅協定條約。國際間 租稅協定固然可解決部分重覆課稅問題，但仍有未逮之處， 或有適用爭議地方。所以，財政部99年1 月7 日公佈「適用 所得稅協定查核準則」第2 條明定：「適用所得稅協定案件 之調查、審核，應依中華民國與其他國家或領域所簽訂之所 得稅協定規定辦理，其未規定者，依稅捐稽徵法、所得稅法 、所得基本稅額條例、本準則及相關法令規定辦理。但所得 稅法或其他所得稅減免法律規定較所得稅協定規定更有利者 ，適用最有利之法律。」，此乃基於協定之授益性，適用所 得稅協定案件之調查、審核應依循之法令，應適用最有利之 法律。所以，對於國外營利事業所得稅之扣抵稅額而言，有 所得稅法第124 條租稅互惠協定者應優先適用租稅協定，而 未適用租稅互惠協定情事或適用租稅互惠協定未較有利者， 只要屬於已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，應該回歸 適用所得稅法第3 條第2 項規定，准予扣抵加計國外所得增 加應納稅額，方足以落實避免重複課徵所得稅立法意旨。因
此，系爭運費稅（Freight Tax ）款等，縱無租稅互惠協定 適用，依財政部99年1 月7 日公佈「適用所得稅協定查核準 則」第2 條但書基於協定之授益性明定，亦應回歸有利之所 得稅法第3 條第2 項規定適用境外所得可扣抵稅額，惟被告 未准原告適用境外所得可扣抵稅額，顯有違背該查核準則第 2 條但書規定：「但所得稅法或其他所得稅減免法律規定較 所得稅協定規定更有利者，適用最有利之法律。」，應予撤 銷。
、適用所得稅協定查核準則第26條第2 項雖規定：「依所得稅 協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得，或訂有上限稅率 之所得，不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外 稅額。」，但同準則第31條亦明定：「中華民國之居住者就 他方締約國或雙方締約國之課稅不符合所得稅協定之情形， 得依所得稅協定有關相互協議程序之規定，向該管稅捐稽徵 機關提出相互協議之請求，受理之稅捐稽徵機關應先審核該 申訴事實是否有理、是否有應作為而不作為及是否為我方可 單獨解決之情形，如有必要，得函請財政部賦稅署洽他方締 約國之所得稅協定主管機關協議解決。」。對於簽訂租稅協 定他方締約國之課稅不符合所得稅協定之情形，得依所得稅 協定有關相互協議程序之規定，向該管稅捐稽徵機關提出相 互協議之請求，如有必要，得函請財政部賦稅署洽他方締約 國之所得稅協定主管機關協議解決。並非單純否准納稅義務 人權益，至為明灼。
、財政部訴願決定書理由四、（四）2.稱：「本件訴願人如認 為越南政府……，或依前揭協定第25條及前揭查核準則第31 條規定，於……，如有必要，我方租稅協定主管機關將洽越 南租稅協定主管機關進行相互協商程序，惟查本件已逾前揭 租稅協定規定之申訴期限，本部賦稅署已無法向越南租稅協 定主管機關提起相互協議請求之法律依據。」，但針對越南 運費稅詮釋，原告前於95年3 月30日拜會經濟部駐胡志明市 辦事處商務組，提出協助。並經該組95年4 月4 日胡志商字 第09500004220 號函被告建議：越南1999年頒發第16號公告 ，對與該國簽署協定者係採運輸業者所得稅3%減免1%，此項 規定確係造成我國船舶運輸業者廠商未能規避該項2%所得費 稅，而越南財政部規定顯有不符合我國所簽協定，是以依該 協定第25條，我方似應向該國協議解決。同時該函亦建議： 另對越南財政部加諸我航舶運輸業者所規定2%所得稅，在我 方未能促使越方同意修改法令前提下，建議同意准予認列該 項稅款仍可扣抵，並副本送之財政部有案。故財政部訴願決 定顯有誤，原告95年間，即委由有經濟部駐胡志明市辦事處
轉陳異議並建議依該協定第25條，向該國協議解決，應無已 逾前揭租稅協定規定之申訴期限，其所為決定，已無附麗， 應予撤銷。本件系爭繳納越南稅款32,044,964元，涉及我國 與其國家簽訂之所得稅協定為國與國間國際條約協定，且為 簽訂租稅協定他方締約國越南對之課稅不符合所得稅協定之 情形，非納稅義務人個人私契約行為，基於權利責任配合一 致性，自不得歸責由納稅義務人負擔重覆繳稅損失，剝奪納 稅義務人境外所得稅扣抵權益。依同準則第31條規定，被告 應先審核該申訴事實是否有理、是否有應作為而不作為及是 否為我方可單獨解決之情形，如有必要，應函請財政部賦稅 署洽他方締約國之所得稅協定主管機關協議解決。而非逕予 否准納稅義務人回歸基本所得稅法第3 條第2 項規定適用境 外所得可扣抵稅額，本件被告更正核定及訴願決定自有違誤 ，應予撤銷。
、按司法院釋字第684 號理由書提及：「人民之訴願權及訴訟 權為憲法第16條所保障。人民於其權利遭受公權力侵害時， 得循法定程序提起行政爭訟，俾其權利獲得適當之救濟，而 此項救濟權利，不得僅因身分之不同而予以剝奪。」，故縱 依駐越南台北經濟文化辦事處與駐台北越南經濟文化辦事處 避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定第25條（下稱台越租稅 協定）（相互協議之程序）第1 項雖然規定：「一方締約國 之居住者認為一方或雙方締約國主管機關之行為，對其發生 或將發生不符合本協定規定之課稅，不論各該國法律之救濟 規定，均得向其本人為居住者之國家之主管機關提出申訴， 此項申訴應於首次接獲不符合本協定規定課稅之通知起3 年 內為之。」，惟本項規定非強制性規定，並無排除納稅義務 人一般正常救濟途徑以維護納稅義務人之權益。本件原告對 被告違誤核定處分，依循稅務稽徵法第35條及第38條規定申 請行政救濟依法有據，謹就違反協定行政救濟途徑節略圖示 如原告附圖（本院卷p.20）。
、系爭運費稅（Freight Tax ）款等，縱無租稅互惠協定適用 ，依財政部99年1 月7 日公佈「適用所得稅協定查核準則」 第2 條但書規定，基於協定之授益性，亦應回歸有利之所得 稅法第3 條第2 項規定適用境外所得可扣抵稅額，訴願決定 未准原告適用境外所得可扣抵稅額，顯有違背該查核準則第 2 條但書明文：「但所得稅法或其他所得稅減免法律規定較 所得稅協定規定更有利者，適用最有利之法律。」，適用法 令，顯有違誤，應予撤銷。
、據上論陳，本件被告97年3 月21日調查確定，課稅事實資料 未變，依改制前行政法院89年度判字第699 號判決，被告因
法律見解變更，核定剔除已核定確定之可扣抵稅額，顯違反 不利益變更禁止原則。本諸釋字第684 號解釋人民之訴願權 及訴訟權為憲法第16條所保障，本件自不因中越租稅協定第 25條締約相互協議之程序規定予以剝奪原告訴願權益，且本 件被告及訴願機關援引財政部解釋函令，顯有違背法令等情 。並聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分（含復查決定）。參、被告則以：
一、依財政部74年12月4 日台財稅第25805 號函釋：「查稅捐稽 徵法第21條第2 項規定『在前項核課期間內，經另發現應徵 之稅捐者，仍應依法補徵或並予處罰』，所謂『另發現應徵 之稅捐』，只須其事實不在行政救濟（即復查、訴願、再訴 願、行政訴訟，但不包括原核定）裁量範圍內，均屬『另發 現應徵之稅捐』。此觀諸改制前行政法院58年判字第31號判 例『納稅義務人依所得稅法規定辦理結算申報而經該管稅捐 稽徵機關調查核定之案件，如經過法定期間而納稅義務人未 申請復查或行政爭訟，其查定處分固具有形式上之確定力， 惟稽徵機關如發現原處分確有短徵，為維持課稅公平之原則 ，基於公益上之理由，要非不可自行變更原查定處分，而補 徵其應繳之稅額。』自明。」本件原告於95年6 月1 日辦理 94年度營利事業所得稅結算申報，核課期間至100 年5 月31 日止，經被告第1 次核定調整交際費、各項耗竭及攤提、利 息收入及促進產業升級條例規定扣抵稅額，嗣發現系爭繳納 越南稅款非屬租稅協定之適用稅目，原核定系爭繳納越南稅 款未予調整確有短徵；又本件更正核定系爭項目補徵稅額繳 款書送達日99年5 月11日，尚未逾首揭核課期間5 年之規定 ，亦無涉及不利益變更禁止原則，原告容有誤解。二、我國與越南於87年4 月6 日簽署台越租稅協定，並自同年5 月6 日生效。該協定第8 條海空運輸第1 項規定：「一方締 約國之企業，以船舶或航空器經營國際運輸業務之利潤，僅 由該國課稅」。同協定第3 條第1 項第4 款規定：「『一方 締約國之企業』及『他方締約國之企業』，係分別指一方締 約國之居住者所經營之企業及他方締約國之居住者所經營之 企業」。原告為我國之居住者，其94年度於越南以船舶經營 國際運輸業務所取得之收入，係屬前揭協定第8 條所規範之 海空運輸收入，雙方締約國對該收入所課徵之租稅如屬台越 租稅協定第2 條規定適用之租稅，依我國所得稅法第124 條 及越南財政部公元2004年12月31日133/2004/TT- BTC號公告 第A 章第3 條第1 款及第2 款規定，應優先適用台越租稅協 定，即該等國際運輸業務收入僅由我國課徵所得稅，越南應 予免徵。復依財政部99年1 月7 日發布之「適用所得稅協定
查核準則」第26條規定：「中華民國之居住者依所得稅協定 有關消除重複課稅之規定申報國外稅額扣抵，應於辦理所得 稅結算申報時，檢附他方締約國稅務機關出具載有所得年度 、項目、金額、適用稅率及已納稅額之納稅證明，其扣抵之 限額及計算方式，依所得稅協定、所得稅法、所得基本稅額 條例及相關法令規定辦理。依所得稅協定規定屬於他方締約 國免予課稅之所得，或訂有上限稅率之所得，不得申報扣抵 其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。」依此，原告94 年度於越南如有溢繳台越租稅協定第2 條第2 項第2 款規定 在越南適用租稅協定之情形，應向越方主張適用該協定第8 條規定免稅並申請退還其溢繳稅額，尚不得向我方主張扣抵 各該年度營利事業所得稅應納稅額。
三、依台越租稅協定第3 條第2 項規定：「本協定未界定之名詞 於適用時，除依文義須另作解釋者外，應依適用本協定締約 國之法律規定辦理。」本件原告於越南以船舶經營國際運輸 業務之收入，其於越南主張適用台越租稅協定第8 條規定免 稅時，應依越南之法律規定辦理。系爭越南課徵之稅目，據 駐越南代表處經濟組95年6 月29日河內字第09500604570 號 函附越南稅務總局95年6 月22日函有關台越租稅協定第8 條 海空運輸規定解釋之中譯文，其1999年公告規定越南之運費 稅係以運輸總費用之3%計算，其中直接稅為該3%中之1%，故 僅該1%直接稅適用台越租稅協定。依前開解釋，該2%稅額非 屬所得稅性質，尚不得依我國所得稅法第3 條第2 項規定列 報境外所得可扣抵稅額。另財政部83年函釋說明二，雖指明 越南對外國船舶（含我國船舶）僅課所得稅或類似稅捐（如 Income Tax；FreightTax；Profits Tax ；Company Tax ； Corporation Tax 等），惟該函發布時點遠較越南財政部19 99年公告發布時點為早，且系爭繳納越南稅款究否為所得稅 性質，既已依首揭規定，向課徵國越南查證認定事實，尚難 逕依該函認定原告繳納之運費稅即全額等同所得稅性質，本 件仍應以原告主張適用協定之國家－越南財政部最新公告為 準。
四、另原告主張被告應先審核該申訴事實是否有理、是否有應作 為而不作為及是否為我方可單獨解決之情形，如有必要，應 函請財政部賦稅署洽他方締約國之所得稅協定主管機關協議 解決，而非逕予否准原告回歸有利之所得稅法第3 條第2 項 規定適用境外所得可扣抵稅額乙節：
（一）依台越租稅協定第25條相互協議程序之規定：「一方締約 國之居住者認為一方或雙方締約國主管機關之行為，對其 發生或將發生不符合本協定規定之課稅，不論各該國法律
之救濟規定，均得向其本人為居住者之國家之主管機關提 出申訴，此項申訴應於首次接獲不符合本協定規定課稅之 通知起3 年內為之。」另依適用所得稅協定查核準則第31 條規定：「中華民國之居住者就他方締約國或雙方締約國 之課稅不符合所得稅協定之情形，得依所得稅協定有關相 互協議程序之規定，向該管稅捐稽徵機關提出相互協議之 請求，受理之稅捐稽徵機關應先審核該申訴事實是否有理 、是否有應作為而不作為及是否為我方可單獨解決之情形 ，如有必要，得函請財政部賦稅署洽他方締約國之所得稅 協定主管機關協議解決」。
（二）本件原告如認為越南政府對其系爭年度之課稅有不符合台 越租稅協定課稅之情形，得依越南法律規定之救濟規定辦 理，或依前揭協定第25條及前揭查核準則第31條規定，於 首次接獲不符合該協定規定課稅之通知起3 年內提出申訴 ，如有必要，我方租稅協定主管機關將洽越南租稅協定主 管機關進行相互協議程序，惟查本件已逾前揭租稅協定規 定之申訴期限，財政部賦稅署已無法向越南租稅協定主管 機關提起相互協議請求之法律依據。惟原告如已依越南法 律規定提起救濟，仍得依其規定辦理。又原告將該租稅協 議程序之法定期間與本件行政救濟混為一談，實無可取。 被告並未阻卻原告就系爭越南繳納運費稅，列報依境外所 得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵之稅額，經被告否 准，所提之行政救濟，有本件行政訴訟可證。
五、綜上，被告以越南與我國簽訂租稅協定，核定本件越南繳納 之稅款32,044,964元不得列報扣抵稅額，重行核定境外所得 可扣抵稅額為174,156,282 元，經核並無不合等語，資為抗 辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
肆、兩造不爭之事實及兩造爭點：
如事實概要欄所述之事實，業據提出我國駐胡志明市辦事處 商務組函影本附本院卷、駐越南代表處經濟組95年6 月29日 河內字第09500604570 號函附越南稅務總局95年6 月22日函 有關台越租稅協定第8 條海空運輸規定解釋之中譯文為證， 其形式真正為兩造所不爭執，堪信為真，兩造之爭點厥為：一、本件原告向越南繳納之系爭運輸稅款，是否溢繳（是否僅應 由我方課稅）？未溢繳之部分是否為所得稅？原告得否向我 方主張准予扣抵因加計國外所得增加之應納稅額？二、本件被告補徵核定是否違反「不利益變更禁止原則」？三、本件原告是否尚未逾越台越租稅協定第25條規定之3 年申訴 時效期間？
伍、本院之判斷：
一、本件應適用之法條與法理：
（一）稅捐稽徵法第21條規定：「稅捐之核課期間，依左列規定 ：一、依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，已在規定期 間內申報，且無故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者 ，其核課期間為5 年。……在前項核課期間內，經另發現 應徵之稅捐者，仍應依法補徵或並予處罰」
（二）所得稅法第3 條第2 項規定：「營利事業之總機構在中華 民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得， 合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得 ，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務 人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證…… 自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。」（三）適用所得稅協定查核準則（財政部99年1 月7 日發布，下 同）第26條規定：「中華民國之居住者依所得稅協定有關 消除重複課稅之規定申報國外稅額扣抵，應於辦理所得稅 結算申報時，檢附他方締約國稅務機關出具載有所得年度 、項目、金額、適用稅率及已納稅額之納稅證明，其扣抵 之限額及計算方式，依所得稅協定、所得稅法、所得基本 稅額條例及相關法令規定辦理。依所得稅協定規定屬於他 方締約國免予課稅之所得，或訂有上限稅率之所得，不得 申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。」（四）適用所得稅協定查核準則第31條規定：「中華民國之居住 者就他方締約國或雙方締約國之課稅不符合所得稅協定之 情形，得依所得稅協定有關相互協議程序之規定，向該管 稅捐稽徵機關提出相互協議之請求，受理之稅捐稽徵機關 應先審核該申訴事實是否有理、是否有應作為而不作為及 是否為我方可單獨解決之情形，如有必要，得函請財政部 賦稅署洽他方締約國之所得稅協定主管機關協議解決。」 ，該查核原則係被告為處理適用所得稅協定案件更具體化 而訂定之技術性、細節性行政規則，與立法意旨相符，行 政機關予以適用，自無違誤。
（五）台越租稅協定第3 條第1 項第4 款規定：「一方締約國之 企業及他方締約國之企業，係分別指一方締約國之居住者 所經營之企業及他方締約國之居住者所經營之企業。」（六）台越租稅協定第8 條第1 款規定：「一方締約國之企業， 以船舶或航空器經營國際運輸業務之利潤，僅由該國課稅 。」
（七）台越租稅協定第25條第1 款規定：「一方締約國之居住者 認為一方或雙方締約國主管機關之行為，對其發生或將發 生不符合本協定規定之課稅，不論各該國法律之救濟規定
，均得向其本人為居住者之國家之主管機關提出申訴，此 項申訴應於首次接獲不符合本協定規定課稅之通知起3 年 內為之。」
二、本件原告向越南繳納之系爭運輸稅款，部分為溢繳之稅款（ 僅應由我方課稅），其餘部分亦非所得稅，原告不得向我方 主張准予扣抵因加計國外所得增加之應納稅額：（一）我國與越南於87年4 月6 簽署台越租稅協定，並自同年5 月6 日生效。原告為我國之居住者，其94年度於越南以船 舶經營國際運輸業務所取得之收入，依該協定第8 條第1 項、第3 條第1 項第4 款規定，係屬海空運輸收入，雙方 締約國對該收入所課徵之租稅，係屬台越租稅協定第2條 規定適用之租稅，依我國所得稅法第124 條及越南財政部 公元2004年12月31日133/2004/TT-BTC 號公告第A 章第3 條第1 款及第2 款規定，台越租稅協定應優先適用，即該 等國際運輸業務收入僅由我國課徵所得稅，越南應予免徵 ，原告向越南繳納之系爭運輸稅款中直接稅部分，為溢繳 之稅款，依適用所得稅協定查核準則第26條規定，原告94 年度於越南有溢繳台越租稅協定第2 條第2 項第2 款規定 在越南適用租稅協定之情形，應向越方主張適用該協定第 8 條規定免稅並申請退還其溢繳稅額，不得向我方主張扣 抵各該年度營利事業所得稅應納稅額。
（二）至原告所繳系爭運輸稅款中非直接稅部分，越南認為並非 所得稅，並無台越租稅協定之適用（非由我國收取），而 非溢繳，但既非所得來源國（越南）稅法規定繳納之「所 得稅」，與我國所得稅法第3 條第2 項規定不合，自無申 報扣抵之餘地。
（三）原告雖主張向越南繳納系爭運輸稅（Freight Tax ）款32 ,044,964元，依財政部83年函釋為所得稅性質，本次核定 認定事實與該函釋不合，亦與財政部64年函釋相違背，且 系爭運費稅（FreightTax）縱無租稅互惠協定適用，依財 政部99 年1月7 日發布之「適用所得稅協定查核準則」第 2 條但書規定，亦應回歸有利之所得稅法第3 條第2 項適 用境外所得可扣抵稅額，惟被告復查決定未准原告適用境 外所得可扣抵稅額，顯有違背該查核準則第2 條但書規定 云云。惟查：
１、依台越租稅協定第3 條第2 項規定：「本協定未界定之 名詞於適用時，除依文義須另作解釋者外，應依適用本 協定締約國之法律規定辦理」，本件原告於越南以船舶 經營國際運輸業務之收入，其於越南主張適用台越租稅 協定第8 條規定免稅時，應依越南之法律規定辦理。系
爭越南課徵之稅目，依越南稅務總局95年6 月22日函： 「避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定僅適用於對資產 課徵之稅賦及所得稅，因此協定僅適用於直接稅。」； 另依據越南財政部1999年2 月4 日發布第16/1999/TT -BTC號公告第3 章第3 條規定：「對與越南簽署避免雙 重課稅協定國家之組織及個人，應依據該協定來計算運 輸所得稅。在此情形下，應以營利事業所得稅為依據來 計算協定規定之減免稅額，即以該公告規定之3 ﹪中之 1 ﹪為計算基礎」。易言之，系爭運費稅係以運輸總費 用之3%計算，其中直接稅為該3%中之1%，故僅該1%直接 稅適用台越租稅協定（應由我國課徵收所得稅），其餘 2%稅額非屬所得稅，並無台越租稅協定之適用，固非溢 繳，但既非已向越南繳納之「所得稅」，尚不得依我國 所得稅法第3 條第2 項規定列報境外所得可扣抵稅額。 ２、另財政部64年函釋係謂：「我國國際航運事業在東南亞 地區營運所繳納之運費稅，仍應按往例以營業費用認定 」，並未認定運費稅係所得稅；至財政部83年函說明二 ，雖指明越南對外國船舶（含我國船舶）僅課所得稅或 類似稅捐（如Income Tax；Freight Tax ；Profits Tax ；Company Tax ；Corporation Tax 等），惟該函
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