最 高 行 政 法 院 判 決
100年度判字第1170號
上訴人（原審原告）
維州生物科技股份有限公司
代 表 人 柯光達
訴訟代理人 顧立雄 律師
上訴人（原審被告）
財政部臺北市國稅局
代 表 人 陳金鑑
上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國99年9
月9日臺北高等行政法院99年度訴字第778號判決，提起上訴，本
院判決如下：
主 文
原判決關於投資抵減撤銷訴願決定及原處分(復查決定)暨該訴訟費用部分均廢棄。
上開廢棄部分上訴人維州生物科技股份有限公司在第一審之訴駁回。
上訴人維州生物科技股份有限公司之上訴駁回。廢棄部分第一審及上訴審訴訟費用由上訴人維州生物科技股份有限公司負擔。
駁回部分上訴審訴訟費用由上訴人維州生物科技股份有限公司負擔。
理 由
一、上訴人維州生物科技股份有限公司（下稱維州公司）96年度 營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得（ 下稱免稅所得）新臺幣（下同）28,514,225元、研究與發展 支出709,134元、可抵減稅額212,740元及本年度抵減稅額45 7,309元，經上訴人財政部臺北市國稅局（下稱北市國稅局 ）核定免稅所得23,248,479元，並核定研究與發展支出、可 抵減稅額及本年度抵減稅額均為0元，應補稅額1,773,745元 。維州公司不服，申請復查獲追認免稅所得136,218元，其 餘復查駁回，維州公司仍表不服，提起訴願遭決定駁回，遂 就免稅所得及研究發展支出投資抵減部分提起本件行政訴訟 ，經原審判決：訴願決定及原處分（復查決定）關於投資抵 減部分撤銷。原告（即維州公司）其餘之訴駁回。兩造當事 人均不服，提起本件上訴。
二、維州公司起訴主張：(一)免稅所得部分：無論促進產業升級 條例(下稱促產條例)或製造業及其相關技術服務業新增投資 5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法(下稱獎勵辦法)皆僅針對 申請資格條件加以規定，既無任何對投資計畫之收入做出限
制條件，亦無對其銷售對象做出規定，而製造業及其相關技 術服務業5年免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱 免稅所得計算要點）第3點則係對適用免徵營利事業所得稅 之範圍說明訂定，維州公司依投資計畫所購置之全新機器、 設備或技術之產出所得應予免徵營利事業所得稅。又維州公 司係於92年間因增資擴展經營第1至第4期臨床試驗、生體相 等性試驗、生體可用率試驗、藥物動力學及藥效學試驗之投 資計畫，向主管機關申請核准5年免徵營利事業所得稅，而 維州公司就吉富貿易有限公司(下稱吉富公司)等事業所提供 之相關生物試驗服務，亦是基於該項增資擴展經營投資計畫 中所發展出來之服務業務，應認列為免稅所得。北市國稅局 以上訴人維州公司對吉富公司等事業提供服務而得之收入， 並非對製造業提供之服務，故認定無免稅規定之適用，實無 法律之依據，亦有違信賴保護原則。(二)研究與發展支出投 資抵減部分：維州公司就政府補助款之使用，係按照該經費 預算分配表上之會計科目列帳，其補助款認列方式，也已由 該補助案之計畫管理單位財團法人資訊工業策進會(下稱資 策會)同意，並無問題。而就補助計畫中關於技術引進及委 託研究費部分之支出，因認為並非維州公司本身內部就發展 所作之支出而予以資產化(即歸入無形資產)，則就該費用相 同性質之政府補助款736,931元部分，自應與申請抵減所得 稅之研發支出無關，無須列為所申報之研發支出之減項。北 市國稅局對維州公司此部分無形資產減項之認列作法未取消 ，卻又直接於研發費用之減項中，再次扣除該筆輔助款，顯 有重複扣除之情形等語，求為判決撤銷訴願決定及原處分關 於免稅所得及投資抵減部分之規制性決定。
三、北市國稅局則以：(一)免稅所得部分：依92年2月6日增定之 促產條例第9條之2立法意旨及獎勵辦法第2條規定可知，符 合獎勵辦法所稱製造業或「對」製造業提供研究發展、設計 、檢驗等服務之公司，新投資創立或增資擴展經核准者，方 有連續5年免徵營利事業所得稅之適用。故免稅所得計算要 點所規範者，應以符合促產條例第9條之2及獎勵辦法第2條 規定之公司為前提。維州公司96年度列報投資計畫之勞務收 入淨額90,752,696元，其中16,248,089元(原查誤植為16,75 9,374元)係對吉富公司、國立臺灣大學醫學院、行政院原子 能委員會核能研究所及財團法人生物技術開發中心等非屬獎 勵辦法所稱之製造業提供服務之收入，自無免徵營利事業所 得稅之適用。(二)研究與發展支出及可抵減稅額部分：維州 公司96年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發展支出 709,134元及可抵減稅額212,740元，雖主張「臨床試驗資訊
系統」係用以改進提供勞務技術，進而改善現有產品之生產 程序及系統，惟未提示前開相關資料供核，即核不足採。又 維州公司委託精業公司開發客製化應用程式，該應用程式非 屬抵減辦法所稱專為研究發展購買或使用之專利權、專用技 術及著作權之範疇，且精業公司非屬研究機構，維州公司委 託精業公司開發應用程式之支出復未經專案認定屬研究與發 展之支出，依抵減辦法規定，該項支出不得列報為研究與發 展之支出。況本案補助款與研究發展支出屬同一專案，雖以 不同會計科目列示，依抵減辦法第7條規定，仍應全數自研 究發展支出下減除。至資策會之查核報告目的為檢驗是否符 合計畫合約內容及本件資策承辦人員簽章認可之當期費用計 算清表以及相關之規定，非針對維州公司研究發展支出及補 助款帳列方式查核，其查核亦與維州公司結算申報列報研究 發展支出無關。維州公司主張依該申報研究發展支出性質， 應僅扣除相應之補助項目，容有誤解。系爭政府補助款維州 公司自行沖減無形資產乙節，與本件爭點無涉，並無礙於本 件之核定等語，資為抗辯，求為判決駁回維州公司之訴。四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：(一)免稅所得部分：對特定產業為稅捐優惠之法規範，基本上都 有「透過稅捐優惠手段促進產業發展」之功能性目標。而作 為本件免稅依據之法規範為行為時促產條例第9條之2第1項 第2款規定所稱之「相關技術服務」，依獎勵辦法第2條第1 項規定，係限制在「對製造業提供研究發展、設計、檢驗、 測試、改善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新 及淨潔能源工程、資源回收、污染防治、工業用水再利用、 溫室氣體排放量減量、智慧財產技術等服務之公司」。其背 後之規範意旨係：「上開法規範乃是為促成製造業之發展， 才兼及優惠製造業之支援產業」，因此若製造業支援產業之 實際支援對象非受獎勵之製造業，因該支援而創造之所得即 無給予免稅優惠之理由。吉富公司、國立臺灣大學醫學院、 行政院原子能委員會核能研究所與財團法人生物技術開發中 心等4個組織，並非上開法規範所預計給予免稅優惠之製造 業，因此不在獎勵範圍，北市國稅局不將維州公司此等服務 所對應之收入計入免稅計算公式中，即無違誤。維州公司雖 稱「國立臺灣大學醫學院、行政院原子能委員會核能研究所 及財團法人生物技術開發中心，實質上均有從事製造生產活 動，並領有工廠登記證，應屬製造業」，惟縱上揭3組織即 使實際有從事製造活動之客觀事實，但因為其等組織具有公 部門及公益色彩，其本身沒有製造業免稅優惠之適用（獎勵 辦法第2條第1項之規定內容，將「製造業」定義為「從事物
品製造或加工」之「公司」，明文排斥了政府設立之組織， 即使該等組織有生產能力及事實，亦不認有獎勵必要），對 其提供服務之相關產業所創造之營業收入，亦不在上開法規 範之免稅範圍內，從而維州公司之主張於法無據。(二)研究發展支出投資抵減部分：依維州公司提出之「經濟部技 術處『示範性資訊應用開發計畫』專案契約書」所示，其與 經濟部間簽立之補助契約對補助款之補助項目，有分項列明 （分別為「人事費」、「設備使用費」及「技術引進費及委 託研究費」，其中「技術引進費及委託研究費」之支出不可 申報研發投資抵減），並列明補助最高上限金額。此外該補 助計畫為跨期計畫，預計從94年起實施，至95年6月完成， 以3個月為1期，進一步劃分為每個週期應投入之補助款金額 。惟維州公司未能如期執行，而拖至96年間才完成該計畫， 因此才會在96年度還有此項計畫之費用支出。維州公司主張 其申報上開研發費用支出是屬人事費及設備使用費之支出， 而自政府取得之補助款則是用於挹注「程式開發費」之支出 ，性質上屬上述「技術引進及委託研究費」之補助；且謂「 當期人事費及設備使用費之支出沒有自政府取得任何補助」 等語，並提出相關會計單據為證。此時北市國稅局本應檢證 維州公司取得政府補助款之總額是否依上揭補助契約之約定 ，分別用在可研發投資抵減與不可研發投資扺減之費用支出 項目，不同項目有無違約超額使用補助款，即可確知維州公 司主張之正確與否。北市國稅局僅以其當年度受政府補助金 額為736,931元，超過維州公司實際支出之研發支出709,134 元，而在沒有經過實質審查之情況下，全數否准維州公司認 列扺減稅額，卻忽略調查上開補助款之補助對象是否如維州 公司所言，是補助不在研發投資扺減範圍之購入程式費用， 與其申報之實際研發支出費用無關，即嫌率斷，而有重要事 實未予合法調查之違法，且因此等事實之認定涉及研究發展 行為之專業性及合理性，法院缺乏此等專業人才，故應撤銷 原處分、復查決定及訴願決定此部分之決定，發回北市國稅 局依前開法律見解重為適法之處理。
(三)從而，本件原處分有關免稅所得部分之決定（復查決定追認 136,218元部分外）並無違法，復查決定、訴願決定遞予以 維持，核皆無不合，維州公司訴請撤銷，為無理由，應予駁 回。至於原處分有關研發投資抵減稅額部分之決定尚有違誤 ，復查決定、訴願決定未予糾正，亦均有未合，爰將原處分 （復查決定）及訴願決定此部分之決定撤銷，發回北市國稅 局依上開所示法律見解重為適法之處分。
五、本院查：
(一)免稅所得部分：
1.按行為時(下同)促產條例第9條之2第1項第2款規定：「為健 全經濟發展，並鼓勵製造業及其相關技術服務之投資，該等 公司自91年1月1日起至92年12月31日止，新投資創立或增資 擴展，得依下列規定免徵營利事業所得稅：一、……二、屬 增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起， 連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充 獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」次 按獎勵辦法第2條第1項規定：「本條例第9條之2第1項所稱 製造業，指從事物品製造或加工之公司。所稱製造業相關之 技術服務業，指對製造業提供研究發展、設計、檢驗、測試 、改善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新及淨 潔能源工程、資源回收、污染防治、工業用水再利用、溫室 氣體排放量減量、智慧財產技術等服務之公司。……。」查 92年2月6日增定促產條例第9條之2之立法意旨：「製造業係 我國傳統產業之主要命脈之一，對地方產業發展有重要貢獻 ，為鼓勵業者投資，爰給予創立投資或擴充之業者得享自91 年1月1日起至92年12月31日間免稅之優惠，以達成全面獎勵 之目的。」足見促產條例第9條之2第1項所稱製造業，係指 從事物品製造或加工之公司；所稱製造業相關之技術服務業 ，係指「對」製造業提供研究發展、設計、檢驗、測試、改 善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新及淨潔能 源工程、資源回收等服務之公司，獎勵辦法第2條規定甚明 。必須符合獎勵辦法所稱製造業或「對」製造業提供研究發 展、設計、檢驗等服務之公司，新投資創立或增資擴展經核 准者，方有連續5年免徵營利事業所得稅之適用。又免稅所 得計算要點所規範者，亦以符合促產條例第9條之2及獎勵辦 法第2條規定之公司為前提，此觀免稅所得計算要點第1點規 定：「符合促產條例第9條之2暨獎勵辦法規定之公司，依本 要點規定計算免稅所得額。」及第2點規定：「……（二） 免稅所得額：指符合獎勵辦法，經核准並完成投資計畫且依 本要點計算之所得額」甚明。
2.原判決已敘明：吉富公司、國立臺灣大學醫學院、行政院原 子能委員會核能研究所與財團法人生物技術開發中心等4個 組織，並非上開法規範所預計給予免稅優惠之製造業，因此 不在獎勵範圍，北市國稅局不將維州公司此等服務所對應之 收入計入免稅計算公式中，即無違誤等語。此部分經核於法 並無不合。維州公司上訴意旨復稱：促產條例第9條之2、獎 勵辦法第2條及免稅所得計算要點第3點規定，係就申請資格 加以定義，並未對投資計畫之收入做出限制條件，亦無對銷
售對象做出規定，原判決未慮及此，認製造業之支援產業應 以製造業為支援對象，故就維州公司對非製造業之吉富公司 等公司機構提供勞務之對價所得，認無免稅優惠之適用，其 適用法規顯有違誤云云，即無可採。是此部分原判決並無違 誤，維州公司上訴意旨求予廢棄，為無理由，應予駁回。(二)研究與發展支出投資抵減稅額部分：
1.按促產條例第6條規定：「為促進產業升級需要，……公司 得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額35％限度內，自 當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；……前 2項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司 當年度應納營利事業所得稅額50％為限。……。第1項及第2 項投資抵減之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序、 施行期限、抵減率及其他相關事項，由行政院定之。……」 次按公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法(下 稱投資抵減辦法)第2條規定：「本辦法所稱研究與發展之支 出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進 提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、……六、 專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當 年度攤折或支付費用。七、委託國內大專校院或研究機構研 究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用 。……九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定 屬研究與發展之支出。前項第7款所稱研究機構，包括政府 之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記 有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究 機構。」第5條第1項規定：「公司投資於第2條所稱研究與 發展之支出，在同一課稅年度內得按30％抵減當年度應納營 利事業所得稅額；……。」第7條規定：「公司適用投資抵 減稅額之研究與發展及人才培訓之支出，不包括政府補助款 在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。」及第8條規定： 「公司依本辦法規定投資於研究與發展及人才培訓之支出， 應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報 ，並依下列規定檢附有關證明文件，送請公司所在地之稅捐 稽徵機關核定其數額。稅捐稽徵機關於核定其抵減稅額時， 如對公司申報之支出內容或相關事項有疑義，可洽各中央目 的事業主管機關協助認定:一、研究與發展支出: (六)研究 計畫及紀錄或報告。……」再依財政部93年10月26日臺財稅 字第09304539440號修正發布前揭投資抵減辦法審查要點附 表項目壹、二、應檢附之證明文件規定，生產單位改進生產 技術或提供勞務技術之費用，應檢附生產單位改進技術或提 供勞務技術之計畫及報告，以及改進「前」、「後」之生產
程序對照、設計圖對照及各項成本及單位售價明細分析、改 進「前」、「後」產能差異分析或改進「前」、「後」產品 品質差異分析、單位成本、單位售價、全年銷售量及具體績 效等相關資料。是申請研究與發展支出及可抵減稅額，須先 檢附上開相關資料供核，除須符合上開研發要件外，如其同 一研發案件之費用係由政府補助，則在補助款範圍內，亦應 予扣除。
2.維州公司主張與資策會簽訂之「示範性資訊應用開發計畫」 專案契約書，該計畫經費內容有人事費、設備使用費、技術 引進及委託研究費等3項，其中技術引進及委託研究費，因 未申報研發支出，該部分補助款不應列為研發支出之減項云 云。惟查維州公司上開投資抵減之政府補助款係針對計畫專 案為之，該專案計畫總經費(含營業稅)預計34,356,000元， 其中資策會代經濟部撥給維州公司之補助專款上限為10,000 ,000元，足見補助金額係以計畫總經費之比例提供，並非就 補助款會計科目逐項計算補助金額，且維州公司96年度僅有 一研究計畫，該補助款係就同一專案之補助，維州公司當年 度已領取政府補助金額為736,931元，超過實際支出之研發 支出709,134元，為原審確定之事實，則依前開說明，原處 分扣除維州公司同一計畫之政府補助款736,931元，自無不 合。原審未先調查論斷維州公司是否已依規定檢附相關資料 供核，以判定其是否符合研發之要件，已有未洽，其復認北 市國稅局全數否准維州公司認列扺減稅額，忽略調查上開補 助款之補助對象是否如維州公司所言，係補助不在研發投資 扺減範圍之購入程式費用，與其申報之實際研發支出費用無 關，即嫌率斷，而撤銷原處分、復查決定及訴願決定，適用 法規即有違誤。北市國稅局上訴求予廢棄，為有理由，此部 分原判決應予廢棄。又維州公司雖未檢附相關資料供核，以 判定其是否符合研發之要件，然其領取政府補助金額為736, 931元，超過實際支出之研發支出709,134元，既為原審確定 之事實，則依投資抵減辦法第7條規定，即應予扣除，是原 處分即無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合，維州公司起 訴，請求撤銷此部分之訴願決定及原處分，為無理由，爰改 判駁回維州公司在原審此部分之訴。
六、據上論結，本件上訴人北市國稅局之上訴為有理由，上訴人 維州公司之上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第 256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段，判決如主 文。
中 華 民 國 100 年 7 月 7 日 最高行政法院第三庭
審判長法官 黃 璽 君
法官 楊 惠 欽
法官 吳 東 都
法官 陳 金 圍
法官 蕭 惠 芳
以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異
中 華 民 國 100 年 7 月 7 日 書記官 彭 秀 玲
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