臺北高等行政法院判決
100年度訴更一字第1號
100年10月4日辯論終結
原 告 財團法人佛教慈濟綜合醫院
代 表 人 甲○○
訴訟代理人 聶齊桓 律師
林進富 律師
被 告 花蓮縣地方稅務局
代 表 人 乙○○○○○○住同上
訴訟代理人 戊○○
丙○○
丁○○
上列當事人間因房屋稅事件，原告不服花蓮縣政府中華民國97年
1月30日96訴字第025號訴願決定，提起行政訴訟，經本院97年11
月6日97年度訴字第858號判決後，被告提起上訴，經最高行政法
院99年12月16日99年度判字第1327號判決廢棄，發回本院更為審
理，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
第一審及發回前第二審訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
壹、程序部分：
1.被告原名花蓮縣政府稅捐稽徵處，依花蓮縣政府於民國（下 同）97年8月15日以府人任字第0970124336號令修正發布之 「花蓮縣地方稅務局組織規程」規定，於97年10月1日更名 為花蓮縣地方稅務局，有被告提出之97年10月6日花稅人字 第0970099793號函為憑，其權利義務主體同一，合先敘明。 2.本件原告經合法通知，未於言詞辯論期日到場，依行政訴訟 法第218條準用民事訴訟法第386條、第385條第1項前段規定 ，核無民事訴訟法第386條所列各款情形，爰依到場被告之 聲請，由其一造辯論而為判決，合先敘明。
貳、實體部分：
一、事實概要：
原告所有坐落花蓮縣花蓮市○○里○○路○段707號、711號 及同縣玉里鎮○○里○○街1-1號、同縣玉里鎮○○里○○ 路54號、56號等房屋（下稱系爭房屋）於被告辦理96年度房 屋稅籍清查時，發現原告係依醫療法第5條規定，由行政院 衛生署（下稱衛生署）核准設立之醫療財團法人，非屬內政 部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」 核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，被告遂
以原告與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈 善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符，以96年4月19日花稅 財字第0960064826號函核定課徵96年房屋稅計新臺幣（下同 ）7,243,825元，並補徵91年至95年房屋稅計25,080,935元 ，合計32,324,760元。原告不服，申請復查，經被告以96年 10月24日花稅管字第096002418號復查決定（下稱原處分） 駁回，原告仍表不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂就91年 至96年房屋稅逾148,875元部分，向本院提起行政訴訟，經 本院以97年11月6日97年度訴字第858號判決：「訴願決定及 原處分（復查決定含原核定處分）關於91至96年房屋稅逾新 臺幣壹拾肆萬捌仟捌佰柒拾伍元部分均撤銷。訴訟費用由被 告負擔。」被告不服，提起上訴，經最高行政法院以99年12 月16日99年度判字第1327號判決廢棄，發回本院更為審理。二、本件原告主張：
（一）原告原訴請撤銷關於訴願決定、復查決定及原處分課徵91 至96年房屋稅計32,324,760元，惟因系爭房屋有出租予維 康醫療器材、靜思書軒、台灣咖啡等多家營業使用，面積 合計536.2 平方公尺部分均經被告課營業稅，91至96年合 計32,214元，另急診大樓地下1 樓停車場尚有出租行為， 面積為896.42平方公尺，亦經被告課稅非住家非營業用計 94年9,100 元、95年54,054元、96年53,507元，合計116, 661 元，是該等部分既有供營業及非住家非營業使用情形 ，即無起訴之必要，為此原告撤回上開共計148,875 元部 分，並經被告訴訟代理人即股長葉秀姚及助理稅務員杭蕙 敏核對稅單簽認無誤，故訴之聲明變更為訴願決定、復查 決定及原處分關於91至96年房屋稅32,175,885元部分均撤 銷，即應撤銷訴願決定、復查決定及原處分關於課徵91年 至96年房屋稅超過148,875 元部分，合先敘明。（二）原告係出於證嚴法師慈善救濟之動機而設立，由財團法人 中華民國佛教慈濟慈善基金會（下稱慈濟基金會）為提供 慈善醫療救助服務目的而捐助成立之非以營利為目的之公 益財團法人，證諸慈濟基金會年鑑、大愛電視台紀錄片、 慈濟月刊等文獻均有記載。原告與該基金會合作成立慈濟 人醫會（下稱人醫會），使用醫院人力與資源從事慈善醫 療救護工作，亦有人醫會重要沿革事蹟表、國際醫會義診 服務累積人次表及人醫會服務統計暨國際救援專案義診人 數統計、「志為人醫守護愛」節目簡介、醫院志工服務總 人次統計表可參，且與基金會合作成立骨髓捐贈資料庫， 原告雖處於虧損狀態，仍竭力從事救濟，設立理念與本質 確屬慈善救濟事業，主管機關衛生署並以76年7月4日衛署
醫字第675199號函證明原告係非以營利為目的之財團法人 ，被告亦於76年10月15日以原告符合房屋稅條例第15條第 1項第2款規定，於91年准予免徵房屋稅在案。又依原告捐 助章程第3條揭櫫慈善救濟之設立宗旨及臺灣花蓮地方法 院核發之法人登記證書目的欄之記載，足徵原告立案宗旨 即係慈善救濟事業，與房屋稅條例第15條第1項第2款規定 相合。
（三）醫療法為特別法，自醫療法頒布後，醫療財團法人踐行其 慈善救濟本質時，顯非交由內政部立案監督管理。依醫療 法第46條規定，立法者已將醫療財團法人定位為具有慈善 救濟性質之財團法人，要求須提撥年度醫療收入結餘10% 以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項等 慈善救濟事業，並由中央主管機關衛生署直接監督管理， 擇優獎勵。參照醫療法第38條第2項（93年4月28日增訂） 規定、行政院提案及賴勁麟委員等提案說明，醫療財團法 人雖係在衛生署立案，惟仍得享有房屋稅減免，否則何須 在房屋稅條例第15條第1項第2款規定外，再增訂醫療法第 38條第2項規定。況在醫療法施行後，依該法第5條及第11 條規定，醫療財團法人已無從重複向內政部立案成立醫療 財團法人從事慈善救濟與醫療業務，原告前經主管機關衛 生署以73年12月27日衛署醫字第501843號函許可准予設立 ，並經臺灣花蓮地方法院同意聲請財團法人設立登記，原 告確已完成財團法人設立登記。
（四）房屋稅條例第15條第1項第2款並非規定「業經向內政部立 案之私立慈善救濟事業」，不容稅捐機關增加法律所無限 制，剝奪從事慈善救濟與醫療業務之醫療財團法人之房屋 稅減免優惠。參照政治大學非營利中心主任江明修教授從 公益觀點看財團法人之性質及許崇源教授著從財稅觀點看 「非政府組織法的立法原則」之著作，該款未明定私立慈 善救濟事業之立案主管機關專指內政部，原告已完成財團 法人登記立案並有從事慈善醫療救濟服務之目的與事實， 應認定為「經主管機關核准立案之私立慈善救濟事業」， 被告所稱顯增加法律所無之限制，有違司法院釋字第217 號、第420號、第478號、第496號及第530號解釋所揭租稅 法律主義、實質課稅原則、行政程序法第4條及第8條規定 。且依原告捐助章程第8條（實質監督原告慈善救濟事業 之執行與規劃）、第19條（提存結餘）及第20條（解散剩 餘財產歸屬）之規定，與一般營利性醫院不同，符合租稅 減免要件，被告援引之財政部71年12月8日台財稅第38854 號及前台灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函釋亦
未直接排除醫事財團法人得適用房屋稅條例第15條第1項 第2款規定，該醫事財團法人是否適用該款規定，應視其 是否有從事慈善救濟事業之實質為斷。
（五）參酌近日行政院院會通過「財團法人法草案」第1條立法 理由說明、第3條第2項規定及其立法理由，財團法人醫院 應受醫療法專門規範，而事涉多數目的事業主管機關者， 無須重複設立或登記，僅須向其主要目的事業主管機關設 立登記即可，故屬慈善救濟事業之原告僅須向衛生署立案 即可，殊無向內政部立案之必要。又內政部明白表示其係 社會福利主管機關，而有關慈善救濟事業之型態、範圍及 其設立之法令依據與認定標準，該部相關法規未加以範定 ，則原告是否符合「立案之私立慈善救濟事業」，須由其 主管機關衛生署認定，即立案係向衛生署立案，且衛生署 已行使職權明白認定原告係慈善救濟事業，此有內政部96 年10月2日內授中社字第0960015743號、96年12月17日內 授中社字第0960018943號、衛生署96年12月5日衛署醫字 第0960053851號函內容可參。
（六）被告所援引個案之臺中高等行政法院93年度訴字第89號及 最高行政法院94年度判字第01986號判決完全未討論或慮 及醫療法第46條、第38條第2項、第5條及第11條規定爭點 ，復未討論被告就房屋稅第15條第1項第2款增加法律所無 限制之違憲爭點、內政部相關法規未規範慈善救濟事業之 型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，亦無從斟酌 發生在後之內政部96年10月2日內授中社字第0960015743 號、96年12月17日內授中社字第0960018943號、衛生署96 年12月5日衛署醫字第0960053851號函內容。況就原告相 關房屋稅案件，亦經本院96年度訴字第2546號、97年度訴 字第907號、臺中高等行政法院96年度訴字第179號及高雄 高等行政法院97年度訴字第153號判決原告勝訴在案。（七）被告所援引之財政部71年12月8日台財稅第38854號函釋表 明醫事財團法人得適用房屋稅條例第15條第1項第2款規定 ，並導出醫事財團法人若不具備該款事由，即無法令依據 可予免徵，故該函認如符合該款規定之醫事財團法人，即 得免徵房屋稅。而前台灣省稅務局68年5月14日稅三字第 34478號函釋並非認為祇要係財團法人醫院即非慈善救濟 事業，被告難以該等函釋作為醫事財團法人無該款適用之 依據。至被告援引之財政部64年11月4日台財稅第37824號 函釋並未增加法律所無之限制（即未要求應向內政部立案 ），且由該函可知基督教會係向內政部民政司登記之宗教 財團法人，非向掌管社會福利事業之社會司登記，毫無可
能導出所附設之醫院因此為慈善救濟事業之結論，故該附 設醫院確為慈善救濟事業之根本原因在於有懸壺濟世之醫 療使命。慈濟基金會既係向內政部社會司登記之財團法人 ，由該會捐助成立之原告，同具慈善救濟性質，否則，豈 有未另行登記成立法人之附設醫院經認定為業經立案之慈 善救濟事業，而經捐助成立法人之原告反認為未經立案？ 況依被告所提財政部64年12月19日台財稅第38987號函釋 規定，教會附設醫院之診療室、病房、值夜宿舍均被認為 直接供醫院使用之房屋而得免徵房屋稅，同為醫院之原告 之系爭房屋亦應比照係慈善救濟事業之房屋而得免徵房屋 稅。
（八）財政部64年11月4日台財稅第37824號及64年12月19日台財 稅第38987號函釋係該基督教附設醫院得免徵房屋稅，則 附設醫院如何符合「內政部審查內政業務財團法人設立許 可及監督要點」、兒童及少年福利法、老人福利法、身心 障礙者保護法及社會救助法等社會福利相關法規，顯然該 部未認慈善救濟事業須符合社會福利事業之相關法規，亦 無法律依據足認慈善救濟事業須符合社會福利事業之相關 法規。且該2函均係財政部現行有效函令，不容下級單位 推翻。慈善救濟之範圍遠較社會福利、社會救助、老人福 利等之內政部主管範圍廣泛，參酌內政部96年12月17日內 授中社字第0960018943號函內容，內政部係社會福利主管 機關，既非慈善救濟事業之主管機關，又非醫事財團法人 之主管機關，其規範社會福利事業之相關法規，殊無應適 用於醫療財團法人之法理，被告提出內政部97年8月19日 內授中社字第0970013498號函，並稱內政部未棄守其仍具 認定慈善救濟事業事務權限之立場云云，尚待斟酌。況遍 觀上開「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要 點」等社會福利相關法規，並無任何規定「須向內政部立 案」始得謂為「業經立案之私立慈善救濟事業」。（九）醫療法第21條規定，所有類型之醫療院所，不問是否慈善 救濟事業，收費標準與型態均依主管機關指示申請辦理， 且遍查醫療法及房屋稅條例亦無慈善救濟醫院應為特別收 費之規定，被告以原告遵守法令收費之事實，據認非屬慈 善救濟醫院，違反論理原則，抑且將受費差異作為房屋稅 免徵負擔條件，有違依法行政原則及授權基礎。參照學者 李惠宗教授對行政處分的違法性之看法，原告於89年申請 免稅時即以獨立醫療財團法人資料送審，被告亦核予免稅 通知，且原告所受免稅授益處分並無行政程序法第119條 規範情形，依同法第117條第1項第2款規定，被告不得撤
銷該授益處分，如予撤銷，基於信賴保護利益，原告得請 求相當補償。退步言，依財政部92年3月21日台財稅字第 0920451438號函詢衛生署內容，財政部於92年間已知衛生 署回復結果，倘財政部認原告不符房屋稅免徵要件，依行 政程序法第117條規定，應自被告或其上級機關知有撤銷 原因時起2年內為之，而依學者陳新民教授見解，被告撤 銷處分既已過除斥期間，依同法第111條規定應為具重大 明顯瑕疵之無效處分；若財政部認原告符合免徵房屋稅要 件，被告所為認定不容與上級機關牴觸，則須確認其為無 效之處分或撤銷該處分。實則，衛生署係以92年4月4日衛 署醫字第0920202773號函復認定原告合於救濟事業規定， 財政部未進而要求所屬稅捐稽徵處追補房屋稅，足認其同 意衛生署之見解。況被告就房屋稅條例第15條第1項第2款 解釋既與衛生署不同，而該署位階較被告為高，被告宜先 依司法院大法官審理案件法第7條第1項第1款規定聲請解 釋，不得遽認原告不合於該款免稅要件。
（十）原告落實慈善救濟工作遠超過醫療法第38條第2項之要求 ，亦逾諸多已獲得房屋稅免徵之學校附設醫院，何以實際 未從事慈善救濟事業之若干學校附設醫院，能依房屋稅條 例第15條第1項第1款規定免徵房屋稅，反對實際從事慈善 救濟之原告增加同條項第2款所無之限制，顯不符租稅公 平與實質課稅原則。另有收入不等於以營利為目的，如喜 憨兒之麵包工作坊即屬慈善救濟事業，亦不能以原告依中 央健康保險局標準收費及請款，即謂原告與一般診所無異 或非慈善救濟事業，全然無視原告所為屬不具慈善救濟理 念之醫院或一般診所能夠望其項背，亦有原告癌症病患服 務統計、志工服務網頁簡介及新聞稿影本等可參。又舉凡 國立臺灣大學醫學院附設醫院、中山醫學大學附設醫院、 高雄醫學院附設中和紀念醫院、中國醫藥大學附設醫院、 臺北醫學大學附設醫院亦有收費，稅捐機關並將渠等包括 開刀房解釋為學校辦公使用而得免徵房屋稅，被告卻對原 告從嚴解釋，在法律解釋及課稅徵收，顯失公平。（）參酌原告參與四川汶川大地震賑災之證據資料、96及97年 若干義診資料，益證原告確實從事慈善救濟事業之公知事 實，不待原告舉證證明。財政部既曾函詢衛生署就原告是 否慈善救濟事業時，豈會不知該部曾就老人福利機構作成 85年7月5日台財稅第851116753號函釋。且依衛生署96年 12月5日衛署醫字第0960053851號函復內容，明白認定原 告係慈善救濟事業，財政部上開85年7月5日台財稅第8511 16753號函所示「將全部收益直接用於各該目的事業」之
見解，並非房屋稅條例第15條第1 項第2 款及醫療法第38 條第2 項之要件，財政部既直接認定基督教附設醫院即屬 慈善救濟事業，未要求該附設醫院須「將全部收益直接用 於各該目的事業者」，對原告殊無作不同解釋之理由。況 醫院既非老人福利事業，自非將全部收益用於老人福利方 屬慈善救濟事業。原告為教學醫院及醫學中心，每年5 月 前須向衛生署呈報會計師簽證之財務報表，其收益亦確實 全部直接用於目的事業，亦有損益表及收支餘絀表所列項 目可證，亦符合財政部上開函釋要件等情，
（）內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函略以： 「查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗 教、社會福利、……等類型，分別由各目的事業所屬之相 關部會或地方政府主管：上開團體均可辦理慈善救濟事業 ，本部有關法規並未就慈善救濟事業之型態範圍及其設立 之法令依據與認定標準加以範定，準此，本部僅係慈善救 濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。……財團法 人醫院是否屬慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行 政院衛生署認定。……查身心障礙者權益保障法、兒童及 少年福利法、老人福利法所規定涉及各目的事業主管機關 職掌者，由各目的事業主管機關辦理。另有關醫療補助， 依社會救助法第2條規定屬社會救助項目，依上開4法涉及 衛生主管機關職掌者，由衛生目的事業主管機關辦理。」 足證衛生署係慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主 管機關。
（）財政部100年7月8日台財稅字第10004525550號函詢內政部 ：「有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業？又得否向 貴部申請立案登記為慈善救濟事業？……按最高行政法院 100年度判字第144號判決略以，依貴部組織法第4條及第 13條規定，貴部設有社會司，掌理社會救助之規劃、推行 、指導及監督事項，足認慈善救濟事業之立案及監督，中 央原則上應屬貴部掌管事項，……另按『……』為醫療法 第1條及第5條第2項所明定，故醫療財團法人係以從事醫 療事業辦理醫療機構為目的而設立，惟如醫療財團法人主 張其為慈善機構，得否另向貴部申請立案登記為慈善救濟 事業，涉及貴管權責，爰請惠賜卓見。」內政部100年7月 19日內授中社字第1000015998號函釋覆稱：「本部（社會 司）僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業之主管機關 』。……查醫療財團法人係依據醫療法相關規定向衛生署 申請設立，非屬本部（社會司）主管……爰醫療財團法人 毋須向本部（社會司）申請立案。」該函並檢附內政部10
0年5月23日內授中社字第1000700490號函載明：「財團法 人醫院是否慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政 院衛生署認定」及檢附內政部100年5月31日內授中社字第 1000012304號函引用衛生署96年12月5日衛署醫字第09600 53851號函釋所載：「財團法人慈濟醫院及其各分院應可 認屬慈善救濟事業」。是以，內政部已否認伊是慈善救濟 事業之中央主管機關，而應由其醫療事業主管機關衛生署 認定，且無須再向內政部立案。內政部並以檢附方式引用 衛生署認定原告是慈善救濟事業函釋，作為回覆。（）財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋：「原 屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財 團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改 設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵 房屋稅……本案經函准內政部前揭函示，旨揭醫院是否屬 慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參 考該部相關規定。又案經行政院衛生署前揭函略以……本 署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規 範，並未與前開內政部規定有不一致情形……本部（即財 政部）同意上開內政部及行政院衛生署意見。……旨揭醫 院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在 地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」財政部前開函 釋同意：1.衛生署所認定向其立案為醫療財團法人而未再 向內政部立案為社會福利事業之「財團法人教會醫院」為 慈善救濟事業；2.衛生署所管醫療財團法人所收取之費用 及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一 致情形；3.並揭櫫醫療財團法人是慈善救濟事業之兩項要 件，必須「從事慈善救濟工作」及具備「慈善救濟本質」 。最高行政法院因誤會財政部似認教會係慈善救濟事業所 以附設醫院得免徵房屋稅，從而認為原告無財政部98年4 月9日台財稅字第09804526600號函之適用；惟查教會實係 宗教團體，而非慈善救濟事業，故原告應得比照援用該函 釋，以符課稅公平。
（）財政部100年8月3日台財稅字第1000273810號函稱：「又 原內政部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫 療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上 述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日 台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅字第38987號函 釋……免徵房屋稅。」原告非但對貧民、災區民眾等施以 義診，有原告「慈善救濟執行報告」可證，符合上開財政 部函釋「對貧民等施予醫療救濟」之要件，抑且對低收入
戶、老人、身心障礙者等予以醫療補助，有「佛教慈濟綜 合醫院社會服務室醫療補助辦法」，故收費標準與一般財 團法人醫院不完全相同，且符合上開財政部函釋「訂定較 一般醫院收費為低之收費標準」之要件，自應同免房屋稅 ，以符課稅公平。
（）被告原處分就「業經立案」及「慈善救濟事業」要件所適 用之認定標準，違反中央法規標準法第5條第1項第2款及 同法第6條逾越法律授權，違反司法院釋字第530號、第47 8號解釋，增加法律所無之限制；另被告就「慈善救濟事 業」要件所適用之認定標準，復違反行政程序法第6條課 稅公平原則：
1.按行政程序法第6條及最高行政法院88年度判字第3724號 判決所揭示之平等原則，醫院可否被認定為「慈善救濟事 業」，其認定之標準為何？稅捐機關既以房屋稅條例第15 條第1項第2款規定認定教會附設醫院或財團法人教會醫院 免徵房屋稅，即應以同一標準核准原告免徵房屋稅，本件 被告原處分所依據之免徵標準違反課稅公平原則，且迄未 盡其主張及舉證責任，原處分於法不合，應予撤銷。 2.次按中央法規標準法第5條第1項第2款及第6條規定，無論 財政部、被告或行政法院均無權未經法律授權而以任何會 計比例或量身定作之標準，排除原告依房屋稅條例第15條 第1項第2款免徵房屋稅之適用。被告若認為房屋稅條例第 15條第1項第2款規定之適用範圍有太廣之虞，或認為應向 內政部立案，應提案由立法院修法。
3.是否「慈善救濟事業」，應探究其文義解釋之內涵，超出 此範圍之標準或解釋，均屬「增加法律所無之限制」，違 反司法院釋字第530號及第478號解釋，若漠視內政部否認 自己是慈善救濟事業中央主管機關之函釋，是行政權或司 法權對立法權的僭越。無論財政部、被告或行政法院均無 權「以命令」或「裁判」之形式，超出「慈善救濟事業」 文義解釋之內涵，為原告或其他「醫療財團法人」量身定 作「慈善救濟事業」的限制性或排除性之標準，遑論被告 係以答辯狀之形式為之。
4.財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋就財團 法人教會醫院已明示以具備慈善救濟本質及從事慈善救濟 工作，作為是否慈善救濟事業之標準，被告應以同一標準 適用於原告，始符合課稅公平。同理，衛生署96年12月5 日衛署醫字第0960053851號函釋就醫療財團法人亦已明示 持續提供醫療救濟服務，作為是否慈善救濟事業之標準， 內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函亦明示
：「宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開 相關規定」，被告即不得推翻上開標準而另訂標準，否則 違反課稅公平且逾越法律授權。
（）財政部、內政部、衛生署若有權限爭議，應由其上級機關 行政院決定權限之劃分。行政院為此於100年9月6日召開 跨部會之協調會，行政院秘書長林中森認為原告在國內外 義診及從事慈善救濟工作，有目共睹，本件有行政程序法 第6條差別待遇之問題，且社會觀感認為原告是慈善救濟 事業。101年1月1日行政院組織法生效後，劃歸衛生福利 部（即衛生署）統籌處理就不再成為問題，為解決目前財 政部、內政部、衛生署間就原告係醫療財團法人，但是否 為慈善救濟事業，應否向內政部立案的不一致問題，前開 會議已作出結論，認為目前實務執行上並不以向內政部立 案者為限，此有行政院100年9月6日跨部會之協調會議紀 錄可證。另99年2月3日修正公布之「行政院組織法」第3 條第11款規定：「行政院設下列各部：一、內政部。…… 十一、衛生福利部」，定於101年1 月1日起生效，即將內 政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為 「衛生福利部」。在101年1月1日以前，實務上有向衛生 署立案，也有向內政部立案之慈善救濟事業。但自101年1 月1日起，無論社會福利事業或醫療財團法人事實上均祇 能向衛生署（即衛生福利部）立案，原告已符合向衛生署 立案之要件。
（）99年2月3日修正公布新的「行政院組織法」第3條第11款 規定：「行政院設下列各部：一、內政部。……十一、衛 生福利部」，定於101年1月1日起生效，足見在立法趨勢 上，甚至必須將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署， 並將衛生署升格為「衛生福利部」全面掌握慈善救濟，擴 大慈善救濟之功能與範圍。被告辯稱依醫療法等法規，衛 生署僅有醫療與衛生業務，而無慈善救濟業務云云。惟查 內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋：「 有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認 定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定」。按被告 之邏輯，依法律內政部就祇是「社會福利事業」及「宗教 團體」等相關業務之主管機關，尚未及於慈善救濟業務， 被告的邏輯顯然違反論理法則。且被告所辯慈善救濟事業 並非衛生署之業務云云，要與內政部100年5月23日內授中 社字第1000700490號函牴觸，已無可採。內政部100年5月 23日內授中社字第1000700490號函釋進一步闡明：「查身 心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法所
規定涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管 機關辦理。另有關醫療補助，依社會救助法第2條規定屬 社會救助項目，依上開4法涉及衛生主管機關職掌者，由 衛生目的事業主管機關辦理。」內政部係本於上開4法之 規定，認為衛生署非但是醫療財團法人之主管機關，同時 也是醫療慈善救濟事業之主管機關。而原告之「慈善救濟 執行報告」即係按上開4法所示項目，依上開4法次序詳列 原告已實行上開事項並附相關證據為憑。故衛生署認定原 告為慈善救濟事業並未違反內政部函釋之法律意旨，且衛 生署認定原告是慈善救濟事業之結論與事實相符。另依醫 療法第46條、醫療法施行細則第30條之1規定，益證醫療 慈善救濟確係衛生署主管監督之業務。抑有進者，按兒童 及少年福利法第23條、第35條、老人福利法第3條第3項、 身心障礙者權益保障法第21條第1項、第22條等規定可知 衛生署係主管監督醫療慈善救濟或社會福利事項之主管機 關。
（）教會是宗教團體，不是慈善救濟事業，故財政部是認為所 附設之醫院是慈善救濟事業。最高行政法院判決略以：財 政部64年11月4日台財稅字第37824號函及財政部64年12月 19日台財稅字第38987號函，其似認教會屬經立案之私立 慈善救濟事業，進而認所附設之醫院合於房屋稅條例第15 條第1項第2款規定之要件，從而認為原告無從適用財政部 98年函釋等情，係屬誤會。按教會免徵房屋稅是依房屋稅 條例第15條第1項第3款規定，而非依房屋稅條例第15條第 1項第2款。故最高行政法院推論財政部似認教會屬經立案 之私立慈善救濟事業，而認原告無從適用財政部98年函釋 等情，依房屋稅條例第15條第1項第3款其論述不能成立。 故醫院不僅是醫院，也可以同時是慈善救濟事業。次按財 政部75年6 月4 日台財稅第7548661 號函所示，財政部認 為宗教團體（包括教會）附設圖書館不是「慈善救濟事業 」，對照財政部64年11月4 日台財稅第37824 號函及財政 部64年12月19日台財稅第38987 號函認為「教會附設醫院 」是「慈善救濟事業」，益證財政部是因「教會附設醫院 」是醫院的緣故，所以是「慈善救濟事業」。畢竟「教會 」是宗教團體，並不符合房屋稅條例第15條第1 項第2款 「慈善救濟事業」之要件。「教會附設醫院」是「慈善救 濟事業」的原因，在於其醫院的本質及所從事之慈善救濟 工作是「慈善救濟事業」。因為醫院不是教會，不適用房 屋稅條例第15條第1 項第3 款，而應該歸類在房屋稅條例 第15條第1 項第2 款「慈善救濟事業」。參照前揭財政部
100 年8 月3 日台財稅字第1000273810號函釋，其中「內 政部主管立案之宗教團體」一語，足證財政部認為教會是 宗教團體，而非慈善救濟事業。慈濟基金會是「社會福利 事業」，且同時是符合房屋稅條例第15條第1 項第2 款「 慈善救濟事業」之要件。依被告之主張，不是「慈善救濟 事業」的教會，所附設的醫院是「慈善救濟事業」，慈濟 基金會是「社會福利事業」且是「慈善救濟事業」，其所 捐助設立之原告醫院，反而不是「慈善救濟事業」，被告 主張顯失課稅公平。原告與教會附設醫院同為「宗教醫院 」，同具宗教性質，且原告章程第3 條即揭示慈善救濟本 質，並直接由證嚴法師擔任董事長，與「宗教團體」即「 教會」所附設的醫院，在「醫療慈善法人」之本質上及在 「醫療慈善救濟工作」上並無不同，況原告所為醫療慈善 救濟工作有過之而無不及，基於課稅公平原則，原告亦屬 慈善救濟事業而應免徵房屋稅。
（）醫療與慈善救濟均係原告之主要目的事業： 原告以偏遠醫療為主，即以醫療慈善救濟為主要目的，故 91年至96年均係虧損，所以結餘為零；迄97年及98年始有 結餘。原告雖然虧損，每年仍有高額之醫療慈善救濟支出 ，且逐年增加，分別為91年48,030,089元，92年58,403,5 55元，93年79,004,372元，94年113,834,666 元，95年16 1,368,507 元，96年192,700,396 元，97年198,129,165 元，98年225,135,021 元，有「原告91年至98年慈善救濟 支出明細表」在卷可證。91年至96年因係虧損，故結餘為 零作為分母，除以前開各年度醫療慈善救濟支出金額得到 的數值是「無限大」，遠逾醫療法第46條規定結餘之10% 用於醫療慈善救濟之要求。再參酌卷附「95年至98年慈濟 醫院與教會醫院之醫務損益與慈善救濟支出比較表」，原 告97年及98年有結餘，97年提撥23.41%，98年提撥86.76% ；反觀同樣有結餘之「天主教聖保祿修女會醫院」97年提 撥11.32%，98年提撥11.71%；「屏東基督教醫院」97年撥 14.11%，98年提撥20.92%，固均較醫療法第46條之提撥標 準為高，但提撥之金額與比例均遠低於原告，前開醫院均 是以醫療及慈善救濟事業為主要目的事業，則對原告亦應 作相同之認定。原告所提供之醫療救濟服務或慈善救濟工 作，涉及內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號 函所指之社會救助法、兒童及少年福利法、老人福利法及 身心障礙者權益保障法，比「財團法人老人扶療養院」僅 係提供老人福利法「有償的醫療與照顧」所涉獵的項目為 多，詳如卷附「慈善救濟執行報告」；且原告尚提供「無
償醫療與照顧」（義診）及社會救助法上之「生活扶助」 、「醫療補助」、「急難救助」、「災害救助」，都是「 財團法人老人扶療養院」所沒有提供的慈善救濟，自應認 定慈善救濟為原告之主要目的事業。依衛生署公開之各財 團法人醫院財務報告及卷附95年至98年之「教會醫院慈善 救濟支出明細表」顯示，原告所支出的「醫療社會服務費 用」比「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」為多， 各該教會醫院支出「醫療社會服務費用」最高者為彰化基 督教醫院於98年度係占原告的38.77%，最低者高雄基督教 信義醫院於97年度係占原告之0.24% ，自應認定慈善救濟 事業係原告主要目的事業。又財政部於98年間認定了13家 「財團法人教會醫院」為「慈善救濟事業」，而前開13家 「財團法人教會醫院」合計投入「社會醫療救濟支出」42 8,926,000 元，而原告98年投入「社會醫療救濟支出」即 高達223,671,941 元，遠逾前開各家「財團法人教會醫院 」投入之金額，有各該「醫療財團法人」98年財報附卷可 證，在98年排名第一，約占前開13家總額的52% ，應認定 慈善救濟事業係原告主要目的事業。
（）財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋就財團 法人教會醫院，建立兩項標準，即1.具備慈善救濟本質，