營利事業所得稅
臺北高等行政法院(行政),訴字,98年度,2309號
TPBA,98,訴,2309,20100325,1

臺北高等行政法院判決
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　98年度訴字第2309號
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 99年3月11日辯論終結
原　　　告　神達電腦股份有限公司
代　表　人　甲○○
訴訟代理人　高烊輝　律師
被　　　告　財政部臺灣省北區國稅局
代　表　人　乙○○（局長）住同上
訴訟代理人　丙○○
上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國98
年9月7日台財訴字第09800047180號（案號：第00000000 號）訴
願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
　　主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
　　事 實
一、事實概要：
緣原告民國（下同）93年度營利事業所得稅結算申報，列報 研究與發展支出新臺幣（下同）723,509,027 元及可抵減稅 額230,246,918元、人才培訓支出10,561,486 元及可抵減稅 額4,281,436元，經被告機關分別核定為0元、0元、3,608,0 78元及1,082,423 元。原告不服，申請復查，未獲變更，提 起訴願遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：
　　㈠原告聲明求為判決：⒈訴願決定、原處分（含復查決定） 不利於原告部分均撤銷。
⒉訴訟費用由被告負擔。
　　㈡被告聲明求為判決：⒈駁回原告之訴。
⒉訴訟費用由原告負擔。
三、兩造之爭點：被告否准適用投資抵減，核定研究與發展支出 及可抵減稅額均為0元，並以系爭人才培訓支出計6,953,408 元與審查要點規定未符，否准認列，核定人才培訓支出為3, 608,078元及可抵減稅額為1,082,423 元，是否適法？　　㈠原告主張之理由：
⒈研究與發展支出費用抵減稅額：
⑴被告已自認原告93年度有從事研發事實活動 ①查被告於原查階段，剔除原告研究發展活動投資支 出，主要以（起訴狀附件3）：（一）有關對台灣 母公司負責研發、接單及銷售，海外子公司只負責 代工生產情形查核部分，與經濟部工業局96年2月7



日會議記錄決議不符；（二）原告未提供移轉計價 報告，證明進貨價格隱含研發成果，未能證明利潤 留於台灣云云。被告剔除系爭研究與發展支出費用 ，並非認定原告無研究與發展活動事實，而係以原 告無收取權利金或合理報酬為由，剔除研究發展支 出，是故，被告應已肯認原告93年度有研究發展事 實，才會有前述未計收研發成果價金之問題，基於 行政程序法第8 條，被告應以誠實信用方法，並保 護人民正當合理之信賴，合先敘明。
②原告核心業務為桌上型電腦產品、無線通訊產品及 伺服器產品等系列產品，於92至94年間每年皆獲得 台灣精品獎，且93-94年間亦獲得台灣科技100強。 原告亦將研發技術與成果，取得多項專利肯認。92 及93年皆獲得台灣專利發證數第8 名榮耀。上述光 榮事蹟，皆為專業技術人士審查所肯認給予原告之 榮耀，足證原告於93年度從事研究與發展活動，且 研發成果，深獲電腦技術專業人士的肯認與激賞。 ③原告於被告原查核之時，已將研究計畫書、研發記 錄或報告、研發流程圖、研發費用明細表、領用料 明細表、各部門組織圖、機種研究發展流程圖、研 發人員學經歷、各研發部門及研發人員工作職責、 研發部門折舊明細表、研發部門人員配置及面積平 面圖、消耗性原材料及樣品明細表及研發新增固定 資產明細表等資料送核，是故原核課處分針對原告 提供之相關研發文件查核結果後，僅以其研發成果 係無償提供予他公司使用，非專供自行生產製造使 用，且未收取權利金或其他合理之報酬，與審查要 點第7點規定不符，因而否准適用投資抵減云云。 足見原核課處分對原告所提供之文件部分之審查並 未說明有與前揭規定任何不符之處。
⑵被告以原告未提出工作紀錄為由，而否准原告研發支 出之認列，與信賴保護原則相違
①按「信賴保護原則攸關憲法上人民權利之保障，公 權力行使涉及人民信賴利益而有保護之必要者，不 限於授益行政處分之撤銷或廢止…，即行政法規之 廢止或變更亦有其適用。行政法規公布施行後，制 定或發布法規之機關依法定程序予以修改或廢止時 ，應兼顧規範對象信賴利益之保護。」亦為司法院 釋字第525 號解釋所明揭，「課稅」影響納稅義務 人財產權至為重大，是行政規則之變更如影響納稅



義務人依法所能享有之免稅權益，即應考量是否有 信賴保護原則之適用。
②次按「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對 於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人 者，對於尚未核課確定之案件適用之。」為稅捐稽 徵法第1條之1所明定。前開條文於85年7 月30日所 增訂，其立法理由明示：「（三）為杜絕爭論，使 企業投資者的租稅負擔確定，有必要修改稅捐稽徵 法，增訂『解釋函令不利益不溯及既往』條款，應 自公佈日後生效；……。」（附件4 ），前開條文 即按該意旨增訂通過，由是可知，於解釋函令有增 訂或變更之情形，若該函釋變動納稅義務人之納稅 義務，應自公布日後始生效力，否則，將導致納稅 義務人之納稅義務長期處於不確定狀態，與法治國 家所應遵循之法安定性原則相悖。
③依學說見解，前開條文但書係以案件是否確定為準 ，惟對有利與不利之情形特予區分。如屬有利於納 稅義務人，則只要未確定，一律適用新的釋示，反 之，凡不利於納稅義務人，則仍適用舊釋示（附件 5 ），此亦為近來實務見解所明揭，此觀最高行政 法院97年度判字第520號判決（附件6）所示意旨： 「『財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於 據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者 ，對於尚未核課確定之案件適用之。』稅捐稽徵法 第1條之1定有明文。依此規定，財政部新發佈之解 釋函，如不利於納稅義務人，則對尚未核課確定之 案件，自無適用之餘地。」彰彰甚明。
④查復查決定及訴願決定均以原告未取得合理之權利 金或報酬，及原告未提出研發人員之完整工時紀錄 及研發階段詳細之工作紀錄為由，否准原告93年度 研發支出費用適用投資抵減。惟查，前開原告應取 得合理之權利金或報酬、及原告應提出研發人員之 完整工時紀錄及研發階段詳細之工作紀錄等規定， 首見於93年10月26日發布之「公司研究與發展及人 才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」（以下簡 稱「93年度審查要點」），惟本件93年度營業事業 所得稅事件，其研發當時所依據之法令為89年「公 司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適 用投資抵減辦法審查要點」（即89年度審查要點） 附件3 ），並未有「公司研發之產品或技術供他人



製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之 報酬」及應提出完整工時紀錄之限制，原告亦信賴 前開規定而從事研發行為，應有信賴保護原則之適 用。因此，由於93年度審查要點，係屬不利於原告 ，而本件核課又未予確定，故不應適用上開新規定 ，仍應適用研發當時之89年度審查要點，復查決定 及訴願決定竟以93年10月26日增訂之93年度審查要 點應適用於本件，限制原告研發支出之認列，似與 前所揭示之信賴保護原則有違，且揆諸前開最高行 政法院97年度判字第520號判決所示，亦屬與稅捐 稽徵法第1條之1規定有違。
⑤承上，原告於93年度1 至10月即從事研發活動，惟 按行為當時審查要點規定，並無要求原告於列報研 發支出時須備齊完整工時紀錄之規定（93年度審查 要點於93年10月26日公布），原告即依行為時法令 為之。被告強令原告提出工時紀錄，顯無期待可能 性，縱提出亦落入「臨訟杜撰」之口實，足見被告 徒以法令溯及至法規生效時云云之見解，實為概念 法學之法匠操作，鈞院自得審酌不予適用。
⑥次查，原告於原查時已依規定提出產品研發計畫、 組織圖、研發單位配置圖、研究報告、研發人員名 冊及薪資明細表、領料紀錄及研發用之儀器設備清 單等證明文件供核，應已符合行為時投資抵減辦法 審查要點附表之規定，被告以本件研發支出與93年 度審查要點規定未合，而否准適用投資抵減，其法 令未臻明確在先，復又陷納稅義務人於法令遵循不 能在後，亦屬與前所揭示之信賴保護原則有違。 ⑶子公司是否100%為原告生產，與得否列報投資抵減之 研究發展支出無涉
①查原告於93年間於台灣設有工廠並從事製造生產功 能，將研發成果交由原告所屬其他單位製造生產， 是故，原告研發成果亦歸由原告自行享有，而無將 研發成果完全歸順達公司與昆達公司享受之情事， 合先敘明。
②原告公司成立於71年12月8 日，銷售之電子產品包 羅萬象，主要分為四大系列，包括桌上型電腦產品 系列、數位家庭產品系列、無線通訊產品系列、伺 服器產品系列。原告以上產品之產製，除委外加工 生產外，亦有自行產製部分，此可由原告93年度稅 務申報之營業成本表（原證1 ）中之直接人工、直



接原料、製造費用，皆可佐證原告自行加工生產所 產生之成本與費用。至訴願決定書謂：『原告稱「 營業成本表中有直接人工、直接原料、製造費用， 可佐證有自行加工生產之成本及費用」，惟未提供 自行生產部分使用研發成果之情形及應分攤之比例 等相關資料供核……。』等云云，惟訴願決定書未 依行政程序法第36條規定，忽略有利於原告稅務申 報之營業成本表，未依職權善盡調查對當事人有利 證據之責任，逕以原告未提供自行生產資料云云， 駁回訴願，認事用法亦有違誤。
③且從經濟部工業局所召開之相關會議記錄（訴願申 請書附件4）及原告函詢經濟部工業局與賦稅署之 回覆（附件7及附件8），其見解皆為依個案事實認 定。財政部於98年1月5日去函臺灣省南區國稅局（ 台財稅字第09700465430號，附件9），亦同意前開 會議決議內容，認為「台灣母公司研發、海外子公 司製造應取得合理之權利金或其他合理之報酬，應 就個案實質審核」。惟被告機關顯未考量原告有自 行加工之事實及委外加工回銷比例達95% 以上，而 逕以回銷比例未達100%為由作成核定處分及復查決 定，顯有違上開經濟部工業局及賦稅署之見解，謹 請鈞院撤銷原處分及復查決定。
⑷93年度審查要點第7 點關於收取權利金及合理報酬之 規定，應不得溯及適用於93年10月26日前之研發案件 ：按「93年審查要點第7 點：『公司依本辦法規定投 資於研究與發展之支出，應符合下列情形之一：（一 ）公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用。（ 二）公司研發之產品或技術供他人製造、使用者、應 取得合理之權利金或其他合理之報酬。』此點係關於 研究發展支出是否能適用投資抵減辦法之實體規定， 非屬解釋性函釋，並無適用上開釋字第287 號解釋之 餘地。原判決以該號解釋認本件應適用事後修訂之93 年審查要點，已有可議。何況如93年審查要點屬於解 釋性函釋，其增加89年審查要點所無之第7 點規定， 不利於納稅義務人，依稅捐稽徵法第1條之1但書反面 解釋，不得適用變更後函釋，本案亦不能適用93年審 查要點。」最高行政法院98年判字第1169號判決（附 件10）定有明文。參酌上開判決見解，93年度審查要 點第7 點關於收取權利金及合理報酬之規定，應不得 溯及適用於93年10月26日前之研發案件，因此，被告



不得以原告無向子公司收取合理對權利金或報酬為由 ，剔除原告研究發展投資抵減支出之認定。
⑸退萬步言，縱認被告93年度審查要點第7點仍有適用 ，被告仍應依內部自頒之行政規則，認定有原告無向 子公司收取合理之權利金或報酬
①次按「…對於母公司研發成果提供子公司生產使用 ，有無向子公司收取合理之權利金或報酬之認定及 研究發展適用投資抵減金額之核定，應依下列原則 處理：…二、母公司收取其他合理報酬之認定，應 提示足資證明當期稅務損益報表已併同申報向子公 司收取合理之營業報酬（如：營業毛利率或營業淨 利率較移轉訂價報告所揭露之可比較對象高）之下 列相關文件資料，則研究與發展適用投資抵減金額 ，依「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵 減辦法審查要點」予核實認定：（一）當期經會計 師查核簽證之合併報表。（二）子公司當期經所在 地稅務機關證明之稅務報表。（三）移轉訂價報告 所揭露之可比較對象之有關營業利潤資料。（四） 其他證明文件。伍、審查單位已調查核定，於覆核 或行政救濟階段，經母公司提示上揭事證及文件資 料者，依本處理原則併覆核或行政救濟案件審理。 」財政部台灣省北區國稅局審理台灣母公司研發成 果供海外子公司使用申報合理之權利金或報酬及研 究舉發展支出適用投資抵減支出案件處理原則著有 明文（附件11）。
②本案原告於復查時已分析：「原告與神基公司全年 向大陸順達公司合計進貨額佔順達公司銷貨額之99 .36%，向大陸昆達公司合計進貨額佔昆達公司銷貨 額之95.31%，其餘少數銷貨額係銷售材料予集團內 之關係人。93年度昆達公司與順達公司利潤率分別 為0.29%及0.15%，上述二公司銷貨對象，絕大部分 皆為原告，但所獲取之利潤極低，足證原告已將依 研發成果生產之產品之多數利潤留於原告手中，絕 無收取權利金或合理報酬，而供他人使用之情事。 ③又原告業同時就原告與神基公司之研發事項不同及 所購委託加工產品亦不同加以舉證說明，上列事項 亦均經被告復查決定所不否認」（請詳復查理由壹 、二、之說明）退萬步言，縱認93年度審查要點第 7點關於收取權利金及合理報酬，應適用於93年10 月26日公布日前，被告應依上述最新處理原則審查



原告已收取合理報酬。因此，謹請鈞院撤銷原處分 ，並指示被告應依上揭自頒之行政規則，認定原告 已收取權利金或合理報酬，並認定研究與發展支出 。
⑹原告確有研發成果且已獲得數項專利，創新程度並廣 受國際專業大廠肯定，自應肯認已具有研究發展事實 ，被告漠視原告取得專利權之事實，僅以未具工時記 錄便否決原告之研發事實，實屬增列法律所無之限制 ①按「三、研究新產品或新技術事實之認定：（一） 如該項產品或技術向我國經濟部智慧財產局或外國 類似之政府機構申請專利或其他智慧財產權，應將 申請結果提示供稅捐稽徵機關查核。」財政部93年 10月26日公布公司研究與發展及人才培訓支出適用 投資抵減辦法審查要點（下稱93年度審查要點）第 壹項已定有明文。是以，針對研究與發展支出之認 定原則，公司若已提供相關專利申請結果證明文件 ，說明研究成果，應肯認其具研究發展事實。
②經查，原告研發成果已獲得數項發明及新型專利， 且其92、93年累計受核准之專利數皆榮登本國法人 獲得專利數第8 之排名（表一，行政訴訟補充理由 （一）狀第2 頁），此參原告下列因93年研發成果 取得之專利證書彙總自明（表二，行政訴訟補充理 由（一）狀第3至5頁）。準此，公司若已提供相關 專利申請結果證明文件，說明研究成果，應肯認其 具研究發展事實。原告並開發出一套嚴謹有效之研 究發展流程（如行政訴訟補充理由（一）狀第6頁 附圖），並投入大量研究發展經費達到促進產業創 新之目的。以研發專案Oscar100為例，不但具備全 球首見1.8吋2.5GB硬碟之高儲存空間（High Stora ge）、小尺寸高感度之內建式GPS天線（Embedded GPS Antenna ），更具多媒體、多國語言及避震散 熱等設計，並取得多項專利，此等技術研發，當須 挹注許多人力及機器設備之投入始能完成。原告依 此不斷進行新技術及產品之創新，成果不但獲得多 家世界級大廠之肯定及訂單，也增進原告「MITAC 」自有品牌的建立及推廣。此從90年起便連年獲得 台灣精品獎，94年後更相繼榮獲德國工業設計大獎 、iF設計大獎等世界級殊榮，足證原告93年間確有 研發及提振產業創新之事實，否則未能取得政府及 業界的肯定。




③另依經濟部工業局於96年2月7日召開「研商促產條 例研發投資爭議案件之處理事宜」會議（附件14） ，並請財政部賦稅署、國稅局及會計師與會討論， 對於工作日誌是否為國稅局審查公司研發活動事實 之必備文件一節達成以下共識，因工作日誌一般係 為確保智慧財產而採行，並非普遍之必要作法，亦 未明定於抵減辦法中，故應只為查核案件時之參考 ，而非必要文件。
④綜上，原告已取得多項發明及新型專利權，其研發 成果亦廣為國際大廠及相關世界級大獎肯定，足證 其有創新之研發事實，並依上開審查要點第壹項之 規定，若公司已提供相關專利申請結果證明文件， 說明研究成果，應肯認其具研究發展事實。且依經 濟部工業局於96年2月7日召開「研商促產條例研發 投資爭議案件之處理事宜」會議記錄，工作日誌只 為查核案件時之參考，而非必要文件。然被告無視 該等專利證明文件及原告廣受國際業界肯定之事實 ，逕僅以原告未檢具工時記錄便否決原告之研發事 實，係增列法律所無之限制，實與法律保留原則之 本旨有違。
⑺原告91年至95年營收額皆高達數百億元並具上升趨勢 ，實需以具體研究發展成果作為根基，依研發之經驗 法則，實難謂其未具研發事實及成果。另被告未曾否 定原告截至92年度前之研究發展事實，且皆准予認列 投資抵減，原告於之前研發基礎上，續而為93年度後 之研發，進而獲得國際肯定，被告否定93年研究發展 事實，顯已有違研發活動連續性的經驗法則。
①原告91年至95年度之營收額皆高達數百億元（表三 ，行政訴訟補充理由（一）狀第8 頁）並具上升趨 勢，若非持續從事研究發展並以其成果為基礎，創 新所銷售之產品，於被上訴人所處競爭激烈之產業 ，根本無法於國內外之優秀廠商中脫穎而出，而獲 取如此高額之營業收入。另原告於該等年度之適用 投資抵減之研究發展費用高達十多億元（表四，行 政訴訟補充理由（一）狀第9 頁），依研究發展之 實務經驗法則，實難謂其投入如此高之成本卻未具 研究發展活動及成果。
②被告未曾否定截至92年度前之研究發展事實，且皆 准原告認列投資抵減（表四，行政訴訟補充理由（ 一）狀第9 頁），原告並於之前研發基礎上續而為



93年度以後之研發，進而獲國際大廠及相關世界級 大獎肯定，被告片面否定93年研究發展事實，卻未 就其何以否定93年研發事實之理由予以說明，顯已 有違研發活動連續性的經驗法則。
⑻原告於93年度確於台灣製造生產其研發成果，被告未 衡量該等研發成果供自行使用之情事，逕為全數否准 原告所申報之研發抵減稅額，顯有違誤
①查原告93年間於台灣設有工廠，並將其研發成果交 由原告所屬研發部門外之其他單位製造生產。原告 93年稅務申報之營業成本表（附件15）中之直接人 工、直接原料及製造費用，即原告自行加工生產之 成本費用，足證原告除將其研發成果委外加工生產 外，亦有自行產製部分。
②原告自行加工生產之部分實為「公司所研發之產品 、技術專供公司自行使用」之情形，縱依被告93年 度審查要點第7 點本案應予適用之見解，該部分之 投資抵減申報數應予以肯認，然被告未衡量該等研 發成果供自行使用之情事，逕為全數否准原告所申 報之研發抵減稅額，顯與上開要點有違。
⑼被告應依內部自頒之行政規則，認定有原告無向子公 司收取合理之權利金或報酬
①按目前公司未向加工廠或負責加工之子公司收取合 理權利金為理由，多遭被告及他轄區國稅局全數否 准認列投資抵減，導致部份企業已思考將研發中心 轉置海外，以避免租稅成本之不安定性，故台灣區 電機電子工業同業公會於98年12月15日召開「企業 適用研發投資抵減問題」座談會，並請經濟部工業 局、財政部賦稅署、國稅局、會計師及廠商代表就 該議題達成共識，以使企業根留台灣，並利將來之 稽徵行政。該共識要旨為：臺灣母公司專責研發、 海外子公司（代工）生產交易型態，有關臺灣母公 司是否列報合理利潤，應透過移轉訂價機制予以檢 視，徵納雙方應依此機制充分溝通母公司是否業已 列報合理利潤，尚不宜逕予全數剔除，且應先就個 案充分溝通協商。觀此，於台灣母公司研發成果供 海外子公司使用時，母公司是否有收取權利金已非 投資抵減之前提要件，而應透過移轉訂價機制認定 其是否保有合理利潤，而為投資抵減之准認。
②另依98年11月5 日研商「公司研究與發展及人才培 訓支出適用投資抵減辦法審查要點」修正案會議記



錄（附件16）中決議（二）：「參照經濟部工業局 96年2月7日「研商促產條例研發投抵爭議案件之處 理事宜會計紀錄」結論（二）、1.『若交易型態為 臺灣母公司專責研發且負責接單、銷售，海外子公 司只負責（代工）生產者，則利潤應留於臺灣母公 司，無收取權利金之問題。』之文字，修正現行『 公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法 審查要點』第7 點相關規定，並增列但書『但臺灣 母公司應提示足資證明其利潤留於該公司之移轉訂 價文據，憑以認定』，以資明確。」該決議復證於 台灣母公司研發成果供海外子公司使用之情形，無 收取權利金之問題，並可依足資證明其利潤留於該 公司之移轉訂價文據，憑以准認母公司研發費用之 投資抵減。
③至被告援引鈞院98年度訴字第1420號判決，主張「 財政部台灣省北區國稅局審理台灣母公司研發成果 供海外子公司使用申報合理之權利金或報酬及研究 與發展支出適用投資抵減支出案件處理原則」僅適 用於「已取得」權利金或其他報酬之公司，而為「 合理」作一致性認定標準規範（答辯狀第23頁）。 此觀處理原則中肆「…對於母公司研發成果提供子 公司生產使用『有無』向子公司收取合理之權利金 或報酬之認定及研究發展適用投資抵減金額之核定 ，依下列原則處理：…」已明文闡述此一處理原則 適用於母公司「有無」向子公司收取合理之權利金 或報酬之情形，且觀諸前述徵納雙方之共同決議， 有無收取權利金已非投資抵減之前提要件，足證被 告上述意旨明白牴觸法令，自行曲解法令，扭曲政 府美意。另該判決尚繫於上訴程序，非為已確定判 決，不得比附援引。綜上，被告主張不足採信。 ⑽以營業毛利額及營業毛利率觀察，子公司進貨價格實 已隱含研發成果：93年間原告、昆達公司及順達公司 營業毛利各為4,106,483仟元、89,338仟元及261,311 仟元，營業毛利率各為8.13%、1.07%及0.52% （表五 ，行政訴訟補充理由（一）狀第12頁），足見原告將 研發成果所生利潤絕大數留在原告手上，子公司昆達 公司及順達公司僅賺取微薄的利潤，益證原告將研發 成果所生利潤均留於台灣，足證昆達公司及順達公司 之進貨價格中隱含研發成果。
⑾被告認定本件有財務會計準則公報第32號之適用與論



述，誤解上開公報意旨，實不可採：依被告援引自會 計研究發展基金會網站下載，有關認列技術服務報酬 金收入疑義：「…企業因他人使用其資產（註：本件 係無形資產）而產生權利金收入，應符合下列所有條 件時認列：…」原告未曾自大陸加工廠實際收取權利 金，何以有財務會計準則公報第32號之適用？被告認 定本件有上開公報之適用與論述，實有誤解上開公報 意旨，實不可採。
⑿93年度審查要點，相較89年度公布審查要點針對納稅 義務人確有不利之處，應不得適用於本案：
①93年度審查要點新增「參與研究人員完整之工時紀 錄之文件」之要求，實屬對納稅義務人增加提出義 務之不利規定
按「93年審查要點因於93年10月26日始發布，並 訂定自93年10月26日生效，且其性質屬行政程序 法第159 條第2項第2款所規定為協助下級機關認 定事實之解釋性行政規則，參諸稅捐稽徵法第1 條之1 規定，其內容如有較89年審查要點不利於 上訴人部分，於本件即不能適用。」「其中屬『 89年審查要點』未規定之『參與研究人員完整之 工時紀錄』之文件，因屬對納稅義務人增加提出 義務之不利規定，且因於行為年度並無規範，納 稅義務人未必有此等紀錄之文件，依上開所述， 自不得以納稅義務人未提出，即為不利於納稅義 務人之認定。」為最高行政法院98年度判字第12 42號判決（附件17）所明揭。
至被告以93年度審查要點未與修正前要點不一致 ，僅係規範未明或不足之處，實未考量；然而， 該93年度審查要點卻要求檢附89年度公布審查要 點未要求納稅義務人檢附未規定之參與研究人員 完整之工時紀錄，參諸上開判決，93年度審查要 點實已要求納稅義務人擔負修正前未有之提出義 務，而非就規範加以闡明，蓋若僅為說明或補充 ，則不應有加重納稅義務人實質負擔之情形，此 亦為稅捐稽徵法第1條之1的意旨。
②被告主張之成本費用配合原則與本案情形並無關聯 性，原告本無須依此原則收取權利金，故93年度審 查要點新增之收取合理權利金或報酬之要求，實屬 增加原告之義務，而不利於原告
成本費用配合原則，建立於會計之應計基礎上，



係會計上適當決定某一期間損益之原則。在計算 期間損益時，先依據收入實現原則，於商品銷售 或勞務提供之時認定收入。收入實現之前，必有 成本與費用之支出，觀察該等支出產生之目的， 只要與收入之獲得有關聯，就應在收入認定期間 之同時予以認定，使得此期間之收入與費用相互 配合，以正確地決定此一期間之損益。
查被告主張原告若認列投資抵減費用，依商業會 計法第60條之配合原則，則不待93年度審查要點 之規定，本應相對應認列權利金收入之論述，實 對配合原則認知有誤。蓋配合原則如上述僅為使 得某一期間相關之收入與費用相互配合，使費用 於適當之會計期間認列，而非反向使納稅義務人 擔負「若發生支出則需賺取收入」之義務，若此 ，則企業豈非無法為捐贈？且企業是否收取收入 係依整體經濟環境及營運策略而有所不同，若以 「發生支出則需賺取收入」要求企業收取收入， 似有干涉商業活動自由之嫌。故被告主張之成本 費用配合原則與本案情形並無關聯性，原告本無 須依此原則收取權利金，而93年度審查要點新增 之收取合理權利金或報酬之要求，實屬增加原告 義務之不利函釋。
按「營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽 徵法、所得稅法、所得基本稅額條例及本準則之 規定辦理，其未經規定者，應有關法令規定辦理 」營利事業所得稅查核準則第2條第1項定有明文 。被告以若認列投資抵減費用，應依商業會計法 第60條之配合原則辦理，實忽視上開營利事業所 得稅之調查、審核，應優先依所得稅法規定辦理 之規定，而非優先適用商業會計法辦理。本件為 營利事業所得稅投資抵減審核，自應優先適用所 得稅法第24條，無適用商業會計法第60條餘地， 併此敘明。
③僅依93年度審查要點與89年度審查要點係根據相同 立法本旨而訂定，便謂其對納稅義務人並無不利， 實違反租稅法律主義之本旨：被告謂無論係適用修 正前或修正後審查要點之規定，其固有法規獎勵本 國投資抵減之立法本旨並無二致，故依此修正之修 正後審查要點第7 點之規定，為促進產業升級條例 立法本旨之當然解釋，並無不利於納稅義務人，實



與論理經驗有違。蓋若上揭論述若屬有據，則任何 函釋僅需依固有法規之意旨訂定之，豈非皆可無限 擴張，謂其為依該意旨之當然解釋，租稅法律主義 即遭完全架空。自無任何解釋函令無抵觸法律之可 能性，故僅依93年度審查要點與89年度審查要點係 根據相同立法本旨而訂定，便謂其對納稅義務人並 無不利，實違反租稅法律主義之本旨。
⒀被告於初查、復查及訴願階段前後主張反覆不明，且 未完備揭示處分理由，非但與行政程序法第5條及第8 條有違，並具違反正當法律程序及處分不備理由之違 誤
①被告之審查方式實與一般認知及產業實務研發流程 之經驗法則相違，且未於初查處分理由中其並未就 該等相關證明文件審酌，使原告信任被告已就研發 事實為肯認，於復查階段無法充分就該爭點為充分 攻防，違反正當法律程序
觀諸93年度審查要點之行文脈絡，公司是否確實 進行公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵 減辦法所認定之研發項目，為適用該抵減辦法之 必要前提條件。