臺北高等行政法院判決
97年度訴字第2838號
原 告 財團法人恩主公醫院
代 表 人 甲○○（院長）
訴訟代理人 施博文（會計師）
被 告 財政部臺灣省北區國稅局
代 表 人 陳文宗（局長）
訴訟代理人 乙○○
上列當事人間因機關團體作業組織所得稅事件，原告不服財政部
中華民國97年9月19日臺財訴字第09700366390號（案號：第0000
0000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：
原告94年度教育文化公益慈善機關或團體及其作業組織結算 申報，列報收入新臺幣（下同）1,686,399,715元、支出1,6 70,297,149元及餘絀數16,102,566元，經被告以其支出中67 ,792,179元係原告82至85年度結餘款經核准保留所購建醫療 大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資 產按年提列折舊費用及各項攤提，乃予以剔除，核定課稅所 得額83,894,745元，應補稅額16,948,044元。原告不服，主 張該項購建完成之資產應依相關規定提列折舊，以符合成本 收入配合原則及權責發生制之規定云云，申請復查。案經被 告審查結果認為：原告82至85年度之結餘款係經專案保留至 以後年度使用，其實現年度非結餘款發生年度，惟其係與創 設目的有關之支出項目，且為專款專用性質，自應於購建醫 療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等 資產時沖轉該保留款，全額列為資本支出，以後年度不得再 提列折舊，被告核定課稅所得額83,894,745元，並無不合為 由，遂作成97年4月28日北區國稅法一字第0970006359號復 查決定（下稱原處分），駁回其復查之申請。原告仍表不服 ，提起訴願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。二、本件原告主張：
（一）所得稅法第4條第1項第13款規定公益團體免納所得稅之立 法目的，應係公益團體從事公益活動，以彌補政府功能之 不足，予以獎勵優惠，免課徵所得稅。依77年9月21日修 正之教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準（
下稱免稅標準）規定，不論公益團體之所得種類如何，包 括銷售貨物或勞務所得，僅須符合免稅標準之要件，一律 可享受免稅優惠。惟公益團體所從事之銷售貨物或勞務之 事業經濟活動，如與一般營利事業或個人執行業務者所從 事之經濟活動相同時，將產生事業競爭關係，為維持稅制 競爭中立性原則，以維持課稅公平，嗣於84年度以後要求 公益團體從事銷售貨物或勞務活動所產生之所得，亦應課 徵所得稅。行政院並於83年12月30日修正免稅標準，增列 第2條之1規定（即現行免稅標準第3條）：「符合前條規 定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或 勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其 創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外 ，應依法課徵所得稅。」，是自84年度以後，公益團體如 有銷售貨物或勞務所得，原則上應就其所得課稅，以維持 競爭中立性原則。
（二）有關財團法人課稅損益之查核，除基於財團法人之公益團 體有關損益之特殊性，應另為特別處理外，原則上可類推 適用營利事業所得稅查核準則規定，財政部賦稅署84年12 月19日臺稅一發第841664043號函釋二之（七）：「決議 ：財團法人課稅損益之查核，原則上比照適用營利事業所 得稅查核準則之規定，不再另行訂定僅適用於機關團體之 查核準則。」，亦係本此意旨。由於公益團體之所得原則 上免稅，僅就其中銷售貨物或勞務所得課稅，因此有應稅 所得及免稅所得2種類型，故在計算公益團體所得時，必 須分開計算，方能正確反應二者損益情形，日本法人稅法 施行令第6條即明定應當分開計算所得。
（三）有關公益團體免稅所得及應稅所得之認定，茲說明如下： 1.依行政院83年12月30日修正發布之免稅標準第2條規定： 「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合左列規定者， 其本身之所得及其所附屬作業組織之所得，除銷售貨物或 勞務之所得外，免納所得稅。一、合於民法總則公益社團 及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或 立案者。二、除為其創設目的而從事之各種活動所支付之 必要費用外，不以任何方式對捐贈人或與捐贈人有關係之 人給予變相盈餘分配者。三、其章程中明定該機關團體於 解散後，其賸餘財產應歸屬該機關團體所在地之地方自治 團體，或政府主管機關指定之機關團體者。但依其設立之 目的，或依其據以成立之關係法令，對解散後賸餘財產之 歸屬已有規定者，得經財政部同意，不受本款規定之限制 。四、其無經營與其創設目的無關之業務者。五、其基金
及各項收入，除零用金外，均存放於金融機構或購買公債 、庫券、可轉讓之銀行定期存單、銀行承兌匯票、銀行或 票券金融公司保證發行之商業本票、公營專業銀行發行之 金融債券或國內證券投資信託公司發行之受益憑證及經依 法核准公開發行上市之第一類股票、公司債者。但由營利 事業捐助之基金，得部分投資該捐贈事業之股票，其比率 由財政部定之。六、其董監事中，主要捐贈人及各該人之 配偶及三親等以內之親屬擔任董監事，人數不超過全體董 監事人數三分之一者。七、與其捐贈人、董監事間無業務 上或財務上不正常關係者。八、其用於與其創設目的有關 活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他經常性收入百 分之八十者，但經主管機關查明函請財政部同意者，不在 此限。九、其財務收支應給與、取得及保存合法之憑證， 有完備之會計紀錄，並經主管稽徵機關查核屬實者。」。 2.公益團體所得免稅之要件，主要表現在其收入應專款專用 （83年12月30日修正之免稅標準第2條第1項第8款規定參 照），只要其收入確實使用於與其創設目的有關活動之支 出，並達80%或未達80%但經財政部同意專款專用於其他年 度，縱然當年度有部分結餘，仍可免稅。是其免納所得稅 之立法精神，在於應將收入專款專用確實使用於與其創設 目的有關活動之支出，即從事公益活動，則可免納所得稅 。
3.公益財團法人醫院之收入（如捐贈收入）如確實專款專用 使用於與其創設目的有關活動之支出，即從事公益活動， 則可免納所得稅。而財團法人醫院購建醫療大樓、建物附 屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產，屬於與 其創設目的有關活動，如將其收入使用於上開活動支出， 符合專款專用公益活動支出，可依上開規定免納所得稅。 原告將82至85年度捐贈收入等結餘款，經財政部核准保留 於以後年度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運 輸設備及辦公設備等資產支出，符合公益活動專款專用目 的，依法予以免稅，並無不合，就此徵納雙方並無爭議。 4.有關公益團體之銷售貨物或勞務所得，除免稅標準另有特 別規定不予課稅外（同標準第2條之1規定免稅之特殊類型 ），原則上應予課稅，其銷售貨物或勞務所得之計算，依 所得稅法第24條第1項前段規定：「營利事業所得之計算 ，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後 之純益額為所得額。」，採取客觀之淨額所得計算原則， 應就其銷售貨物或勞務收入，減除有關成本費用後之餘額 ，作為淨額所得，而為課稅所得。
5.按必要費用之支出，須由從事獲得收入之經濟活動，因此 實現獲得收入之構成要件而支出者，方能認列費用。獲得 收入者得扣除自己支出之費用，但不能扣除由第三人負擔 支出之費用，即所謂費用負擔原則，獲得所得者僅能扣除 在經濟上由自己負擔之費用，且因所得者自己負擔費用， 以致降低經濟上負擔能力，該項必要費用得作為所得之減 項，只要所得者自己在經濟上負擔費用為已足，至於該項 費用之來源，原則上在所不問。所得者可能因第三人贈與 資金或向第三人借貸款項，並認列支付費用。
6.公益財團法人醫院購置建物設備等提供醫療事業使用，由 於醫療財團法人為獲得醫療收入之經濟活動，而投入該等 建物設備，即其購置成本係由醫療財團法人負擔，依上開 費用負擔原則，獲得所得者得扣除在經濟上由自己負擔之 成本費用，故原告購置建物設備等支出，得准予提列折舊 成本費用，方符合費用負擔及淨額所得課稅原則。就此， 日本法人稅基本通達第15-2-2條本文規定公益法人或無人 格之社團等，將收益事業以外之事業用（即免稅事業用） 之固定資產，轉供收益事業使用時，則作為收益事業之資 產進行區分列帳管理，其於轉供收益事業使用時，依該固 定資產之帳簿價額進行列帳，即該固定資產得准予繼續提 列折舊，以反應該收益事業之成本，而非以免成本看待。 7.從稅制競爭中立性原則觀察，一般私人醫院為獲得醫療收 入而購置建物及設備等資產所為固定資產支出，應准認列 折舊，僅就其醫療收入減除成本費用後之淨利課稅，同理 可證在公益財團法人醫院為獲得醫療收入而購置建物及設 備等資產所為固定資產支出，亦應准予認列折舊，僅就其 醫療收入減除成本費用後之淨利課稅，方符合公平競爭原 則。否則，公益財團法人醫院不得就其購置固定資產支出 提列折舊，無異於對於營業收入（無成本支出扣除）課稅 ，加重公益財團法人租稅負擔，毫無獎勵公益財團法人精 神，不僅不符合公平競爭原則，亦違背所得稅法獎勵公益 財團法人免稅之意旨。
8.舉例而言，私人醫院於創設階段投入資本100億元，建院 資本支出100億元，該等部分無所得問題，可分年提列折 舊，而於營運階段，獲得醫療收入60億元，可折舊費用（ 5年）20億元，其淨額所得僅為40億元；反觀財團法人醫 院部分，於創設階段建院收入100億元，建院資本支出100 億元，收支餘絀0元，合乎免稅標準者，其餘額免稅，而 資本支出日後不得提列折舊（惟建院資本支出，如醫療大 樓、醫療設備等，係產生未來醫療收入），嗣於營運階段
，獲得醫療收入60億元，不得折舊費用，其淨額所得為60 億元，則因不得折舊，5年合計虛增課稅所得100億元，較 私人醫院增加所得負擔25億元（100億元×25%），違反所 得稅法第4條、免稅標準規定及平等原則，故建院資本支 出無法提列折舊，則其產生收入無法與其折舊配比，將產 生「成本與收入」無法配合。
（四）被告不能僅因原告以報准保留結餘款購買（建）醫療設備 ，再轉基金，逕否准該設備提列折舊，不但與法無據，且 有違租稅公平原則：
1.按公益（醫療）財團法人購買（建）固定資產或設備，有 其資產來源，其一由創立基金支應，即依現行課稅實務， 購買（建）固定資產或設備資金源自創立基金，得提列折 舊；其二將捐贈收入轉列基金，再由此基金購買（建）固 定資產或設備，該資產或設備亦得提列折舊；其三以借款 購置固定資產或設備，得提列折舊；其四以實物（固定資 產或設備）捐贈，亦得提列折舊；其五將捐贈收入先報准 保留結餘款，再以保留結餘款購買（建）固定資產或設備 ，嗣後再轉列基金，僅係前後順序不同，則被告否准該設 備提列折舊，毫無法律依據。亦即，其購買（建）固定資 產或設備之事務本質相同，僅係資金來源之先後順序不同 ，一則源自創立基金或源自基金增列數或借款或實物捐贈 ；一則嗣後再轉列基金，卻產生截然不同結果且無明確法 律依據，不但有違租稅公平原則，亦牴觸法律保留原則。 2.參照最高行政法院97年度裁字第487號裁定：「……如不 將結餘款直接用於購置固定資產，而先將之轉列為基金總 額，則已違反財政部依前揭免稅標準核准保留之範圍，其 82至85年度之結餘款自不得再視作已支出之費用，依法應 予補稅，……」等語，可見基金轉基金購買固定資產應可 提列折舊。
（五）在公益事業與收益事業同一之特殊情形，應准予同時認列 支出，方符合稅法立法意旨：
1.按所得稅法第4條第1項第13款規定公益法人之公益活動如 有結餘所得，不納入課稅之立法精神，在於使其結餘款所 得可在以後年度永續從事公益活動，而無必要納入課稅（ 如德國及日本立法例均規定公益法人免納所得稅，僅就其 收益事業之所得課徵），是其收入（主要為社會各界捐贈 善款收入）如確實從事於各項與創設目的有關活動之支出 ，並達一定比例，以落實獎勵公益活動之目的，即為已足 。在公益事業與收益事業同一情形下，本件公益醫療財團 法人建設醫院從事醫療活動，一方面係公益事業，另一面
係收益事業，由於發生交集，以致於購置建物設備等固定 資產支出，稅務上應如何處理發生爭議，則就公益事業而 言，其捐款收入用於購置建物設備等固定資產支出，符合 創設目的，即符合原本預定之公益用途，就其結餘給與免 納所得稅，符合所得稅法之立法精神；而就收益事業而言 ，財團法人以自己收入投入購置建物設備等固定資產支出 之成本，在計算醫療收入時，應准予認列折舊費用，按淨 額所得課稅，方符合所得稅法第24條淨額所得課稅及稅制 競爭中立性原則，且不生重複租稅利益情事，僅依法貫徹 公益團體所得免稅精神。
2.被告稱固定資產支出費用僅能選擇其一認列，不能按上開 方式處理云云，惟將發生爭議，其一為僅作為公益事業支 出者，否准認列收益事業之折舊，將扭曲公益法人收益事 業所得課稅之基本建制精神（競爭中立性原則），且有違 反客觀淨額所得課稅原則；其二僅作為收益事業支出者， 否准作為公益事業支出，將違反上開免稅標準第2條第1項 第8款所定立法意旨。故本件爭議原因在於現行法規容許 公益事業與收益事業同一，如本件公益醫療財團法人建設 醫院從事醫療活動，方發生此種困擾。
3.被告所稱享受雙重租稅利益，並不當然違法，端視其是否 符合稅法規定意旨而定。舉凡所得稅法第4條第1項第17款 規定：「左列各種所得，免納所得稅：十七、因繼承、遺 贈或贈與而取得之財產……」，個人因繼承、遺贈或贈與 而取得之財產，不論是否已遭課徵遺產稅或贈與稅，均免 徵所得稅。而當個人再將該項財產轉讓出售時，其財產交 易所得之計算，依所得稅法第14條第7類財產交易所得之 計算規定：「財產或權利原為繼承或贈與而取得者，以交 易時之成交價額，減除繼承時或受贈與時該項財產或權利 之時價及因取得、改良及移轉該項財產或權利而支付之一 切費用後之餘額為所得額。」，仍准予按繼承或贈與時， 該項財產或權利之時價認列成本。在個人在取得贈與財產 時享受免所得稅利益，而在出售時，該無償取得時之時價 可認列成本，仍可再享受租稅利益，即享受雙重租稅利益 ，惟係基於不同法律關係之不同規定而賦予租稅利益，故 本件不宜僅因享受雙重租稅利益即認為不合法。（六）有關被告核定課稅依據之財政部賦稅署84年12月19日臺稅 一發第841664043號函釋部分，茲說明如下： 1.財政部賦稅署84年12月19日臺稅一發第841664043號函釋 違背所得稅法第24條規定，該函似認財團法人醫院購置建 物設備之資產支出，應就事業收支及非事業收支分開認列
，並選擇1種支出列報，即得選擇作為事業支出，並按年 提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除；抑或作為非 事業支出（公益支出），即全額列為購置年度與其創設目 的有關活動之支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除 。該函應係收入與成本分開認列原則，以及一般所得稅法 上成本費用不得重複認列之原則，該等原則如適用於一般 公益事業與收益事業可獨立分離之典型情形，於法應無不 合。然公益醫療財團法人從事醫療活動，同時符合公益事 業與收益事業之特殊類型，如仍適用上開立論，將發生不 符合立法精神情形，且就公益事業支出而言，其費用支出 性質上屬於與其創設目的有關活動之支出，並非為獲得收 入之目的而投入之成本費用性質，應不發生成本費用重複 認列問題，故該函釋已有誤會其間性質差異，不符合所得 稅法規定，應無適用餘地。
2.退步言，財政部賦稅署84年12月19日臺稅一發第84166404 3號函釋不應追溯既往。蓋該函係針對83年12月30日修正 之免稅標準增列第2條之1（現行標準第3條）規定對於公 益團體之事業所得課稅所為釋示，作成相關費用支出分別 處理之原則，依司法院釋字第287號解釋意旨，解釋令函 僅能從法規公布生效時起適用，縱然該函釋合法，亦僅能 適用於84年度以後之案件（即本件84及85年度結餘保留款 部分），不能追溯適用於發布前之案件。
3.依77年9月21日修正之免稅標準規定，不論公益團體所得 種類如何，包括銷售貨物或勞務，僅須符合該免稅標準之 要件，一律可享受免稅優惠。原告82及83年度之結餘保留 款，依當時77年9月21日修正之免稅標準規定，得享受免 稅，其於事後支出用於購置建物設備等，以供銷售貨物或 勞務之事業活動使用，該項支出原本係投入收益事業活動 之成本，因此提列折舊，從銷售貨物或勞務之事業收入中 減除，以反映其實際銷售貨物或勞務之淨額所得盈餘情形 ，於法應無不合，亦符合所得稅法第24條成本與收入配合 原則之精神。
4.由於82及83年度當時不論是否為事業所得，均納入免稅範 圍，應不發生重複給予免利益之問題。本件保留款雖延後 至上開免稅標準修正後方支出使用，惟不影響其依財政部 賦稅署84年12月19日臺稅一發第841664043號函釋發布前 所應享有之權益，以符合法律不追溯既往精神，故該函釋 不得追溯適用於原告82及83年度結餘保留款。 5.財政部賦稅署84年12月19日臺稅一發第841664043號函釋 違背稅捐稽徵法第1條之1從輕從新規定：
⑴憲法第19條規定人民有依法律納稅之義務，所謂依法律 納稅，憲法學者多認為不僅納稅義務之發生須依據法律 ，納稅範圍（包括稅源選擇、稅額計算、稅率高低等） 、納稅方法、稅負減輕或免除及違反納稅義務之制裁等 事項，皆須以法律規定，而所謂法律，學者亦多認為係 專指立法院通過之狹義法律，此有司法院釋字第210號 解釋：「按人民有依法律納稅之義務，為憲法第十九條 所明定，所謂依法律納稅，兼指納稅及免稅之範圍，均 應依法律之明文。至主管機關訂定之施行細則，僅能就 實施母法有關事項而為規定，如涉及納稅及免稅之範圍 ，仍當依法律之規定，方符上開憲法所示租稅法律主義 之本旨。」可參。
⑵人民財產權等應予保障，為憲法第15條所明定。政府各 機關依其法定職權，固非不得訂定行政規定，惟攸關人 民權利義務包括財產權及納稅義務等，應以法律定之， 不得由各機關以行政規章定之，此觀中央法規標準法第 5條第2款、第6條及第7條規定甚明。被告否准原告依法 提列折舊並課徵所得稅，當然涉及原告權利義務，然未 有法律明文依據或授權，僅憑財政部賦稅署84年12月19 日臺稅一發第841664043號函釋為核課依據，顯違憲法 所示人民有依法律納稅之義務意旨。甚者，被告適用行 為後之上開函釋追溯核課，該函釋尚非行政規章，竟擴 張解釋所得稅第4條第1項第13款規定，有違法律不溯既 往原則，剝奪人民依法律保障之財產權及納稅義務。 ⑶參照立法院85年7月2日通過之稅捐稽徵法第l條之1規定 ，如屬有利於納稅義務人，僅須未確定，一律適用新釋 示；反之，凡不利於納稅義務人，仍適用舊釋示。假設 財政部賦稅署84年12月19日臺稅一發第841664043號函 釋係法規命令，惟其於84年12月19日作成，並對原告不 利，依稅捐稽徵法第1條之1從新從輕原則規定，僅能適 用於85年1月1日以後保留結餘款，至少原告82年1月1日 至84年12月31日保留結餘款購置（建）固定資產之折舊 不得否准認列，方符該條規定意旨。
6.有關財政部賦稅署84年12月19日臺稅一發第841664043號 函釋與法律是否相違，參照原告93年度所得稅經當時財政 部訴願會執行秘書曾文魁委員於96年5月23日在該部訴願 案件審查表委員審查意見簽下「是否與本部841664043號 函釋意旨有違，請提會討論。」等語，故本件不適用上開 函釋規定，請本院斟酌。
7.有關原告創院期間捐贈收入產生購買固定醫療設備、蓋大
樓可否提折舊，參酌行政院衛生署98年4月17日衛署醫字 第0980260052號開會通知單，其於98年4月21日會議係為 檢討財政部84年12月19日臺稅一發第841664043號函可否 適用於本件，因目前僅有原告有此等問題，而原告確實建 院期間分階段募集，該次會議討論初步結論建院收入不應 以財政部上開84年12月19日函釋為課稅依據。（七）訴願決定稱原告結餘款購置之固定資產不得分年提列折舊 云云。然：
1.固定資產提列折舊列為收入之成本或費用，乃所得稅法第 24條、第50條至第58條、營利事業所得稅查核準則第95條 及醫療法人財務報告編製準第12條明文強制規定，該等規 定係基於不同目的，針對不同階段所為之強制規範。原告 為興建醫院而籌募款項，僅因建院支出高峰期在86、87年 ，故依免稅標準第2條第1項第8款規定申請保留，則原告 須運用固定資產始能產生銷售貨物或勞務收入，依上開規 定，固定資產應按年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成 本或費用，
2.現行稅制符合免稅標準而得以該免稅款項購置固定資產， 均無重複提列或雙重優惠之問題，更無違反租稅公平原則 ，此可參見現行法律基於特定政策目的給予免稅優惠者， 以該免稅款項購置定資產，均應按年提列折舊。舉凡促進 產業升級條例第9條、第9條之2規定，新興重要策略性產 業、特定製造業或服務業得5年免納營利事業所得稅；獎 勵民間參與交通建設條例第28條、第36條規定，受獎勵之 機構5年免納所得稅、促進民間參與公共建設獎勵民間機 構特定年限免納所得稅，該受獎勵免納所得稅之營利事業 ，如將該納所得稅之款項用於購置固定資產，嗣後因該固 定資產產生之收入，仍應依稅法相關規定按提列折舊，並 未受限制，足見訴願決定所稱毫無依據，違反租稅公平 及租稅法定原則，使公益醫療財團法人較私人醫院處於更 不公平租稅地位，違背政府獎勵設置公益醫療財團法人之 意旨。
3.參照財政部84年10月18日臺財稅字第841653319號函釋： 「該等機關團體於計算上開不足支應金額時，有關銷售貨 物或勞務以外之收入中，如有依相關法律規定免納所得稅 之平均地權債券利息及公共建設土地債券利息暨依所得稅 法第四十二條規定免計入所得額課稅之投資收益等免稅收 入，准自其銷售貨物或勞務以外之收入中減除。」之意旨 ，亦不認為有重複提列、雙重優惠之問題。
（八）有關原告主張被告否准原告報准保留結餘款購買（建）醫
療設備提列折舊，反而負擔較重所得稅，不但無法律依據 ，亦不符免稅標準立法意旨，且違背稅制競爭中立性及租 稅公平原則；舉凡所得稅法第4條第1項第17款及促進產業 升級條例之規定，特定製造業或服務業等，以免稅款項購 置固定資產，應按年提列折舊，並未受限制，縱有享受雙 重租稅利益，並不當然違法；被告未斟酌財政部賦稅署84 年12月19日臺稅一發第841664043號函釋二之（七）決議 內容，原告得依營利事業所得稅查核準則第95條第1款： 「營利事業在同一會計年度內，對不同種類之固定資產， 得依照所得稅法第五十一條規定申請採用不同方法提列折 舊；……」、第2款：「固定資產之折舊，應按不短於固 定資產耐用年數表規定之耐用年數，逐年依率提列不得間 斷；其未提列者，應於應提列之年度予以調整補列。」辦 理，被告對該函釋割裂行使致適用法令錯誤等情，遍查被 告97年11月27日北區國稅法一字第0970009643號函檢附之 答辯內容，未就原告上開主張予以否認，似有默認。（九）為此，原告依據行政訴訟法第4條第1項規定提起本件撤銷 訴訟，並聲明求為判決：
1.訴願決定、原處分（復查決定）均撤銷。
2.訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：
（一）按「左列各種所得，免納所得稅：……十三、教育、文化 、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本 身之所得及其附屬作業組織之所得。」為所得稅法第4條 第1項第13款所明定。次按「教育、文化、公益、慈善機 關或團體符合下列規定者，其本身之所得及附屬作業組織 之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅。…… 八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之 每年孳息及其他各項收入百分之七十。但經主管機關查明 函請財政部同意者，不在此限。」為免稅標準第2條第1項 第8款所規定。又「有關適用『教育文化公益慈善機關或 團體免納所得稅適用標準』第二條第一項第八款但書規定 之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其結餘款若有未 依其報經核准之計劃使用者，稽徵機關應就全部結餘款依 法核課所得發生年度之所得稅，惟該結餘款中已依同標準 第二條之一（現行標準第三條）第一項規定課徵所得稅部 分應予扣除。」、「決議1.財團法人醫院或財團法人附屬 作業組織醫院依免稅標準第二條之一（現行標準第三條） 計算課稅所得額時，其為醫療用途新購置之建物、設備等 資產，應比照適用所得稅法相關規定按年提列折舊，列為
銷售貨物或勞務之成本費用。上開資本支出如與其創設目 的活動有關，得選擇按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之 收入中減除，或全額列為購置年度與其創設目的活動有關 之資本支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除；上開 醫院計算課稅所得額如選擇按年提列折舊，其依免稅標準 第二條第一項第八款規定計算支出比例時，得適用財政部 七十一年十二月十日臺財稅第三八九三一號函說明7規定 。2.前開醫院當年度為醫療用途新購置之建物、設備等資 產有多項時，其與創設目的活動有關部分，得就全部或部 分選擇按年提列折舊或全額列為購置年度與其創設目的有 關活動之支出。3.財團法人醫院或財團法人附屬作業組織 醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設 目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列折舊。 」財政部90年1月10日臺財稅第0000000000號及財政部賦 稅署84年12月19日臺稅一發第841664043號函釋在案。（二）原告94年度機關團體作業組織所得稅結算申報，列報收入 1,686,399,715元、支出1,670,297,149元及餘絀數16,102 ,566元，經被告查核以其支出中67,792,179元係原告82至 85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附屬設施 、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列之折舊 費用及各項攤提，乃予以剔除，核定課稅所得額83,894,7 45元。原告不服，申請復查及提起訴願，均遭決定駁回之 。
（三）原告82至85年度之結餘款因未符合免稅標準第2條第1項第 8款前段規定，遂依同款後段但書規定，申請結餘經費核 准作為建院計畫用途保留款，用以購建醫療大樓、建物附 屬設施、醫療儀器、交通設備及辦公設備等資產，並向主 管機關報備保留計畫之執行，其事後之執行，僅為成就保 留款發生年度之適用免稅資格，故該保留款之支出性質， 應與其原因發生年度之支出性質相符，即全部列為與創設 目的有關之支出項目，自銷售貨物或勞務以外之收入中減 除，而不得再准其任意選擇以分年提列折舊方式認列費用 ，以避免雙重之免稅優惠，並以其執行情形審酌該保留款 發生年度（即82至85年度）是否符合免稅標準第2條第1項 第8款前段規定而得予免稅。是原告82至85年度結餘款延 後作為與創設目的有關活動之建院計畫用途支出，免受免 稅標準第2條第1項第8款前段規定之限制，而免於核課所 得稅，該專案保留款核屬專款專用性質，故該等保留款依 核准之計畫於以後年度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫 療儀器、交通設備及辦公設備等資產時，自應沖轉該保留
款，全額列為資本支出，不得分年提列折舊，當無按年提 列折舊，自銷售貨物或勞務收入中減除之適用，被告依財 政部賦稅署84年12月19日臺稅一字發第841664043號函釋 規定：「財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫 療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動 有關之資本支出者，以後年度不得再提列折舊，故無所請 提列之折舊，再自銷售貨物或勞務收入中減除之適用。」 之意旨，剔除其折舊費用，並無不合。
（四）原告82至85年度之支出因未符合免稅標準第2條第1項第8 款前段規定，原應課徵所得稅，其依同款後段但書規定， 申請將結餘經費核准作為建院計畫用途保留款，用以購建 上開資產，並已向主管機關報備保留計畫之執行，同時視 為保留款發生年度（即82至85年度）之創設目的有關活動 之支出，以符合免稅之規定，嗣後如再允許提列上開固定 資產折舊，自有重複列報之嫌，違反租稅公平原則。至財 政部賦稅署上開函釋考量為免影響財團法人醫院或財團法 人附屬作業組織醫院業務之運作、對公益活動及社會福利 之推展，允許將資本支出提前全額認列或按年提列折舊， 僅可擇一適用，避免同一支出項目重複認列，係符合目的 性之解釋，與司法院釋字第420號及第496號解釋：「涉及 租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神：依 各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公 平原則為之。」之精神，並無不合。
（五）申言之，有關財政部賦稅署84年12月19日臺稅一字發第84 1664043號函釋意旨，茲說明如下：
1.按「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申 請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核 課確定之案件適用之。」為稅捐稽徵法第1條之1所明定。 又「行政主管機關就行政法規所為之釋示，係闡明法規之 原意，固應自法規生效之日起有其適用。」司法院釋字第 287號解釋參照。財政部賦稅署84年12月19日臺稅一字發 第841664043號函釋係主管機關就所得稅法第4條第1項第 13款授權制訂免稅標準第2條第1項第8款之適用所為之說 明，闡釋財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫 療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動 有關之資本支出，允許將該資本支出提前全額認列或按年 提列折舊，僅可擇一適用，避免同一支出項目重複認列， 核與成本收益原則相符，該函釋闡明法規之原意，自所得 稅法第4條第1項第13款規定施行時，即已生效，並非自該 函釋發布時始生效，被告援引該函釋，並無違背法律不溯
及既往原則及稅捐稽徵法第1條之1從新從輕規定，亦有本 院96年度訴字第2731號判決可參。
2.原告復稱財政部訴願審議委員會曾文魁委員於93年度訴願 案件審查意見表簽具「是否與本部841664043號函釋意旨 有違，請提會討論。」，表示本件不適用該函釋云云，惟 顯將個人意見表達凌駕於全體審議委員之決議，亦扭曲民 主社會行政救濟案件審理合議制度，況該案件業經與會委 員（專家學者十餘人）討論並未違背上開財政部函釋，並 決議訴願駁回在案，故原告所稱尚待斟酌。
（六）原告稱被告不能僅因原告以報准保留結餘款購買（建）醫 療設備，再轉基金，否准該設備提列折舊，不但與法無據 ，且有違租稅公平原則云云，惟：
1.原告如不將結餘款直接用於購置固定資產，而先將之轉列 為基金總額，則已違反免稅標準核准保留之範圍，其82至 85年度之結餘款自不得再視作已支出之費用，依法應予補 稅，苟原告就82至85年度依實際費用支出補稅後，原告以 基金總額中用以購置固定資產之支出，依法自無不許其依 耐用年限予以攤提，惟如此對於原告更加不利而已，原告 所稱顯屬曲解法令。又原告上開主張亦經最高行政法院及 本院駁回在案，此有最高行政法院97年度裁字第317號及