臺北高等行政法院判決
98年度訴字第1835號
98年11月5 日辯論終結
原 告 永昕生物醫藥股份有限公司
代 表 人 甲○○
訴訟代理人 楊矗烽 會計師（兼送達代收人）
被 告 經濟部
代 表 人 乙○○（部長）住同
訴訟代理人 丁○○
丙○○
上列當事人間生技新藥產業發展條例事件，原告不服行政院中華
民國98 年7月17日院臺訴字第0980089031號訴願決定，提起行政
訴訟，本院判決如下：
主 文
訴願決定及原處分均撤銷。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
一、程序事項：本件被告代表人原為尹啟明，訴訟中變更為乙○ ○，業據被告新任代表人乙○○提出承受訴訟狀聲明承受訴 訟，核無不合，應予准許。
二、事實概要：原告申經被告所屬科學工業園區管理局以民國（ 下同）96年11月8 日園商字第0960030395號函核准增資、發 行新股等變更登記。嗣於97年10月22日檢具公司變更登記表 、增資擴充股東名冊、投資計畫書、生技新藥公司審定函等 文件，向被告申請核發生技新藥投資計畫核准函。被告於97 年10月31日以經授工字第09720415240 號函復原告，以其申 請增資研究發展「TuNEX 、GranNEX 」之投資計畫核准函， 已逾營利事業適用生技新藥公司股東投資抵減辦法（下稱生 技公司股東投資抵減辦法）第7 條規定之申請期限，所請未 便辦理。原告不服，提起訴願遭決定駁回，遂提起本件行政 訴訟。
三、本件原告主張：
㈠查生技新藥公司申請股東投資抵減流程，增列取得審定函 之程序，此種程序上之限制，當非為發展我國生技新藥產 業，使成為帶動經濟轉型主力產業之立法本意。觀之我國 現行相關股東投資抵減辦法，其流程為設立或增資→申請 投資計畫核准函→核准函核發之次日起幾年內完成投資計 畫，並無增列取得審定函之程序（如民間機構參與重大公 共建設營利事業股東適用投資抵減辦法第4條等可資參照
）。是以，生技公司股東投資抵減辦法違反授權明確性原 則，增加法律所無之限制。
㈡若法律規定人民「得」為如何之行為，核屬人民之權利， 而非其義務。按生技公司股東投資抵減辦法第7 條第3 項 規定，生技新藥公司於生技新藥產業發展條例施行後（96 年7 月6 日），本辦法施行前（97年3 月1 日）新投資創 立或增資擴充者，「得」自本辦法施行之日（97年3 月2 日）起六個月內，依第一項規定辦理。就本條項法條規定 「得」字觀之，核屬生技新藥公司「得」如何行為之權利 ，並未限制生技新藥公司應於投資抵減辦法施行日起六個 月內（即97年9 月1 日前）申請核發生技新藥投資計畫核 准函，被告以原告未於97年9 月1 日（含）前申請，否准 核發投資計畫核准函，認事用法違反法律優位原則。 ㈢本件生技新藥公司審定函之核發，依被告對外之行政指導 所載，其處理期間為四週（如經濟部工業局所編「生技新 藥產業發展條例廣宣手冊」、「生技新藥產業發展條例與 相關辦法之介紹」及「國家生技醫療產業策進會」主辦之 「生技新藥產業發展條例申請及審查流程簡介」說明會之 資料），原告於申請審定函處理期間，除被告電話通知補 提示研發費用明細，而原告亦立即（97年7 月29日）補正 外，期間原告未接獲被告任何書面補正通知，則被告逾合 理處理期間之遲誤期間，即不應歸責原告，經扣除被告遲 誤期間或停止處理期間之進行，原告並無逾期申請情事。 ㈣依發信主義自原告97年7 月8 日申請起算，至本辦法施行 之日起六個月之日即97年9 月1 日止，期間為56天，長於 行政指導所定28天，達兩倍之長，豈謂無寬算審查時間。 又本辦法施行之日起六個月內共召開5 次審議會，原告自 97年7 月8 日申請至97年9 月1 日止，何以未獲審查？被 告所稱「共召開5 次相關審議會並核發13張生技新藥公司 審定函」，該13張審定函其申請人是否皆早於原告之申請 ，如非，則被告有違平等原則。本件審理期間冗長，其行 政行為未以誠實信用之方法為之，並保護人民正當合理之 信賴。原告不解被告何以97年8 月20日之函復於97年8 月 25日部會議會議審查之前，仍無法列入審議？而下一次審 議何以須延至97年9 月30日？此等冗長審查行政程序是否 為人民所能預先知之，如人民未能預先知之，歸責人民未 寬算審查時間，即無理由。
㈤本件原告於97年7 月8 日申請生技新藥公司審定函，被告 遲至同年10月20日核發送達審定函，原告立即於10月21日 備文申請核發投資計畫核准函，被告卻課以原告須於投資
抵減辦法生效施行6 個月內（即97年9 月1 日前）申請， 顯然違背期待可能性等情。並聲明求為判決：⒈訴願決定 及原處分均撤銷。⒉被告應作成核發投資計畫核准函之處 分。⒊訴訟費用由被告負擔。
四、被告則以：
㈠本案原告係於97年10月22日以經工字第09720414540 號申 請表向被告申請核發生技新藥投資計畫核准函，核與上開 規定不符，被告於97年10月31日以經授工字第0972041524 0 號函駁回原告申請核發協助符合生技新藥投資計畫核准 函之申請案。經查生技新藥公司股東投資抵減辦法」第7 條第3 項，係因「生技新藥產業發展條例」及「營利事業 適用生技新藥公司股東投資抵減辦法」發布時間不同，保 護生技新藥公司之權益所做之放寬規定。原告遲於97年10 月22日始向被告提出申請，已逾本辦法施行之日之6 個月 （至97年8 月29日）期限。
㈡原告係於97年7 月9 日向被告提出申請審定為生技新藥公 司，被告於97年7 月14日以電話通知原告補件，約於7 月 下旬收到其補件資料於97年7 月29日協助原告正式掛文） ；後於97年8 月7 日函請行政院衛生署審定原告研發項目 是否為生技新藥；衛生署於97年8 月20月衛署藥字第0970 038133號函審定原告所投資之藥品「TuNEX」及「GranNEX 」符合「生技新藥產業發展條例」第3 條第3 款所稱之新 藥。被告原訂於97年8 月28日召開之生技新藥產業發展條 例相關事項審議會第5 次會議，因已於97年8 月22月擲發 開會通知及相關資料予各審查委員，原告之申請案件不及 排入第5 次審查會議；是以，於97年9 月30日召開第6 次 會議審查原告申請案後，於97年10月20日以經授工字第09 720414540號函核發生技新藥公司審定函。 ㈢原告申請審定其研發項目為「生技新藥」係依據生技新藥 產業發展條例第3 條第3 款之規定；申請審定為「生技新 藥公司」係依據生技新藥產業發展條例第3 條第2 款之規 定，上開2 案係不同之行政處分，且原告於97年8 月29日 前（生技公司股東投資抵減辦法公布6 個月內）未向被告 提出生技新藥投資計畫核准函之申請，被告無從得知原告 申請審定為生技新藥公司之意圖為何。
㈣再查，截至97年8 月29日止，被告共召開5 次生技新藥產 業發展條例相關事項審議會核發13張生技新藥公司審定函 。原告若欲取得生技新藥公司審定函及申請核發生技新藥 投資計畫核准函，自應寬算審查時間依限提出申請等語， 資為抗辯。並聲明求為判決：⒈原告之訴駁回。⒉訴訟費
用由原告負擔。
五、兩造之爭點，在於原告於97年10月22日向被告申請核發「生 技新藥投資計畫核准函」，被告以原告上開申請已逾生技新 藥公司股本投資抵減辦法第7 條第3 項規定之6 個月申請期 限，程序駁回原告之申請，是否合法。本院判斷如下： ㈠按「為發展我國生技新藥產業，成為帶動經濟轉型的主力 產業，特制定本條例。」、「生技新藥產業發展，依本條 例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。 但其他法律規定較本條例更有利者，適用最有利之法律。 」、「為鼓勵生技新藥公司之創立或擴充，營利事業原始 認股或應募屬該生技新藥公司發行之股票，成為該公司記 名股東達3 年以上，且該生技新藥公司未以該認股或應募 金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投 資抵減者，得以其取得該股票之價款百分之20限度內，自 其有應納營利事業所得稅之年度起5 年內抵減各年度應納 營利事業所得稅額（第1 項）。‧‧‧。第1 項生技新藥 公司適用股東投資抵減之要件、申請期限、申請程序、施 行期限、抵減率、第2 項計算方式及其他相關事項，由行 政院定之（第3 項）。」96年7 月4 日公布之「生技新藥 產業發展條例」第1 條、第2 條、第6 條第1 項及第3 項 分別定有明文。次按「經審定為生技新藥公司者，經濟部 應核發生技新藥公司審定函，並載明自核發之次日起5 年 內有效，屆期失其效力。」、「生技新藥公司申請適用本 條例第6 條之投資抵減，新投資創立者應自公司設立登記 表核發之次日起6 個月內，增資擴充者應自公司變更登記 表核發之次日起6 個月內，檢具下列文件、資料，向經濟 部申請核發生技新藥投資計畫核准函：一、公司設立登記 表或公司變更登記表。二、新投資創立公司原始股東名冊 或該次增資擴充股東名冊；如屬創業投資事業者，並應檢 具營利事業登記證。三、投資計畫書7 份，包括投資計畫 目的、投資項目、經營團隊、研究發展團隊與其職掌、產 品製程或研究發展流程、建廠或擴廠時間表、研究發展開 始作業及產品開始銷售或開始提供服務之時間表。四、生 技新藥公司審定函。五、申請當年度生技新藥專職研究發 展人員專科以上學歷證明書與其實際從事生技新藥研究發 展內容職掌及佐證資料（第1 項）。‧‧‧。生技新藥公 司於本條例施行後，本辦法施行前新投資創立或增資擴充 者，得自本辦法施行之日起6 個月內，依第1 項規定辦理 （第3 項）。」復為97年2 月29日發布「營利事業適用生 技新藥公司股東投資抵減辦法」第4 條、第7 條第1 項及
第3 項所分別明定。
㈡查本件原告於生技新藥產業發展條例96年7 月4 日發布後 之同年11月8 日申請由科學園區管理局核准原告增資及發 行新股變更登記，嗣於營利事業適用生技新藥公司股東投 資抵減辦法於97年3 月1 日生效（同年2 月29日發布）後 之同年7 月9 日具文（申請書記載97年6 月25日，實際寄 達被告處為7 月9 日）依上開投資抵減辦法第2 條規定， 向被告申請生技新藥公司審定函，因原告未提示研發費用 明細，被告於97年7 月14日電話通知原告補件，旋於同年 7 月29日補正。被告依前揭條例第3 條第3 款規定，於97 年8 月7 日函請中央目的事業主管機關之行政院衛生署審 定原告所研發之藥品是否為新藥，衛生署於97年8 月20日 審定為新藥，被告於同年月21日收到衛生署審定函後，曾 於97年8 月28日召開第五次審定生技新藥公司之審查會， 但未將原告申請案排入議程，嗣於97年9 月30日第六次審 查會始通過原告的申請案，並於97年10月20日核發原告生 技新藥公司審定函，原告旋依前揭投資抵減辦法第7 條規 定，於97年10月22日向被告申請核發生技新藥投資計畫核 准函，被告認為原告公告屬投資抵減辦法施行前增資擴充 之公司，應於上開投資抵減辦法施行之日（即97年3 月1 日，被告誤為發布日之97年2 月29日）起6 個月期間內辦 理，即應於97年8 月31日前辦理申請，詎原告於97年10月 22日始向被告申請，爰以申請逾期為理由，程序駁回原告 系爭申請核發投資計畫核准函案等情，有前開申請文件等 附於被告答辯卷可稽，且為兩造於本院言詞辯論時陳述在 卷，互核相符，足堪信實。從而，本件之唯一爭執點厥為 被告以原告系爭申請逾越投資抵減辦法第7 條第3 項為理 由，是否有據。
㈢按不變期間之訂定，核屬關於人民權利、義務之事項，依 中央法規標準法第5條第2款之規定，應以法律定之。次按 「因天災或其他不應歸責於申請人之事由，致基於法規之 申請不能於法定期間內提出者，得於其原因消滅後10內， 申請回復原狀。」、「行政機關對於人民依法規之申請， 除法規另有規定外，應按各事項類別，訂定處理期間公告 之。未依前項規定訂定處理期間者，其處理期間為2 個月 。行政機關未能於前2 項所定期間內處理終結者，得於原 處理期間之限度內延長之，但以1 次為限。前項情形，應 於原處理期間屆滿前，將延長之事由通知申請人。行政機 關因天災或其他不可歸責之事由，致事務之處理遭受阻礙 時，於該項事由終止前，停止處理期間之進行。」行政程
序法第50條第1 項及第51條分別定有明文。查系爭申請生 技新藥投資計畫核准函，依前揭投資抵減辦法之規定，涉 及公司股東能否享用投資抵減之優惠，攸關人民權利至鉅 ，生技新藥產業發展條例未於母法規定包括申請期限之相 關規定，而依該條例第第6 條第3 項授權由前揭投資抵減 辦法規定，足見投資抵減辦法規定之申請期間，不得解釋 為「不變期間」，若有不可歸責於申請人之正當事由，要 無逕以申請逾期程序駁回之理。
㈣次按「行政行為，應以誠實信用之方法為之，並應保護人 民正當合理之信賴。」、「行政機關就該管行政程序，應 於當事人有利及不利之情形，一律注意。」行政程序法第 8 條及第9 條分別定有明文。查系爭生技新藥公司審定函 之核發，依被告對外之行政指導所載，其處理期間為四週 ，如經濟部工業局所編「生技新藥產業發展條例廣宣手冊 」第8 及9 頁（本院卷第12-13 頁）、97年6 月所編「生 技新藥產業發展條例與相關辦法之介紹」（本院卷第14 頁）及97年11月20日「國家生技醫療產業策進會」所主辦 之「生技新藥產業發展條例申請及審查流程簡介」（本院 卷第15頁）說明會之資料，有關審定函審核流程、執行事 項及時間如下：⒈生技公司提出書面申請（工業局服務中 心收文）。⒉工業局書面審查資料：確認公司所送資料是 否齊備，一週內資料函送中央目的事業主管機關（行政院 衛生署或農委會）。⒊生技新藥審定（行政院衛生署或農 委會）：衛生署（或農委會）針對公司申請之認定項目， 召開審查會議審定之。二週內副知經濟部（工業局），審 定結果通過函覆申請公司。⒋生技新藥公司認定審查（工 業局、財政部、衛生署、農委會、學者專家）：一週內通 過或不通過核駁。⒌核發生技新藥公司審定函（工業局） 。易言之，依被告所做行政指導資料，生技新藥公司審定 函是否准予核發，其審定期間原則上為4 週，此有上開資 料附卷可憑，且為被告訴訟代理人於本院言詞辯論時自承 在卷（見本院卷第45頁），但觀之本件被告對原告申請生 技新藥公司審定函之流程，可知原告於97年7 月29日即補 正申請資料，依上開被告行政指導，是否核發原告生技新 藥公司審定函，應於同年8 月17日即告底定，詎被告於同 年8 月7 日始函請行政院衛生署審定原告公司研發藥品是 否為「新藥」，又衛生署於同年8 月20日審定原告研發藥 品為新藥之函於同年月21日寄達被告處，被告未及時處理 ，錯過同年月28日之第5 次審查會，延至同年9 月30日始 將原告之申請案排入第6 次審查會，且在同年10月20日核
發原告之生技新藥公司審定函，可知被告處理原告申請之 生技新藥公司審定函之時程，已不符其所做之上揭行政指 導的時程，更未在處理期間，依前揭行政程序法第51條規 定通知原告，均有不合。再者，原告於97年7 月9 日申請 生技新藥公司審定函，雖於同年7 月29日始完成補正，但 依被告之行政指導，原告預期在同年8 月31日以前取得被 告核發生技新藥公司審定函，在時間上尚屬充裕，被告行 政指導在先，已賦予原告信賴基礎，原告亦依法提出申請 ，而有信賴表現，且其信賴亦無不值得保護之情形，被告 依行政程序法第8 條規定在受理原告申請核發投資計畫核 准函時，自應審酌上開情事。又依前揭投資抵減辦法第7 條第1 項第4 款規定，申請投資抵減必須檢具生技新藥公 司審定函，本件被告未遵其本身所發布之行政指導，於指 導公司申請期間內完成原告申請生技新藥公司審定函之審 定，延至97年10月20日始核發原告審定函，而原告即於同 年月22日檢具上開審定函申請核發投資計畫核准函，程序 上完全係依照投資抵減辦法之要件申請，形式上雖已逾投 資抵減辦法第7 條第3 項所定期限，但原告逾期申請，完 全係被告未依據其行政指導之期間審理原告生技新藥公司 審定函之申請所致，顯屬不可歸責於原告之事由，斟諸前 揭回復原狀之法理以及行政程序法第9 條所揭櫫應對申請 人有利不利一律注意之規定意旨，被告以原告申請逾期為 程序駁回，自有不合。
從而，本件被告在審定原告生技新藥公司審定函之過程，未 遵守行政程序法第8 條、第9 條、第50條及第51條相關規定 ，已有不合，在原告信賴被告依其行政指導處理期間內提出 生技新藥公司審定函之申請，因不可歸責於原告之事由逾期 核發，致其申請核發投資計畫函逾越投資抵減辦法第7 條第 3 項所定之期間，且該期間並非不變期間，在原告有延遲申 請之正當理由下，被告未思及本身審理生技新藥公司審定函 之流程的延宕，反以原告申請投資抵減逾期為由，逕予程序 駁回原告系爭投資抵減之申請案，即有違法，訴願決定未予 糾正，亦有不合，原告執此指摘，訴請撤銷，為有理由，應 予准許。被告應依本判決意旨，重新實體審究原告系爭核發 投資計畫核准函之申請，是否有實體上之要件。至於原告請 求被告應作成核發投資計畫核准函之處分，因法院無為行政 機關代為處分之權限，應由被告依本判決意旨重新審理，從 而原告此項請求，應予駁回。
六、據上論結，本件原告之訴為一部有理由，一部無理由，依行 政訴訟法第104條、民事訴訟法第79條，判決如主文。
中 華 民 國 98 年 11 月 19 日 臺北高等行政法院第六庭
審判長法 官 闕 銘 富
法 官 林 育 如
法 官 許 瑞 助
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。中 華 民 國 98 年 11 月 19 日 書記官 方 偉 皓
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