營業稅
臺北高等行政法院(行政),訴更一字,98年度,146號
TPBA,98,訴更一,146,20091231,1

臺北高等行政法院判決
　　　　　　　　　　　　　　　　　 98年度訴更一字第146號
　　　　　　　　　　　　　　　　　　98年12月24日辯論終結
原　　　告　忠興開發股份有限公司
代　表　人　甲○○（董事長）
訴訟代理人　卓隆燁　會計師(兼送達代收人)
複代理人　　何嘉容　會計師
被　　　告　財政部臺北市國稅局
代　表　人　乙○○（局長）
訴訟代理人　丙○○
　　　　　　丁○○
　　　　　　戊○○
上列當事人間營業稅事件，原告不服財政部中華民國95年10月31
日台財訴字第09500445860 號訴願決定（案號：第00000000號）
，提起行政訴訟，本院以96年11月8 日95年度訴字第4549號判決
訴願決定及原處分（即重核復查決定）均撤銷。被告不服，提起
上訴，經最高行政法院以98年10月22日98年度判字第1249號判決
廢棄，發回更為審理，本院更為判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用及發回前訴訟費用由原告負擔。
　　事實及理由
一、事實概要：
原告自動於民國（下同）85年5 月27日向臺北市稅捐稽徵處 大安分處（以下簡稱大安分處）補申報80至84年各年度取得 之股利收入( 免營業稅) ，依「兼營營業人營業稅額計算辦 法」規定計算不得扣抵之進項稅額新台幣（下同）9,672,65 7 元，同時主張以「直接扣抵法」計算該補稅額( 即不得扣 抵之進項稅額) 應為320,401 元，以歷年累積留抵稅額66,8 66,876元抵繳稅款。因歷年取得固定資產而溢付之營業稅大 於該累積留抵稅額，原告除申請退還因取得固定資產而產生 溢繳之留抵稅額57,194,219元（66,866,876元減9,672,657 元）外，另就各該年度自動補報股利收入依「直接扣抵法」 計算之應補稅額( 即不得扣抵之進項稅額) ，與依「比例扣 抵法」所計算補稅額之差額，即溢繳金額9,352,256 元（9, 672,657 元－320,401 元，下稱系爭溢繳金額）申請退還。 案經大安分處88年1 月28日北市稽大安甲字第8800127710號 函復，以「經查貴公司85年5 月27日係申請退還固定資產因 併入『進貨及費用』申報而溢付且留抵之營業稅額，並非申 請採用直接扣抵法，是本項係屬核課確定案件不適用86年1



月18日台財稅第851928790 號函釋。」等理由，否准退還依 「比例扣抵法」與「直接扣抵法」計算應補稅額而溢繳之金 額。原告不服，向台北市政府提起訴願，因自88年7 月1 日 起營業稅改制國稅而移轉管轄財政部審理，經財政部以91年 3 月18日台財訴字第0911352188號訴願決定撤銷原處分，發 回由原處分機關另為處分。嗣因營業稅稽徵業務92年1 月1 日起移撥由財政部各區國稅局辦理，案經被告所屬大安分局 重核結果，以93年1 月7 日財北國稅大安營業字第09202140 70號函復略以：「二、貴公司85年5 月27日申請以比例扣抵 法自動補報不得扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵 繳方式補繳9,672,657 元。該申請函說明四雖提及要求另就 直接扣抵法計算為320,401 元，而退還兩者差額9,352,256 元，惟當時係申請以比例扣抵法補報，並未敘明係符合3 年 內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物 、勞務或進口貨物之實際用途之規定，故當時未申請適用直 接扣抵法甚明。三、貴公司既未於財政部86年1 月18日台財 稅第851928790 號函發布前依兼營營業人營業稅額計算辦法 第8 條之1 規定：『3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備 ，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者， 得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法。』申請核准後改按 直接扣抵法計算應納稅額，尚無財政部86年8 月9 日台財稅 第861911195 號函意旨之適用，仍應依比例扣抵法計算各該 年其之應納稅額。」為由，仍否准所請( 下稱原處分) ，原 告仍表不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂向本院提起行政 訴訟，經本院以96年11月8 日95年度訴字第4549號判決「訴 願決定及原處分（即重核復查決定）均撤銷。被告對於原告 就85年5 月27日及88年1 月5 日申請溢繳稅款新臺幣玖佰參 拾伍萬貳仟貳佰伍拾陸元事件，應依本判決之法律見解另為 處分。原告其餘之訴駁回」，被告不服，提起上訴，經最高 行政法院以98年10月22日98年度判字第1249號判決廢棄原判 決，發回本院更為審理。
二、本件原告主張：
㈠營利事業兼營投資業務所獲配之股利收入，雖財政部77年7 月8 日台財稅第761153919 號函（本函已被78年5 月22日台 財稅第780651695 號函內容涵蓋）規定，應於年度結束時彙 總列報當年度最後乙期免稅銷售額申報，並依兼營營業人營 業稅額計算辦法規定，按當期或當年度進項稅額不得扣抵銷 項稅額之比例計算調整應納稅額併同繳納，惟實務上均未將 股利收入視屬免稅銷售額，原告亦持相同見解，故原告80至 84年度獲配之股利，並未於各獲配年依兼營營業人營業稅額



計算辦法規定，按當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額 之比例計算調整應納稅額併同繳納，合先敘明。 ㈡⒈本件有關自動補報股利收入不得扣抵之進項稅額而應補繳 營業稅及申請退還溢繳營業稅事項，屬未核課確定案件。 ⑴按「兼營營業人未依81年9 月1 日修正施行之兼營營業 人營業稅額計算辦法第8 條之1 規定選擇採用直接扣抵 法，而採比例扣抵法計算稅額者，自上揭辦法修正施行 之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用 直接扣抵法計算應納稅額。」及「81年9 月1 日修正施 行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 修正施行 之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納 營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵 機關否准，於本部86年1 月18日臺財稅第851928790 號 函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開規 定申請直接扣抵法計算應納稅額。」分別經財政部86年 1 月18日臺財稅第851928790 號函及86年8 月9 日臺財 稅第861911195 號函核釋在案。
⑵次按「兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式 如左：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進項稅額－依本 法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額）×（１－ 當期不得扣抵比例）」、「經核准採用直接扣抵法之兼 營營業人，應依下列規定計算營業稅額。一、兼營營業 人應將購買貨物、勞務或進口貨物、購買國外之勞務之 用途，區分為左列三種，並於帳簿上明確記載：專供經 營本法第四章第一節規定應稅（含零稅率）營業用（以 下簡稱專供應稅營業用）者。專供經營免稅及依本法第 四章第二節規定計算稅額營業用（以下簡稱專供免稅營 業用）者。供1.、2.兩目共同使用（以下簡稱共同使用 ）者。二、兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算 公式如下：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進稅稅額－ 依本法第19條第1 項規定不得扣抵之進項稅額－專供經 營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額－共同使用貨物或 勞務之進項稅額×當期不得扣抵比例）三、兼營營業人 購買國外之勞務，應依下列公式計算應納營業稅額，併 同當期營業稅額申報繳納。應納稅額＝專供免稅營業用 勞務之給付額×徵收率＋共同使用勞務之給付額×徵收 率×當期不得扣抵比例四、兼營營業人於報繳當年度最 後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後 ，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納，其計算公式如 左：調整稅額＝當年度已扣抵之進項稅額－（當年度進



項稅額－當年度依本法第19條第1 項規定不得扣抵之進 項稅額－當年度專供免稅營業用之貨物或勞務之進項稅 額－當年度共同使用之貨物或勞務之進項稅額×當年度 不得扣抵比例）兼營營業人如有購買國外之勞務者，並 應依下列公式調整：調整稅額＝（當年度購買專供免稅 營業用勞務給付額＋當年度購買供共同使用勞務給付額 ×當年度不得扣抵比例）×徵收率－當年度購買勞務已 納營業稅額兼營營業人於年度中適用本條規定計算營業 稅額之期間未滿九個月者，當年度免辦調整，俟次年度 最後一期再做本款規定調整之。」分別為行為時兼營營 業人營業稅額計算辦法第4 條及第8 條之2 所明確規定 。即採直接扣抵法者，於計算當期應納或溢繳營業稅， 當期進項稅額除扣除「依本法第十九條第一項規定不得 扣抵之進項稅額」外，應予扣除「專供經營免稅營業用 貨物或勞務之進項稅額」及「共同使用貨物或勞務之進 項稅額×當期不得扣抵比例）」之進項稅額，為計算基 礎；而未採直接扣抵法者，則係將當期進項稅額除扣除 「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」後 ，直接乘以（１－當期不得扣抵比例），為計算基礎。 ⑶再按「本部95年12月21日令公布修正之『兼營營業人營 業稅額計算辦法』第8條之1、第8條之2及第8條之3，凡 屬於尚未核課確定之各年度案件均予適用」、「兼營營 業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進 口貨物之實際用途者，得採直接扣抵法，按貨物或勞務 之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買 本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但經採用後三年內 不得變更。」亦分別為財政部95年12月21日台財稅字第 09504563401 號函及台財稅字第09504563400 號函頒布 修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 第 1 項所明定。據前開規定，業已剔除原辦法規定之「得 向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法」，改為「得採用 直接扣抵法」，無須向稽徵機關事先申請核准，且尚未 確定案件均有其適用。
⑷查原告80至84年度各期營業稅申報，已依營業稅法第35 條第1 項規定申報在案。原告鑑於85年2 月16日總統公 布司法院釋字第397 號解釋文，闡明財政部77年7 月8 日台財稅第761153919 號函（註︰本函已被78年5 月22 日台財稅第000000000 號內容涵蓋）有關兼營投資業務 之營業人於年度中取得之股利，應於年度結束時彙總列 入當年度最後乙期免稅銷售額申報，並依兼營營業人營



業稅額計算辦法之規定，按當期或當年度進項稅額不得 扣抵銷項稅額之比例計算調整應納稅額，併同繳納之規 定合憲，原告乃依稅捐稽徵法第48條之1 規定，於85年 5 月27日補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入， 俾依兼營營業人營業稅額計算辦法規定計算應補繳之稅 額，並以累積留抵稅額辦理抵繳，同時依營業稅法第39 條第1 項第2 款規定，申請退還因取得固定資產而溢付 之營業稅額，茲就所附之稅額計算表相關欄位之計算方 式，以80年度為例說明如後（81至84年度之計算式與80 年度相同，不贅）：
①原告80年度之應稅銷售額為94,790,864元（按5%計算 之銷項稅額為4,739,543 元），免稅銷售額（即股利 收入）為20,781,200元，得扣抵之進項稅額為848,45 9 元，當期已申報繳納之營業稅額為3,891,084 元【 計算式：應稅銷售額94,790,864元×5%－得扣抵之進 項稅額848,459 元＝已繳納營業稅3,891,084 元】， 合先陳明。
②「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」欄：係依兼營 營業人營業稅額計算辦法第3 條規定，指各該期間免 稅銷售淨額及依第四章第二節規定計算稅額部分之銷 售淨額，占全部銷售淨額之比例。說明如後：
甲、當期不得扣抵比率為17% 【計算式：當期免稅銷 售額20,781,200元/ 當期應稅銷售額94,790,864 元＋當期免稅銷售額20,781,200元＝17% 】； 乙、當期不得扣抵稅額（含固定資產）144,238 元（ 比例扣抵法）：當期得扣抵之進項稅額為848,45 9 元（內含固定資產進項稅額505,706 元），按 當期不得扣抵比率17% 計算當期含固定資產之不 得扣抵進項為144,238 元【計算式：當期得扣抵 之進項稅額848,459 元－當期得扣抵之進項稅額 848,459 元×（1 －17% ）＝144,238 元】。 丙、當期不得扣抵稅額（不含固定資產）58,268元（ 直接扣抵法）：茲因原告興建之固定資產係供出 租使用，其相關之銷項並無免稅之適用，故其進 項稅額於計算不得扣抵進項稅額時應予以排除， 此即「當期不得扣抵稅額（不含固定資產）」， 而於系爭年度亦並無專供經營免稅營業用貨物或 勞務之進項稅額，故本欄「當期不得扣抵稅額（ 不含固定資產）」，依首揭函釋規定，其計算式 為：【不含固定資產之當期得扣抵之進項稅額＝



當期得扣抵之進項稅額為848,459 元－固定資產 進項稅額505,706 元＝342,753 元】；【不含固 定資產之當期不得扣抵之進項稅額＝不含固定資 產之當期得扣抵之進項稅額342,753 元－不含固 定資產之當期得扣抵之進項稅額342,753 元×（ 1 －17% ）＝58,268元】；
丁、當期應納稅額（直接扣抵法）：－依首揭函式規 定之計算式為：銷項稅額－（進項稅額－依本法 第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額－專供 經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額－共同使 用貨物或勞務之進項稅額×當期不得扣抵比例） ，因原告當期並無「依本法第十九條第一項規定 不得扣抵之進項稅額」及「專供經營免稅營業用 貨物或勞務之進項稅額」，而共同使用貨物或勞 務之進項稅額（於直接扣抵法中為「不得扣抵稅 額（不含固定資產）」），則本期溢繳稅額＝【 銷項稅額4,739,543 元－（進項稅額848,459 元 －0 元－0 元－（共同使用當期不得扣抵稅額58 ,268元（不含固定資產---848,459元－505,706 元＝342,753 元×當期不得扣抵比例17％）))】 ＝當期應繳納之營業稅3,949,352 元；因原告前 已如期申報繳納營業稅3,891,084 元－當期應繳 納之營業稅3,949,352 元＝當期應納之營業稅58 ,268 元 ；
戊、當期應納稅額（比例扣抵法）－依首揭函式規定 之計算式為：銷項稅額－（進項稅額－依本法第 十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額）×（１ －當期不得扣抵比例），因原告當期並無「依本 法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」， 而進項稅額（於比例扣抵法中為「不得扣抵稅額 （含固定資產）」），則本期溢繳稅額＝【銷項 稅額4,739,543 元－（進項稅額848,459 元－0 元）×(1- 當期不得扣抵比例17％）】＝當期應 繳納之營業稅4,035,322 元；因原告前已如期申 報繳納營業稅3,891,084 元－當期應繳納之營業 稅4,035,322 元＝當期應納之營業稅144,238 元 ；
己、80年比例扣抵法應納稅額144,238 元與直接扣抵 法應納稅額58,268元之差額為85,970元，累積80 年至84年度共計溢繳9,352,256 元【計算式：比



例扣抵法--累計不得扣抵稅額（含固定資產）9, 672,657 元－直接扣抵法--累計不得扣抵稅額（ 不含固定資產）320,401 元＝9,352,256 元】。 由於原告補申報之案關年度，有取得固定資產供出租致 部分進項稅額應直接歸屬固定資產之情形，乃於同一申 請函說明四中，敘明「……且該等固定資產係供出租使 用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進項稅額自 不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中……」， 及說明五所附兼營營業人營業稅額調整計算表，即係依 行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之2 規定， 按「直接扣抵法」計算調整稅額，顯見原告85年5 月27 日補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，即係申 請依「直接扣抵法」計算營業稅額，並主張以留抵稅額 抵繳應補繳稅款，因採直接扣抵法計算並抵繳稅額後， 原告仍有溢繳之留抵稅額，乃於申請函中同時申請退還 溢繳之留抵稅額，明確無誤。此亦為財政部91年3 月18 日台財訴字第0911352188號訴願決定書理由書三，倒數 第6 行以下論述撤銷原處分之主要緣由。原處分及訴願 決定均見未及此，即擅予駁回，與行政救濟制度設置之 本旨相悖，難謂合法。
⑸大安分處於受理原告前述補申報及退稅申請案，旋於85 年6 月3 日以北市稽大安（甲）字第24795 號函囑原告 「請填列固定退稅清單及相關進項憑證（依清單順序排 列）並檢附所屬年度帳簿，建物所有權狀，租賃契約書 ，租金收入發票存根聯，使用執照以憑核辦」，顯見大 安分處並未否准原告申請直接扣抵法計算營業稅，而係 要求原告檢證憑核，明確無疑。被告所屬大安分局93年 1 月7 日財北國稅大安營業字第0920214070號函復謂： 「二、貴公司85年5 月27日申請以比例扣抵法自動補報 不得扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式 補繳9,672,657 元。該申請函說明四雖提及要求另就直 接扣抵法計算為320,401 元，而退還兩者差額9,352,25 6 元，惟當時係申請以比例扣抵法補報，並未敘明係符 合3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分 所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，故當 時未申請適用直接扣抵法甚明。」云云，顯與事實不符 。
⑹次查原告上開依稅捐稽徵法第48條之1 規定補申報系爭 80至84年各年度取得之股利收入，並採用「直接扣抵法 」計算不得扣抵銷之進項稅額，同時依稅捐稽徵法第28



條規定，以未正確適用營業稅法第39條第1 項第2 款之 適用法令錯誤之理由，申請退還是段期間因取得固定資 產而溢付之營業稅，於經大安分處88年1 月28日北市稽 大安甲字第8800127710號函，作出否准退還系爭依「比 例扣抵法」與「直接扣抵法」計算應補稅額而溢繳金額 之處分後，原告已在規定期限內提起訴願，目前仍在行 政救濟程序處理中，則依稅捐稽徵法第34條第3 項規定 ，本件當屬未確定案件。故依首揭財政部86年1 月18日 臺財稅第000000000 號及86年8 月9 日臺財稅第000000 000 號規定，本件自動補報依「直接扣抵法」計算之應 納稅額，而較「比例扣抵法」所計算者之溢抵繳數，既 可直接歸屬供出租使用之固定資產之應稅業務，而與免 稅業務或共同使用業務毫無關連，自可依營業稅法第39 條第1 項第2 款申請退還，殆無疑義。
⑺再者，原告為取得上開固定資產所購買之貨物或勞務， 係興建富邦金融中心大樓與民生大樓之相關工程規劃、 設計及各項工程發包所需之貨物或勞務，其帳務處理之 科目歸屬當與其他資產及費用之發生有明確之區隔，無 庸置疑。又原告於85年5 月27日申請函中，雖未敘明最 近3 年內無重大逃漏稅情事，惟原告過去是否有逃漏稅 情事，自為原處分機關所得掌握，非得由原告敘明不可 。乃被告所屬大安分局明知此情，卻擅謂原告「當時係 申請以比例扣抵法補報」，旁以原告「未敘明對符合3 年內無重大逃漏稅情事，且帳簿記載完備，能明確區分 所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定」之理 由塘塞推託，即作原告「當時未申請直接扣抵法」之論 斷，自屬違誤，更與訴願法第96條：「原行政處分經撤 銷後，原行政處分機關須重為處分者，應依訴願決定意 旨為之，並將處理情形以書面告知受理訴願機關。」之 意旨難謂有合。
⑻況依前揭財政部95年12月21日台財稅字第09504563401 號函及台財稅字第09504563400 號函頒布修正之『兼營 營業人營業稅額計算辦法』規定，直接扣抵法已無須事 先向稽徵機關申請核准之必要，原處分所執「當時未申 請適用直接扣抵法」之論據，已無意義，本件既為未核 課確定之案件，自應得採直接扣抵法並退還溢繳納稅額 ，要無疑義。
⒉被告對性質相同之事務為不同之行政處分，違反平等原則 。
⑴按行政程序法雖於90年1 月1 日施行，惟「平等原則」



乃憲法第7 條所保障之基本權利，復經司法院釋字第21 1 號、第485 號、第565 號等解釋一再闡述有案。 ⑵又「基於相同原因事實作成之行政處分，若有意作不公 平之差別待遇，致損及特定當事人之權益，即有權力濫 用之違法。」為改制前行政法院81年度判字第1006號判 決所明釋。
⑶查訴外人明東實業股份有限公司（下稱明東公司）設址 於台北市○○○路○段237號10樓（原告設於同址11樓） ，明東公司前於85年5 月27日向大安分處（營業稅稽徵 業務自92年1 月1 日由被告收回自徵）自動補申報股利 收入並申請退還溢繳營業稅，其不論申請時間、申請事 項、論述內容及管轄機關（同為大安分處）等情況與原 告完全相同，僅金額有所不同，而明東公司採直接扣抵 法之溢繳稅額，大安分處早於88年5 月26日以北市稽大 安甲字第8801899300號函依訴願決定，同意按直接扣抵 法辦理退稅17,415,351元及加計利息1,263,162 元，合 計18,678,513元（嗣經明東公司同意該應退稅額及利息 累積計入88年7 ～8 月之留抵稅額，被告及訴願決定明 知此項事實，卻對事務本質相同之案件為不同之處分， 與平等原則相違背。
⑷被告所屬大安分局竟可無視於同為稅捐稽徵機關之大安 分處，對上開相同案件─明東公司已為同意按直接扣抵 法並辦理退稅之處置，並置財政部就本系爭所為之訴願 撤銷決定意旨於不顅，仍抱持一己之偏見，否准本件可 明確歸屬供出租使用之固定資產之所購買之貨物或勞務 ，其溢付之營業稅額應直接歸屬應稅業務，無須併入兼 營營業人營業稅額計算表中而得申請退還，以使不得扣 抵進項稅額之計算能臻於公平合理，顯背離司法院釋字 第397 號解釋後段所闡「惟不得扣抵比例之計算，在租 稅實務上既有多種不同方法，財政部雖於81年8 月25日 有所修正，為使租稅益臻公平合理，主管機關仍宜檢討 改進。」之旨意，亦顯未合。
㈢原告鑑於85年2 月16日總統公佈司法院釋字第397 號解釋文 ，闡明財政部77年7 月8 日台財稅第761153919 號函（本函 已被78年5 月22日台財稅第780651695 號函內容涵蓋）有關 兼營投資業務之營業人於年度中取得之股利，應於年度結束 時彙總列報當年度最後乙期免稅銷售額申報，並依兼營營業 人營業稅額計算辦法規定，按當期或當年度進項稅額不得扣 抵銷項稅額之比例計算調整應納稅額，併同繳納之規定為合 憲，原告乃依稅捐稽徵法第48條之1 規定，於85年5 月27日



向被告自動補報80至84年度之股利收入，先以「比例扣抵法 」計算其不得扣抵之應補繳營業稅為9,672,657 元，並主張 以85年1 、2 月份含取得固定資產之留抵稅額計66,866,876 元，抵繳不得扣抵之應補繳營業稅9,672,657 元，唯若採「 直接扣抵法」計算本次自動補報實際不得扣抵進項稅額應為 320,401 元，爰再就上開按「比例扣抵法」計算抵繳之應補 繳營業稅9,672,657 元，於扣除按「直接扣抵法」計算抵繳 之應補繳營業稅320,401 元，就所溢繳營業稅9,352,256 元 （9,672,657 元減320,401 元）申請退還，故原告之退稅請 求權確實存在，依法得請求退稅之金額為9,352,256元。 ㈣原告85年5 月27日申請函說明四記載：「……且該等固定資 產係供出租使用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進 項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中，則 依此計算表本次自動補報實際不得扣抵進項稅額應為320,40 1 元，請惠准適用並退還因前揭自動補報並補繳所漏稅額而 溢繳之金額9,352,256 元（9,672,657 減320,401 元），及 取得固定資產而產生溢繳之留抵稅額57,194,219元（66,866 ,876減9,672,657 元）合計66,546,475元。」（原處分卷第 367 頁），業已將採用直接扣抵法計算式所得之數額9,352, 256 元臚列，並敘明此為「溢繳之金額9,352,256 元」（按 即以歷年累積留抵稅額抵繳應補繳之不得扣抵之進項稅額， 而產生溢繳之金額），復經申請函說明五所附兼營營業人營 業稅額調整計算表（原處分卷第369 頁），分別依「留抵稅 額」、「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」、「不得扣抵 進項稅額（不含固定資產）」及「固定資產進項稅額」等事 項，依各該年度臚列適用「比例扣抵法」（9,672,657 ）及 「直接扣抵法」（320,401 ）之合計金額（即申請函之Tota l 欄位），足見原告之申請函縱未明寫採用直接扣抵法之文 字，但業已就申請直接扣抵法之意旨敘明在系爭申請函說明 四第8 行以下及其附表，足證原告就前開自動補報80至84年 各年度取得之股利收入，業已載述申請採行直接扣抵法之意 旨。
㈤本件原告85年5 月27日申請函敘及：以比例扣抵法自動補報 80至84年各年度取得之股利收入，主張不加計利息，按直接 扣抵法計算，將溢繳之稅款退還，此觀之系爭申請函之主旨 及說明內容即明。惟被告85年6 月3 日北市稽大安( 甲) 字 第24795 號函並未針對原告主張直接扣抵法申請退稅部分有 所答覆（原處分卷第358 頁），原告未獲回覆，嗣又另於88 年1 月5 日以另申請函向被告催辦，並敘明前已主張依「直 接扣抵法」計算不得扣抵之進項稅額等語（原處分卷第240



頁），係因應司法院釋字第397 號解釋意旨，而將股利收入 補列入各年度最後一期免稅銷售額申報，並同時申請採用直 接扣抵法而申請退稅，此80至84年度之股利收入既未於80至 84年度各期原營業稅申報時列入，即不生已採用比例扣抵法 核算確定之問題，則原告依稅捐稽徵法第48條之1 規定，於 85年5 月27日具函申請，以比例扣抵法自動補報80至84年各 年度取得之股利收入，主張不加計利息，按直接扣抵法計算 ，將溢繳之稅款退還，即屬未確定案件，依財政部95年12月 21日台財稅第00000000001 號函釋規定，自應有該函頒修正 『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 、第8 條之2 及第8 條之3 規定之適用。被告主張原告已採用比例扣抵法 核算確定之見解，顯然違法。上訴審判決認「上訴人主張， 被上訴人係依行為時營業稅法第39條第1 項第2 款請求退稅 ，徵諸申請書之記載，並非無據。」、「上訴人主張，被上 訴人80至84年以比例扣抵法計算應納或溢付稅額，不得任意 變更之理由雖有不同，但主張不得溯及既往，重為計算之結 果則為正確」云云，容有誤解。
㈥據上，本件退稅請求權確實存在，並無行使已消滅權利之情 ；且原告之申請函縱未明寫採用直接扣抵法之文字，但業已 就申請直接扣抵法之意旨敘明在申請函說明四第8 行以下及 其附表，足證原告就前開自動補報80至84年各年度取得之股 利收入，業已載述申請採行直接扣抵法之意旨；又80至84年 度之股利收入既未於原營業稅申報時列入，即不生已採用比 例扣抵法核算確定之問題；本件既屬未確定案件，自應准予 適用財政部95年12月21日台財稅第00000000001 號函頒修正 『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 、第8 條之2 及第8 條之3 規定之直接扣抵法，並退還溢繳稅款。為此， 本件原處分及訴願決定均有違誤，為此，原告提起本件行政 訴訟，並聲明求為判決：訴願決定及原處分（即重核復查決 定）均撤銷。請判命被告應退還溢繳稅額9,352,256 元。訴 訟費用由被告負擔。
三、被告則以：
㈠按「營業人因兼營第8 條第1 項免稅貨物或勞務，或因本法 其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷 項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」及「兼營營業 人最近3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分 所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關 申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進 項稅額可扣抵銷項稅額之金額及進口貨物、購買本法第36條 第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」



分別為行為時營業稅法第19條第3 項及兼營營業人營業稅額 計算辦法第8 條之1 第1 項所規定。又「兼營營業人未依81 年9 月1 日修正施行之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第 8 條之1 規定選擇採用「直接扣抵法」，而採「比例扣抵法 」計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課 確定之各年度案件，得申請採用「直接扣抵法」計算應納稅 額。」及「81年9 月1 日兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算 稅額並繳納應納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅 額而經稽徵機關否准，於本部86年1 月18日台財稅第851928 790 號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開 規定申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」亦分別經財政部 86年1 月18日台財稅第000000000 號及86年8 月9 日台財稅 第861911195 號函釋有案。
㈡查本件原告85年5 月27日自動以比例扣抵法計算及補報不得 扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式補繳9,67 2,657 元。該申請函說明四雖提及要求另就直接扣抵法計算 為320,401 元，而主張退還兩者差額9,352,256 元，惟申請 時係以比例扣抵法補報，且未敘明係符合3 年內無重大逃漏 稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口 貨物之實際用途之規定，當時亦無表明申請適用直接扣抵法 。（原告於85年6 月1 日始另案申請適用直接扣抵法，並經 大安分處於85年6 月8 日以北市稽大安（甲）字第26448 號 函，核准自85年6 月1 日起採用直接扣抵法在案）。次查原 告85年5 月27日函之說明四記載：「按本公司80至84年度因 取得固定資產而溢付之進項稅額……依營業稅法第39條第1 項第2 款規定，因取得固定資產而溢付之營業稅，應由主管 機關查明後退還之……」又該函附表註（二）記載：「不含 固定資（產）之不得扣抵進項稅額係由80至84年度『兼營營 業人營業稅額調整計算表』之進項稅額合計數減除80至84年 各年度之固定資產進項稅額……後乘以各年度【80至84年】 依規定計算之不得扣抵進項稅額比例。」則本件僅係原告因 取得固定資產產生溢付營業稅，申請依營業稅法第39條第1 項第2 款規定退還該溢付營業稅額，並非原告申請改採直接 扣抵法計算應納稅額遭否准（事實上已核准原告自85年6 月 1 日（申請日）起採用直接扣抵法），原告80至84年間並未 申請採用直接扣抵法，該段期間原告之申報課稅資料均已按 比例扣抵法計算核課確定，核與財政部86年1 月18日台財稅 第000000000 號與86年8 月9 日台財稅第000000000 號及95 年12月21日台財稅字第09504563401 號函釋之案情有別，不



能援引。本件原告80至84年間既未申請採用直接扣抵法，縱 事後於85年6 月1 日申請並經核准採用直接扣抵法，依首揭 規定，亦應自核准日（85年6 月1 日）起方有其適用，是被 告認定原告應依比例扣抵法計算系爭應補稅額，並無不合。 所訴各節委無足採，本件原處分應予維持。
㈢最高行政法院發回更審理由略謂：「原判決既有判決不備理 由及不適用法規之違法，上訴意旨，求予廢棄，為有理由， 又由於被上述人所主張取得固定資產而生之進項稅額究竟若 干，是否已全數抵繳補報股利收入之應補繳稅額，涉及被上 訴人之退稅請求權問題，而卷內並無相關資料可資認定，本 院無從判決，爰將原判決廢棄發回原審法院再為調查審認， 另為適法之裁判。」。
㈣營業人未及時依營業稅法第39條第1 項第2 款規定行使權利 ，其退稅請求權已不存在﹙留抵稅額57,194,219元=66,866, 876 元減9,672,657 元，已依法留抵他期應付營業稅。﹚。 80至84年補報之股利收入依行為時之營業稅法規定，係兼營 營業人應依兼營營業人調整稅額計算辦法計算應納稅額並於 年度結束時彙總列入當年度最後乙期免稅銷售額，營業人如 欲變更採用直接扣抵法計算應納稅額，應事前提出申請﹙原 告80至84年未提出申請﹚。