臺北高等行政法院判決
98年度訴字第1862號
98年12月3日辯論終結
原 告 財團法人恩主公醫院
代 表 人 甲○○
訴訟代理人 施博文（會計師）
被 告 財政部臺灣省北區國稅局
代 表 人 乙○○
訴訟代理人 丙○○
上列當事人間機關團體作業組織所得稅事件，原告不服財政部中
華民國98年7 月20日台財訴字第09800272080 號（案號：第0000
0000 號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實 及 理 由
一、事實概要：緣原告民國95年度教育文化公益慈善機關或團體 及其作業組織結算申報，列報收入新臺幣（下同）1,767,24 9,548 元、支出1,670,297,149 元及餘絀數66,337,692元， 經被告初查以其（一）銷售貨物或勞務之支出中，60,136,5 93元係原告82至85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、 建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年 提列之折舊費用及各項攤提，不予認定，又申報處分資產損 失956,418 元，係屬保留款購置設備及自前揭未折減餘額轉 列費用，不予認定，核定銷售貨物或勞務之支出1,569,358, 664 元。（二）與創設目的有關活動之支出中，原告自95年 度起經核准提撥研究發展等準備金，95年度列報研究發展費 用55,346,570元（按申報醫療收入總額1,844,885,654 元× 3%），其中38,967,359元係95年度實際發生之費用，其餘16 ,379,211元係依醫療法第97條規定補提列之費用，惟查其申 報醫療收入總額中屬健保給付部分之門診收入多計7,000,00 0 元，重行核算可提列研究發展費用限額55,136,570元（1, 837,885,654 元×3%），與申報提列數之差額210,000 元， 不予認定，核定與創設目的有關活動之支出70,250,181元。 是銷售勞務以外之收入11,377,674元不足支應與其創設目的 活動有關之支出70,250,181元合計58,872,507元，准自銷售 貨物或勞務之所得扣除，核定本期餘絀數及課稅所得額均為 127,640,703 元，應補稅額15,325,752元。原告對核定銷售 貨物或勞務之支出部分不服，申請復查，未獲變更，提起訴 願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：
㈠訴之聲明：
⒈訴願決定及復查決定（即原處分）均撤銷。
⒉訴訟費用由被告負擔。
㈡首先舉例說明公益醫療財團法人運用「捐贈收入（即與創設 目的有關活動收入）」購買醫療設備不准提列折舊結果已導 致損害公益醫療財團法人投入「與創設目的有關活動支出」 ，依所得稅法第4 條第1項第13款規定免稅之租稅優惠。 基本資料：
⒈甲公益醫療財團法人，成立於91年1 月1 日，假設91年1 月1 日即有「捐贈收入」（與創設目的有關收入）10,00 0 萬元，旋即購置醫療設備10,000萬元〈耐用年限：5 年 〉。
⒉乙私立醫院，亦於91年1 月1 日成立，資本額10,000萬元 ，同日購買醫療設備（耐用年限：5 年）。
列表比較如附表、、及。
甲公益醫療財團法人，運用捐贈收入（即：與創設目的活動 有關收入）10,000萬元，全數購買醫療設備（耐用年限：5 年），若不准提列折舊，則91年度至95年度，5 年度餘絀增 加10,000萬元，致增加2,500 萬元（10,000萬元×25%=2,50 0 萬元）所得稅，換言之，運用捐贈收入購買醫療設備不准 提列折舊之結果，已導致損害甲公益財團醫療法人投入「與 創設目的有關活動支出」，依所得稅法第4 條第13款規定免 稅之租稅優惠。
㈢公益團體非事業所得免稅及事業所得應稅之立法目的 ⒈所得稅法第4 條第1 項第13款規定：「左列各種所得，免 納所得稅：……十三、教育、文化、公益、慈善機關或團 體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業 組織之所得。」上述公益團體免納所得稅之立法目的，應 是公益團體從事公益活動，以彌補政府功能之不足，因此 應予以獎勵優惠，免予課徵所得稅。
⒉依據77年9 月21日修正之「教育文化公益慈善機關或團體 免納所得稅適用標準」規定，不論公益團體之所得種類如 何，包括銷售貨物或勞務之所得（下稱「事業所得」）， 只要符合該免稅標準之要件，均一律可以享受免稅優惠。 但公益團體所從事之銷售貨物或勞務之事業經濟活動，如 與一般營利事業或個人執行業務者所從事之經濟活動相同 時，則將產生事業競爭關係，為維持稅制的競爭中立性原 則，以維持課稅公平，後來要求公益團體從事銷售貨物或 勞務活動所產生之事業所得，也應課徵所得稅（營利事業
所得稅）。行政院並於83年12月30日修正「教育文化公益 慈善機關或團體免納所得稅適用標準」增列教育文化公益 慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2 條之1 規定（註 現行標準第3 條）：「符合前條規定之教育、文化、公益 、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨 物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支 出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅。 」因此，從84年度以後，有關公益團體，如有事業所得， 原則上即應就其事業所得課稅，以維持競爭中立性原則。 ㈣公益團體之課稅損益之認定
有關財團法人課稅損益之查核，除基於財團法人之公益團體 有關損益的特殊性，應當另為特別處理外，原則上應可類推 適用營利事業所得稅查核準則之規定。故財政部賦稅署84年 12月19日台稅一發第841664043 號函：「（七）決議：有關 財團法人課稅損益之查核，原則上比照適用營利事業所得稅 查核準則之規定，不再另行訂定僅適用於機關團體之查核準 則。」亦係本此意旨。由於公益團體之所得原則上免稅，僅 就其中事業所得課稅，因此有應稅所得及免稅所得二種類型 ，故在計算公益團體之所得時，必須分開計算，才能正確反 應二個部門之損益情形。日本法人稅法施行令第6 條即明文 規定應當分開計算所得。
㈤公益團體免稅所得之認定
⒈依據行政院83年12月30日修正發布之「教育文化公益慈善 機關或團體免納所得稅適用標準」第2 條規定：「第2 條 教育、文化、公益、慈善機關或團體符合左列規定者，其 本身之所得及其所附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞 務之所得外，免納所得稅。一、合於民法總則公益社團及 財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立 案者。二、除為其創設目的而從事之各種活動所支付之必 要費用外，不以任何方式對捐贈人或與捐贈人有關係之人 給予變相盈餘分配者。三、其章程中明定該機關團體於解 散後，其賸餘財產應歸屬該機關團體所在地之地方自治團 體，或政府主管機關指定之機關團體者。但依其設立之目 的，或依其據以成立之關係法令，對解散後賸餘財產之歸 屬已有規定者，得經財政部同意，不受本款規定之限制。 四、其無經營與其創設目的無關之業務者。五、其基金及 各項收入，除零用金外，均存放於金融機構或購買公債、 庫券、可轉讓之銀行定期存單、銀行承兌匯票、銀行或票 券金融公司保證發行之商業本票、公營專業銀行發行之金 融債券或國內證券投資信託公司發行之受益憑證及經依法
核准公開發行上市之第一類股票、公司債者。但由營利事 業捐助之基金，得部分投資該捐贈事業之股票，其比率由 財政部定之。六、其董監事中，主要捐贈人及各該人之配 偶及三親等以內之親屬擔任董監事，人數不超過全體董監 事人數三分之一者。七、與其捐贈人、董監事間無業務上 或財務上不正常關係者。八、其用於與其創設目的有關活 動之支出，不低於基金之每年孳息及其他經常性收入百分 之八十者，但經主管機關查明函請財政部同意者，不在此 限。九、其財務收支應給與、取得及保存合法之憑證，有 完備之會計紀錄，並經主管稽徵機關查核屬實者。」。 ⒉上述公益團體所得免稅之要件，主要表現在其收入應當「 專款專用」，「其用於與其創設目的有關活動之支出，不 低於基金之每年孳息及其他各項收入百分之八十。但經主 管機關查明函請財政部同意者，不在此限。」（第8 款） ，因此只要其收入專款專用確實使用於與其創設目的有關 活動之支出，並達80% 或未達80% 但經財政部同意專款專 用於其他年度，則縱然當年度仍有部分結餘，仍可免稅。 亦即，其免納所得稅之立法精神，在於應當將收入「專款 專用確實使用於與其創設目的有關活動之支出」，亦即從 事公益活動使用，則可免所得稅。
⒊準此，如果公益財團法人醫院之收入（例如捐贈收入）， 如果「確實專款專用使用於與其創設目的有關活動之支出 」，亦即從事公益活動使用，則可免所得稅。而財團法人 醫院購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備 及辦公設備等資產，係屬於與其創設目的有關活動，故如 將其收入使用於上述活動支出，應符合專款專用之公益活 動支出，而可依據上述規定免納所得稅。本件原告將82年 至85年度捐贈收入等結餘款，經財政部核准保留於以後年 度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及 辦公設備等資產支出，符合公益活動之專款專用目的，而 依法免稅，於法並無不合。就此徵納雙方有亦無爭議。 ㈥公益團體應稅所得之認定
⒈有關公益團體之事業所得，除「免納所得稅適用標準」另 有特別規定不課稅（同標準第2 條之1 有特別規定免稅之 特殊類型）外，原則上應予以課稅。其事業所得之計算， 亦即銷售貨物或勞務之所得之計算，應如何計算？ ⒉依所得稅法第24條第l 項前段規定：「營利事業所得之計 算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐 後之純益額為所得額。」亦即課稅所得之計算，係採取「 客觀的淨額所得計算原則」，應就其銷售貨物或勞務之收
入，減除有關成本費用後之餘額，作為淨額所得，而為課 稅所得。
⒊在此必要費用的支出，必須由從事獲得收入的經濟活動， 因此實現獲得收入的構成要件者，所支出，才能認列費用 。因此，獲得收入者得扣除自己支出的費用。但不能扣除 由第三人負擔支出的費用。在此適用所謂「費用負擔原則 」，獲得所得者僅能扣除在經濟上由自己負擔的費用。由 於所得者自己負擔費用，以致於降低其經濟上負擔能力， 因此該項必要費用得作為所得的減項扣除。只要所得者自 己在經濟上負擔費用，即為已足。至於該項費用的來源， 原則上在所不問。所得者可能因為第三人的贈與資金或向 第三人借貸款項，並持以支付費用。
⒋在公益財團法人醫院購置建物設備等提供醫療事業使用的 情形，由於醫療財團法人為獲得醫療收入之經濟活動，而 投入該等建物設備，亦即其購置成本是由醫療財團法人負 擔，則依據上述「費用負擔原則」，獲得所得者得扣除在 經濟上由自己負擔的成本費前，因此，本件原告購置建物 設備等支出，准予提列折舊成本費用，也符合上述「費用 負擔原則」以及淨額所得課稅原則。就此日本法人稅基本 通達第15---2---2條本文即規定公益法人或無人格之社團 等，將收益事業以外之事業用（即免稅事業用）之固定資 產，轉供收益事業使用時，則作「收益事業之資產進行區 分列帳管理，其於轉供收益事業使用時，依據該固定資產 之帳簿價額進行列帳。亦即該固定資產得准予繼續提列折 舊，以反應該收益事業之成本，而非當成免成本看待。 ⒌蓋從稅制競爭中立性原則觀察，在一般私人醫院為獲得醫 療收入而購置建物及設備等資產所為固定資產支出，應准 認列折舊，僅就其醫療收入減除成本費用後之淨利課稅。 則同理可證，在公益財團法人醫院為獲得醫療收入而購置 建物及設備等資產所為固定資產支出，也應准予認列折舊 ，僅就其醫療收入減除成本費用後之淨利課稅。如此方符 合公平競爭原則。否則，如果公益財團法人醫院不准就其 購置固定資產支出提列折舊時，則無異於對於營業收入（ 無成本支出扣除）課稅，加重公益財團法人之租稅負擔， 完全毫無獎勵公益財團法人之精神，此不僅並不符合公平 競爭原則，也違背所得稅法獎勵公益財團法人而予以免稅 之意旨。
⒍舉例說明如次，某醫院購置固定資產100 億元，投入醫療 事業使用，獲得醫療收入60億元，假設固定資產之折舊費 用為20億元百在當年度扣除，則其淨額所得40億元（60億
- 20億= 40億），屬於課稅所得，不論該醫院為私人醫院 或公益財團法人醫院，其所得稅租稅負擔均僅就淨額所得 40億元課稅，否則違背租稅之公平原則。反之，如認為公 益財團法人醫院是以捐贈收入支應固定資產支出（如本件 稽徵機關所持法律見解），故不准扣除成本折舊費用時， 則私人醫院所得為40億元，但財團法人之所得則為60億元 ，反而應承擔較重之所得稅負擔，如此顯然不符合所得稅 法第4 條及其法規命令（教育文化公益慈善機關或團體免 納所得稅適用標準）所揭公益法人之收益事業納入公平課 稅之競爭中立性精神。茲列表如附表。
㈦被告不能僅因原告以報准「保留結餘款」購買（建）醫療設 備，再轉基金，否則該設備提列折舊，不但與法無據且有違 租稅公平原則：
⒈按公益（醫療）財團法人購買（建）固定資產或設備有下 列資產來源：
⑴由「創立基金」支應：依現行課稅實務，購買（建）固 定資產或設備資金源自創立基金，得提列折舊。 ⑵將捐贈收入轉則基金，再由此基金購買（建）固定資產 或設備，該資產或設備亦得提列折舊。
⑶以借款購置固定資產或設備，得提列折舊。
⑷以實物（固定資產或設備）捐贈，亦得提列折舊。 ⑸將捐贈收入先報准「保留結餘款」，再以「保留結餘款 」購（建）買固定資產或設備，嗣後再轉則基金，僅是 前後順序不同，則不准該設備提列折舊。被告毫無法律 依據卻否准該資產或設備折舊之提列，茲列表如附表 並說明如次；
⒉如附表，均是購買（建）固定資產或設備之事務本質（ 性質）均相同僅是資金來源之先後順序不同，一是源自「 創立基金」或源自「基金增列數」或借款或實物捐贈；一 是嗣後再轉列基金，卻產生「得准許折舊全數提列」與「 否准折舊全數提列，截然不同之結果且無明確法律依擄， 不但有違租稅公平原則，亦牴觸「法律保留原則」。 ㈧在公益事業與收益事業同一之特殊情形，應准予同時認列支 出，才符合稅法立法意旨
⒈按所得稅法第4 條第1 項第13款規定公益法人之公益活動 如有結餘所得，並不納入課稅之立法精神，在於使其結餘 款所得可以在以後年度永續從事公益活動，而無必要納入 課稅（例如上述德國及日本立法例均規定公益法人免納所 得稅。僅就其收益事業之所得，才應課徵所得稅）。因此 ，只要其收入（主要為社會各界之捐贈善款收入）確實從
事於各項與創設目的有關活動之支出，並達一定比例，以 落實獎勵公益活動之目的，即為已足。在公益事業與收益 事業同一的情形，例如本件公益醫療財團法人建設醫院從 事醫療活動，一方面是公益事業，另一面又是收益事業， 由於發生交集，以致於其購置建物設備等固定資產支出， 在稅務上應當如何處理發生爭議，則應：
⑴就公益事業而言，其捐款收入用於購置建物設備等固定 資產支出，符合其創設目的，亦即符合原本預定之公益 用途，因此就其結餘給與免納所得稅，符合所得稅法之 立法精神。
⑵就收益事業而言，財團法人以自己的收入投入購置建物 設備等固定資產支出之成本，在計算其醫療收入時，應 准予認列折舊費用，以按照淨額所得課稅，正符合淨額 所得課稅原則。
上述課稅方式，並不發生重複租稅利益的情事，而僅是依 法貫徹公益團體所得免稅之精神而已。
⒉倘若按照被告之見解，認為固定資產支出費用僅能選擇其 一認列時，而不能按照上述方式處理時，則將發生如下效 果：
⑴僅作為公益事業支出：不准認列收益事業之折舊，將扭 曲公益法人收益事業所得課稅之基本建制精神（競爭中 立性原則），且有違反「客觀淨額所得課稅原則」。 ⑵僅作為收益事業支出：不准作為公益事業支出，則將違 反上述免納所得稅適用標準第2 條第8 款所定其用於與 其創設目的有關活動之支出，即得合法免稅之立法意旨 。
其實本件所以發生爭議，原因在於現行法規容許公益事業 與收益事業同一，例如本件公益醫療財團法人建設醫院從 事醫療活動，一方面是公益事業，另一面又是收益事業， 才發生此種爭議困擾。
⒊按被告所稱「享受雙重租稅利益」並不當然違法，應端視 其是否符合稅法規定之意旨而定。例如所得稅法第4 條第 l 項第17款規定：「左列種所得，免納所得稅：……十七 、因繼承、遺贈或贈與而取得之財產。…」個人因繼承、 遺贈或贈與而取得之財產，不論是否已經被課徵遺產稅或 贈與稅，均免徵所得稅。而當個人再將該項財產轉讓出售 時，其財產交易所得之計算，依據所得稅法第14條第7 類 財產交易所得之計算規定：「財產或權利原為繼承或贈與 而取得者，以交易時之成交價額，減除繼承時或受贈與時 該項財產或權利之時價及因取得、改良及移轉該項財產或
權利而支付之一切費用後之餘額為所得額。」亦即仍准予 按照繼承或贈與時，該項財產或權利之時價認列成本。在 此個人在取得贈與財產時享受免所得稅利益，而在出售時 ，該無償取得時之時價又可認列成本，仍可再享受租稅利 益。也是享受雙重租稅利益，此係基於不同法律關係的不 同規定，依法賦予租稅利益。故本件似不宜僅因為享受雙 重租稅利益即認為不合法。
㈨被告核定課稅依據之財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第 841664043 號函釋之研討
⒈前揭財政部解釋函令違背所得稅法第24條規定 有關財團法人醫院適用免稅標準之疑義，財政部賦稅署84 年12月19日台稅一發第841664043 號函釋：「⒈財團法人 醫院或財團法人附屬作業組織醫院依免稅標準第2 條之1 （註：現行標準第3 條）計算課稅所得額時，其為醫療用 途新購置之建物、設備等資產，應比照適用所得稅法相關 規定按年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成本費用。上 開資本支出如與其創設目的活動有關，得選擇按年提列折 舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除，或全額列為購置年 度與其創設目的活動有關之資本支出，自銷售貨物或勞務 以外之收入中減除；上開醫院計算課稅所得額如選擇按年 提列折舊，其依免稅標準第2 條第1 項第8 款規定計算支 出比例時，得適用財政部71年12月10日台財稅第38931 號 函說明7 規定。⒉前開醫院當年度為醫療用途新購置之建 物、設備等資產有多項時，其與創設目的活動有關部分， 得就全部或部分選擇按年提列折舊或全額列為購置年度與 其創設目的有關活動之支出。」該項函示似認為財團法人 醫院購置建物設備之資產支出，應就事業收支及非事業收 支分開認列並選擇一種支出列報。亦即得選擇： ⑴作為事業支出：按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收 入中減除。
⑵作為非事業支出（公益支出）：全額列為購置年度與其 創設目的有關活動之支出，自銷售貨物或勞務以外之收 入中減除。
上述解釋函令的基本想法，應是收入與成本分開認列的原 則，以及一般所得稅法上成本費用不得重複認列之原則。 此一原則如適用於一般公益事業與收益事業可以獨立分離 的典型情形，於法應無不合。然而在本件情形，公益醫療 財團法人從事醫療活動，同時符合財團法人之公益事業與 收益事業（二個事業同一）的特殊類型，如果仍適用上述 一般想法，則將發生不符合立法精神之情形，且就公益事
業支出而言，其費用支出性質上屬於與其創設目的有關活 動之支出，並非為獲得收入之目的而投入之「成本費用」 性質，因此，應不發生「成本費用重複認列」之問題，故 上述解釋函令已有誤會其間性質差異，因為解釋函令不符 合母法所得稅法之規定，在本件情形依法應無適用餘地。 ⒉退步言之，財政部解釋函令不應追溯既往
值得注意的，上述解釋函令是針對83年12月30日修正「教 育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」增列第 2 條之1 （註：現行標準第3 條）新法規定對於公益團體 之事業所得課稅所為函釋，而作成相關費用支出分別處理 之原則，依據司法院釋字第287 號解釋，解釋令函僅能從 法規公布生效時起有其適用，因此，縱然認為上開解釋令 函合法，也僅能適用於84年度以後之案件（亦即本件84年 及85年度結餘保留款部分），並不能追溯既往適用於舊法 時代之案件。
⒊另依據77年9 月21日修正之「教育文化公益慈善機關或團 體免納所得稅適用標準」規定，不論公益團體之所得種類 如何，包括銷售貨物或勞務之事業所得，只要符合該免稅 標準之要件，均一律可以享受免稅優惠。本件原告82年度 及83年度之結餘保留款，依據當時77年9 月21日修正之「 教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」法令 規定享受免稅，其於事後支出用於購置建物設備等，以供 銷售貨物或勞務之事業活動使用，該項支出原本即是投入 收益事業活動之成本，因此提列折舊，從銷售貨物或勞務 之事業收入中減除，以反映該醫院實際銷售貨物或勞務之 淨額所得盈餘情形，於法應無不合，也符合所得稅法第24 係之「成本與收入配合原則」之精神。
⒋由於82年度及83年度當時不論是否為事業所得，均納入免 稅範圍，因此應不發生重複給予免稅利益之問題。雖然本 件保留款延後到新法施行後才支出使用，但應不影響其依 據舊法時代所應享有之權益，以符合法律不追溯既往之精 神。因此財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第84166404 3 號函釋應不得追溯既往適用於82年度及83年度之結餘保 留款之情形。
㈩訴願決定以「訴願人82至85年度之支出因未符合免稅標準第 2 條第1 項第8 款前段規定，原應課徵所得稅，其遂依同款 後段規定，申請將結餘經費核准作為建院計畫用途保留前揭 資產，並已向主管機關保留計畫之執行，同時視為保留之發 生年度（即82-85 年度）之創設目的有關活動之支出以符合 免稅之規定，嗣後如再允許提列前揭固定資產折舊，自有重
複列報之嫌，違反租稅公平原則」其認事用法顯有錯誤。 訴願決定稱，原告結餘款購置之固定資產不得分年提列折舊 云云。然查：
⒈固定資產提列折舊列為收入之成本或費用，乃「所得稅法 」第24條、第50條至第58條及「營利事業所得稅查核準則 」第95條以及「醫療法人財務報告編製準則」第12條之明 文強制規定，合先敘明。
⒉原告為與建醫院而籌募款項，僅因建院支出高峰期在86年 度、87年，故依「免稅標準」第2 條第1 項第8 款申請保 留。至於醫院須運用固定資產始能產生銷售貨物或勞務收 入，依所得稅法第24條、第50條至第58條及「營利事業所 得稅查核準則」第95條第「醫療法人財務報告編製準則」 第12條均規定，固定資產應按年提列折舊，列為銷售貨物 或勞務之成本或費用。上開規定，乃稅法基於不同目的、 針對不同階段所為之強制規範。
⒊在現行稅制上，符合免稅標準而免稅，進而以該免稅款項 購置固定資產，均無重複提列或雙重優惠之問題，更無違 反租稅公平原則。此可參見現行法律基於特定政策目的給 予免稅稅捐優惠者，以該免稅款購置固定資產，均應按年 提列折舊。例如促進產業升級條例規定，新興重要策略性 產業、特定製造業或服務業得5 年免納營利事業所得稅（ 第9 條、第9 條之2 ）；獎勵民間參與交通建設條例規定 受獎勵之機構5 年免納所得稅（第28條）；促進民間參與 公共建設獎勵民間機構特定年限免納所得稅（第36條）， 該受獎勵免納所得稅之營利業，如將該免納所得稅之款項 用於購置固定資產，嗣後因該固定資產產生之收入，仍應 依稅法相關規定按年提列折舊，並未受到限制。足見原訴 願決定稱所謂「專案保留款…購建醫療大樓等資產，不得 分年提列折舊，否則自有重複列報之嫌等等」，不僅毫無 依據，且真正違反租稅公平，亦違反租稅法定原則，更使 公益醫療財團法人較私人醫院處於更不公平租稅地住，顯 已違背政府獎勵設置公益醫療財團法人之意旨。 ⒋此外，財政部84年10月18日台財稅字第841653319 號函釋 ，於說明二載明：「（略）該等機關團體於計算上開不足 支應金額時，有關銷售貨物或勞務以外之收入，如有依相 關法律規定免納所得稅之平均地權債券利息及公共建設土 地債券利息暨依所得稅法第42條規定免計入所得稅課稅之 投資收益等免稅收入，准自銷售貨物或勞務以外之收入中 減除」，亦不認為有重複提列、雙重優惠之問題。 ⒌綜上，訴願決定認為「訴願人82至85年度之支出因未符合
免稅標準第2 條第l 項第8 款前段規定，原應課徵所得稅 ，其遂依同款後段但書規定，申請將結餘經費核准作為建 院計畫用途保留前揭資產，並已向主管機關報備計畫之執 行，同時視為保留款發生年度（即82至85年度）之創設目 的有關活動之支出，…俟後如再允許提列前揭固定資產折 舊，自有重複列報之嫌，違反租稅公平原則」，如前述， 不僅毫無依據，且違反租稅公平，亦違反租稅法定原則。 綜上所述：
⒈本件固定資產支出應如何認列成本費用，應從相關租稅法 規的立法意指探討，不宜拘泥於租稅利益有無重複問題。 在公益團體之公益事業與收益事業同一的情形，例如本件 醫療財團法人建設醫院從事醫療活動，一方面是公益事業 ，另一面又是收益事業，由於發生交集，以致於其購置建 物設備等固定資產支出，在稅務上應依下列方式處理，始 為合法：
⑴就財團法人醫院之公益事業而言，其捐款收入用於購置 建物設備等固定資產支出，符合其創設目的，亦即符合 原本預定之公益用途，因此就其結餘給與免納所得稅， 符合所得稅法第4 條第1 項第13款獎勵公益事業免稅之 立法精神。
⑵就財團法人醫院之收益事業而言，財團法人以捐贈（款 ）的收入（非醫療勞務收入）投入購置建物設備等固定 資產支出之成本，在計算其醫療收入時，應准予認列折 舊費用，以按照淨額所得課稅，正符合所得稅法第24條 之客觀淨額所得課稅原則以及稅制競爭中立性原則。 ⒉上述課稅方式，其就公益事業部分，給與免稅，乃屬法律 所賦予之稅捐優惠及貫徹獎勵公益法人之立法意旨，否則 如前所述，公益醫療法人較私人營利醫院增加所得稅賦， 不但不符合公平課稅之競爭中立性精神且違背政府獎勵公 益醫療法人免稅之立法意旨。而就收益事業部分，准予認 列成本折舊，乃貫徹所得稅法第24條之客觀淨額所得課稅 原則以及稅制競爭中立性原則。因此，並不發生違法給與 重複租稅利益的情事。
⒊財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第841664043 號函釋 在上開範圍內，與所得稅法第4 條第13款、83年12月30日 修正「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準 」增列第2 條之1 以及所得稅法第24條規定均相牴觸，應 不得適用本件建院期間捐贈收入購建固定資產之情形。謹 請鈞院於行政訴訟判決，應進行合法性審查。
⒋被告不能僅因原告以報准「保留結餘款」購買（建）固定
資產或設備再轉則基金卻不得提列折舊，與「先以創立基 金」或「先以捐贈收入為基金之增加，再以此基金增加數 購買（建）固定資產或設備或以借款或以實物捐贈，其資 產均得以提列折舊」之情形其購買（建）固定資產或設備 之事務本質（性質）均相同卻顯然有不同租稅對待致損害 原告權益，不但有違租稅公平原則，亦有牴觸法律保留原 則。
⒌又上述財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第841664043 號函釋是針對83年12月30日修正「教育文化公益慈善機關 或團體免納所得稅適用標準」增列第2 條之1 （註: 現行 標準第3 條）新法規定對於公益團體之事業所得課稅所為 函示，依據司法院釋字第287 號解釋，解釋令函僅能從法 規公布生效時起有其適用，因此，縱然認為上開解釋令函 合法，也僅能適用於84年度以後之案件（亦即本件95年度 屬於84年及85年度結餘保留款購置醫療設備提列折舊部分 ），並不能追溯既往適用於82年度及83年度之結餘保留款 之情形。
三、被告則以：
㈠訴之聲明：
⒈駁回原告之訴。
⒉訴訟費用由原告負擔。
㈡按「左列各種所得，免納所得稅：一、……。十三、教育、 文化、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其 本身之所得及其附屬作業組織之所得。」為所得稅法第4 條 第1 項第13款所明定。次按「教育、文化、公益、慈善機關 或團體符合下列規定者，其本身之所得及附屬作業組織之所 得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：一、……。 八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每 年孳息及其他各項收入70﹪。但經主管機關查明函請財政部 同意者，不在此限。」為教育文化公益慈善機關或團體免納 所得稅適用標準第2 條第1 項第8 款所規定。又「有關適用 『教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準』第2 條第1 項第8 款但書規定之教育、文化、公益、慈善機關或 團體，其結餘款若有未依其報經核准之計劃使用者，稽徵機 關應就全部結餘款依法核課所得發生年度之所得稅，惟該結 餘款中已依同標準第2 條之1 （現行標準第3 條）第1 項規 定課徵所得稅部分應予扣除。」及「決議1.財團法人醫院或 財團法人附屬作業組織醫院依免稅標準第2 條之1 （現行標 準第3 條）計算課稅所得額時，其為醫療用途新購置之建物 、設備等資產，應比照適用所得稅法相關規定按年提列折舊
，列為銷售貨物或勞務之成本費用。上開資本支出如與其創 設目的活動有關，得選擇按年提列折舊，自銷售貨物或勞務 之收入中減除，或全額列為購置年度與其創設目的活動有關 之資本支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除；上開醫 院計算課稅所得額如選擇按年提列折舊，其依免稅標準第2 條第1 項第8 款規定計算支出比例時，得適用財政部71年12 月10日台財稅第38931 號函說明7 規定。2.前開醫院當年度 為醫療用途新購置之建物、設備等資產有多項時，其與創設 目的活動有關部分，得就全部或部分選擇按年提列折舊或全 額列為購置年度與其創設目的有關活動之支出。3.財團法人 醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產 全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以 後年度不得再提列折舊。」為財政部90年1 月10日台財稅第 0890458465號函及財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第84 1664043 號函釋在案。
㈢查財政部就原告得否列報折舊費用及各項攤提乙節，函覆行 政院衛生署之函文說明三及四略以：「三、……該等結餘保 留款核屬專款專用性質，故不論係先轉列基金總額，再從基 金中支出購置固定資產，或將保留款於以後年度購置固定資 產，再將固定資產轉列為基金總額，因該購置成本於保留款